# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.422 0.093 0.005 0.274 0.004 0.005 0.065 0.012 0.023 0.029 2 T 0.037 0.549 0.183 0.002 0.101 0.001 0.002 0.101 0.008 0.009 0.006 3 W 0.010 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.847 0.111 0.014 0.005 4 R 0.001 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.914 0.062 0.002 0.001 5 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.961 0.025 0.003 0.001 6 I 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.022 0.003 0.001 7 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.905 0.053 0.026 0.002 8 R 0.003 0.014 0.009 0.002 0.004 0.003 0.022 0.808 0.116 0.017 0.003 9 K 0.004 0.013 0.012 0.005 0.007 0.009 0.105 0.725 0.094 0.023 0.003 10 E 0.005 0.564 0.261 0.034 0.048 0.012 0.034 0.022 0.008 0.011 0.002 11 G 0.034 0.018 0.028 0.127 0.012 0.027 0.016 0.033 0.027 0.463 0.215 12 F 0.186 0.144 0.031 0.022 0.268 0.047 0.058 0.076 0.048 0.060 0.059 13 L 0.085 0.341 0.061 0.017 0.370 0.013 0.009 0.043 0.025 0.013 0.024 14 D 0.439 0.079 0.023 0.002 0.347 0.002 0.010 0.020 0.008 0.012 0.057 15 L 0.129 0.051 0.019 0.039 0.107 0.056 0.051 0.154 0.187 0.126 0.082 16 G 0.003 0.008 0.010 0.112 0.005 0.175 0.175 0.278 0.169 0.061 0.003 17 E 0.100 0.097 0.063 0.037 0.141 0.016 0.047 0.214 0.115 0.136 0.035 18 F 0.155 0.170 0.019 0.006 0.562 0.007 0.009 0.026 0.012 0.013 0.021 19 I 0.341 0.038 0.003 0.002 0.545 0.003 0.007 0.009 0.004 0.004 0.044 20 V 0.350 0.066 0.005 0.002 0.537 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.030 21 E 0.250 0.060 0.005 0.008 0.574 0.013 0.033 0.018 0.004 0.008 0.027 22 L 0.409 0.045 0.003 0.002 0.505 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.023 23 V 0.204 0.085 0.005 0.003 0.633 0.007 0.008 0.009 0.004 0.006 0.037 24 Y 0.318 0.093 0.008 0.001 0.506 0.001 0.002 0.005 0.003 0.015 0.049 25 I 0.167 0.168 0.024 0.013 0.326 0.023 0.032 0.052 0.043 0.077 0.074 26 D 0.116 0.105 0.064 0.081 0.173 0.063 0.103 0.046 0.053 0.139 0.059 27 C 0.117 0.207 0.167 0.014 0.311 0.007 0.015 0.057 0.042 0.026 0.037 28 P 0.033 0.085 0.036 0.014 0.078 0.027 0.069 0.290 0.258 0.092 0.017 29 C 0.052 0.107 0.093 0.060 0.080 0.037 0.065 0.114 0.124 0.223 0.046 30 E 0.025 0.300 0.295 0.050 0.123 0.028 0.044 0.089 0.024 0.015 0.010 31 P 0.125 0.187 0.145 0.015 0.205 0.014 0.029 0.077 0.052 0.089 0.060 32 I 0.026 0.323 0.476 0.015 0.097 0.006 0.020 0.020 0.007 0.004 0.006 33 P 0.036 0.454 0.278 0.020 0.146 0.011 0.015 0.019 0.005 0.006 0.010 34 P 0.127 0.272 0.053 0.008 0.337 0.015 0.028 0.040 0.040 0.042 0.039 35 T 0.161 0.144 0.035 0.013 0.492 0.023 0.043 0.023 0.017 0.026 0.024 36 L 0.221 0.099 0.008 0.002 0.650 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 37 A 0.153 0.097 0.006 0.001 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 38 I 0.371 0.052 0.004 0.001 0.467 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.092 39 Y 0.147 0.250 0.053 0.008 0.445 0.006 0.007 0.005 0.003 0.023 0.051 40 D 0.159 0.254 0.160 0.013 0.318 0.005 0.006 0.018 0.011 0.019 0.037 41 K 0.039 0.081 0.102 0.050 0.048 0.054 0.071 0.265 0.201 0.071 0.019 42 K 0.011 0.167 0.125 0.152 0.034 0.131 0.241 0.087 0.028 0.018 0.007 43 G 0.050 0.086 0.068 0.079 0.062 0.020 0.018 0.017 0.028 0.412 0.160 44 D 0.119 0.215 0.088 0.014 0.216 0.011 0.018 0.043 0.055 0.150 0.070 45 E 0.176 0.176 0.035 0.006 0.426 0.007 0.013 0.046 0.035 0.043 0.038 46 W 0.343 0.085 0.017 0.008 0.410 0.012 0.024 0.021 0.014 0.020 0.046 47 Y 0.115 0.275 0.046 0.004 0.524 0.003 0.004 0.009 0.003 0.004 0.013 48 K 0.255 0.165 0.021 0.001 0.495 0.001 0.002 0.011 0.002 0.008 0.039 49 V 0.306 0.099 0.029 0.014 0.323 0.021 0.027 0.039 0.025 0.033 0.083 50 E 