# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.069 0.016 0.003 0.035 0.023 0.037 0.161 0.003 0.002 0.084 0.567 2 A 0.032 0.009 0.002 0.029 0.020 0.038 0.160 0.006 0.001 0.059 0.644 3 N 0.337 0.028 0.002 0.022 0.013 0.018 0.116 0.007 0.001 0.086 0.370 4 S 0.066 0.016 0.002 0.037 0.011 0.027 0.177 0.008 0.001 0.079 0.577 5 G 0.047 0.012 0.001 0.035 0.014 0.034 0.160 0.003 0.001 0.069 0.624 6 C 0.049 0.006 0.002 0.077 0.056 0.076 0.162 0.003 0.001 0.093 0.476 7 K 0.012 0.004 0.001 0.064 0.029 0.075 0.172 0.003 0.001 0.052 0.588 8 D 0.152 0.008 0.001 0.057 0.038 0.050 0.128 0.004 0.001 0.086 0.476 9 V 0.027 0.003 0.001 0.034 0.021 0.034 0.186 0.003 0.001 0.068 0.624 10 T 0.015 0.004 0.001 0.013 0.009 0.019 0.149 0.001 0.001 0.023 0.765 11 G 0.088 0.011 0.002 0.016 0.018 0.026 0.166 0.009 0.001 0.057 0.606 12 P 0.104 0.026 0.002 0.009 0.005 0.007 0.126 0.005 0.001 0.078 0.636 13 D 0.161 0.087 0.003 0.009 0.007 0.014 0.102 0.006 0.002 0.087 0.523 14 E 0.083 0.157 0.002 0.012 0.012 0.020 0.112 0.005 0.001 0.057 0.538 15 E 0.027 0.252 0.002 0.016 0.029 0.048 0.117 0.004 0.001 0.065 0.439 16 S 0.011 0.343 0.001 0.038 0.087 0.131 0.065 0.003 0.001 0.089 0.232 17 F 0.013 0.302 0.002 0.060 0.108 0.162 0.052 0.003 0.001 0.112 0.187 18 L 0.005 0.332 0.002 0.100 0.168 0.166 0.033 0.001 0.001 0.079 0.113 19 Y 0.010 0.317 0.004 0.112 0.134 0.192 0.030 0.004 0.001 0.095 0.099 20 F 0.031 0.097 0.003 0.125 0.117 0.117 0.026 0.003 0.001 0.389 0.092 21 A 0.015 0.071 0.010 0.153 0.084 0.089 0.060 0.002 0.004 0.361 0.150 22 Y 0.079 0.175 0.009 0.086 0.068 0.088 0.095 0.009 0.004 0.163 0.223 23 G 0.159 0.204 0.010 0.056 0.025 0.047 0.082 0.018 0.005 0.097 0.299 24 S 0.054 0.045 0.003 0.025 0.015 0.021 0.104 0.003 0.002 0.365 0.363 25 N 0.030 0.289 0.005 0.017 0.007 0.019 0.090 0.007 0.003 0.171 0.363 26 L 0.106 0.480 0.012 0.007 0.004 0.007 0.047 0.017 0.003 0.065 0.251 27 L 0.028 0.723 0.007 0.005 0.003 0.005 0.023 0.012 0.003 0.027 0.164 28 T 0.058 0.817 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.001 0.007 0.092 29 E 0.043 0.752 0.012 0.004 0.002 0.004 0.016 0.016 0.005 0.046 0.100 30 R 0.113 0.343 0.053 0.006 0.005 0.008 0.065 0.024 0.029 0.144 0.208 31 I 0.259 0.178 0.009 0.011 0.005 0.012 0.085 0.030 0.005 0.120 0.286 32 H 0.155 0.022 0.004 0.025 0.007 0.012 0.118 0.005 0.002 0.087 0.563 33 L 0.013 0.006 0.003 0.041 0.008 0.022 0.157 0.001 0.001 0.034 0.714 34 R 0.008 0.007 0.002 0.022 0.010 0.024 0.105 0.002 0.001 0.023 0.796 35 N 0.374 0.022 0.003 0.007 0.010 0.010 0.095 0.023 0.002 0.090 0.364 36 P 0.180 0.018 0.003 0.010 0.002 0.005 0.095 0.006 0.002 0.073 0.606 37 S 0.082 0.020 0.002 0.012 0.003 0.011 0.100 0.004 0.001 0.031 0.735 38 A 0.073 0.017 0.002 0.042 0.039 0.063 