# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.396 0.196 0.068 0.127 0.073 0.049 0.038 0.020 0.017 0.010 0.006 2 A 0.315 0.098 0.038 0.086 0.076 0.074 0.093 0.068 0.063 0.051 0.038 3 N 0.313 0.258 0.072 0.122 0.078 0.056 0.046 0.023 0.018 0.010 0.005 4 S 0.254 0.227 0.077 0.154 0.096 0.065 0.056 0.030 0.023 0.013 0.006 5 G 0.342 0.121 0.061 0.097 0.077 0.068 0.073 0.047 0.047 0.037 0.029 6 C 0.069 0.079 0.063 0.146 0.126 0.118 0.140 0.090 0.084 0.054 0.033 7 K 0.195 0.148 0.113 0.188 0.130 0.086 0.069 0.030 0.022 0.013 0.006 8 D 0.169 0.136 0.089 0.177 0.129 0.100 0.094 0.046 0.032 0.018 0.009 9 V 0.097 0.061 0.040 0.085 0.087 0.095 0.148 0.109 0.115 0.094 0.069 10 T 0.204 0.248 0.067 0.165 0.104 0.074 0.064 0.030 0.023 0.013 0.008 11 G 0.173 0.082 0.037 0.101 0.094 0.095 0.129 0.094 0.091 0.064 0.041 12 P 0.360 0.211 0.062 0.126 0.079 0.052 0.045 0.023 0.019 0.012 0.010 13 D 0.369 0.268 0.074 0.158 0.066 0.032 0.018 0.007 0.005 0.002 0.002 14 E 0.449 0.161 0.049 0.115 0.079 0.057 0.045 0.019 0.014 0.007 0.005 15 E 0.227 0.220 0.104 0.207 0.118 0.065 0.037 0.011 0.006 0.003 0.001 16 S 0.032 0.057 0.047 0.161 0.162 0.148 0.172 0.088 0.073 0.041 0.020 17 F 0.006 0.012 0.014 0.059 0.120 0.175 0.255 0.160 0.112 0.058 0.028 18 L 0.002 0.006 0.011 0.045 0.078 0.132 0.264 0.180 0.148 0.091 0.044 19 Y 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.019 0.089 0.154 0.252 0.272 0.192 20 F 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 0.019 0.089 0.162 0.248 0.248 0.212 21 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.049 0.117 0.240 0.294 0.275 22 Y 0.001 0.004 0.008 0.022 0.026 0.045 0.154 0.191 0.250 0.193 0.105 23 G 0.004 0.008 0.009 0.027 0.033 0.064 0.167 0.183 0.218 0.179 0.109 24 S 0.011 0.026 0.021 0.056 0.055 0.068 0.153 0.155 0.185 0.156 0.114 25 N 0.018 0.025 0.021 0.048 0.053 0.073 0.144 0.147 0.182 0.160 0.129 26 L 0.033 0.044 0.029 0.090 0.117 0.141 0.190 0.127 0.114 0.075 0.039 27 L 0.027 0.062 0.032 0.097 0.092 0.099 0.155 0.125 0.146 0.104 0.060 28 T 0.072 0.085 0.048 0.157 0.165 0.149 0.129 0.073 0.066 0.038 0.018 29 E 0.291 0.094 0.079 0.128 0.087 0.071 0.086 0.053 0.054 0.036 0.020 30 R 0.094 0.096 0.094 0.164 0.127 0.121 0.136 0.074 0.054 0.027 0.013 31 I 0.020 0.015 0.023 0.035 0.039 0.072 0.155 0.157 0.198 0.168 0.118 32 H 0.025 0.052 0.082 0.149 0.171 0.156 0.168 0.088 0.062 0.033 0.014 33 L 0.042 0.082 0.213 0.141 0.106 0.096 0.105 0.070 0.073 0.047 0.026 34 R 0.090 0.084 0.061 0.146 0.141 0.139 0.148 0.073 0.059 0.037 0.022 35 N 0.122 0.083 0.028 0.077 0.070 0.076 0.128 0.123 0.134 0.098 0.061 36 P 0.249 0.114 0.053 0.115 0.105 0.094 0.107 0.063 0.053 0.032 0.015 37 S 0.316 0.223 0.081 0.132 0.084 0.058 0.050 0.024 0.018 0.009 0.005 38 A 0.099 0.041 0.018 0.057 0.059 0.081 0.138 0.130 0.158 0.128 0.091 39 A 0.129 0.114 