# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.211 0.090 0.103 0.105 0.081 0.086 0.126 0.080 0.063 0.036 0.019 2 T 0.325 0.302 0.134 0.153 0.055 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 3 W 0.020 0.037 0.027 0.047 0.058 0.102 0.206 0.182 0.158 0.110 0.053 4 R 0.042 0.054 0.090 0.198 0.238 0.185 0.130 0.037 0.018 0.006 0.002 5 E 0.138 0.104 0.555 0.148 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.010 0.022 0.099 0.189 0.196 0.216 0.182 0.057 0.020 0.007 0.002 7 L 0.004 0.006 0.050 0.017 0.019 0.035 0.129 0.173 0.221 0.199 0.146 8 R 0.004 0.022 0.263 0.208 0.219 0.151 0.097 0.025 0.009 0.003 0.001 9 K 0.061 0.083 0.650 0.140 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.050 0.069 0.079 0.124 0.143 0.160 0.204 0.086 0.047 0.026 0.012 11 G 0.206 0.108 0.071 0.086 0.076 0.082 0.142 0.086 0.072 0.046 0.026 12 F 0.031 0.059 0.074 0.150 0.148 0.151 0.171 0.089 0.060 0.040 0.026 13 L 0.015 0.025 0.051 0.053 0.065 0.087 0.170 0.150 0.174 0.129 0.082 14 D 0.087 0.178 0.107 0.246 0.163 0.101 0.069 0.025 0.014 0.006 0.005 15 L 0.024 0.023 0.013 0.043 0.053 0.071 0.142 0.148 0.183 0.168 0.131 16 G 0.268 0.143 0.061 0.169 0.137 0.092 0.071 0.031 0.018 0.008 0.004 17 E 0.082 0.162 0.074 0.321 0.176 0.099 0.057 0.017 0.008 0.003 0.002 18 F 0.004 0.005 0.005 0.014 0.018 0.032 0.115 0.173 0.241 0.234 0.158 19 I 0.009 0.024 0.025 0.158 0.186 0.195 0.189 0.089 0.061 0.037 0.028 20 V 0.001 0.003 0.006 0.010 0.011 0.017 0.076 0.148 0.262 0.275 0.191 21 E 0.004 0.009 0.011 0.086 0.126 0.176 0.247 0.161 0.107 0.049 0.025 22 L 0.002 0.003 0.005 0.008 0.008 0.015 0.065 0.143 0.254 0.295 0.202 23 V 0.003 0.005 0.007 0.045 0.071 0.096 0.184 0.210 0.202 0.116 0.063 24 Y 0.010 0.021 0.026 0.051 0.051 0.080 0.183 0.189 0.202 0.125 0.062 25 I 0.008 0.013 0.017 0.053 0.062 0.070 0.139 0.185 0.209 0.161 0.083 26 D 0.024 0.079 0.040 0.150 0.150 0.136 0.165 0.118 0.084 0.036 0.018 27 C 0.053 0.049 0.021 0.069 0.084 0.094 0.154 0.164 0.155 0.107 0.049 28 P 0.242 0.205 0.051 0.174 0.131 0.079 0.064 0.029 0.016 0.006 0.003 29 C 0.055 0.041 0.013 0.056 0.069 0.089 0.165 0.162 0.158 0.116 0.077 30 E 0.292 0.226 0.056 0.162 0.105 0.062 0.045 0.023 0.015 0.009 0.006 31 P 0.324 0.197 0.048 0.145 0.098 0.077 0.057 0.025 0.016 0.008 0.004 32 I 0.046 0.024 0.007 0.036 0.050 0.073 0.148 0.175 0.178 0.155 0.109 33 P 0.240 0.232 0.054 0.179 0.124 0.068 0.050 0.023 0.015 0.008 0.005 34 P 0.062 0.043 0.021 0.090 0.103 0.118 0.193 0.144 0.115 0.074 0.037 35 T 0.080 0.101 0.051 0.220 0.181 0.146 0.116 0.052 0.029 0.017 0.008 36 L 0.002 0.005 0.005 0.020 0.025 0.043 0.128 0.176 0.230 0.225 0.141 37 A 0.007 0.031 0.035 0.153 0.155 0.155 0.167 0.120 0.093 0.055 0.029 38 I 0.006 0.013 0.012 0.032 0.042 0.059 0.162 0.194 0.220 0.167 0.093 39 Y 0.004 0.014 0.020 0.085 0.109 0.113 0.200 0.169 0.160 0.085 0.041 40 D 0.005 0.017 0.014 0.080 0.110 0.122 0.214 0.164 0.144 0.084 0.044 41 K 0.119 0.155 0.087 0.242 0.183 0.098 0.069 0.027 0.014 0.005 0.002 42 K 0.130 0.155 0.074 0.190 0.139 0.124 0.111 0.046 0.022 0.009 0.002 43 G 0.532 0.217 0.054 0.109 0.045 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 44 D 0.107 0.159 0.065 0.201 0.155 0.122 0.101 0.049 0.025 0.011 0.004 45 E 0.220 0.258 0.101 0.212 0.113 0.052 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 46 W 0.016 0.021 0.020 0.079 0.109 0.149 0.217 0.163 0.122 0.070 0.033 47 Y 0.005 0.011 0.014 0.039 0.079 0.133 0.255 0.184 0.154 0.084 0.042 48 K 0.033 0.171 0.178 0.336 0.169 0.064 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 49 V 0.004 0.004 0.003 0.009 0.017 0.030 0.112 0.160 0.228 0.236 0.197 50 E 0.210 0.216 0.145 0.243 0.120 0.039 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 51 E 0.327 0.218 0.074 0.160 0.088 0.055 0.049 0.016 0.008 0.004 0.002 52 A 0.072 0.084 0.051 0.138 0.125 0.128 0.157 0.103 0.072 0.046 0.024 53 P 0.257 0.191 0.049 0.087 0.095 0.091 0.104 0.053 0.039 0.023 