0.131 0.005 0.001 0.052 0.574 39 A 0.028 0.022 0.002 0.048 0.056 0.093 0.114 0.003 0.001 0.038 0.596 40 F 0.028 0.019 0.001 0.063 0.152 0.186 0.093 0.006 0.001 0.049 0.402 41 F 0.022 0.038 0.002 0.067 0.103 0.120 0.101 0.003 0.001 0.033 0.511 42 C 0.022 0.038 0.001 0.071 0.162 0.328 0.071 0.011 0.001 0.042 0.254 43 V 0.030 0.039 0.002 0.077 0.145 0.229 0.060 0.002 0.001 0.042 0.373 44 A 0.014 0.011 0.010 0.074 0.232 0.293 0.064 0.001 0.004 0.047 0.250 45 R 0.052 0.045 0.005 0.040 0.178 0.219 0.070 0.009 0.003 0.047 0.331 46 L 0.450 0.029 0.006 0.018 0.047 0.066 0.061 0.011 0.005 0.035 0.273 47 Q 0.049 0.028 0.002 0.043 0.069 0.140 0.101 0.009 0.001 0.043 0.515 48 D 0.014 0.015 0.002 0.039 0.038 0.150 0.110 0.002 0.001 0.058 0.570 49 F 0.007 0.007 0.002 0.071 0.313 0.335 0.047 0.002 0.001 0.069 0.147 50 K 0.012 0.004 0.001 0.079 0.156 0.256 0.064 0.001 0.001 0.080 0.346 51 L 0.004 0.001 0.001 0.125 0.238 0.226 0.051 0.001 0.001 0.038 0.315 52 D 0.022 0.003 0.001 0.138 0.121 0.234 0.076 0.001 0.001 0.107 0.297 53 F 0.015 0.001 0.002 0.078 0.087 0.128 0.132 0.003 0.002 0.089 0.463 54 G 0.083 0.002 0.002 0.060 0.037 0.074 0.123 0.006 0.003 0.080 0.529 55 N 0.190 0.003 0.002 0.030 0.011 0.022 0.114 0.003 0.001 0.093 0.530 56 S 0.029 0.001 0.001 0.025 0.011 0.022 0.144 0.002 0.001 0.055 0.710 57 Q 0.021 0.002 0.001 0.034 0.020 0.042 0.162 0.002 0.001 0.067 0.648 58 G 0.023 0.003 0.001 0.028 0.041 0.070 0.170 0.003 0.001 0.077 0.584 59 K 0.023 0.003 0.001 0.026 0.042 0.063 0.126 0.002 0.001 0.084 0.630 60 T 0.012 0.013 0.001 0.042 0.070 0.172 0.131 0.003 0.001 0.108 0.448 61 S 0.051 0.016 0.002 0.037 0.064 0.136 0.128 0.003 0.001 0.130 0.432 62 Q 0.023 0.006 0.004 0.046 0.119 0.163 0.131 0.004 0.002 0.074 0.429 63 T 0.142 0.006 0.002 0.019 0.052 0.104 0.101 0.004 0.002 0.075 0.494 64 W 0.162 0.004 0.002 0.017 0.023 0.046 0.106 0.007 0.002 0.073 0.559 65 H 0.030 0.004 0.001 0.014 0.016 0.045 0.149 0.004 0.001 0.039 0.697 66 G 0.015 0.005 0.002 0.030 0.049 0.120 0.149 0.001 0.001 0.065 0.563 67 G 0.004 0.002 0.001 0.041 0.246 0.344 0.067 0.002 0.001 0.063 0.230 68 I 0.009 0.002 0.001 0.055 0.171 0.259 0.064 0.001 0.001 0.061 0.376 69 A 0.003 0.001 0.001 0.061 0.272 0.378 0.037 0.001 0.001 0.038 0.207 70 T 0.005 0.001 0.001 0.058 0.163 0.372 0.050 0.001 0.001 0.055 0.295 71 I 0.004 0.001 0.001 0.066 0.236 0.243 0.058 0.001 0.001 0.038 0.354 72 F 0.002 0.001 0.001 0.058 0.199 0.243 0.097 0.001 0.001 0.043 0.355 73 Q 0.026 0.001 0.002 0.033 0.048 0.072 0.087 0.002 0.002 0.029 0.697 74 S 0.660 0.004 0.002 0.010 0.010 0.009 0.037 0.006 0.002 0.081 0.179 75 P 0.046 0.008 0.001 0.007 0.002 0.004 0.094 0.002 0.001 0.041 0.796 76 G 0.019 0.001 0.001 0.008 0.008 0.018 0.121 0.002 0.001 0.021 