# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.027 0.037 0.033 0.056 0.148 0.122 0.529 2 A 0.094 0.045 0.022 0.022 0.033 0.155 0.043 0.586 3 N 0.226 0.086 0.018 0.018 0.030 0.115 0.080 0.427 4 S 0.038 0.052 0.029 0.023 0.040 0.132 0.065 0.621 5 G 0.105 0.057 0.034 0.035 0.082 0.125 0.091 0.471 6 C 0.134 0.025 0.032 0.050 0.063 0.115 0.153 0.428 7 K 0.036 0.013 0.031 0.068 0.122 0.133 0.071 0.527 8 D 0.058 0.007 0.018 0.032 0.070 0.102 0.035 0.678 9 V 0.023 0.005 0.017 0.062 0.072 0.140 0.027 0.653 10 T 0.040 0.011 0.015 0.020 0.036 0.106 0.023 0.749 11 G 0.112 0.026 0.011 0.033 0.041 0.135 0.044 0.597 12 P 0.034 0.012 0.008 0.008 0.009 0.098 0.047 0.784 13 D 0.246 0.182 0.006 0.010 0.012 0.067 0.128 0.349 14 E 0.116 0.211 0.008 0.008 0.017 0.108 0.066 0.467 15 E 0.027 0.252 0.020 0.023 0.065 0.097 0.060 0.456 16 S 0.013 0.236 0.059 0.066 0.185 0.090 0.099 0.251 17 F 0.010 0.225 0.070 0.105 0.242 0.071 0.114 0.163 18 L 0.009 0.160 0.123 0.161 0.291 0.034 0.144 0.080 19 Y 0.014 0.119 0.176 0.206 0.260 0.038 0.118 0.069 20 F 0.036 0.083 0.304 0.130 0.193 0.055 0.109 0.092 21 A 0.014 0.041 0.241 0.103 0.186 0.051 0.271 0.094 22 Y 0.048 0.161 0.167 0.059 0.148 0.093 0.145 0.179 23 G 0.171 0.148 0.077 0.035 0.071 0.112 0.164 0.221 24 S 0.024 0.072 0.047 0.016 0.023 0.092 0.472 0.254 25 N 0.052 0.276 0.029 0.008 0.014 0.111 0.226 0.283 26 L 0.068 0.456 0.023 0.005 0.007 0.102 0.067 0.271 27 L 0.055 0.817 0.003 0.002 0.003 0.018 0.018 0.083 28 T 0.061 0.746 0.006 0.001 0.003 0.019 0.077 0.087 29 E 0.024 0.784 0.010 0.006 0.005 0.021 0.067 0.083 30 R 0.210 0.400 0.042 0.013 0.016 0.040 0.111 0.166 31 I 0.273 0.100 0.041 0.022 0.025 0.082 0.198 0.258 32 H 0.173 0.055 0.024 0.010 0.021 0.084 0.077 0.557 33 L 0.013 0.011 0.014 0.009 0.015 0.086 0.037 0.815 34 R 0.017 0.010 0.010 0.010 0.011 0.122 0.031 0.788 35 N 0.378 0.054 0.009 0.009 0.008 0.093 0.068 0.381 36 P 0.116 0.042 0.008 0.004 0.005 0.104 0.027 0.695 37 S 0.138 0.100 0.014 0.004 0.010 0.089 0.059 0.585 38 A 0.070 0.098 0.026 0.013 0.020 0.138 0.096 0.538 39 A 0.050 0.097 0.070 0.039 0.066 0.121 0.085 0.473 40 F 0.045 0.080 0.067 0.051 0.115 0.092 0.104 0.446 41 F 0.018 0.031 0.103 0.106 0.176 0.093 0.078 0.395 42 C 0.018 0.029 0.111 0.211 0.333 0.045 0.054 0.198 43 V 0.024 0.022 0.086 0.145 0.225 0.064 0.054 0.379 44 A 0.004 0.007 0.197 0.259 0.273 0.049 0.046 0.166 45 R 0.034 0.016 0.092 0.120 0.195 0.081 0.068 0.394 46 L 0.374 0.032 0.061 0.072 0.054 0.056 0.106 0.244 47 Q 0.069 0.034 0.031 0.042 0.081 0.113 0.028 0.602 48 D 0.022 0.016 0.040 0.015 