# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.015 0.004 0.019 0.024 0.030 0.045 0.003 0.001 0.002 0.812 2 A 0.051 0.024 0.005 0.040 0.039 0.066 0.121 0.002 0.001 0.008 0.645 3 N 0.137 0.020 0.003 0.018 0.023 0.036 0.256 0.003 0.001 0.015 0.488 4 S 0.135 0.023 0.009 0.022 0.014 0.021 0.087 0.002 0.001 0.009 0.679 5 G 0.088 0.018 0.004 0.025 0.027 0.031 0.262 0.002 0.001 0.010 0.533 6 C 0.173 0.025 0.015 0.029 0.029 0.054 0.159 0.001 0.001 0.017 0.498 7 K 0.025 0.043 0.003 0.090 0.068 0.114 0.099 0.002 0.001 0.003 0.553 8 D 0.099 0.025 0.001 0.033 0.042 0.049 0.123 0.004 0.001 0.007 0.616 9 V 0.243 0.032 0.008 0.030 0.020 0.038 0.059 0.003 0.001 0.008 0.560 10 T 0.071 0.016 0.008 0.034 0.024 0.049 0.139 0.006 0.001 0.006 0.648 11 G 0.192 0.006 0.010 0.024 0.014 0.025 0.111 0.003 0.001 0.010 0.605 12 P 0.021 0.001 0.003 0.009 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.938 13 D 0.019 0.001 0.001 0.010 0.009 0.009 0.154 0.001 0.001 0.002 0.794 14 E 0.091 0.003 0.001 0.009 0.003 0.006 0.061 0.001 0.001 0.008 0.817 15 E 0.099 0.017 0.002 0.038 0.021 0.041 0.297 0.002 0.001 0.024 0.458 16 S 0.228 0.017 0.003 0.049 0.039 0.040 0.316 0.002 0.001 0.025 0.281 17 F 0.172 0.071 0.007 0.162 0.049 0.089 0.109 0.002 0.001 0.012 0.325 18 L 0.031 0.065 0.008 0.262 0.221 0.239 0.058 0.001 0.001 0.004 0.109 19 Y 0.010 0.049 0.002 0.223 0.168 0.266 0.089 0.001 0.001 0.003 0.188 20 F 0.012 0.061 0.003 0.267 0.187 0.315 0.029 0.002 0.001 0.002 0.123 21 A 0.019 0.091 0.004 0.247 0.158 0.305 0.059 0.002 0.001 0.003 0.111 22 Y 0.010 0.077 0.002 0.106 0.122 0.244 0.088 0.004 0.001 0.004 0.342 23 G 0.058 0.071 0.007 0.122 0.103 0.187 0.086 0.009 0.001 0.017 0.338 24 S 0.070 0.122 0.028 0.031 0.022 0.045 0.247 0.005 0.001 0.013 0.417 25 N 0.069 0.128 0.008 0.028 0.016 0.027 0.167 0.014 0.001 0.013 0.531 26 L 0.185 0.196 0.025 0.027 0.025 0.025 0.174 0.011 0.001 0.030 0.300 27 L 0.093 0.297 0.011 0.006 0.006 0.010 0.336 0.005 0.001 0.011 0.226 28 T 0.015 0.303 0.008 0.005 0.003 0.005 0.059 0.004 0.001 0.002 0.594 29 E 0.031 0.490 0.002 0.003 0.005 0.006 0.138 0.004 0.001 0.010 0.312 30 R 0.050 0.452 0.002 0.002 0.006 0.017 0.353 0.016 0.001 0.019 0.083 31 I 0.024 0.935 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 32 H 0.029 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.028 33 L 0.157 0.699 0.007 0.001 0.005 0.009 0.003 0.063 0.001 0.001 0.054 34 R 0.269 0.396 0.022 0.006 0.003 0.003 0.002 0.207 0.001 0.001 0.091 35 N 0.306 0.205 0.096 0.018 0.020 0.013 0.033 0.109 0.001 0.002 0.198 36 P 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 37 S 0.015 0.001 0.002 0.020 0.008 0.016 0.357 0.001 0.001 0.004 0.576 38 A 0.698 0.002 0.004 0.012 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.020 