0.072 0.182 0.150 0.119 0.102 0.053 0.042 0.024 0.013 40 F 0.057 0.082 0.099 0.146 0.127 0.122 0.143 0.087 0.070 0.042 0.023 41 F 0.017 0.021 0.030 0.089 0.106 0.132 0.186 0.137 0.130 0.093 0.060 42 C 0.015 0.023 0.025 0.055 0.061 0.086 0.190 0.165 0.174 0.130 0.076 43 V 0.020 0.051 0.083 0.269 0.234 0.150 0.107 0.040 0.026 0.013 0.007 44 A 0.003 0.003 0.006 0.007 0.009 0.016 0.061 0.113 0.229 0.274 0.277 45 R 0.010 0.046 0.055 0.268 0.250 0.166 0.132 0.041 0.021 0.008 0.003 46 L 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.013 0.053 0.106 0.235 0.278 0.295 47 Q 0.071 0.109 0.112 0.309 0.204 0.108 0.061 0.015 0.007 0.003 0.001 48 D 0.338 0.246 0.102 0.165 0.069 0.034 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 49 F 0.005 0.005 0.004 0.015 0.022 0.044 0.125 0.151 0.210 0.218 0.200 50 K 0.049 0.159 0.092 0.268 0.190 0.114 0.077 0.024 0.014 0.007 0.006 51 L 0.002 0.004 0.004 0.011 0.017 0.030 0.091 0.135 0.219 0.247 0.241 52 D 0.026 0.071 0.066 0.221 0.178 0.135 0.130 0.064 0.049 0.032 0.029 53 F 0.012 0.012 0.007 0.032 0.043 0.064 0.143 0.152 0.195 0.191 0.148 54 G 0.062 0.063 0.033 0.124 0.117 0.115 0.150 0.104 0.098 0.075 0.060 55 N 0.116 0.109 0.061 0.153 0.113 0.092 0.113 0.076 0.072 0.055 0.040 56 S 0.186 0.131 0.062 0.148 0.102 0.079 0.091 0.060 0.058 0.048 0.036 57 Q 0.215 0.175 0.063 0.173 0.127 0.090 0.069 0.035 0.027 0.015 0.009 58 G 0.187 0.120 0.067 0.136 0.100 0.082 0.087 0.059 0.066 0.054 0.045 59 K 0.130 0.162 0.064 0.172 0.141 0.109 0.100 0.051 0.039 0.021 0.012 60 T 0.122 0.071 0.038 0.088 0.087 0.092 0.126 0.095 0.112 0.091 0.078 61 S 0.092 0.090 0.036 0.113 0.110 0.099 0.131 0.099 0.096 0.074 0.060 62 Q 0.210 0.123 0.082 0.185 0.139 0.094 0.071 0.034 0.029 0.020 0.013 63 T 0.088 0.094 0.061 0.161 0.147 0.121 0.119 0.069 0.062 0.044 0.034 64 W 0.014 0.016 0.014 0.053 0.074 0.107 0.185 0.160 0.168 0.130 0.079 65 H 0.035 0.054 0.040 0.112 0.134 0.135 0.171 0.109 0.097 0.066 0.046 66 G 0.032 0.021 0.016 0.045 0.056 0.072 0.142 0.153 0.176 0.157 0.130 67 G 0.008 0.007 0.005 0.026 0.043 0.072 0.180 0.180 0.203 0.158 0.116 68 I 0.003 0.004 0.004 0.015 0.018 0.030 0.090 0.128 0.215 0.232 0.262 69 A 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.016 0.066 0.110 0.218 0.269 0.302 70 T 0.005 0.011 0.014 0.030 0.037 0.054 0.138 0.161 0.205 0.182 0.164 71 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.015 0.058 0.103 0.219 0.284 0.303 72 F 0.003 0.011 0.011 0.061 0.106 0.139 0.214 0.155 0.140 0.093 0.068 73 Q 0.073 0.117 0.070 0.229 0.176 0.125 0.108 0.044 0.030 0.016 0.012 74 S 0.054 0.068 0.038 0.157 0.167 0.160 0.168 0.081 0.053 0.034 0.021 75 P 0.465 0.209 0.056 0.143 0.066 0.031 0.018 0.005 0.003 0.002 0.002 76 G 0.552 0.188 0.043 0.114 0.053 0.024 0.014 0.005 0.003 0.002 0.002 77 D 0.071 0.098 0.046 0.167 0.148 0.146 0.156 