# TARGET T0342 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 109 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.085 0.124 0.093 0.067 0.154 0.045 0.069 0.106 0.082 0.120 0.054 2 A 0.120 0.134 0.058 0.052 0.175 0.030 0.026 0.071 0.074 0.175 0.085 3 N 0.124 0.117 0.121 0.077 0.198 0.031 0.026 0.056 0.045 0.122 0.083 4 S 0.080 0.101 0.047 0.033 0.116 0.018 0.022 0.191 0.209 0.132 0.052 5 G 0.040 0.084 0.074 0.043 0.076 0.020 0.041 0.229 0.169 0.181 0.042 6 C 0.102 0.097 0.036 0.015 0.152 0.017 0.034 0.230 0.157 0.118 0.043 7 K 0.065 0.121 0.047 0.018 0.137 0.022 0.067 0.267 0.155 0.070 0.031 8 D 0.103 0.122 0.063 0.028 0.155 0.023 0.053 0.154 0.097 0.147 0.054 9 V 0.104 0.194 0.104 0.027 0.203 0.014 0.028 0.111 0.067 0.102 0.046 10 T 0.055 0.217 0.104 0.039 0.125 0.036 0.063 0.163 0.086 0.080 0.031 11 G 0.065 0.189 0.142 0.043 0.137 0.026 0.047 0.143 0.081 0.088 0.039 12 P 0.051 0.129 0.086 0.043 0.084 0.036 0.063 0.207 0.143 0.120 0.038 13 D 0.062 0.130 0.081 0.034 0.117 0.037 0.069 0.179 0.119 0.130 0.040 14 E 0.048 0.149 0.106 0.045 0.097 0.043 0.061 0.145 0.130 0.147 0.028 15 E 0.082 0.156 0.068 0.024 0.148 0.020 0.059 0.154 0.129 0.107 0.051 16 S 0.176 0.185 0.044 0.011 0.300 0.009 0.019 0.068 0.056 0.072 0.060 17 F 0.184 0.175 0.019 0.007 0.502 0.007 0.014 0.036 0.015 0.017 0.024 18 L 0.382 0.037 0.003 0.004 0.472 0.006 0.011 0.026 0.007 0.010 0.042 19 Y 0.248 0.085 0.010 0.008 0.562 0.007 0.009 0.021 0.006 0.008 0.035 20 F 0.281 0.094 0.014 0.003 0.537 0.003 0.004 0.015 0.005 0.007 0.036 21 A 0.291 0.070 0.033 0.020 0.284 0.032 0.027 0.043 0.021 0.041 0.137 22 Y 0.078 0.111 0.060 0.134 0.108 0.077 0.071 0.082 0.069 0.128 0.082 23 G 0.057 0.113 0.135 0.143 0.094 0.039 0.019 0.073 0.101 0.166 0.059 24 S 0.052 0.140 0.061 0.036 0.108 0.036 0.071 0.223 0.171 0.075 0.027 25 N 0.096 0.065 0.030 0.019 0.122 0.018 0.066 0.222 0.125 0.184 0.053 26 L 0.043 0.203 0.067 0.017 0.121 0.021 0.046 0.215 0.106 0.135 0.027 27 L 0.169 0.244 0.100 0.009 0.197 0.004 0.005 0.134 0.035 0.044 0.059 28 T 0.006 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.005 0.643 0.297 0.020 0.003 29 E 0.003 0.006 0.003 0.002 0.005 0.004 0.020 0.831 0.117 0.007 0.001 30 R 0.005 0.005 0.003 0.002 0.008 0.003 0.013 0.748 0.133 0.077 0.004 31 I 0.015 0.020 0.005 0.002 0.023 0.004 0.013 0.689 0.169 0.050 0.010 32 H 0.017 0.037 0.012 0.009 0.042 0.008 0.032 0.549 0.223 0.058 0.011 33 L 0.016 0.043 0.016 0.005 0.047 0.011 0.115 0.568 0.111 0.060 0.007 34 R 0.074 0.177 0.044 0.014 0.161 0.024 0.080 0.141 0.093 0.153 0.040 35 N 0.264 0.128 0.053 0.011 0.307 0.004 0.008 0.053 0.029 0.060 0.084 36 P 0.024 0.082 0.044 0.020 0.066 0.038 0.080 0.327 0.233 0.072 0.013 37 S 0.072 0.151 0.076 0.030 0.154 0.016 0.038 0.139 0.125 