0.224 39 A 0.175 0.027 0.004 0.077 0.026 0.025 0.250 0.001 0.001 0.009 0.406 40 F 0.087 0.009 0.007 0.174 0.055 0.095 0.139 0.001 0.001 0.011 0.422 41 F 0.031 0.012 0.003 0.341 0.143 0.249 0.058 0.001 0.001 0.004 0.159 42 C 0.009 0.008 0.002 0.183 0.218 0.267 0.058 0.001 0.001 0.002 0.252 43 V 0.008 0.006 0.001 0.099 0.168 0.297 0.030 0.001 0.001 0.002 0.389 44 A 0.007 0.005 0.001 0.191 0.236 0.378 0.044 0.001 0.001 0.002 0.135 45 R 0.019 0.009 0.001 0.102 0.120 0.226 0.091 0.001 0.001 0.006 0.424 46 L 0.039 0.018 0.003 0.137 0.197 0.294 0.081 0.002 0.001 0.008 0.223 47 Q 0.019 0.012 0.002 0.045 0.055 0.109 0.087 0.001 0.001 0.005 0.664 48 D 0.050 0.011 0.002 0.036 0.052 0.120 0.135 0.002 0.001 0.018 0.574 49 F 0.304 0.021 0.015 0.053 0.102 0.100 0.107 0.004 0.001 0.022 0.272 50 K 0.068 0.040 0.012 0.084 0.144 0.165 0.142 0.002 0.001 0.009 0.335 51 L 0.011 0.016 0.006 0.118 0.260 0.337 0.059 0.001 0.001 0.003 0.190 52 D 0.016 0.022 0.001 0.112 0.202 0.337 0.086 0.001 0.001 0.003 0.220 53 F 0.023 0.020 0.003 0.101 0.187 0.268 0.065 0.002 0.001 0.005 0.327 54 G 0.026 0.018 0.003 0.088 0.121 0.210 0.209 0.002 0.001 0.011 0.312 55 N 0.095 0.014 0.007 0.060 0.066 0.092 0.211 0.003 0.001 0.024 0.426 56 S 0.042 0.014 0.005 0.041 0.038 0.052 0.195 0.002 0.001 0.013 0.598 57 Q 0.054 0.008 0.004 0.024 0.031 0.045 0.260 0.003 0.001 0.024 0.548 58 G 0.194 0.016 0.012 0.022 0.025 0.037 0.183 0.003 0.001 0.028 0.480 59 K 0.085 0.020 0.011 0.023 0.040 0.051 0.140 0.002 0.001 0.011 0.616 60 T 0.044 0.015 0.004 0.026 0.067 0.096 0.133 0.001 0.001 0.007 0.605 61 S 0.071 0.020 0.003 0.046 0.118 0.156 0.097 0.002 0.001 0.008 0.479 62 Q 0.060 0.026 0.003 0.046 0.110 0.133 0.145 0.002 0.001 0.009 0.466 63 T 0.088 0.028 0.004 0.047 0.106 0.164 0.179 0.004 0.001 0.015 0.365 64 W 0.093 0.041 0.005 0.068 0.118 0.152 0.168 0.005 0.001 0.016 0.336 65 H 0.076 0.027 0.005 0.041 0.054 0.079 0.157 0.004 0.001 0.017 0.540 66 G 0.098 0.011 0.012 0.043 0.056 0.081 0.129 0.004 0.001 0.023 0.542 67 G 0.112 0.007 0.013 0.079 0.119 0.117 0.198 0.002 0.001 0.017 0.336 68 I 0.031 0.004 0.011 0.059 0.080 0.152 0.093 0.001 0.001 0.006 0.562 69 A 0.006 0.002 0.002 0.113 0.244 0.431 0.038 0.001 0.001 0.002 0.161 70 T 0.011 0.003 0.001 0.106 0.216 0.275 0.069 0.001 0.001 0.003 0.316 71 I 0.024 0.003 0.002 0.079 0.162 0.238 0.039 0.001 0.001 0.004 0.446 72 F 0.008 0.002 0.001 0.068 0.240 0.399 0.044 0.001 0.001 0.003 0.235 73 Q 0.014 0.002 0.001 0.065 0.119 0.276 0.080 0.001 0.001 0.006 0.436 74 S 0.025 0.002 0.001 0.047 0.159 0.200 0.151 0.001 0.001 0.006 0.406 75 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.973 76 G 0.025 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.384 0.001 0.001 