0.800 77 D 0.009 0.003 0.001 0.063 0.258 0.223 0.100 0.002 0.001 0.051 0.292 78 E 0.004 0.001 0.001 0.046 0.075 0.264 0.081 0.001 0.001 0.094 0.434 79 V 0.001 0.001 0.001 0.082 0.353 0.363 0.032 0.001 0.001 0.042 0.126 80 W 0.001 0.001 0.001 0.111 0.226 0.489 0.030 0.001 0.001 0.042 0.101 81 G 0.001 0.001 0.001 0.102 0.311 0.466 0.011 0.001 0.001 0.041 0.067 82 V 0.001 0.001 0.001 0.121 0.301 0.491 0.008 0.001 0.001 0.039 0.039 83 V 0.001 0.001 0.001 0.033 0.406 0.481 0.007 0.001 0.001 0.032 0.040 84 W 0.001 0.001 0.001 0.074 0.411 0.409 0.011 0.001 0.001 0.027 0.066 85 K 0.006 0.001 0.001 0.085 0.307 0.352 0.042 0.001 0.001 0.078 0.128 86 M 0.003 0.003 0.001 0.102 0.195 0.177 0.081 0.001 0.001 0.047 0.387 87 N 0.376 0.211 0.004 0.018 0.033 0.045 0.055 0.028 0.004 0.031 0.198 88 K 0.258 0.118 0.008 0.015 0.004 0.006 0.047 0.010 0.003 0.127 0.404 89 S 0.032 0.068 0.010 0.010 0.007 0.014 0.092 0.006 0.005 0.190 0.567 90 N 0.275 0.245 0.004 0.009 0.013 0.023 0.062 0.017 0.002 0.109 0.241 91 L 0.185 0.191 0.011 0.020 0.018 0.023 0.084 0.023 0.005 0.073 0.366 92 N 0.045 0.200 0.001 0.017 0.033 0.043 0.108 0.005 0.001 0.015 0.533 93 S 0.055 0.183 0.002 0.013 0.025 0.065 0.090 0.007 0.001 0.018 0.541 94 L 0.019 0.184 0.005 0.027 0.024 0.033 0.116 0.012 0.002 0.074 0.506 95 D 0.201 0.198 0.053 0.017 0.012 0.021 0.074 0.015 0.038 0.200 0.172 96 E 0.417 0.117 0.017 0.014 0.005 0.009 0.043 0.017 0.005 0.119 0.237 97 Q 0.161 0.036 0.003 0.010 0.010 0.022 0.080 0.007 0.002 0.049 0.621 98 E 0.039 0.018 0.002 0.030 0.019 0.044 0.103 0.002 0.001 0.038 0.704 99 G 0.016 0.007 0.006 0.018 0.015 0.036 0.102 0.002 0.003 0.050 0.744 100 V 0.088 0.003 0.003 0.011 0.053 0.052 0.108 0.017 0.001 0.062 0.601 101 K 0.236 0.009 0.002 0.019 0.009 0.019 0.079 0.003 0.001 0.048 0.577 102 S 0.031 0.003 0.001 0.018 0.012 0.031 0.088 0.003 0.001 0.034 0.779 103 G 0.012 0.001 0.001 0.016 0.028 0.054 0.100 0.003 0.001 0.024 0.762 104 M 0.009 0.001 0.001 0.036 0.096 0.099 0.085 0.001 0.001 0.021 0.651 105 Y 0.016 0.001 0.001 0.071 0.081 0.118 0.082 0.001 0.001 0.046 0.584 106 V 0.016 0.001 0.001 0.047 0.147 0.121 0.078 0.004 0.001 0.036 0.551 107 V 0.008 0.001 0.001 0.070 0.048 0.065 0.100 0.001 0.001 0.014 0.692 108 I 0.004 0.001 0.001 0.123 0.174 0.198 0.060 0.002 0.001 0.023 0.415 109 E 0.003 0.001 0.001 0.134 0.098 0.133 0.062 0.001 0.001 0.026 0.543 110 V 0.002 0.001 0.001 0.105 0.246 0.205 0.047 0.002 0.001 0.019 0.375 111 K 0.006 0.001 0.001 0.225 0.155 0.164 0.054 0.001 0.001 0.027 0.368 112 V 0.006 0.001 0.001 0.117 0.172 0.174 0.065 0.001 0.001 0.030 0.432 113 A 0.023 0.003 0.003 0.111 0.076 0.107 0.096 0.003 0.003 0.037 0.537 114 T 0.353 0.015 0.003 0.026 0.020 0.031 0.062 0.009 0.003 0.043 0.435 115 Q 