0.012 54 N 0.297 0.275 0.102 0.168 0.077 0.039 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 55 V 0.068 0.033 0.021 0.053 0.069 0.100 0.197 0.148 0.144 0.101 0.066 56 Q 0.368 0.212 0.138 0.167 0.067 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 57 N 0.172 0.269 0.101 0.204 0.128 0.071 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 58 Y 0.022 0.026 0.031 0.059 0.078 0.139 0.228 0.165 0.130 0.081 0.040 59 R 0.241 0.153 0.200 0.200 0.110 0.056 0.030 0.006 0.003 0.001 0.001 60 E 0.101 0.104 0.392 0.223 0.092 0.043 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 61 A 0.018 0.030 0.133 0.091 0.080 0.133 0.227 0.118 0.087 0.056 0.028 62 V 0.007 0.007 0.101 0.038 0.045 0.091 0.306 0.173 0.130 0.073 0.031 63 E 0.017 0.035 0.618 0.196 0.082 0.033 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 64 W 0.002 0.016 0.118 0.106 0.142 0.222 0.254 0.086 0.035 0.016 0.005 65 A 0.001 0.001 0.026 0.006 0.007 0.011 0.069 0.119 0.265 0.286 0.209 66 I 0.003 0.006 0.125 0.044 0.061 0.118 0.348 0.137 0.086 0.051 0.023 67 E 0.001 0.013 0.362 0.287 0.193 0.078 0.040 0.015 0.006 0.003 0.001 68 V 0.001 0.002 0.028 0.009 0.011 0.019 0.100 0.142 0.242 0.256 0.189 69 L 0.001 0.001 0.025 0.017 0.022 0.032 0.148 0.172 0.244 0.196 0.141 70 E 0.003 0.012 0.234 0.133 0.172 0.155 0.173 0.062 0.034 0.016 0.006 71 R 0.002 0.010 0.052 0.086 0.149 0.226 0.286 0.105 0.050 0.025 0.009 72 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.065 0.125 0.271 0.278 0.235 73 R 0.031 0.045 0.049 0.114 0.157 0.197 0.232 0.095 0.048 0.021 0.010 74 D 0.284 0.331 0.155 0.152 0.047 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 G 0.331 0.142 0.058 0.119 0.098 0.087 0.080 0.041 0.024 0.014 0.007 76 E 0.349 0.251 0.073 0.123 0.073 0.048 0.041 0.017 0.011 0.007 0.008 77 N 0.069 0.116 0.057 0.149 0.143 0.119 0.152 0.079 0.060 0.034 0.020 78 V 0.065 0.045 0.028 0.091 0.115 0.152 0.176 0.123 0.102 0.064 0.040 79 K 0.193 0.206 0.185 0.227 0.103 0.045 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 80 L 0.016 0.030 0.033 0.097 0.121 0.166 0.216 0.135 0.100 0.059 0.026 81 V 0.010 0.011 0.011 0.026 0.039 0.056 0.124 0.146 0.204 0.203 0.169 82 S 0.078 0.118 0.069 0.177 0.144 0.113 0.136 0.071 0.053 0.027 0.014 83 L 0.028 0.026 0.025 0.053 0.066 0.087 0.161 0.152 0.166 0.134 0.102 84 D 0.132 0.171 0.070 0.165 0.135 0.097 0.102 0.057 0.037 0.022 0.013 85 G 0.293 0.138 0.039 0.116 0.098 0.085 0.094 0.056 0.039 0.027 0.015 86 P 0.514 0.175 0.046 0.093 0.064 0.036 0.033 0.017 0.012 0.008 0.004 87 A 0.052 0.061 0.019 0.064 0.077 0.101 0.172 0.140 0.142 0.110 0.063 88 P 0.127 0.251 0.075 0.162 0.118 0.089 0.079 0.042 0.029 0.017 0.012 89 P 0.404 0.177 0.077 0.154 0.093 0.051 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 90 K 0.487 0.192 0.081 0.113 0.062 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 91 V 0.007 0.019 0.022 0.066 0.064 0.104 0.212 0.179 0.161 0.107 0.059 92 M 0.006 0.007 0.038 0.040 0.062 0.124 0.277 0.180 0.140 0.084 0.043 93 K 0.030 0.053 0.603 0.205 0.063 0.026 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 94 R 0.005 0.023 0.149 0.201 0.208 0.204 0.145 0.044 0.015 0.006 0.002 95 L 0.002 0.004 0.082 0.013 0.011 0.018 0.091 0.121 0.211 0.250 0.197 96 S 0.006 0.014 0.259 0.181 0.166 0.154 0.163 0.038 0.014 0.004 0.001 97 L 0.012 0.024 0.783 0.123 0.039 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.010 0.015 0.144 0.062 0.090 0.193 0.323 0.092 0.044 0.020 0.007 99 L 0.003 0.006 0.164 0.024 0.018 0.032 0.180 0.166 0.189 0.148 0.070 100 Q 0.005 0.020 0.550 0.168 0.127 0.064 0.043 0.015 0.005 0.002 0.001 101 K 0.020 0.047 0.680 0.137 0.071 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 102 L 0.011 0.018 0.158 0.042 0.059 0.097 0.232 0.129 0.126 0.085 0.043 103 T 0.041 0.076 0.224 0.123 0.115 0.098 0.152 0.073 0.056 0.030 0.012 104 E 0.226 0.181 0.319 0.137 0.074 0.030 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001