0.020 0.541 77 D 0.732 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.083 0.001 0.001 0.046 0.123 78 E 0.153 0.032 0.004 0.022 0.030 0.022 0.260 0.001 0.001 0.010 0.466 79 V 0.041 0.028 0.009 0.052 0.107 0.233 0.197 0.001 0.001 0.009 0.323 80 W 0.010 0.029 0.001 0.100 0.193 0.474 0.049 0.001 0.001 0.002 0.141 81 G 0.009 0.023 0.001 0.031 0.189 0.388 0.041 0.001 0.001 0.003 0.315 82 V 0.011 0.020 0.001 0.031 0.324 0.519 0.013 0.001 0.001 0.002 0.078 83 V 0.006 0.029 0.002 0.090 0.265 0.493 0.018 0.001 0.001 0.002 0.095 84 W 0.008 0.029 0.002 0.114 0.263 0.432 0.022 0.003 0.001 0.002 0.126 85 K 0.035 0.052 0.005 0.112 0.172 0.317 0.039 0.007 0.001 0.004 0.258 86 M 0.038 0.043 0.013 0.086 0.148 0.325 0.073 0.008 0.001 0.005 0.261 87 N 0.039 0.027 0.011 0.060 0.080 0.154 0.168 0.006 0.001 0.007 0.448 88 K 0.017 0.010 0.008 0.023 0.017 0.027 0.057 0.002 0.001 0.004 0.836 89 S 0.025 0.009 0.002 0.007 0.009 0.014 0.342 0.001 0.001 0.009 0.582 90 N 0.200 0.022 0.002 0.005 0.006 0.006 0.298 0.004 0.001 0.021 0.435 91 L 0.153 0.222 0.012 0.010 0.007 0.011 0.113 0.002 0.001 0.017 0.453 92 N 0.035 0.179 0.003 0.006 0.015 0.028 0.378 0.003 0.001 0.012 0.340 93 S 0.170 0.296 0.003 0.007 0.014 0.022 0.083 0.012 0.001 0.006 0.386 94 L 0.174 0.613 0.006 0.007 0.015 0.016 0.017 0.007 0.001 0.003 0.143 95 D 0.051 0.414 0.007 0.009 0.038 0.044 0.133 0.018 0.001 0.006 0.280 96 E 0.088 0.391 0.011 0.012 0.025 0.033 0.055 0.016 0.001 0.004 0.363 97 Q 0.156 0.504 0.014 0.016 0.021 0.033 0.073 0.021 0.001 0.012 0.149 98 E 0.117 0.293 0.015 0.025 0.038 0.053 0.185 0.041 0.001 0.012 0.221 99 G 0.245 0.096 0.021 0.032 0.039 0.027 0.046 0.062 0.001 0.009 0.423 100 V 0.257 0.073 0.251 0.033 0.026 0.039 0.054 0.004 0.001 0.012 0.249 101 K 0.005 0.008 0.005 0.030 0.047 0.054 0.057 0.002 0.001 0.001 0.792 102 S 0.025 0.005 0.003 0.074 0.046 0.079 0.043 0.001 0.001 0.005 0.718 103 G 0.089 0.011 0.002 0.057 0.055 0.069 0.152 0.002 0.001 0.012 0.550 104 M 0.182 0.014 0.007 0.076 0.052 0.076 0.100 0.002 0.001 0.019 0.473 105 Y 0.054 0.011 0.007 0.162 0.137 0.193 0.099 0.001 0.001 0.008 0.328 106 V 0.020 0.006 0.003 0.171 0.211 0.267 0.063 0.001 0.001 0.004 0.254 107 V 0.008 0.005 0.002 0.105 0.166 0.304 0.035 0.001 0.001 0.002 0.372 108 I 0.005 0.002 0.001 0.124 0.262 0.462 0.024 0.001 0.001 0.002 0.118 109 E 0.008 0.002 0.001 0.071 0.177 0.356 0.036 0.001 0.001 0.004 0.344 110 V 0.006 0.001 0.002 0.103 0.307 0.378 0.021 0.001 0.001 0.002 0.178 111 K 0.005 0.001 0.001 0.079 0.216 0.312 0.039 0.001 0.001 0.003 0.342 112 V 0.005 0.001 0.001 0.048 0.269 0.321 0.024 0.001 0.001 0.002 0.328 113 A 0.004 0.001 0.001 0.043 0.221 0.355 0.039 0.001 0.001 0.002 0.333 114 T 0.008 0.001 0.001 0.035 0.191 0.301 0.072 0.001 