# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.076 0.045 0.015 0.017 0.023 0.106 0.114 0.603 2 A 0.084 0.049 0.010 0.010 0.015 0.113 0.038 0.680 3 N 0.189 0.072 0.011 0.012 0.019 0.104 0.052 0.541 4 S 0.058 0.054 0.018 0.015 0.023 0.119 0.052 0.661 5 G 0.084 0.047 0.028 0.019 0.040 0.124 0.064 0.594 6 C 0.098 0.025 0.040 0.045 0.050 0.122 0.147 0.474 7 K 0.041 0.014 0.032 0.036 0.059 0.120 0.071 0.628 8 D 0.081 0.009 0.031 0.031 0.053 0.111 0.048 0.637 9 V 0.024 0.005 0.024 0.043 0.055 0.142 0.031 0.675 10 T 0.032 0.007 0.018 0.016 0.033 0.115 0.024 0.754 11 G 0.083 0.013 0.013 0.030 0.035 0.140 0.043 0.643 12 P 0.059 0.010 0.009 0.010 0.011 0.111 0.058 0.732 13 D 0.215 0.054 0.009 0.012 0.017 0.096 0.124 0.473 14 E 0.102 0.041 0.014 0.010 0.021 0.149 0.068 0.594 15 E 0.041 0.050 0.033 0.028 0.067 0.137 0.056 0.589 16 S 0.013 0.033 0.089 0.050 0.145 0.155 0.071 0.444 17 F 0.006 0.021 0.153 0.104 0.251 0.110 0.094 0.262 18 L 0.005 0.015 0.284 0.181 0.264 0.045 0.115 0.092 19 Y 0.005 0.015 0.453 0.128 0.194 0.041 0.074 0.090 20 F 0.009 0.012 0.600 0.099 0.139 0.027 0.066 0.047 21 A 0.008 0.015 0.395 0.088 0.160 0.040 0.228 0.066 22 Y 0.044 0.079 0.322 0.061 0.150 0.094 0.101 0.150 23 G 0.195 0.096 0.104 0.043 0.093 0.121 0.151 0.197 24 S 0.019 0.055 0.056 0.013 0.026 0.106 0.443 0.283 25 N 0.034 0.248 0.038 0.014 0.029 0.136 0.172 0.329 26 L 0.081 0.377 0.021 0.009 0.014 0.119 0.073 0.307 27 L 0.079 0.634 0.010 0.007 0.009 0.042 0.061 0.157 28 T 0.066 0.668 0.007 0.003 0.006 0.027 0.088 0.134 29 E 0.066 0.615 0.015 0.010 0.010 0.035 0.093 0.156 30 R 0.192 0.282 0.041 0.024 0.026 0.060 0.096 0.279 31 I 0.162 0.073 0.037 0.023 0.030 0.086 0.192 0.397 32 H 0.152 0.045 0.022 0.010 0.018 0.099 0.068 0.587 33 L 0.022 0.011 0.015 0.012 0.016 0.104 0.044 0.777 34 R 0.015 0.011 0.007 0.006 0.007 0.101 0.024 0.828 35 N 0.331 0.088 0.010 0.008 0.009 0.089 0.069 0.396 36 P 0.104 0.062 0.011 0.007 0.008 0.110 0.038 0.660 37 S 0.090 0.091 0.019 0.008 0.019 0.101 0.077 0.595 38 A 0.099 0.084 0.028 0.021 0.034 0.125 0.122 0.486 39 A 0.056 0.069 0.053 0.049 0.076 0.110 0.096 0.491 40 F 0.032 0.050 0.060 0.051 0.137 0.091 0.074 0.506 41 F 0.017 0.018 0.089 0.095 0.163 0.093 0.062 0.463 42 C 0.031 0.024 0.075 0.234 0.280 0.055 0.050 0.250 43 V 0.033 0.018 0.057 0.100 0.177 0.070 0.052 0.494 44 A 0.004 0.008 0.121 0.243 0.292 0.063 0.040 0.230 45 R 0.024 0.015 0.082 0.103 0.173 0.080 0.050 0.473 46 L 0.256 0.041 0.071 0.119 0.070 0.058 0.107 0.278 47 Q 0.068 0.045 0.047 0.056 0.099 0.094 0.035 0.557 48 D 