0.067 0.077 0.041 0.721 49 F 0.024 0.021 0.075 0.191 0.188 0.099 0.071 0.331 50 K 0.016 0.008 0.097 0.159 0.229 0.067 0.076 0.348 51 L 0.027 0.006 0.070 0.157 0.187 0.071 0.053 0.429 52 D 0.044 0.005 0.096 0.203 0.210 0.073 0.074 0.294 53 F 0.016 0.003 0.042 0.058 0.096 0.099 0.040 0.646 54 G 0.046 0.007 0.045 0.064 0.108 0.103 0.046 0.581 55 N 0.202 0.011 0.019 0.036 0.046 0.103 0.050 0.533 56 S 0.066 0.008 0.015 0.024 0.032 0.116 0.046 0.694 57 Q 0.025 0.008 0.024 0.027 0.075 0.132 0.068 0.641 58 G 0.034 0.011 0.022 0.041 0.082 0.131 0.077 0.604 59 K 0.031 0.010 0.035 0.101 0.113 0.117 0.075 0.519 60 T 0.025 0.013 0.033 0.067 0.108 0.098 0.074 0.583 61 S 0.057 0.025 0.039 0.092 0.136 0.110 0.086 0.456 62 Q 0.036 0.013 0.060 0.077 0.121 0.119 0.056 0.518 63 T 0.145 0.018 0.025 0.037 0.059 0.125 0.047 0.545 64 W 0.215 0.027 0.022 0.039 0.044 0.104 0.064 0.486 65 H 0.036 0.025 0.020 0.024 0.092 0.132 0.028 0.644 66 G 0.020 0.010 0.044 0.040 0.127 0.093 0.066 0.600 67 G 0.027 0.021 0.048 0.308 0.219 0.085 0.069 0.223 68 I 0.020 0.013 0.050 0.105 0.229 0.078 0.056 0.448 69 A 0.013 0.006 0.053 0.223 0.381 0.047 0.037 0.241 70 T 0.011 0.003 0.066 0.268 0.442 0.030 0.036 0.144 71 I 0.027 0.004 0.042 0.235 0.261 0.068 0.052 0.311 72 F 0.005 0.002 0.055 0.239 0.330 0.061 0.033 0.274 73 Q 0.046 0.001 0.014 0.028 0.050 0.085 0.029 0.747 74 S 0.703 0.006 0.005 0.015 0.010 0.041 0.056 0.163 75 P 0.066 0.006 0.004 0.007 0.015 0.083 0.009 0.811 76 G 0.024 0.005 0.009 0.010 0.071 0.096 0.018 0.765 77 D 0.010 0.008 0.030 0.191 0.344 0.094 0.046 0.277 78 E 0.010 0.005 0.043 0.189 0.279 0.085 0.037 0.352 79 V 0.013 0.011 0.048 0.359 0.314 0.038 0.041 0.177 80 W 0.003 0.009 0.076 0.155 0.555 0.032 0.023 0.146 81 G 0.001 0.003 0.064 0.231 0.635 0.008 0.019 0.039 82 V 0.002 0.001 0.038 0.510 0.424 0.004 0.007 0.013 83 V 0.001 0.002 0.052 0.264 0.611 0.007 0.014 0.048 84 W 0.002 0.007 0.051 0.382 0.509 0.010 0.009 0.031 85 K 0.006 0.008 0.074 0.340 0.415 0.035 0.022 0.099 86 M 0.012 0.020 0.069 0.179 0.151 0.087 0.078 0.405 87 N 0.437 0.335 0.013 0.017 0.018 0.022 0.084 0.074 88 K 0.369 0.159 0.016 0.007 0.008 0.058 0.116 0.267 89 S 0.029 0.080 0.011 0.007 0.007 0.063 0.131 0.672 90 N 0.167 0.365 0.006 0.004 0.005 0.052 0.132 0.270 91 L 0.169 0.302 0.009 0.007 0.009 0.110 0.055 0.339 92 N 0.108 0.380 0.007 0.005 0.009 0.068 0.022 0.400 93 S 0.053 0.333 0.012 0.007 0.012 0.068 0.066 0.451 94 L 0.070 0.293 0.034 0.013 0.020 0.113 0.131 0.325 95 D 0.249 0.187 0.040 0.023 0.023 0.057 0.235 0.186 96 E 0.212 0.110 0.019 0.012 0.017 0.094 