# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.568 0.264 0.109 0.044 0.013 0.003 0.001 2 T 0.504 0.316 0.119 0.046 0.012 0.002 0.001 3 W 0.068 0.096 0.187 0.371 0.233 0.044 0.001 4 R 0.108 0.279 0.342 0.198 0.063 0.009 0.001 5 E 0.641 0.289 0.056 0.012 0.002 0.001 0.001 6 I 0.156 0.328 0.319 0.159 0.034 0.004 0.001 7 L 0.027 0.054 0.150 0.384 0.322 0.062 0.001 8 R 0.266 0.357 0.252 0.101 0.021 0.002 0.001 9 K 0.765 0.194 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 10 E 0.567 0.260 0.116 0.045 0.011 0.002 0.001 11 G 0.249 0.244 0.222 0.187 0.077 0.020 0.001 12 F 0.180 0.209 0.224 0.209 0.128 0.048 0.003 13 L 0.135 0.146 0.179 0.231 0.209 0.091 0.009 14 D 0.236 0.274 0.219 0.162 0.077 0.029 0.003 15 L 0.283 0.186 0.178 0.167 0.139 0.043 0.004 16 G 0.433 0.301 0.170 0.071 0.019 0.005 0.001 17 E 0.318 0.354 0.212 0.088 0.024 0.004 0.001 18 F 0.077 0.074 0.124 0.239 0.297 0.170 0.019 19 I 0.055 0.128 0.181 0.270 0.235 0.112 0.019 20 V 0.027 0.042 0.066 0.151 0.242 0.356 0.117 21 E 0.029 0.065 0.124 0.259 0.268 0.182 0.072 22 L 0.029 0.036 0.046 0.080 0.152 0.375 0.282 23 V 0.056 0.105 0.170 0.244 0.164 0.172 0.088 24 Y 0.117 0.124 0.153 0.171 0.147 0.170 0.119 25 I 0.133 0.110 0.092 0.127 0.158 0.226 0.154 26 D 0.163 0.177 0.156 0.184 0.149 0.130 0.042 27 C 0.158 0.180 0.160 0.192 0.169 0.112 0.030 28 P 0.196 0.318 0.231 0.144 0.072 0.032 0.006 29 C 0.077 0.125 0.171 0.243 0.241 0.128 0.014 30 E 0.206 0.255 0.231 0.187 0.092 0.026 0.003 31 P 0.339 0.335 0.188 0.090 0.035 0.011 0.002 32 I 0.139 0.127 0.188 0.285 0.190 0.064 0.007 33 P 0.324 0.382 0.193 0.073 0.021 0.006 0.001 34 P 0.095 0.129 0.199 0.274 0.207 0.085 0.011 35 T 0.116 0.175 0.237 0.223 0.160 0.080 0.010 36 L 0.053 0.057 0.087 0.157 0.281 0.318 0.047 37 A 0.067 0.099 0.138 0.203 0.237 0.223 0.034 38 I 0.051 0.072 0.117 0.222 0.279 0.232 0.027 39 Y 0.063 0.093 0.129 0.222 0.269 0.190 0.032 40 D 0.145 0.238 0.258 0.218 0.106 0.032 0.002 41 K 0.346 0.390 0.176 0.067 0.017 0.004 0.001 42 K 0.406 0.286 0.179 0.094 0.030 0.005 0.001 43 G 0.704 0.185 0.069 0.029 0.011 0.002 0.001 44 D 0.668 0.237 0.074 0.018 0.003 0.001 0.001 45 E 0.333 0.370 0.198 0.078 0.018 0.003 0.001 46 W 0.087 0.218 0.284 0.278 0.113 0.019 0.001 47 Y 0.030 0.090 0.199 0.363 0.269 0.048 0.001 48 K 0.158 0.410 0.299 0.112 0.019 0.002 0.001 49 V 0.047 0.078 0.170 0.360 0.294 0.050 0.001 50 E 0.464 0.350 0.140 0.039 0.007 0.001 0.001 51 E 0.470 0.346 0.136 0.041 0.006 0.001 0.001 52 A 0.428 0.316 0.174 0.067 