# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.041 0.020 0.023 0.020 0.084 0.097 0.715 2 A 0.020 0.016 0.014 0.018 0.049 0.041 0.842 3 N 0.029 0.033 0.026 0.031 0.074 0.102 0.705 4 S 0.028 0.018 0.081 0.064 0.186 0.321 0.303 5 G 0.042 0.013 0.099 0.062 0.173 0.366 0.245 6 C 0.061 0.027 0.129 0.069 0.194 0.141 0.379 7 K 0.111 0.069 0.082 0.066 0.192 0.102 0.378 8 D 0.107 0.055 0.060 0.057 0.191 0.114 0.414 9 V 0.095 0.052 0.054 0.051 0.194 0.105 0.448 10 T 0.063 0.049 0.065 0.057 0.166 0.165 0.436 11 G 0.028 0.024 0.072 0.046 0.168 0.204 0.459 12 P 0.016 0.016 0.081 0.038 0.200 0.268 0.381 13 D 0.012 0.016 0.077 0.026 0.279 0.277 0.312 14 E 0.018 0.016 0.070 0.021 0.410 0.186 0.280 15 E 0.042 0.020 0.053 0.014 0.299 0.227 0.344 16 S 0.167 0.013 0.022 0.006 0.216 0.110 0.466 17 F 0.574 0.023 0.005 0.002 0.066 0.010 0.320 18 L 0.874 0.012 0.002 0.001 0.017 0.004 0.090 19 Y 0.961 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.023 20 F 0.966 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 21 A 0.910 0.003 0.001 0.002 0.011 0.007 0.066 22 Y 0.676 0.015 0.016 0.009 0.058 0.055 0.171 23 G 0.224 0.013 0.089 0.020 0.250 0.142 0.262 24 S 0.095 0.013 0.177 0.031 0.215 0.202 0.267 25 N 0.054 0.019 0.123 0.033 0.239 0.313 0.220 26 L 0.031 0.028 0.032 0.033 0.320 0.138 0.419 27 L 0.011 0.017 0.006 0.024 0.154 0.016 0.773 28 T 0.002 0.001 0.089 0.781 0.037 0.064 0.026 29 E 0.002 0.001 0.100 0.819 0.018 0.046 0.016 30 R 0.001 0.001 0.133 0.809 0.012 0.028 0.015 31 I 0.003 0.002 0.059 0.876 0.008 0.032 0.019 32 H 0.006 0.002 0.071 0.787 0.011 0.103 0.019 33 L 0.007 0.003 0.070 0.596 0.025 0.272 0.027 34 R 0.011 0.013 0.036 0.383 0.127 0.279 0.150 35 N 0.011 0.012 0.017 0.033 0.249 0.061 0.618 36 P 0.010 0.007 0.068 0.033 0.250 0.350 0.283 37 S 0.010 0.009 0.094 0.020 0.218 0.399 0.250 38 A 0.026 0.012 0.121 0.022 0.216 0.105 0.496 39 A 0.135 0.014 0.088 0.026 0.197 0.145 0.395 40 F 0.303 0.023 0.074 0.028 0.137 0.099 0.336 41 F 0.499 0.032 0.040 0.016 0.073 0.048 0.292 42 C 0.762 0.006 0.014 0.006 0.033 0.014 0.165 43 V 0.894 0.002 0.005 0.002 0.018 0.005 0.073 44 A 0.940 0.006 0.002 0.003 0.006 0.002 0.041 45 R 0.942 0.008 0.001 0.002 0.003 0.002 0.042 46 L 0.809 0.006 0.005 0.002 0.011 0.006 0.162 47 Q 0.108 0.004 0.044 0.004 0.084 0.727 0.029 48 D 0.033 0.001 0.034 0.002 0.071 0.841 0.019 49 F 0.658 0.011 0.011 0.003 0.047 0.035 0.235 50 K 0.885 0.020 0.001 0.001 0.008 0.004 0.081 51 L 0.930 0.010 0.002 0.001 0.011 0.004 0.042 52 D 0.902 0.006 0.003 0.003 0.015 0.012 0.060 53 F 0.757 0.025 0.005 0.006 0.044 0.034 0.129 54 G 0.318 0.012 0.012 0.008 0.140 0.116 0.393 55 N 0.129 0.018 0.041 0.028 0.253 0.307 0.224 56 S 0.059 0.014 0.060 0.039 0.230 0.451 0.147 57 Q 0.069 0.015 0.053 0.032 0.282 0.335 0.215 58 G 0.090 0.045 0.071 0.051 0.184 0.142 0.418 59 K 0.125 0.039 0.098 0.063 0.173 0.262 0.241 60 T 0.148 0.035 0.105 0.093 0.149 0.217 0.253 61 S 0.143 0.049 0.066 0.074 0.203 0.105 0.361 62 Q 0.174 0.024 0.048 0.069 0.172 0.150 0.362 63 T 0.150 0.033 0.053 0.065 0.147 0.149 0.402 64 W 0.121 0.041 0.067 0.056 0.172 0.148 0.396 65 H 0.112 