0.059 0.477 97 Q 0.069 0.044 0.027 0.016 0.032 0.081 0.045 0.685 98 E 0.018 0.018 0.026 0.038 0.078 0.149 0.043 0.630 99 G 0.015 0.009 0.035 0.044 0.073 0.119 0.090 0.614 100 V 0.192 0.016 0.022 0.062 0.046 0.103 0.064 0.496 101 K 0.355 0.018 0.012 0.023 0.033 0.057 0.054 0.447 102 S 0.040 0.008 0.013 0.019 0.060 0.094 0.019 0.747 103 G 0.014 0.005 0.036 0.079 0.284 0.080 0.033 0.470 104 M 0.006 0.003 0.027 0.205 0.354 0.056 0.035 0.314 105 Y 0.005 0.002 0.052 0.296 0.386 0.029 0.035 0.194 106 V 0.011 0.002 0.035 0.320 0.413 0.022 0.027 0.170 107 V 0.010 0.002 0.059 0.249 0.357 0.029 0.029 0.265 108 I 0.004 0.001 0.042 0.275 0.503 0.021 0.014 0.139 109 E 0.003 0.001 0.030 0.231 0.507 0.021 0.018 0.189 110 V 0.002 0.001 0.029 0.421 0.397 0.018 0.018 0.114 111 K 0.003 0.001 0.039 0.343 0.404 0.027 0.020 0.164 112 V 0.013 0.002 0.037 0.312 0.268 0.044 0.032 0.291 113 A 0.040 0.005 0.051 0.157 0.153 0.068 0.045 0.481 114 T 0.219 0.010 0.016 0.036 0.044 0.074 0.034 0.567 115 Q 0.235 0.021 0.010 0.026 0.031 0.073 0.034 0.570 116 E 0.043 0.017 0.008 0.015 0.046 0.096 0.020 0.755 117 G 0.023 0.014 0.018 0.050 0.122 0.108 0.084 0.581 118 K 0.017 0.028 0.023 0.203 0.242 0.075 0.080 0.332 119 E 0.023 0.026 0.034 0.140 0.260 0.057 0.054 0.406 120 I 0.014 0.016 0.045 0.243 0.344 0.045 0.054 0.239 121 T 0.009 0.021 0.058 0.189 0.422 0.041 0.059 0.200 122 C 0.012 0.028 0.055 0.208 0.406 0.044 0.038 0.210 123 R 0.012 0.020 0.058 0.286 0.442 0.029 0.038 0.116 124 S 0.013 0.012 0.065 0.227 0.331 0.042 0.115 0.196 125 Y 0.014 0.013 0.082 0.240 0.286 0.058 0.113 0.194 126 L 0.055 0.019 0.061 0.139 0.183 0.079 0.070 0.393 127 M 0.077 0.017 0.032 0.064 0.082 0.098 0.052 0.577 128 T 0.026 0.009 0.038 0.034 0.049 0.102 0.066 0.677 129 N 0.095 0.018 0.026 0.028 0.042 0.120 0.095 0.575 130 Y 0.239 0.011 0.021 0.027 0.029 0.108 0.082 0.483 131 E 0.052 0.004 0.014 0.019 0.026 0.108 0.024 0.754 132 S 0.022 0.002 0.014 0.012 0.035 0.080 0.039 0.796 133 A 0.037 0.005 0.015 0.020 0.026 0.174 0.037 0.687 134 P 0.009 0.004 0.016 0.018 0.018 0.181 0.026 0.727 135 P 0.037 0.045 0.005 0.003 0.003 0.079 0.028 0.799 136 S 0.336 0.502 0.002 0.001 0.001 0.026 0.049 0.082 137 P 0.058 0.730 0.004 0.002 0.002 0.031 0.031 0.141 138 Q 0.025 0.801 0.006 0.004 0.010 0.026 0.042 0.087 139 Y 0.017 0.808 0.007 0.004 0.011 0.022 0.080 0.052 140 K 0.007 0.803 0.007 0.011 0.020 0.013 0.099 0.039 141 K 0.010 0.712 0.039 0.023 0.040 0.021 0.094 0.060 142 I 0.014 0.593 0.088 0.057 0.076 0.029 0.079 0.064 143 I 0.050 0.697 0.068 0.027 0.050 0.024 0.031 0.054 144 C 0.054 