0.052 0.116 0.099 0.081 0.121 0.103 0.166 0.146 0.066 0.032 0.018 51 E 0.064 0.258 0.271 0.042 0.139 0.007 0.016 0.040 0.029 0.094 0.041 52 A 0.057 0.399 0.189 0.035 0.192 0.012 0.015 0.049 0.020 0.011 0.020 53 P 0.039 0.229 0.061 0.012 0.112 0.046 0.075 0.191 0.180 0.035 0.019 54 N 0.133 0.106 0.035 0.008 0.152 0.009 0.030 0.119 0.085 0.206 0.117 55 V 0.154 0.086 0.018 0.010 0.162 0.012 0.014 0.215 0.119 0.132 0.078 56 Q 0.009 0.037 0.020 0.032 0.028 0.151 0.166 0.411 0.106 0.033 0.009 57 N 0.101 0.098 0.054 0.007 0.098 0.003 0.009 0.300 0.065 0.201 0.064 58 Y 0.038 0.017 0.006 0.002 0.032 0.002 0.004 0.691 0.129 0.062 0.017 59 R 0.003 0.019 0.005 0.003 0.011 0.005 0.009 0.844 0.085 0.014 0.003 60 E 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.922 0.046 0.004 0.001 61 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.026 0.007 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.052 0.006 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.019 0.001 0.001 64 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.041 0.004 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.061 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.002 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.040 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.942 0.037 0.006 0.001 72 I 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.053 0.822 0.086 0.018 0.002 73 R 0.008 0.024 0.020 0.017 0.011 0.048 0.098 0.647 0.093 0.028 0.005 74 D 0.008 0.425 0.147 0.076 0.057 0.036 0.100 0.076 0.022 0.044 0.010 75 G 0.023 0.017 0.032 0.036 0.013 0.008 0.003 0.020 0.043 0.586 0.218 76 E 0.030 0.218 0.050 0.013 0.141 0.024 0.082 0.238 0.152 0.042 0.011 77 N 0.170 0.050 0.012 0.004 0.155 0.004 0.011 0.038 0.080 0.325 0.151 78 V 0.106 0.360 0.136 0.017 0.300 0.007 0.010 0.014 0.013 0.014 0.023 79 K 0.132 0.221 0.074 0.017 0.334 0.022 0.041 0.066 0.031 0.026 0.035 80 L 0.305 0.111 0.024 0.005 0.339 0.006 0.014 0.029 0.036 0.045 0.084 81 V 0.155 0.236 0.042 0.014 0.352 0.017 0.019 0.034 0.028 0.039 0.064 82 S 0.202 0.166 0.045 0.005 0.435 0.003 0.008 0.023 0.015 0.045 0.053 83 L 0.222 0.110 0.030 0.014 0.274 0.021 0.029 0.071 0.062 0.092 0.076 84 D 0.069 0.096 0.112 0.167 0.097 0.056 0.078 0.073 0.063 0.143 0.047 85 G 0.009 0.138 0.318 0.238 0.040 0.046 0.029 0.072 0.044 0.057 0.010 86 P 0.051 0.172 0.188 0.034 0.083 0.027 0.061 0.080 0.078 0.174 0.052 87 A 0.009 0.405 0.471 0.025 0.044 0.007 0.014 0.012 0.004 0.004 0.006 88 P 0.004 0.694 0.242 0.003 0.038 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 89 P 0.001 0.016 0.010 0.001 0.004 0.007 0.012 0.652 0.288 0.008 0.001 90 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.878 0.094 0.018 0.002 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.055 0.017 0.001 92 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.042 0.004 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.013 0.003 0.001 95 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.033 0.007 0.001 96 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.038 0.003 0.001 97 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.030 0.001 0.001 98 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.938 0.032 0.016 0.001 99 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.839 0.123 0.024 0.001 100 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.845 0.123 0.005 0.001 101 K 0.003 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.031 0.766 0.115 0.062 0.003 102 L 0.026 0.026 0.010 0.004 0.038 0.013 0.070 0.547 0.135 0.113 0.018 103 T 0.029 0.142 0.056 0.021 0.064 0.015 0.029 0.338 0.158 0.126 0.020 104 E 0.020 0.062 0.044 0.015 0.041 0.020 0.049 0.427 0.202 0.105 0.015