0.001 0.004 0.386 115 Q 0.010 0.002 0.001 0.022 0.073 0.113 0.119 0.001 0.001 0.006 0.653 116 E 0.029 0.003 0.001 0.009 0.021 0.034 0.200 0.001 0.001 0.016 0.689 117 G 0.322 0.006 0.003 0.010 0.018 0.019 0.200 0.001 0.001 0.055 0.367 118 K 0.239 0.019 0.009 0.011 0.028 0.023 0.244 0.001 0.001 0.022 0.406 119 E 0.038 0.020 0.007 0.014 0.059 0.100 0.164 0.001 0.001 0.007 0.590 120 I 0.022 0.020 0.003 0.034 0.186 0.419 0.075 0.001 0.001 0.004 0.237 121 T 0.018 0.024 0.001 0.023 0.212 0.352 0.059 0.001 0.001 0.003 0.305 122 C 0.014 0.023 0.001 0.026 0.266 0.464 0.026 0.001 0.001 0.002 0.175 123 R 0.014 0.026 0.002 0.051 0.220 0.454 0.042 0.001 0.001 0.003 0.185 124 S 0.028 0.035 0.004 0.090 0.199 0.319 0.060 0.003 0.001 0.005 0.258 125 Y 0.027 0.040 0.006 0.111 0.189 0.301 0.061 0.003 0.001 0.005 0.258 126 L 0.025 0.038 0.006 0.089 0.145 0.261 0.074 0.003 0.001 0.004 0.354 127 M 0.023 0.037 0.004 0.057 0.091 0.174 0.086 0.003 0.001 0.004 0.521 128 T 0.042 0.038 0.003 0.033 0.065 0.122 0.130 0.003 0.001 0.006 0.558 129 N 0.104 0.046 0.004 0.017 0.029 0.037 0.143 0.003 0.001 0.007 0.610 130 Y 0.121 0.078 0.006 0.020 0.025 0.031 0.127 0.002 0.001 0.008 0.580 131 E 0.066 0.064 0.004 0.011 0.015 0.026 0.148 0.002 0.001 0.007 0.656 132 S 0.166 0.060 0.003 0.008 0.012 0.016 0.087 0.004 0.001 0.004 0.639 133 A 0.366 0.069 0.012 0.013 0.007 0.014 0.047 0.006 0.001 0.006 0.460 134 P 0.169 0.017 0.015 0.008 0.006 0.013 0.082 0.004 0.001 0.003 0.683 135 P 0.011 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.969 136 S 0.062 0.003 0.001 0.023 0.006 0.014 0.182 0.001 0.001 0.002 0.707 137 P 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.977 138 Q 0.017 0.013 0.001 0.025 0.009 0.013 0.366 0.001 0.001 0.004 0.554 139 Y 0.181 0.042 0.001 0.038 0.013 0.039 0.414 0.001 0.001 0.036 0.235 140 K 0.041 0.622 0.001 0.126 0.031 0.073 0.030 0.002 0.001 0.002 0.073 141 K 0.027 0.694 0.001 0.046 0.024 0.048 0.020 0.006 0.001 0.002 0.133 142 I 0.056 0.708 0.002 0.075 0.039 0.040 0.005 0.010 0.001 0.001 0.064 143 I 0.011 0.818 0.004 0.066 0.027 0.046 0.003 0.007 0.001 0.001 0.017 144 C 0.011 0.733 0.008 0.057 0.039 0.092 0.007 0.010 0.001 0.001 0.043 145 M 0.013 0.587 0.003 0.092 0.036 0.129 0.027 0.012 0.001 0.001 0.098 146 G 0.107 0.374 0.011 0.013 0.010 0.010 0.049 0.010 0.001 0.002 0.413 147 A 0.035 0.421 0.078 0.038 0.015 0.044 0.075 0.002 0.001 0.003 0.290 148 K 0.006 0.318 0.002 0.091 0.055 0.080 0.079 0.004 0.001 0.001 0.365 149 E 0.290 0.420 0.001 0.005 0.006 0.011 0.032 0.008 0.001 0.004 0.223 150 N 0.280 0.617 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.019 0.001 0.001 0.062 151 G 0.639 0.099 0.016 0.002 0.001 0.001 0.013 0.100 0.001 0.005 0.124 152 L 0.092 0.015 0.813 