0.555 0.084 0.037 0.043 0.032 0.078 0.116 145 M 0.022 0.613 0.070 0.030 0.034 0.032 0.030 0.168 146 G 0.114 0.221 0.159 0.030 0.038 0.049 0.234 0.155 147 A 0.135 0.035 0.234 0.048 0.024 0.055 0.334 0.136 148 K 0.818 0.005 0.006 0.002 0.003 0.013 0.010 0.143 149 E 0.114 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.028 0.821 150 N 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.108 0.009 0.873 151 G 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.092 0.004 0.893 152 L 0.030 0.083 0.006 0.012 0.003 0.097 0.022 0.748 153 P 0.108 0.832 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.033 154 L 0.050 0.888 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.024 155 E 0.008 0.920 0.008 0.001 0.001 0.005 0.026 0.030 156 Y 0.012 0.950 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.010 157 Q 0.024 0.908 0.013 0.001 0.001 0.005 0.033 0.014 158 E 0.039 0.739 0.042 0.008 0.007 0.016 0.052 0.097 159 K 0.139 0.336 0.040 0.008 0.009 0.047 0.148 0.274 160 L 0.284 0.153 0.038 0.010 0.010 0.062 0.133 0.310 161 K 0.126 0.030 0.012 0.013 0.014 0.072 0.038 0.694 162 A 0.009 0.005 0.007 0.004 0.008 0.083 0.038 0.845 163 I 0.029 0.008 0.026 0.020 0.023 0.198 0.054 0.642 164 E 0.277 0.009 0.014 0.015 0.019 0.117 0.039 0.511 165 P 0.057 0.005 0.007 0.005 0.007 0.094 0.029 0.797 166 N 0.030 0.007 0.023 0.011 0.025 0.165 0.039 0.700 167 D 0.113 0.008 0.015 0.014 0.023 0.121 0.037 0.669 168 Y 0.165 0.016 0.014 0.027 0.021 0.099 0.031 0.629 169 T 0.028 0.016 0.014 0.011 0.027 0.098 0.025 0.783 170 G 0.031 0.032 0.018 0.029 0.054 0.127 0.039 0.669 171 K 0.048 0.100 0.023 0.059 0.043 0.108 0.051 0.567 172 V 0.070 0.348 0.012 0.019 0.020 0.060 0.055 0.416 173 S 0.079 0.695 0.006 0.010 0.013 0.025 0.054 0.118 174 E 0.022 0.691 0.007 0.016 0.019 0.030 0.049 0.167 175 E 0.010 0.909 0.002 0.002 0.005 0.008 0.021 0.042 176 I 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 177 E 0.006 0.951 0.005 0.003 0.003 0.003 0.016 0.013 178 D 0.040 0.903 0.007 0.004 0.003 0.005 0.015 0.024 179 I 0.262 0.153 0.130 0.016 0.009 0.026 0.314 0.091 180 I 0.579 0.068 0.013 0.005 0.004 0.035 0.058 0.238 181 K 0.108 0.009 0.003 0.001 0.001 0.032 0.040 0.805 182 K 0.005 0.006 0.004 0.001 0.002 0.097 0.019 0.865 183 G 0.037 0.016 0.012 0.007 0.014 0.101 0.121 0.693 184 E 0.053 0.037 0.017 0.025 0.021 0.127 0.098 0.623 185 T 0.047 0.031 0.089 0.021 0.040 0.109 0.077 0.586 186 Q 0.058 0.023 0.062 0.062 0.057 0.117 0.071 0.549 187 T 0.036 0.029 0.074 0.025 0.035 0.091 0.093 0.617 188 L 0.063 0.050 0.085 0.038 0.047 0.112 0.092 0.512