# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.009 0.003 0.005 0.126 0.846 2 A 0.026 0.048 0.007 0.015 0.130 0.773 3 N 0.037 0.060 0.031 0.030 0.478 0.365 4 S 0.027 0.011 0.123 0.092 0.576 0.170 5 G 0.026 0.013 0.170 0.108 0.554 0.129 6 C 0.070 0.040 0.168 0.115 0.493 0.114 7 K 0.113 0.049 0.107 0.121 0.364 0.246 8 D 0.099 0.032 0.068 0.096 0.363 0.342 9 V 0.076 0.040 0.066 0.098 0.406 0.315 10 T 0.053 0.045 0.059 0.097 0.341 0.405 11 G 0.036 0.015 0.069 0.067 0.519 0.294 12 P 0.035 0.015 0.078 0.068 0.548 0.255 13 D 0.047 0.022 0.054 0.036 0.610 0.231 14 E 0.059 0.025 0.048 0.015 0.683 0.171 15 E 0.082 0.004 0.029 0.011 0.578 0.295 16 S 0.384 0.011 0.017 0.007 0.321 0.261 17 F 0.683 0.019 0.006 0.007 0.093 0.192 18 L 0.896 0.012 0.003 0.007 0.025 0.057 19 Y 0.936 0.008 0.004 0.007 0.016 0.030 20 F 0.862 0.006 0.011 0.011 0.057 0.054 21 A 0.725 0.009 0.014 0.021 0.129 0.102 22 Y 0.317 0.026 0.039 0.032 0.297 0.290 23 G 0.083 0.032 0.035 0.011 0.712 0.127 24 S 0.026 0.005 0.061 0.008 0.791 0.108 25 N 0.016 0.009 0.056 0.010 0.776 0.132 26 L 0.022 0.052 0.014 0.022 0.664 0.227 27 L 0.009 0.011 0.005 0.042 0.220 0.713 28 T 0.002 0.001 0.018 0.911 0.045 0.023 29 E 0.007 0.001 0.016 0.921 0.047 0.009 30 R 0.005 0.001 0.015 0.940 0.034 0.006 31 I 0.007 0.001 0.015 0.928 0.032 0.016 32 H 0.006 0.001 0.020 0.920 0.037 0.016 33 L 0.008 0.002 0.019 0.845 0.074 0.051 34 R 0.010 0.005 0.013 0.583 0.136 0.252 35 N 0.011 0.031 0.011 0.112 0.484 0.351 36 P 0.015 0.009 0.023 0.042 0.673 0.238 37 S 0.014 0.008 0.024 0.009 0.747 0.198 38 A 0.046 0.014 0.074 0.005 0.766 0.095 39 A 0.188 0.013 0.065 0.004 0.488 0.242 40 F 0.371 0.018 0.068 0.003 0.352 0.187 41 F 0.568 0.010 0.024 0.003 0.229 0.165 42 C 0.717 0.010 0.010 0.002 0.106 0.156 43 V 0.872 0.007 0.003 0.001 0.044 0.073 44 A 0.911 0.003 0.002 0.001 0.035 0.048 45 R 0.926 0.009 0.001 0.001 0.024 0.040 46 L 0.741 0.013 0.003 0.001 0.221 0.020 47 Q 0.089 0.001 0.015 0.005 0.862 0.028 48 D 0.064 0.002 0.012 0.003 0.888 0.031 49 F 0.498 0.016 0.007 0.006 0.428 0.044 50 K 0.842 0.012 0.001 0.005 0.040 0.100 51 L 0.944 0.012 0.001 0.003 0.013 0.027 52 D 0.915 0.006 0.003 0.004 0.039 0.033 53 F 0.792 0.021 0.003 0.006 0.072 0.106 54 G 0.330 0.018 0.008 0.012 0.414 0.218 55 N 0.116 0.015 0.027 0.025 0.685 0.132 56 S 0.071 0.015 0.032 0.022 0.738 0.122 57 Q 0.051 0.023 0.045 0.018 0.766 0.097 58 G 0.079 0.029 0.050 0.026 0.597 0.218 59 K 0.129 0.060 0.077 0.041 0.426 0.267 60 T 0.126 0.035 0.079 0.051 0.433 0.275 61 S 0.108 0.046 0.057 0.056 0.448 0.285 62 Q 0.123 0.035 0.069 0.079 0.420 0.275 63 T 0.107 0.029 0.079 0.058 0.521 0.206 