# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 2 T 0.038 0.026 0.002 0.278 0.005 0.008 0.644 3 W 0.019 0.004 0.007 0.848 0.010 0.017 0.096 4 R 0.016 0.001 0.011 0.893 0.008 0.012 0.059 5 E 0.010 0.001 0.009 0.953 0.006 0.004 0.018 6 I 0.009 0.001 0.005 0.959 0.006 0.004 0.017 7 L 0.011 0.002 0.007 0.950 0.006 0.012 0.013 8 R 0.017 0.003 0.012 0.871 0.016 0.051 0.030 9 K 0.034 0.002 0.020 0.778 0.036 0.107 0.023 10 E 0.017 0.002 0.019 0.290 0.086 0.544 0.041 11 G 0.022 0.002 0.010 0.040 0.102 0.763 0.060 12 F 0.241 0.038 0.015 0.026 0.128 0.056 0.496 13 L 0.627 0.072 0.011 0.012 0.080 0.014 0.185 14 D 0.500 0.025 0.013 0.006 0.067 0.017 0.371 15 L 0.234 0.013 0.250 0.070 0.076 0.151 0.206 16 G 0.120 0.002 0.154 0.027 0.202 0.339 0.154 17 E 0.191 0.004 0.131 0.032 0.217 0.207 0.218 18 F 0.788 0.005 0.005 0.007 0.035 0.011 0.149 19 I 0.955 0.004 0.001 0.002 0.006 0.002 0.032 20 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 21 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 22 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 23 V 0.975 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 24 Y 0.958 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.031 25 I 0.751 0.005 0.003 0.004 0.045 0.015 0.177 26 D 0.322 0.016 0.005 0.004 0.203 0.024 0.427 27 C 0.094 0.009 0.020 0.007 0.448 0.060 0.361 28 P 0.046 0.018 0.041 0.005 0.220 0.253 0.416 29 C 0.057 0.012 0.047 0.006 0.296 0.218 0.364 30 E 0.121 0.033 0.016 0.004 0.342 0.053 0.432 31 P 0.200 0.034 0.005 0.001 0.121 0.024 0.614 32 I 0.163 0.026 0.004 0.001 0.130 0.020 0.656 33 P 0.111 0.012 0.002 0.001 0.039 0.006 0.831 34 P 0.186 0.004 0.012 0.001 0.137 0.042 0.618 35 T 0.639 0.003 0.011 0.001 0.165 0.052 0.129 36 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 37 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 40 D 0.521 0.003 0.002 0.001 0.028 0.012 0.433 41 K 0.144 0.007 0.024 0.003 0.270 0.352 0.200 42 K 0.112 0.024 0.047 0.005 0.274 0.389 0.148 43 G 0.064 0.007 0.055 0.003 0.288 0.419 0.163 44 D 0.096 0.007 0.031 0.004 0.342 0.171 0.350 45 E 0.543 0.020 0.027 0.006 0.148 0.055 0.201 46 W 0.864 0.015 0.012 0.006 0.025 0.016 0.062 47 Y 0.910 0.003 0.005 0.007 0.009 0.012 0.053 48 K 0.949 0.005 0.002 0.006 0.004 0.004 0.029 49 V 0.894 0.007 0.003 0.007 0.010 0.004 0.075 50 E 0.676 0.008 0.006 0.010 0.080 0.020 0.200 51 E 0.279 0.011 0.007 0.009 0.278 0.023 0.393 52 A 0.065 0.010 0.009 0.007 0.146 0.012 0.751 53 P 0.030 0.010 0.041 0.020 0.179 0.110 0.611 54 N 0.039 0.017 0.070 0.036 0.169 0.193 0.476 55 V 0.039 0.013 0.159 0.187 0.114 0.104 0.384 56 Q 0.037 0.008 0.099 0.308 0.102 0.150 0.294 57 N 0.067 0.019 0.089 0.361 0.124 0.116 0.224 58 Y 0.038 0.006 0.032 0.695 0.038 0.038 0.154 59 R 0.017 0.002 0.024 0.865 0.018 0.027 0.048 60 E 0.013 0.003 0.022 0.893 0.013 0.022 0.033 61 A 0.008 0.001 0.019 0.911 0.008 0.018 0.035 62 V 0.003 0.001 0.006 0.962 0.005 0.009 0.014 63 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.006 0.001 64 W 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.008 0.002 70 E 0.004 0.001 0.002 0.976 0.002 0.013 0.003 71 R 0.008 0.001 0.003 0.961 0.003 0.019 0.007 72 I 0.014 0.003 0.005 0.911 0.007 0.025 0.035 73 R 0.031 0.008 0.013 0.699 0.043 0.092 0.116 74 D 0.008 0.002 0.015 0.212 0.078 0.641 0.045 75 G 0.007 0.001 0.023 0.033 0.113 0.730 0.092 76 E 0.062 0.010 0.038 0.024 0.255 0.202 0.409 77 N 0.271 0.036 0.032 0.016 0.188 0.092 0.365 78 V 0.453 0.016 0.030 0.008 0.112 0.015 0.367 79 K 0.608 0.007 0.018 0.008 0.063 0.018 0.279 80 L 0.769 0.018 0.024 0.011 0.031 0.024 0.124 81 V 0.759 0.020 0.012 0.010 0.019 0.025 0.154 82 S 0.703 0.017 0.010 0.008 0.044 0.030 0.188 83 L 0.446 0.036 0.012 0.008 0.076 0.072 0.350 84 D 0.119 0.028 0.010 0.004 0.236 0.081 0.522 85 G 0.031 0.010 0.004 0.002 0.574 0.046 0.332 86 P 0.013 0.020 0.005 0.002 0.205 0.133 0.622 87 A 0.008 0.032 0.003 0.004 0.227 0.038 0.688 88 P 0.004 0.006 0.003 0.022 0.059 0.011 0.897 89 P 0.001 0.001 0.035 0.897 0.013 0.031 0.023 90 K 0.001 0.001 0.025 0.952 0.003 0.015 0.005 91 V 0.001 0.001 0.017 0.972 0.001 0.006 0.003 92 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 93 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 94 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 95 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.014 0.002 96 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.002 97 L 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.022 0.002 98 A 0.001 0.001 0.005 0.947 0.002 0.035 0.010 99 L 0.001 0.001 0.019 0.948 0.002 0.020 0.009 100 Q 0.002 0.001 0.047 0.892 0.007 0.042 0.010 101 K 0.002 0.001 0.051 0.840 0.008 0.086 0.011 102 L 0.005 0.004 0.022 0.753 0.025 0.140 0.050 103 T 0.007 0.011 0.014 0.487 0.019 0.214 0.248 104 E 0.003 0.001 0.004 0.041 0.014 0.020 0.917