0.158 0.041 38 A 0.124 0.139 0.041 0.011 0.180 0.008 0.018 0.125 0.155 0.136 0.064 39 A 0.052 0.265 0.110 0.016 0.191 0.021 0.064 0.140 0.073 0.052 0.016 40 F 0.312 0.082 0.018 0.005 0.311 0.006 0.018 0.086 0.039 0.059 0.065 41 F 0.140 0.107 0.036 0.064 0.190 0.102 0.092 0.095 0.053 0.061 0.061 42 C 0.085 0.223 0.138 0.112 0.214 0.038 0.017 0.064 0.033 0.048 0.029 43 V 0.308 0.087 0.022 0.009 0.321 0.006 0.014 0.056 0.048 0.056 0.074 44 A 0.145 0.284 0.068 0.020 0.357 0.009 0.007 0.024 0.023 0.027 0.036 45 R 0.175 0.268 0.070 0.003 0.412 0.002 0.003 0.009 0.006 0.016 0.038 46 L 0.196 0.284 0.161 0.026 0.199 0.007 0.003 0.021 0.016 0.021 0.066 47 Q 0.002 0.006 0.007 0.052 0.004 0.301 0.393 0.158 0.066 0.009 0.001 48 D 0.101 0.062 0.050 0.052 0.086 0.006 0.005 0.030 0.062 0.384 0.163 49 F 0.191 0.190 0.028 0.014 0.388 0.006 0.004 0.013 0.016 0.065 0.084 50 K 0.170 0.168 0.043 0.008 0.521 0.008 0.016 0.018 0.009 0.011 0.028 51 L 0.321 0.115 0.010 0.003 0.453 0.002 0.004 0.010 0.007 0.012 0.063 52 D 0.263 0.085 0.034 0.032 0.352 0.030 0.029 0.020 0.011 0.050 0.093 53 F 0.116 0.204 0.080 0.061 0.229 0.027 0.023 0.055 0.047 0.089 0.069 54 G 0.078 0.146 0.091 0.104 0.149 0.038 0.045 0.064 0.059 0.147 0.079 55 N 0.103 0.122 0.115 0.074 0.133 0.033 0.033 0.088 0.094 0.136 0.068 56 S 0.031 0.125 0.081 0.064 0.069 0.066 0.147 0.210 0.133 0.056 0.017 57 Q 0.060 0.073 0.063 0.075 0.077 0.047 0.052 0.085 0.098 0.284 0.086 58 G 0.096 0.174 0.135 0.064 0.166 0.033 0.026 0.063 0.060 0.117 0.066 59 K 0.084 0.146 0.094 0.051 0.151 0.042 0.053 0.120 0.092 0.102 0.064 60 T 0.116 0.092 0.056 0.031 0.161 0.015 0.023 0.090 0.110 0.224 0.083 61 S 0.106 0.186 0.077 0.025 0.206 0.017 0.038 0.116 0.086 0.102 0.040 62 Q 0.073 0.158 0.103 0.042 0.147 0.029 0.051 0.164 0.098 0.093 0.042 63 T 0.081 0.139 0.106 0.049 0.119 0.040 0.080 0.175 0.084 0.084 0.042 64 W 0.076 0.146 0.134 0.082 0.122 0.064 0.072 0.120 0.060 0.088 0.036 65 H 0.039 0.125 0.100 0.112 0.077 0.067 0.092 0.125 0.081 0.140 0.042 66 G 0.064 0.115 0.122 0.097 0.087 0.029 0.027 0.064 0.058 0.248 0.088 67 G 0.055 0.231 0.153 0.068 0.140 0.030 0.026 0.089 0.063 0.109 0.036 68 I 0.240 0.119 0.038 0.009 0.310 0.008 0.016 0.071 0.053 0.072 0.064 69 A 0.174 0.212 0.060 0.023 0.286 0.024 0.029 0.059 0.039 0.049 0.046 70 T 0.113 0.284 0.089 0.007 0.409 0.004 0.004 0.021 0.015 0.028 0.026 71 I 0.351 0.114 0.030 0.008 0.348 0.011 0.011 0.025 0.018 0.024 0.061 72 F 0.055 0.416 0.178 0.009 0.288 0.005 0.008 0.016 0.005 0.007 0.011 73 Q 0.164 0.270 0.032 0.009 0.281 0.016 0.031 0.064 0.029 0.047 0.058 74 S 0.053 0.173 0.517 0.109 0.079 0.014 0.005 0.014 0.007 0.008 0.019 75 P 0.005 0.023 0.025 0.089 0.010 0.149 0.243 0.303 0.136 0.012 0.003 76 G 0.016 0.044 0.051 0.135 0.016 0.032 