0.014 0.002 0.001 53 P 0.343 0.272 0.185 0.136 0.056 0.009 0.001 54 N 0.518 0.309 0.114 0.043 0.013 0.003 0.001 55 V 0.205 0.219 0.260 0.220 0.083 0.012 0.001 56 Q 0.610 0.273 0.083 0.026 0.007 0.001 0.001 57 N 0.517 0.285 0.123 0.055 0.016 0.003 0.001 58 Y 0.187 0.133 0.207 0.265 0.166 0.040 0.002 59 R 0.488 0.315 0.129 0.052 0.013 0.002 0.001 60 E 0.336 0.306 0.194 0.108 0.042 0.013 0.001 61 A 0.211 0.176 0.176 0.196 0.155 0.078 0.008 62 V 0.146 0.136 0.173 0.239 0.200 0.095 0.011 63 E 0.208 0.324 0.247 0.142 0.056 0.021 0.003 64 W 0.146 0.121 0.185 0.246 0.190 0.098 0.014 65 A 0.111 0.074 0.076 0.108 0.231 0.340 0.060 66 I 0.073 0.079 0.137 0.257 0.253 0.175 0.027 67 E 0.126 0.233 0.262 0.224 0.109 0.039 0.006 68 V 0.048 0.042 0.080 0.194 0.328 0.273 0.036 69 L 0.068 0.073 0.076 0.153 0.264 0.317 0.050 70 E 0.118 0.181 0.195 0.218 0.179 0.096 0.013 71 R 0.119 0.234 0.275 0.236 0.106 0.027 0.003 72 I 0.065 0.089 0.142 0.257 0.293 0.142 0.012 73 R 0.237 0.294 0.215 0.153 0.075 0.024 0.002 74 D 0.473 0.306 0.137 0.058 0.020 0.006 0.001 75 G 0.419 0.231 0.171 0.117 0.050 0.012 0.001 76 E 0.598 0.240 0.090 0.049 0.018 0.005 0.001 77 N 0.342 0.273 0.186 0.125 0.058 0.015 0.001 78 V 0.223 0.215 0.241 0.206 0.095 0.019 0.001 79 K 0.384 0.379 0.156 0.059 0.016 0.004 0.001 80 L 0.102 0.185 0.253 0.252 0.153 0.050 0.005 81 V 0.051 0.064 0.107 0.230 0.327 0.199 0.021 82 S 0.195 0.246 0.221 0.180 0.104 0.045 0.008 83 L 0.126 0.162 0.192 0.243 0.180 0.086 0.012 84 D 0.348 0.332 0.180 0.089 0.034 0.014 0.003 85 G 0.347 0.279 0.183 0.121 0.052 0.014 0.002 86 P 0.557 0.278 0.100 0.041 0.017 0.006 0.001 87 A 0.097 0.138 0.208 0.284 0.195 0.070 0.008 88 P 0.175 0.263 0.263 0.186 0.082 0.026 0.003 89 P 0.305 0.339 0.223 0.100 0.028 0.004 0.001 90 K 0.253 0.373 0.240 0.096 0.031 0.007 0.001 91 V 0.028 0.057 0.117 0.263 0.345 0.180 0.009 92 M 0.019 0.055 0.128 0.306 0.340 0.144 0.006 93 K 0.157 0.414 0.272 0.119 0.031 0.006 0.001 94 R 0.044 0.178 0.333 0.313 0.108 0.022 0.001 95 L 0.011 0.014 0.035 0.131 0.406 0.379 0.022 96 S 0.143 0.255 0.291 0.214 0.078 0.018 0.001 97 L 0.215 0.426 0.231 0.094 0.027 0.006 0.001 98 A 0.075 0.147 0.280 0.317 0.151 0.030 0.001 99 L 0.089 0.064 0.095 0.269 0.347 0.131 0.005 100 Q 0.304 0.388 0.208 0.080 0.018 0.003 0.001 101 K 0.444 0.370 0.130 0.045 0.009 0.001 0.001 102 L 0.248 0.186 0.216 0.220 0.107 0.022 0.001 103 T 0.536 0.244 0.128 0.069 0.020 0.004 0.001 104 E 0.785 0.156 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001