0.012 0.056 0.035 0.196 0.287 0.301 66 G 0.128 0.016 0.069 0.026 0.229 0.217 0.315 67 G 0.242 0.025 0.039 0.020 0.220 0.062 0.392 68 I 0.534 0.022 0.027 0.017 0.083 0.050 0.266 69 A 0.659 0.022 0.021 0.014 0.047 0.026 0.211 70 T 0.747 0.012 0.010 0.007 0.030 0.010 0.184 71 I 0.771 0.008 0.006 0.006 0.026 0.007 0.176 72 F 0.804 0.021 0.005 0.006 0.027 0.006 0.131 73 Q 0.668 0.032 0.005 0.008 0.045 0.015 0.227 74 S 0.245 0.010 0.011 0.005 0.093 0.051 0.586 75 P 0.018 0.003 0.018 0.002 0.145 0.771 0.043 76 G 0.007 0.001 0.014 0.001 0.145 0.800 0.032 77 D 0.162 0.013 0.015 0.001 0.321 0.079 0.408 78 E 0.619 0.031 0.003 0.001 0.043 0.017 0.288 79 V 0.848 0.012 0.001 0.001 0.021 0.003 0.114 80 W 0.931 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.049 81 G 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 82 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 83 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 84 W 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 85 K 0.927 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.060 86 M 0.497 0.027 0.001 0.001 0.061 0.002 0.411 87 N 0.131 0.012 0.001 0.001 0.040 0.003 0.813 88 K 0.004 0.001 0.374 0.338 0.063 0.197 0.024 89 S 0.001 0.001 0.352 0.414 0.067 0.151 0.014 90 N 0.001 0.001 0.365 0.481 0.037 0.070 0.044 91 L 0.001 0.004 0.085 0.811 0.014 0.042 0.043 92 N 0.002 0.002 0.048 0.747 0.021 0.152 0.028 93 S 0.003 0.002 0.042 0.761 0.022 0.142 0.028 94 L 0.005 0.004 0.014 0.761 0.078 0.037 0.101 95 D 0.011 0.006 0.025 0.774 0.035 0.054 0.095 96 E 0.008 0.005 0.032 0.765 0.035 0.107 0.049 97 Q 0.005 0.005 0.037 0.691 0.030 0.187 0.045 98 E 0.003 0.002 0.023 0.282 0.043 0.614 0.035 99 G 0.003 0.003 0.019 0.085 0.080 0.736 0.074 100 V 0.019 0.019 0.011 0.041 0.277 0.044 0.589 101 K 0.037 0.024 0.034 0.029 0.133 0.097 0.647 102 S 0.052 0.015 0.163 0.054 0.148 0.390 0.177 103 G 0.096 0.013 0.182 0.034 0.138 0.305 0.232 104 M 0.321 0.016 0.098 0.028 0.131 0.117 0.291 105 Y 0.594 0.025 0.027 0.015 0.075 0.030 0.235 106 V 0.581 0.018 0.017 0.008 0.061 0.014 0.301 107 V 0.712 0.006 0.009 0.004 0.036 0.013 0.221 108 I 0.821 0.005 0.005 0.002 0.031 0.007 0.129 109 E 0.882 0.004 0.003 0.002 0.014 0.002 0.093 110 V 0.902 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.082 111 K 0.906 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.080 112 V 0.888 0.009 0.001 0.001 0.009 0.002 0.090 113 A 0.748 0.014 0.002 0.002 0.025 0.011 0.198 114 T 0.377 0.010 0.009 0.004 0.120 0.120 0.359 115 Q 0.065 0.006 0.017 0.004 0.323 0.409 0.176 116 E 0.035 0.003 0.025 0.004 0.403 0.412 0.119 117 G 0.156 0.008 0.024 0.006 0.296 0.156 0.354 118 K 0.537 0.029 0.010 0.005 0.090 0.026 0.302 119 E 0.747 0.017 0.007 0.003 0.040 0.009 0.176 120 I 0.784 0.012 0.009 0.003 0.033 0.007 0.153 121 T 0.836 0.005 0.010 0.003 0.026 0.006 0.114 122 C 0.925 0.003 0.005 0.003 0.010 0.004 0.050 123 R 0.957 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.030 124 S 0.944 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.041 125 Y 0.851 0.009 0.004 0.006 0.017 0.005 0.109 126 L 0.568 0.019 0.018 0.018 0.049 