0.044 0.032 0.046 0.026 0.091 0.071 0.053 0.635 49 F 0.025 0.032 0.071 0.189 0.174 0.092 0.066 0.352 50 K 0.020 0.013 0.080 0.140 0.197 0.074 0.065 0.411 51 L 0.031 0.009 0.059 0.158 0.182 0.078 0.073 0.411 52 D 0.055 0.006 0.075 0.137 0.159 0.095 0.094 0.379 53 F 0.042 0.006 0.044 0.058 0.090 0.118 0.063 0.578 54 G 0.031 0.006 0.040 0.044 0.082 0.117 0.043 0.638 55 N 0.118 0.008 0.026 0.031 0.052 0.122 0.062 0.581 56 S 0.065 0.007 0.022 0.033 0.042 0.130 0.065 0.637 57 Q 0.028 0.006 0.038 0.029 0.073 0.152 0.056 0.618 58 G 0.031 0.007 0.033 0.034 0.064 0.139 0.066 0.626 59 K 0.017 0.006 0.053 0.072 0.083 0.148 0.056 0.565 60 T 0.032 0.012 0.042 0.030 0.052 0.107 0.073 0.652 61 S 0.183 0.041 0.038 0.064 0.064 0.103 0.154 0.354 62 Q 0.056 0.026 0.042 0.033 0.058 0.119 0.062 0.604 63 T 0.044 0.018 0.029 0.026 0.053 0.139 0.049 0.641 64 W 0.116 0.040 0.033 0.045 0.056 0.131 0.080 0.500 65 H 0.100 0.063 0.023 0.026 0.059 0.122 0.048 0.560 66 G 0.022 0.020 0.070 0.037 0.076 0.129 0.086 0.560 67 G 0.036 0.048 0.081 0.101 0.131 0.125 0.119 0.360 68 I 0.088 0.034 0.069 0.075 0.118 0.102 0.120 0.394 69 A 0.036 0.018 0.076 0.123 0.188 0.084 0.061 0.414 70 T 0.017 0.008 0.123 0.133 0.325 0.055 0.056 0.284 71 I 0.022 0.005 0.065 0.143 0.176 0.100 0.058 0.433 72 F 0.010 0.003 0.107 0.206 0.233 0.084 0.049 0.308 73 Q 0.056 0.002 0.017 0.019 0.038 0.106 0.032 0.730 74 S 0.578 0.008 0.008 0.014 0.011 0.063 0.069 0.249 75 P 0.060 0.006 0.004 0.006 0.013 0.088 0.011 0.813 76 G 0.032 0.007 0.013 0.012 0.063 0.111 0.028 0.735 77 D 0.012 0.011 0.032 0.165 0.302 0.110 0.050 0.318 78 E 0.017 0.005 0.046 0.127 0.213 0.109 0.040 0.443 79 V 0.028 0.015 0.049 0.322 0.273 0.050 0.050 0.214 80 W 0.005 0.010 0.073 0.118 0.526 0.046 0.022 0.200 81 G 0.002 0.002 0.055 0.186 0.670 0.010 0.019 0.056 82 V 0.002 0.001 0.029 0.561 0.385 0.004 0.006 0.011 83 V 0.001 0.001 0.041 0.261 0.604 0.009 0.010 0.072 84 W 0.001 0.003 0.043 0.362 0.549 0.009 0.005 0.029 85 K 0.004 0.005 0.059 0.339 0.456 0.031 0.016 0.091 86 M 0.011 0.014 0.069 0.197 0.142 0.083 0.070 0.413 87 N 0.427 0.346 0.010 0.019 0.018 0.018 0.092 0.070 88 K 0.471 0.165 0.013 0.004 0.005 0.043 0.101 0.199 89 S 0.028 0.094 0.014 0.008 0.008 0.065 0.135 0.647 90 N 0.117 0.370 0.006 0.003 0.005 0.051 0.128 0.319 91 L 0.187 0.359 0.009 0.006 0.008 0.096 0.058 0.277 92 N 0.103 0.430 0.008 0.006 0.009 0.064 0.024 0.356 93 S 0.048 0.357 0.015 0.006 0.011 0.059 0.082 0.423 94 L 0.082 0.371 0.039 0.012 0.017 0.097 0.114 0.269 95 D 0.278 0.193 0.051 0.023 0.023 0.052 0.202 0.179 