0.071 0.051 0.029 0.017 78 E 0.028 0.115 0.067 0.313 0.239 0.139 0.064 0.018 0.010 0.005 0.002 79 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.062 0.123 0.255 0.276 0.254 80 W 0.002 0.020 0.029 0.231 0.299 0.203 0.140 0.043 0.021 0.008 0.003 81 G 0.001 0.002 0.002 0.009 0.014 0.026 0.087 0.176 0.273 0.264 0.148 82 V 0.004 0.010 0.012 0.101 0.166 0.202 0.263 0.128 0.073 0.030 0.012 83 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.044 0.112 0.256 0.289 0.281 84 W 0.001 0.002 0.005 0.025 0.049 0.074 0.210 0.200 0.226 0.138 0.072 85 K 0.008 0.050 0.051 0.152 0.161 0.147 0.197 0.113 0.080 0.029 0.011 86 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.070 0.141 0.262 0.292 0.206 87 N 0.059 0.627 0.096 0.162 0.041 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.505 0.142 0.052 0.170 0.086 0.030 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 89 S 0.882 0.072 0.012 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 N 0.005 0.025 0.018 0.067 0.109 0.231 0.301 0.132 0.071 0.028 0.012 91 L 0.001 0.002 0.005 0.013 0.041 0.109 0.264 0.207 0.176 0.113 0.068 92 N 0.063 0.104 0.632 0.128 0.043 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.008 0.034 0.154 0.365 0.221 0.132 0.065 0.012 0.006 0.003 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.029 0.075 0.197 0.292 0.394 95 D 0.001 0.004 0.023 0.072 0.173 0.260 0.282 0.110 0.051 0.018 0.005 96 E 0.011 0.054 0.643 0.173 0.070 0.029 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 97 Q 0.005 0.017 0.044 0.086 0.141 0.231 0.294 0.096 0.051 0.024 0.010 98 E 0.006 0.005 0.005 0.009 0.011 0.029 0.123 0.168 0.250 0.228 0.167 99 G 0.192 0.220 0.104 0.178 0.115 0.074 0.054 0.022 0.018 0.012 0.010 100 V 0.026 0.049 0.054 0.098 0.097 0.117 0.173 0.125 0.120 0.085 0.056 101 K 0.435 0.215 0.075 0.129 0.067 0.038 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 102 S 0.206 0.131 0.048 0.156 0.120 0.106 0.107 0.052 0.038 0.023 0.014 103 G 0.192 0.145 0.053 0.151 0.124 0.105 0.094 0.048 0.044 0.028 0.016 104 M 0.024 0.042 0.022 0.086 0.098 0.125 0.184 0.123 0.128 0.093 0.075 105 Y 0.007 0.011 0.009 0.031 0.042 0.064 0.139 0.157 0.201 0.188 0.153 106 V 0.026 0.074 0.061 0.231 0.203 0.139 0.124 0.058 0.040 0.024 0.020 107 V 0.020 0.031 0.030 0.123 0.131 0.123 0.149 0.122 0.118 0.091 0.063 108 I 0.016 0.017 0.014 0.091 0.144 0.169 0.241 0.145 0.095 0.045 0.022 109 E 0.071 0.179 0.114 0.344 0.172 0.070 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 110 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.090 0.145 0.242 0.264 0.227 111 K 0.090 0.263 0.129 0.356 0.120 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.045 0.106 0.246 0.301 0.289 113 A 0.022 0.116 0.077 0.304 0.235 0.131 0.075 0.021 0.012 0.005 0.003 114 T 0.008 0.020 0.009 0.055 0.079 0.121 0.258 0.174 0.144 0.081 