0.210 0.008 0.002 0.013 0.009 0.015 0.074 0.004 0.001 0.048 0.616 116 E 0.015 0.011 0.001 0.014 0.010 0.026 0.088 0.002 0.001 0.017 0.815 117 G 0.023 0.005 0.002 0.021 0.070 0.098 0.112 0.002 0.001 0.083 0.584 118 K 0.007 0.005 0.001 0.029 0.257 0.232 0.077 0.002 0.001 0.069 0.321 119 E 0.021 0.013 0.001 0.029 0.128 0.224 0.087 0.002 0.001 0.048 0.446 120 I 0.005 0.007 0.001 0.063 0.264 0.360 0.055 0.001 0.001 0.060 0.184 121 T 0.002 0.012 0.001 0.055 0.184 0.473 0.042 0.001 0.001 0.079 0.150 122 C 0.006 0.010 0.001 0.057 0.350 0.369 0.028 0.002 0.001 0.038 0.137 123 R 0.003 0.006 0.001 0.092 0.334 0.421 0.020 0.001 0.001 0.018 0.104 124 S 0.008 0.003 0.001 0.041 0.316 0.404 0.025 0.001 0.001 0.078 0.124 125 Y 0.012 0.004 0.002 0.143 0.249 0.213 0.062 0.002 0.002 0.089 0.222 126 L 0.120 0.024 0.003 0.088 0.104 0.165 0.112 0.007 0.004 0.066 0.307 127 M 0.088 0.013 0.003 0.044 0.076 0.120 0.103 0.004 0.002 0.058 0.489 128 T 0.012 0.006 0.002 0.025 0.033 0.071 0.109 0.002 0.002 0.038 0.699 129 N 0.077 0.029 0.008 0.029 0.022 0.045 0.135 0.011 0.004 0.087 0.552 130 Y 0.411 0.024 0.003 0.014 0.009 0.011 0.070 0.011 0.002 0.112 0.334 131 E 0.096 0.006 0.001 0.013 0.006 0.012 0.103 0.003 0.001 0.060 0.700 132 S 0.007 0.003 0.001 0.016 0.008 0.027 0.136 0.001 0.001 0.021 0.780 133 A 0.032 0.006 0.001 0.017 0.015 0.016 0.133 0.001 0.001 0.032 0.748 134 P 0.012 0.007 0.001 0.011 0.029 0.023 0.215 0.003 0.001 0.069 0.630 135 P 0.020 0.123 0.001 0.004 0.003 0.004 0.116 0.006 0.001 0.034 0.690 136 S 0.078 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.016 0.033 137 P 0.040 0.851 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.032 0.059 138 Q 0.016 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.014 0.038 139 Y 0.014 0.929 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.017 0.026 140 K 0.014 0.922 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.002 0.001 0.030 0.016 141 K 0.007 0.930 0.001 0.004 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.019 0.025 142 I 0.029 0.678 0.025 0.011 0.013 0.014 0.030 0.006 0.005 0.100 0.087 143 I 0.021 0.861 0.004 0.009 0.007 0.006 0.016 0.005 0.001 0.023 0.046 144 C 0.023 0.857 0.002 0.003 0.004 0.006 0.013 0.004 0.001 0.009 0.079 145 M 0.031 0.722 0.003 0.005 0.005 0.010 0.022 0.012 0.001 0.020 0.170 146 G 0.026 0.492 0.024 0.008 0.006 0.012 0.031 0.007 0.014 0.222 0.158 147 A 0.093 0.058 0.335 0.006 0.004 0.006 0.038 0.010 0.130 0.209 0.111 148 K 0.654 0.018 0.009 0.003 0.002 0.004 0.021 0.024 0.007 0.054 0.203 149 E 0.216 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.016 0.708 150 N 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.066 0.001 0.001 0.004 0.913 151 G 0.004 0.007 0.001 0.005 0.003 0.004 0.104 