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.054 153 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.986 154 L 0.008 0.002 0.002 0.026 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.908 155 E 0.055 0.016 0.001 0.011 0.001 0.003 0.220 0.001 0.001 0.006 0.688 156 Y 0.187 0.276 0.001 0.039 0.006 0.009 0.148 0.003 0.001 0.006 0.324 157 Q 0.080 0.748 0.001 0.031 0.003 0.011 0.020 0.001 0.001 0.002 0.103 158 E 0.025 0.824 0.001 0.010 0.006 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.108 159 K 0.044 0.878 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.059 160 L 0.030 0.921 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.022 161 K 0.041 0.877 0.003 0.004 0.005 0.013 0.005 0.017 0.001 0.001 0.033 162 A 0.135 0.594 0.012 0.004 0.007 0.019 0.009 0.102 0.001 0.001 0.117 163 I 0.338 0.390 0.026 0.017 0.010 0.011 0.005 0.122 0.001 0.001 0.079 164 E 0.186 0.087 0.112 0.024 0.029 0.025 0.047 0.034 0.001 0.003 0.452 165 P 0.001 0.001 0.020 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.968 166 N 0.009 0.001 0.001 0.042 0.018 0.046 0.233 0.001 0.001 0.001 0.649 167 D 0.429 0.005 0.001 0.017 0.004 0.007 0.064 0.001 0.001 0.015 0.458 168 Y 0.186 0.068 0.003 0.044 0.017 0.023 0.203 0.002 0.001 0.011 0.445 169 T 0.151 0.021 0.003 0.036 0.012 0.018 0.269 0.001 0.001 0.014 0.474 170 G 0.267 0.027 0.004 0.029 0.007 0.011 0.137 0.002 0.001 0.015 0.501 171 K 0.147 0.032 0.030 0.016 0.015 0.026 0.210 0.002 0.001 0.015 0.508 172 V 0.039 0.028 0.010 0.018 0.028 0.049 0.191 0.001 0.001 0.005 0.631 173 S 0.031 0.053 0.002 0.025 0.020 0.036 0.119 0.001 0.001 0.003 0.710 174 E 0.036 0.076 0.001 0.007 0.008 0.011 0.086 0.001 0.001 0.004 0.771 175 E 0.090 0.197 0.003 0.007 0.013 0.030 0.316 0.004 0.001 0.017 0.323 176 I 0.116 0.471 0.004 0.011 0.011 0.028 0.134 0.008 0.001 0.009 0.208 177 E 0.021 0.793 0.001 0.004 0.003 0.006 0.015 0.002 0.001 0.001 0.153 178 D 0.029 0.771 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.005 0.001 0.001 0.177 179 I 0.074 0.848 0.002 0.001 0.003 0.006 0.009 0.010 0.001 0.001 0.045 180 I 0.052 0.868 0.005 0.003 0.005 0.014 0.004 0.019 0.001 0.001 0.030 181 K 0.065 0.802 0.007 0.001 0.003 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 0.097 182 K 0.116 0.587 0.004 0.005 0.008 0.009 0.003 0.062 0.001 0.001 0.205 183 G 0.272 0.243 0.014 0.010 0.012 0.008 0.021 0.078 0.001 0.003 0.340 184 E 0.175 0.114 0.135 0.013 0.012 0.014 0.108 0.013 0.001 0.006 0.410 185 T 0.076 0.080 0.026 0.045 0.029 0.058 0.149 0.010 0.001 0.006 0.520 186 Q 0.170 0.072 0.015 0.126 0.070 0.081 0.154 0.004 0.001 0.013 0.294 187 T 0.080 0.045 0.009 0.049 0.048 0.060 0.185 0.003 0.001 0.008 0.513 188 L 0.037 0.031 0.018 0.142 0.098 0.132 0.071 0.002 0.001 0.005 0.465