0.051 115 Q 0.309 0.182 0.075 0.193 0.112 0.062 0.039 0.013 0.008 0.004 0.003 116 E 0.443 0.271 0.050 0.138 0.054 0.023 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 117 G 0.442 0.114 0.028 0.101 0.074 0.059 0.058 0.036 0.033 0.029 0.025 118 K 0.182 0.330 0.068 0.228 0.104 0.052 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 119 E 0.055 0.152 0.131 0.330 0.195 0.086 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 120 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.064 0.204 0.230 0.232 0.152 0.078 121 T 0.016 0.091 0.088 0.414 0.266 0.090 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 122 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.079 0.232 0.342 0.325 123 R 0.003 0.013 0.011 0.125 0.224 0.252 0.239 0.080 0.038 0.012 0.004 124 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.088 0.248 0.325 0.307 125 Y 0.001 0.002 0.002 0.019 0.039 0.076 0.197 0.219 0.223 0.146 0.077 126 L 0.002 0.008 0.006 0.025 0.034 0.052 0.146 0.207 0.248 0.172 0.101 127 M 0.003 0.008 0.006 0.033 0.049 0.067 0.156 0.191 0.237 0.170 0.080 128 T 0.046 0.097 0.056 0.206 0.187 0.160 0.138 0.060 0.033 0.012 0.005 129 N 0.190 0.169 0.057 0.200 0.146 0.092 0.076 0.035 0.022 0.011 0.004 130 Y 0.056 0.069 0.028 0.098 0.112 0.132 0.181 0.126 0.105 0.061 0.031 131 E 0.282 0.150 0.052 0.117 0.093 0.082 0.093 0.049 0.043 0.026 0.014 132 S 0.371 0.161 0.046 0.108 0.079 0.065 0.071 0.040 0.031 0.018 0.009 133 A 0.185 0.083 0.032 0.092 0.087 0.091 0.131 0.095 0.099 0.069 0.037 134 P 0.092 0.072 0.030 0.083 0.102 0.124 0.168 0.114 0.109 0.069 0.038 135 P 0.044 0.087 0.029 0.078 0.086 0.100 0.144 0.116 0.128 0.106 0.083 136 S 0.031 0.090 0.027 0.099 0.137 0.145 0.179 0.121 0.096 0.050 0.025 137 P 0.687 0.092 0.048 0.082 0.047 0.023 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 138 Q 0.175 0.205 0.093 0.256 0.136 0.065 0.043 0.015 0.008 0.003 0.002 139 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.038 0.145 0.218 0.287 0.195 0.102 140 K 0.001 0.004 0.015 0.080 0.167 0.240 0.271 0.114 0.067 0.030 0.011 141 K 0.025 0.070 0.621 0.168 0.064 0.027 0.015 0.004 0.003 0.002 0.001 142 I 0.001 0.001 0.004 0.020 0.048 0.125 0.304 0.212 0.158 0.089 0.038 143 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.056 0.192 0.329 0.403 144 C 0.001 0.002 0.029 0.065 0.161 0.241 0.274 0.115 0.072 0.032 0.010 145 M 0.003 0.026 0.250 0.204 0.167 0.139 0.116 0.045 0.030 0.014 0.006 146 G 0.001 0.002 0.002 0.007 0.012 0.035 0.161 0.201 0.241 0.211 0.126 147 A 0.006 0.006 0.006 0.019 0.028 0.056 0.165 0.190 0.236 0.183 0.105 148 K 0.037 0.112 0.135 0.250 0.198 0.129 0.085 0.029 0.016 0.007 0.003 149 E 0.123 0.139 0.147 0.178 0.130 0.115 0.091 0.035 0.024 0.012 0.006 150 N 0.129 0.065 0.030 0.084 0.079 0.093 0.167 0.122 0.109 0.075 0.047 151 G 0.506 0.154 0.043 0.077 0.053 