0.029 0.041 0.094 0.473 0.068 77 D 0.048 0.313 0.112 0.029 0.169 0.008 0.007 0.018 0.040 0.171 0.084 78 E 0.254 0.134 0.035 0.010 0.341 0.017 0.024 0.024 0.039 0.054 0.068 79 V 0.288 0.195 0.034 0.007 0.398 0.003 0.004 0.006 0.005 0.013 0.049 80 W 0.192 0.042 0.013 0.056 0.140 0.107 0.178 0.028 0.023 0.095 0.127 81 G 0.056 0.365 0.207 0.046 0.293 0.004 0.002 0.003 0.003 0.011 0.009 82 V 0.223 0.105 0.013 0.001 0.632 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.018 83 V 0.294 0.068 0.009 0.010 0.447 0.045 0.033 0.016 0.012 0.016 0.050 84 W 0.085 0.297 0.085 0.012 0.421 0.013 0.017 0.011 0.009 0.013 0.037 85 K 0.335 0.121 0.026 0.001 0.259 0.001 0.001 0.002 0.007 0.087 0.160 86 M 0.017 0.405 0.434 0.023 0.101 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 87 N 0.002 0.634 0.337 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.347 0.638 0.003 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.682 0.291 0.010 0.001 90 N 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.351 0.167 0.448 0.010 91 L 0.016 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.656 0.268 0.019 0.005 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.736 0.221 0.008 0.001 93 S 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.003 0.030 0.665 0.139 0.144 0.002 94 L 0.027 0.061 0.007 0.002 0.051 0.002 0.018 0.569 0.169 0.080 0.013 95 D 0.039 0.017 0.011 0.008 0.047 0.006 0.040 0.555 0.167 0.074 0.036 96 E 0.012 0.033 0.023 0.007 0.027 0.006 0.052 0.582 0.187 0.060 0.010 97 Q 0.025 0.067 0.023 0.015 0.049 0.021 0.192 0.435 0.096 0.068 0.010 98 E 0.018 0.493 0.137 0.016 0.125 0.025 0.051 0.076 0.034 0.019 0.006 99 G 0.160 0.018 0.015 0.014 0.051 0.006 0.008 0.030 0.033 0.380 0.286 100 V 0.089 0.334 0.216 0.030 0.201 0.012 0.012 0.040 0.021 0.020 0.026 101 K 0.065 0.145 0.112 0.097 0.152 0.075 0.050 0.135 0.056 0.071 0.043 102 S 0.051 0.137 0.090 0.087 0.117 0.066 0.091 0.159 0.107 0.075 0.021 103 G 0.064 0.061 0.061 0.055 0.094 0.022 0.027 0.109 0.071 0.347 0.088 104 M 0.187 0.127 0.027 0.012 0.265 0.013 0.024 0.092 0.069 0.119 0.065 105 Y 0.155 0.203 0.079 0.018 0.350 0.009 0.019 0.038 0.024 0.060 0.045 106 V 0.094 0.365 0.132 0.015 0.306 0.006 0.011 0.024 0.011 0.018 0.018 107 V 0.163 0.274 0.062 0.006 0.400 0.005 0.007 0.024 0.012 0.016 0.030 108 I 0.153 0.234 0.068 0.012 0.402 0.013 0.022 0.028 0.012 0.022 0.034 109 E 0.223 0.190 0.043 0.006 0.467 0.004 0.005 0.009 0.004 0.012 0.036 110 V 0.112 0.345 0.064 0.006 0.439 0.003 0.003 0.006 0.003 0.004 0.014 111 K 0.287 0.131 0.022 0.001 0.493 0.002 0.004 0.010 0.004 0.007 0.041 112 V 0.141 0.280 0.053 0.007 0.436 0.007 0.010 0.017 0.007 0.012 0.030 113 A 0.190 0.250 0.096 0.017 0.322 0.010 0.014 0.025 0.010 0.019 0.047 114 T 0.085 0.160 0.186 0.105 0.111 