64 W 0.086 0.014 0.062 0.048 0.582 0.208 65 H 0.094 0.015 0.037 0.025 0.529 0.300 66 G 0.177 0.019 0.021 0.014 0.449 0.321 67 G 0.362 0.027 0.015 0.009 0.236 0.351 68 I 0.652 0.032 0.010 0.007 0.097 0.202 69 A 0.744 0.006 0.009 0.006 0.071 0.164 70 T 0.769 0.010 0.008 0.006 0.055 0.152 71 I 0.821 0.009 0.006 0.005 0.043 0.115 72 F 0.826 0.010 0.004 0.004 0.046 0.110 73 Q 0.752 0.021 0.003 0.004 0.075 0.144 74 S 0.263 0.023 0.005 0.003 0.666 0.039 75 P 0.048 0.005 0.009 0.004 0.904 0.030 76 G 0.029 0.001 0.004 0.001 0.946 0.020 77 D 0.295 0.010 0.003 0.001 0.642 0.049 78 E 0.833 0.016 0.001 0.001 0.031 0.119 79 V 0.968 0.005 0.001 0.001 0.007 0.020 80 W 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 81 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 82 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 83 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 84 W 0.974 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 85 K 0.942 0.006 0.004 0.001 0.018 0.028 86 M 0.686 0.014 0.004 0.002 0.071 0.223 87 N 0.102 0.008 0.003 0.005 0.270 0.612 88 K 0.004 0.001 0.317 0.299 0.321 0.059 89 S 0.001 0.002 0.244 0.560 0.178 0.015 90 N 0.001 0.001 0.174 0.749 0.064 0.012 91 L 0.001 0.001 0.031 0.940 0.013 0.015 92 N 0.002 0.001 0.017 0.961 0.014 0.006 93 S 0.003 0.002 0.021 0.948 0.018 0.008 94 L 0.013 0.004 0.024 0.899 0.043 0.018 95 D 0.009 0.001 0.033 0.854 0.086 0.016 96 E 0.007 0.001 0.030 0.859 0.079 0.024 97 Q 0.008 0.004 0.030 0.743 0.168 0.046 98 E 0.014 0.009 0.032 0.717 0.141 0.086 99 G 0.017 0.008 0.016 0.096 0.382 0.480 100 V 0.017 0.020 0.029 0.055 0.370 0.509 101 K 0.037 0.014 0.031 0.028 0.319 0.571 102 S 0.051 0.025 0.190 0.048 0.405 0.281 103 G 0.096 0.009 0.122 0.025 0.411 0.337 104 M 0.238 0.014 0.100 0.028 0.320 0.300 105 Y 0.441 0.025 0.019 0.010 0.192 0.312 106 V 0.519 0.016 0.014 0.008 0.157 0.287 107 V 0.564 0.007 0.011 0.006 0.137 0.276 108 I 0.729 0.006 0.006 0.004 0.083 0.172 109 E 0.829 0.005 0.002 0.002 0.047 0.115 110 V 0.895 0.003 0.001 0.001 0.024 0.076 111 K 0.919 0.004 0.001 0.001 0.018 0.057 112 V 0.892 0.008 0.002 0.002 0.028 0.069 113 A 0.801 0.009 0.003 0.003 0.078 0.106 114 T 0.439 0.013 0.011 0.006 0.352 0.178 115 Q 0.093 0.005 0.018 0.008 0.705 0.171 116 E 0.058 0.008 0.029 0.009 0.772 0.123 117 G 0.175 0.014 0.018 0.010 0.526 0.258 118 K 0.513 0.020 0.006 0.007 0.156 0.298 119 E 0.767 0.012 0.002 0.005 0.049 0.166 120 I 0.871 0.005 0.002 0.005 0.030 0.087 121 T 0.927 0.004 0.003 0.005 0.020 0.041 122 C 0.940 0.001 0.002 0.005 0.016 0.035 123 R 0.952 0.001 0.001 0.006 0.013 0.026 124 S 0.945 0.003 0.001 0.009 0.015 0.027 125 