0.043 0.046 0.025 0.024 0.017 0.012 152 L 0.026 0.070 0.024 0.071 0.085 0.109 0.166 0.127 0.137 0.110 0.074 153 P 0.076 0.163 0.047 0.127 0.123 0.112 0.118 0.080 0.075 0.046 0.031 154 L 0.321 0.109 0.063 0.145 0.132 0.099 0.077 0.027 0.016 0.008 0.003 155 E 0.265 0.186 0.120 0.229 0.103 0.048 0.029 0.010 0.006 0.003 0.001 156 Y 0.002 0.004 0.006 0.020 0.033 0.070 0.188 0.203 0.222 0.154 0.098 157 Q 0.008 0.010 0.034 0.065 0.097 0.148 0.235 0.155 0.132 0.078 0.037 158 E 0.033 0.066 0.555 0.188 0.084 0.039 0.021 0.006 0.004 0.002 0.001 159 K 0.004 0.015 0.065 0.092 0.121 0.200 0.278 0.109 0.069 0.033 0.013 160 L 0.002 0.002 0.006 0.009 0.011 0.023 0.087 0.137 0.233 0.258 0.233 161 K 0.090 0.130 0.332 0.215 0.123 0.059 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 162 A 0.049 0.095 0.217 0.194 0.150 0.129 0.099 0.035 0.021 0.009 0.003 163 I 0.012 0.010 0.007 0.017 0.022 0.042 0.119 0.137 0.209 0.220 0.205 164 E 0.152 0.191 0.080 0.149 0.120 0.101 0.105 0.045 0.031 0.017 0.010 165 P 0.245 0.162 0.129 0.148 0.095 0.072 0.064 0.033 0.027 0.016 0.008 166 N 0.231 0.100 0.045 0.099 0.096 0.103 0.131 0.075 0.059 0.039 0.023 167 D 0.363 0.216 0.068 0.145 0.081 0.050 0.037 0.017 0.013 0.007 0.004 168 Y 0.053 0.043 0.018 0.053 0.071 0.093 0.159 0.134 0.158 0.123 0.094 169 T 0.237 0.265 0.113 0.159 0.086 0.058 0.043 0.017 0.012 0.006 0.003 170 G 0.322 0.121 0.046 0.104 0.090 0.083 0.099 0.060 0.043 0.022 0.010 171 K 0.533 0.201 0.066 0.098 0.048 0.024 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 172 V 0.025 0.093 0.042 0.100 0.107 0.140 0.181 0.119 0.101 0.061 0.031 173 S 0.024 0.034 0.037 0.090 0.141 0.186 0.231 0.119 0.082 0.038 0.017 174 E 0.419 0.134 0.199 0.142 0.060 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 175 E 0.014 0.059 0.191 0.342 0.201 0.111 0.060 0.015 0.006 0.002 0.001 176 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.021 0.103 0.159 0.264 0.243 0.191 177 E 0.001 0.005 0.087 0.128 0.182 0.244 0.239 0.067 0.031 0.012 0.003 178 D 0.004 0.025 0.815 0.105 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.001 0.004 0.034 0.039 0.081 0.207 0.387 0.136 0.073 0.028 0.009 180 I 0.001 0.001 0.015 0.007 0.007 0.013 0.077 0.125 0.242 0.279 0.233 181 K 0.004 0.025 0.346 0.215 0.194 0.121 0.070 0.016 0.007 0.002 0.001 182 K 0.015 0.061 0.555 0.214 0.092 0.042 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 183 G 0.139 0.080 0.045 0.055 0.070 0.128 0.223 0.112 0.082 0.047 0.020 184 E 0.175 0.124 0.096 0.115 0.092 0.095 0.134 0.068 0.052 0.032 0.016 185 T 0.186 0.197 0.166 0.125 0.091 0.074 0.072 0.037 0.028 0.016 0.008 186 Q 0.288 0.171 0.153 0.158 0.083 0.058 0.042 0.019 0.016 0.009 0.005 187 T 0.314 0.212 0.078 0.118 0.081 0.064 0.060 0.030 0.024 0.014 0.008 188 L 0.260 0.102 0.051 0.101 0.084 0.084 0.097 0.069 0.069 0.050 0.032