96 E 0.185 0.102 0.024 0.010 0.015 0.092 0.050 0.521 97 Q 0.083 0.036 0.034 0.017 0.031 0.083 0.050 0.665 98 E 0.021 0.014 0.022 0.034 0.055 0.143 0.039 0.673 99 G 0.015 0.005 0.028 0.031 0.052 0.111 0.062 0.697 100 V 0.174 0.007 0.016 0.039 0.031 0.110 0.050 0.574 101 K 0.404 0.011 0.009 0.016 0.021 0.056 0.051 0.432 102 S 0.036 0.004 0.010 0.010 0.035 0.104 0.015 0.785 103 G 0.017 0.004 0.034 0.063 0.254 0.084 0.029 0.514 104 M 0.005 0.002 0.028 0.173 0.391 0.050 0.042 0.308 105 Y 0.002 0.001 0.071 0.305 0.392 0.027 0.030 0.172 106 V 0.006 0.001 0.038 0.370 0.462 0.013 0.019 0.092 107 V 0.006 0.001 0.071 0.263 0.295 0.025 0.031 0.308 108 I 0.002 0.001 0.078 0.287 0.505 0.022 0.010 0.096 109 E 0.002 0.001 0.038 0.166 0.463 0.023 0.017 0.291 110 V 0.002 0.001 0.041 0.475 0.334 0.019 0.015 0.114 111 K 0.003 0.001 0.069 0.348 0.409 0.022 0.015 0.133 112 V 0.006 0.001 0.045 0.363 0.300 0.031 0.036 0.219 113 A 0.016 0.001 0.137 0.212 0.179 0.046 0.050 0.360 114 T 0.458 0.002 0.023 0.038 0.047 0.047 0.040 0.344 115 Q 0.384 0.002 0.008 0.018 0.016 0.045 0.026 0.503 116 E 0.017 0.001 0.006 0.006 0.037 0.089 0.005 0.839 117 G 0.007 0.001 0.014 0.020 0.092 0.087 0.026 0.753 118 K 0.007 0.002 0.022 0.392 0.318 0.047 0.030 0.182 119 E 0.003 0.002 0.055 0.138 0.248 0.048 0.032 0.474 120 I 0.004 0.002 0.074 0.361 0.385 0.024 0.026 0.123 121 T 0.005 0.004 0.137 0.226 0.452 0.019 0.055 0.102 122 C 0.002 0.004 0.104 0.282 0.430 0.023 0.029 0.127 123 R 0.001 0.002 0.148 0.262 0.546 0.007 0.018 0.017 124 S 0.002 0.002 0.097 0.290 0.467 0.012 0.062 0.068 125 Y 0.001 0.001 0.181 0.402 0.352 0.010 0.026 0.027 126 L 0.006 0.003 0.135 0.241 0.444 0.030 0.033 0.109 127 M 0.034 0.005 0.109 0.204 0.234 0.078 0.058 0.278 128 T 0.039 0.006 0.078 0.090 0.112 0.098 0.086 0.491 129 N 0.086 0.009 0.028 0.021 0.038 0.140 0.071 0.606 130 Y 0.187 0.007 0.020 0.021 0.028 0.119 0.074 0.544 131 E 0.064 0.003 0.010 0.013 0.016 0.104 0.025 0.764 132 S 0.031 0.003 0.010 0.010 0.025 0.090 0.046 0.784 133 A 0.039 0.006 0.010 0.012 0.017 0.164 0.036 0.717 134 P 0.013 0.007 0.012 0.014 0.014 0.173 0.027 0.741 135 P 0.041 0.073 0.005 0.003 0.003 0.075 0.035 0.764 136 S 0.222 0.664 0.002 0.001 0.001 0.017 0.039 0.055 137 P 0.043 0.779 0.004 0.001 0.002 0.026 0.029 0.117 138 Q 0.020 0.851 0.004 0.003 0.006 0.017 0.038 0.061 139 Y 0.015 0.876 0.004 0.002 0.006 0.012 0.056 0.029 140 K 0.007 0.853 0.006 0.006 0.013 0.012 0.072 0.031 141 K 0.010 0.751 0.033 0.018 0.030 0.018 0.083 0.057 142 I 0.023 0.614 0.073 0.044 0.057 0.032 0.087 0.069 