0.058 0.045 0.101 0.054 0.055 0.041 115 Q 0.019 0.139 0.182 0.263 0.049 0.088 0.070 0.091 0.047 0.040 0.012 116 E 0.024 0.096 0.079 0.142 0.040 0.074 0.086 0.127 0.115 0.177 0.041 117 G 0.057 0.130 0.094 0.044 0.097 0.029 0.038 0.078 0.096 0.251 0.086 118 K 0.156 0.238 0.065 0.011 0.311 0.009 0.018 0.042 0.047 0.055 0.049 119 E 0.223 0.204 0.059 0.011 0.357 0.008 0.013 0.026 0.022 0.027 0.050 120 I 0.173 0.226 0.062 0.017 0.373 0.017 0.019 0.034 0.021 0.022 0.035 121 T 0.303 0.097 0.021 0.008 0.406 0.010 0.015 0.031 0.020 0.027 0.063 122 C 0.253 0.127 0.026 0.016 0.442 0.011 0.009 0.020 0.014 0.030 0.052 123 R 0.203 0.165 0.026 0.005 0.528 0.004 0.005 0.013 0.007 0.013 0.031 124 S 0.233 0.166 0.035 0.004 0.478 0.004 0.004 0.015 0.007 0.012 0.041 125 Y 0.187 0.242 0.081 0.010 0.365 0.007 0.009 0.028 0.011 0.014 0.044 126 L 0.127 0.246 0.108 0.031 0.242 0.021 0.024 0.065 0.037 0.043 0.056 127 M 0.080 0.238 0.127 0.034 0.239 0.014 0.025 0.110 0.069 0.040 0.024 128 T 0.039 0.069 0.038 0.030 0.075 0.041 0.111 0.257 0.179 0.135 0.025 129 N 0.082 0.188 0.116 0.035 0.198 0.019 0.036 0.102 0.062 0.115 0.046 130 Y 0.094 0.196 0.086 0.024 0.171 0.015 0.029 0.139 0.101 0.091 0.054 131 E 0.056 0.172 0.093 0.022 0.135 0.026 0.068 0.203 0.120 0.075 0.028 132 S 0.045 0.137 0.064 0.031 0.092 0.037 0.097 0.184 0.155 0.125 0.033 133 A 0.034 0.137 0.252 0.082 0.064 0.031 0.029 0.066 0.078 0.177 0.048 134 P 0.033 0.396 0.358 0.015 0.095 0.006 0.013 0.035 0.017 0.018 0.015 135 P 0.040 0.454 0.247 0.012 0.117 0.005 0.007 0.027 0.020 0.043 0.028 136 S 0.020 0.472 0.196 0.023 0.128 0.015 0.012 0.076 0.040 0.011 0.006 137 P 0.006 0.008 0.007 0.004 0.010 0.007 0.021 0.699 0.207 0.027 0.005 138 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.801 0.131 0.042 0.002 139 Y 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.851 0.107 0.027 0.002 140 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.912 0.078 0.002 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.048 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.029 0.001 0.001 143 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 144 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.938 0.049 0.004 0.001 145 M 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.014 0.928 0.037 0.005 0.001 146 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.895 0.084 0.009 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.888 0.088 0.007 0.001 148 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.817 0.131 0.008 0.002 149 E 0.002 0.014 0.002 0.002 0.004 0.011 0.140 0.700 0.102 0.024 0.001 150 N 0.001 0.785 0.144 0.004 0.042 0.006 0.007 0.004 0.003 0.003 0.001 151 G 0.091 0.006 0.006 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.412 0.457 152 L 