0.028 0.300 127 M 0.240 0.015 0.045 0.031 0.134 0.113 0.422 128 T 0.117 0.014 0.064 0.036 0.243 0.182 0.345 129 N 0.065 0.023 0.056 0.047 0.305 0.115 0.390 130 Y 0.035 0.020 0.076 0.043 0.169 0.122 0.535 131 E 0.021 0.011 0.128 0.052 0.127 0.343 0.318 132 S 0.014 0.011 0.106 0.042 0.196 0.377 0.254 133 A 0.009 0.013 0.021 0.022 0.460 0.069 0.405 134 P 0.008 0.023 0.008 0.016 0.253 0.035 0.658 135 P 0.007 0.035 0.015 0.059 0.185 0.040 0.658 136 S 0.003 0.004 0.023 0.130 0.071 0.038 0.730 137 P 0.001 0.001 0.072 0.805 0.023 0.076 0.023 138 Q 0.001 0.001 0.031 0.894 0.014 0.042 0.016 139 Y 0.001 0.001 0.007 0.959 0.007 0.011 0.014 140 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 141 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 143 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 144 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 145 M 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.016 0.001 146 G 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.015 0.003 147 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.005 0.009 148 K 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.008 0.002 149 E 0.001 0.001 0.015 0.864 0.009 0.109 0.003 150 N 0.001 0.001 0.007 0.246 0.016 0.725 0.005 151 G 0.001 0.003 0.003 0.012 0.042 0.851 0.089 152 L 0.001 0.012 0.001 0.003 0.122 0.005 0.856 153 P 0.002 0.002 0.001 0.006 0.030 0.003 0.955 154 L 0.001 0.001 0.057 0.872 0.020 0.034 0.017 155 E 0.001 0.001 0.028 0.947 0.004 0.017 0.004 156 Y 0.001 0.001 0.013 0.975 0.003 0.006 0.003 157 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.004 0.003 158 E 0.003 0.001 0.005 0.971 0.003 0.015 0.004 159 K 0.002 0.001 0.008 0.946 0.002 0.039 0.003 160 L 0.004 0.002 0.014 0.924 0.006 0.037 0.012 161 K 0.007 0.001 0.028 0.831 0.010 0.110 0.013 162 A 0.011 0.001 0.029 0.611 0.038 0.265 0.045 163 I 0.023 0.012 0.033 0.411 0.156 0.078 0.288 164 E 0.057 0.032 0.045 0.238 0.158 0.093 0.377 165 P 0.073 0.025 0.064 0.139 0.155 0.184 0.359 166 N 0.049 0.020 0.064 0.075 0.216 0.248 0.327 167 D 0.036 0.015 0.043 0.041 0.285 0.212 0.367 168 Y 0.020 0.017 0.034 0.041 0.237 0.240 0.411 169 T 0.012 0.015 0.030 0.038 0.311 0.297 0.296 170 G 0.011 0.005 0.016 0.036 0.465 0.182 0.284 171 K 0.019 0.019 0.016 0.067 0.208 0.069 0.603 172 V 0.037 0.039 0.022 0.234 0.129 0.034 0.505 173 S 0.037 0.018 0.028 0.374 0.072 0.044 0.429 174 E 0.018 0.008 0.052 0.669 0.037 0.060 0.156 175 E 0.011 0.004 0.030 0.802 0.020 0.038 0.096 176 I 0.012 0.002 0.018 0.869 0.018 0.017 0.064 177 E 0.023 0.001 0.014 0.900 0.012 0.012 0.038 178 D 0.013 0.001 0.013 0.914 0.013 0.014 0.031 179 I 0.007 0.001 0.012 0.940 0.010 0.016 0.014 180 I 0.004 0.001 0.013 0.908 0.010 0.052 0.012 181 K 0.003 0.001 0.014 0.804 0.012 0.148 0.018 182 K 0.003 0.001 0.021 0.537 0.049 0.315 0.074 183 G 0.006 0.001 0.030 0.208 0.114 0.493 0.148 184 E 0.032 0.007 0.040 0.155 0.196 0.150 0.419 185 T 0.132 0.022 0.022 0.103 0.175 0.083 0.463 186 Q 0.200 0.022 0.011 0.089 0.167 0.072 0.440 187 T 0.179 0.034 0.005 0.066 0.012 0.051 0.654 188 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999