0.001 0.001 0.015 0.857 152 L 0.003 0.014 0.001 0.005 0.017 0.009 0.121 0.011 0.001 0.041 0.779 153 P 0.026 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.029 154 L 0.026 0.924 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.023 155 E 0.004 0.902 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 0.037 156 Y 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 157 Q 0.017 0.912 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.028 0.026 158 E 0.017 0.706 0.013 0.004 0.001 0.002 0.022 0.003 0.007 0.136 0.090 159 K 0.104 0.461 0.058 0.003 0.001 0.003 0.034 0.018 0.028 0.142 0.147 160 L 0.331 0.140 0.028 0.006 0.001 0.004 0.049 0.066 0.015 0.166 0.195 161 K 0.158 0.016 0.001 0.012 0.003 0.010 0.084 0.001 0.001 0.055 0.658 162 A 0.003 0.005 0.001 0.015 0.001 0.006 0.076 0.001 0.001 0.013 0.880 163 I 0.009 0.003 0.002 0.014 0.007 0.010 0.149 0.005 0.001 0.038 0.761 164 E 0.503 0.013 0.001 0.012 0.004 0.005 0.068 0.014 0.001 0.109 0.270 165 P 0.095 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 0.036 0.781 166 N 0.024 0.003 0.001 0.013 0.003 0.012 0.122 0.003 0.001 0.031 0.787 167 D 0.113 0.010 0.002 0.023 0.006 0.012 0.117 0.004 0.001 0.052 0.660 168 Y 0.232 0.009 0.001 0.014 0.011 0.013 0.104 0.009 0.001 0.067 0.540 169 T 0.048 0.004 0.001 0.010 0.008 0.013 0.108 0.002 0.001 0.025 0.781 170 G 0.015 0.008 0.001 0.012 0.008 0.015 0.143 0.001 0.001 0.016 0.780 171 K 0.048 0.056 0.001 0.014 0.028 0.024 0.168 0.005 0.001 0.038 0.617 172 V 0.028 0.157 0.001 0.009 0.015 0.017 0.110 0.014 0.001 0.030 0.619 173 S 0.115 0.599 0.002 0.005 0.006 0.008 0.039 0.008 0.001 0.031 0.187 174 E 0.035 0.609 0.004 0.012 0.006 0.008 0.040 0.005 0.001 0.074 0.205 175 E 0.009 0.897 0.002 0.002 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.008 0.062 176 I 0.031 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.003 0.026 177 E 0.042 0.713 0.003 0.006 0.005 0.006 0.016 0.009 0.001 0.078 0.121 178 D 0.043 0.524 0.021 0.008 0.005 0.008 0.042 0.006 0.009 0.164 0.172 179 I 0.177 0.241 0.061 0.012 0.006 0.011 0.069 0.029 0.022 0.151 0.221 180 I 0.245 0.117 0.020 0.015 0.007 0.010 0.074 0.014 0.014 0.079 0.405 181 K 0.141 0.013 0.002 0.010 0.005 0.011 0.092 0.002 0.001 0.052 0.671 182 K 0.018 0.024 0.002 0.020 0.005 0.020 0.122 0.007 0.001 0.050 0.731 183 G 0.206 0.026 0.007 0.014 0.006 0.015 0.118 0.005 0.002 0.069 0.532 184 E 0.052 0.041 0.005 0.066 0.039 0.082 0.115 0.011 0.002 0.089 0.498 185 T 0.080 0.018 0.001 0.015 0.011 0.030 0.098 0.002 0.001 0.032 0.713 186 Q 0.040 0.010 0.002 0.089 0.122 0.125 0.101 0.010 0.001 0.059 0.442 187 T 0.031 0.016 0.001 0.044 0.029 0.058 0.135 0.002 0.001 0.033 0.650 188 L 0.024 0.008 0.003 0.068 0.084 0.115 0.105 0.009 0.001 0.045 0.538