0.014 0.378 0.470 0.013 0.083 0.003 0.002 0.003 0.004 0.015 0.014 153 P 0.030 0.666 0.145 0.008 0.102 0.001 0.001 0.011 0.007 0.009 0.022 154 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.634 0.335 0.006 0.001 155 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.917 0.072 0.003 0.001 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.866 0.083 0.045 0.001 157 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.063 0.004 0.001 158 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.062 0.001 0.001 159 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.890 0.091 0.012 0.001 160 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.747 0.201 0.031 0.002 161 K 0.002 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.037 0.742 0.181 0.020 0.002 162 A 0.007 0.012 0.004 0.003 0.014 0.004 0.030 0.519 0.141 0.253 0.013 163 I 0.054 0.265 0.165 0.020 0.196 0.012 0.026 0.123 0.059 0.056 0.024 164 E 0.092 0.157 0.073 0.020 0.156 0.013 0.052 0.252 0.089 0.052 0.043 165 P 0.060 0.104 0.037 0.018 0.122 0.032 0.074 0.276 0.140 0.106 0.031 166 N 0.077 0.130 0.082 0.040 0.212 0.026 0.047 0.138 0.089 0.120 0.038 167 D 0.093 0.091 0.042 0.022 0.113 0.024 0.042 0.127 0.117 0.244 0.086 168 Y 0.109 0.181 0.093 0.022 0.278 0.012 0.020 0.082 0.051 0.102 0.051 169 T 0.033 0.099 0.039 0.041 0.068 0.079 0.165 0.240 0.116 0.098 0.023 170 G 0.036 0.095 0.139 0.115 0.057 0.037 0.032 0.119 0.085 0.228 0.057 171 K 0.081 0.246 0.175 0.034 0.126 0.015 0.021 0.114 0.065 0.077 0.046 172 V 0.066 0.401 0.202 0.011 0.177 0.005 0.006 0.062 0.026 0.024 0.021 173 S 0.067 0.318 0.084 0.012 0.174 0.011 0.020 0.203 0.060 0.027 0.025 174 E 0.048 0.078 0.023 0.006 0.081 0.009 0.018 0.575 0.106 0.041 0.016 175 E 0.017 0.036 0.013 0.004 0.019 0.007 0.013 0.730 0.105 0.046 0.010 176 I 0.016 0.027 0.010 0.003 0.029 0.002 0.005 0.790 0.088 0.023 0.007 177 E 0.003 0.008 0.003 0.003 0.006 0.003 0.006 0.877 0.081 0.008 0.002 178 D 0.004 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.893 0.077 0.004 0.001 179 I 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.008 0.849 0.095 0.034 0.002 180 I 0.011 0.042 0.012 0.003 0.024 0.005 0.032 0.757 0.097 0.013 0.004 181 K 0.018 0.044 0.023 0.014 0.025 0.007 0.032 0.555 0.100 0.171 0.012 182 K 0.005 0.581 0.261 0.013 0.065 0.011 0.015 0.033 0.011 0.005 0.002 183 G 0.159 0.035 0.018 0.011 0.048 0.003 0.004 0.038 0.035 0.298 0.352 184 E 0.072 0.170 0.056 0.015 0.184 0.042 0.074 0.179 0.090 0.080 0.037 185 T 0.193 0.076 0.014 0.013 0.272 0.014 0.016 0.110 0.064 0.111 0.116 186 Q 0.100 0.201 0.091 0.041 0.218 0.026 0.026 0.114 0.074 0.066 0.041 187 T 0.103 0.242 0.082 0.010 0.298 0.006 0.017 0.127 0.040 0.047 0.028 188 L 0.117 0.152 0.081 0.023 0.203 0.017 0.031 0.160 0.076 0.081 0.058