143 I 0.092 0.463 0.122 0.040 0.069 0.044 0.079 0.091 144 C 0.080 0.241 0.118 0.054 0.070 0.065 0.142 0.230 145 M 0.062 0.203 0.066 0.041 0.052 0.080 0.058 0.439 146 G 0.085 0.070 0.093 0.041 0.057 0.109 0.201 0.344 147 A 0.060 0.020 0.098 0.048 0.046 0.128 0.193 0.407 148 K 0.658 0.006 0.009 0.006 0.009 0.035 0.020 0.258 149 E 0.141 0.002 0.004 0.003 0.004 0.066 0.037 0.743 150 N 0.004 0.003 0.006 0.002 0.007 0.132 0.009 0.837 151 G 0.006 0.007 0.004 0.003 0.007 0.115 0.007 0.850 152 L 0.030 0.132 0.010 0.023 0.008 0.103 0.030 0.665 153 P 0.061 0.870 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 0.038 154 L 0.035 0.897 0.003 0.001 0.001 0.005 0.035 0.023 155 E 0.011 0.907 0.011 0.003 0.003 0.006 0.026 0.033 156 Y 0.033 0.900 0.007 0.001 0.002 0.005 0.032 0.019 157 Q 0.069 0.804 0.021 0.003 0.004 0.011 0.056 0.033 158 E 0.065 0.533 0.039 0.012 0.011 0.030 0.076 0.235 159 K 0.085 0.270 0.023 0.006 0.007 0.056 0.111 0.442 160 L 0.252 0.228 0.027 0.009 0.009 0.063 0.099 0.314 161 K 0.178 0.053 0.013 0.010 0.011 0.077 0.046 0.612 162 A 0.015 0.012 0.012 0.005 0.008 0.091 0.081 0.777 163 I 0.039 0.017 0.032 0.013 0.015 0.159 0.074 0.652 164 E 0.523 0.016 0.012 0.009 0.010 0.076 0.041 0.313 165 P 0.058 0.007 0.007 0.003 0.004 0.082 0.028 0.810 166 N 0.014 0.008 0.026 0.007 0.021 0.172 0.026 0.726 167 D 0.079 0.015 0.020 0.013 0.021 0.140 0.038 0.674 168 Y 0.126 0.032 0.019 0.024 0.015 0.117 0.038 0.629 169 T 0.040 0.044 0.019 0.006 0.014 0.088 0.079 0.710 170 G 0.071 0.164 0.018 0.017 0.022 0.102 0.125 0.482 171 K 0.039 0.342 0.023 0.021 0.016 0.085 0.047 0.426 172 V 0.032 0.800 0.003 0.003 0.003 0.017 0.020 0.123 173 S 0.027 0.882 0.002 0.001 0.002 0.006 0.052 0.027 174 E 0.007 0.887 0.002 0.002 0.002 0.007 0.061 0.032 175 E 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.012 176 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 177 E 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 178 D 0.006 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 179 I 0.057 0.738 0.033 0.003 0.002 0.010 0.132 0.024 180 I 0.249 0.532 0.020 0.003 0.002 0.019 0.098 0.077 181 K 0.093 0.099 0.016 0.002 0.003 0.037 0.285 0.464 182 K 0.022 0.072 0.011 0.002 0.003 0.083 0.131 0.677 183 G 0.051 0.062 0.025 0.009 0.009 0.111 0.200 0.535 184 E 0.102 0.057 0.014 0.010 0.010 0.114 0.066 0.627 185 T 0.155 0.036 0.016 0.006 0.010 0.083 0.069 0.626 186 Q 0.057 0.024 0.019 0.015 0.017 0.147 0.046 0.676 187 T 0.040 0.020 0.024 0.011 0.022 0.109 0.067 0.706 188 L 0.049 0.024 0.030 0.025 0.027 0.140 0.060 0.645