Y 0.886 0.009 0.004 0.017 0.035 0.049 126 L 0.664 0.014 0.017 0.035 0.131 0.139 127 M 0.302 0.008 0.037 0.049 0.341 0.261 128 T 0.132 0.015 0.043 0.054 0.432 0.325 129 N 0.096 0.032 0.023 0.032 0.395 0.423 130 Y 0.055 0.029 0.045 0.033 0.582 0.257 131 E 0.020 0.010 0.088 0.040 0.637 0.205 132 S 0.014 0.009 0.092 0.037 0.621 0.226 133 A 0.015 0.013 0.056 0.040 0.582 0.295 134 P 0.015 0.021 0.020 0.032 0.302 0.611 135 P 0.011 0.031 0.027 0.057 0.307 0.567 136 S 0.004 0.006 0.012 0.072 0.173 0.734 137 P 0.001 0.001 0.035 0.805 0.072 0.086 138 Q 0.001 0.001 0.021 0.891 0.047 0.039 139 Y 0.001 0.001 0.009 0.962 0.013 0.015 140 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 143 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 144 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 148 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 149 E 0.001 0.001 0.015 0.975 0.006 0.004 150 N 0.001 0.001 0.010 0.938 0.017 0.034 151 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.049 0.936 152 L 0.002 0.004 0.001 0.002 0.046 0.946 153 P 0.004 0.003 0.001 0.014 0.086 0.893 154 L 0.001 0.001 0.015 0.938 0.029 0.017 155 E 0.002 0.001 0.014 0.963 0.017 0.004 156 Y 0.001 0.001 0.014 0.976 0.007 0.002 157 Q 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 158 E 0.003 0.001 0.005 0.988 0.004 0.001 159 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 160 L 0.002 0.001 0.006 0.982 0.006 0.004 161 K 0.002 0.001 0.007 0.979 0.006 0.006 162 A 0.008 0.001 0.009 0.904 0.026 0.051 163 I 0.022 0.006 0.015 0.607 0.104 0.246 164 E 0.055 0.015 0.032 0.248 0.247 0.403 165 P 0.045 0.025 0.053 0.162 0.399 0.315 166 N 0.022 0.013 0.070 0.128 0.463 0.304 167 D 0.020 0.012 0.046 0.055 0.599 0.267 168 Y 0.019 0.009 0.035 0.073 0.588 0.276 169 T 0.016 0.014 0.035 0.133 0.521 0.281 170 G 0.017 0.010 0.016 0.140 0.414 0.403 171 K 0.036 0.030 0.022 0.266 0.249 0.398 172 V 0.043 0.017 0.013 0.381 0.155 0.391 173 S 0.039 0.007 0.022 0.545 0.123 0.265 174 E 0.040 0.008 0.024 0.693 0.079 0.155 175 E 0.026 0.003 0.017 0.806 0.045 0.105 176 I 0.024 0.002 0.016 0.857 0.041 0.060 177 E 0.015 0.002 0.016 0.913 0.033 0.022 178 D 0.008 0.001 0.015 0.919 0.036 0.021 179 I 0.005 0.001 0.015 0.918 0.039 0.021 180 I 0.003 0.001 0.018 0.906 0.043 0.030 181 K 0.005 0.001 0.010 0.759 0.099 0.125 182 K 0.005 0.002 0.019 0.544 0.157 0.274 183 G 0.009 0.004 0.015 0.103 0.257 0.611 184 E 0.059 0.008 0.047 0.113 0.294 0.479 185 T 0.134 0.020 0.055 0.131 0.227 0.434 186 Q 0.158 0.032 0.033 0.089 0.174 0.514 187 T 0.079 0.016 0.011 0.048 0.088 0.758 188 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.974