# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.032 0.010 0.024 0.019 0.033 0.081 0.005 0.796 2 A 0.033 0.012 0.027 0.015 0.036 0.060 0.004 0.814 3 N 0.041 0.017 0.018 0.015 0.034 0.366 0.009 0.500 4 S 0.202 0.033 0.019 0.014 0.024 0.205 0.016 0.487 5 G 0.184 0.085 0.023 0.015 0.025 0.199 0.014 0.455 6 C 0.232 0.071 0.045 0.027 0.060 0.208 0.019 0.338 7 K 0.102 0.101 0.037 0.038 0.054 0.098 0.014 0.557 8 D 0.081 0.068 0.024 0.035 0.075 0.075 0.019 0.624 9 V 0.172 0.039 0.034 0.044 0.079 0.077 0.020 0.535 10 T 0.068 0.024 0.025 0.034 0.061 0.161 0.019 0.609 11 G 0.097 0.015 0.025 0.047 0.068 0.097 0.011 0.638 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 13 D 0.010 0.003 0.006 0.014 0.032 0.097 0.003 0.836 14 E 0.104 0.006 0.010 0.012 0.022 0.112 0.010 0.724 15 E 0.104 0.010 0.012 0.018 0.024 0.297 0.012 0.522 16 S 0.181 0.013 0.021 0.027 0.030 0.270 0.016 0.441 17 F 0.171 0.026 0.107 0.079 0.095 0.218 0.011 0.292 18 L 0.033 0.015 0.164 0.190 0.263 0.125 0.005 0.204 19 Y 0.012 0.014 0.211 0.253 0.360 0.030 0.003 0.118 20 F 0.006 0.014 0.284 0.236 0.350 0.017 0.002 0.091 21 A 0.004 0.017 0.301 0.239 0.297 0.026 0.003 0.113 22 Y 0.005 0.030 0.291 0.175 0.308 0.034 0.003 0.155 23 G 0.015 0.049 0.190 0.140 0.312 0.063 0.009 0.223 24 S 0.063 0.044 0.120 0.059 0.127 0.128 0.018 0.442 25 N 0.109 0.064 0.053 0.043 0.072 0.124 0.024 0.511 26 L 0.212 0.073 0.031 0.021 0.040 0.233 0.023 0.367 27 L 0.198 0.127 0.026 0.021 0.038 0.242 0.027 0.321 28 T 0.123 0.267 0.022 0.014 0.025 0.065 0.017 0.467 29 E 0.087 0.254 0.029 0.013 0.028 0.160 0.019 0.411 30 R 0.104 0.402 0.018 0.014 0.024 0.126 0.019 0.294 31 I 0.115 0.577 0.022 0.017 0.027 0.045 0.020 0.176 32 H 0.136 0.486 0.041 0.023 0.030 0.048 0.033 0.203 33 L 0.212 0.281 0.052 0.021 0.031 0.047 0.043 0.312 34 R 0.102 0.193 0.057 0.020 0.031 0.054 0.042 0.502 35 N 0.086 0.063 0.034 0.027 0.031 0.064 0.015 0.680 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 S 0.018 0.009 0.014 0.017 0.038 0.290 0.006 0.608 38 A 0.322 0.020 0.026 0.011 0.017 0.096 0.012 0.497 39 A 0.083 0.066 0.029 0.034 0.036 0.138 0.008 0.606 40 F 0.133 0.057 0.059 0.043 0.058 0.150 0.017 0.483 41 F 0.175 0.084 0.097 0.072 0.102 0.099 0.014 0.357 42 C 0.061 0.047 0.108 0.208 0.233 0.062 0.013 0.267 43 V 0.012 0.015 0.056 0.078 0.132 0.029 0.004 0.674 44 A 0.018 0.024 0.154 0.308 0.321 0.024 0.006 0.144 45 R 0.040 0.016 0.060 0.124 0.214 0.062 0.009 0.475 46 L 0.041 0.019 0.138 0.188 0.377 0.044 0.006 0.187 47 Q 0.014 0.015 0.058 0.091 0.121 0.078 0.005 0.617 48 D 0.034 0.013 0.022 0.040 0.064 0.083 0.015 0.729 49 F 0.328 0.018 0.052 0.037 0.069 0.103 0.019 0.374 50 K 0.079 0.036 0.088 0.098 0.138 0.158 0.011 0.391 51 L 0.032 0.050 0.073 0.143 0.194 0.088 0.014 0.405 52 D 0.055 0.073 0.104 0.106 0.173 0.091 0.014 0.384 53 F 0.064 0.077 0.126 0.139 0.175 0.063 0.013 0.344 54 G 0.050 0.039 0.094 0.086 0.123 0.138 0.016 0.455 55 N 0.082 0.031 0.073 0.064 0.108 0.111 0.019 0.513 56 S 0.071 0.029 0.045 0.033 0.052 0.100 0.011 0.659 57 Q 0.060 0.017 0.033 0.028 0.050 0.325 0.016 0.470 58 G 0.147 0.025 0.032 0.027 0.035 0.206 0.027 0.501 59 K 0.159 0.041 0.070 0.040 0.048 0.202 0.015 0.424 60 T 0.049 0.031 0.056 0.043 0.056 0.175 0.012 0.577 61 S 0.079 0.031 0.043 0.047 0.101 0.154 0.008 0.536 62 Q 0.029 0.022 0.033 0.037 0.080 0.097 0.005 0.696 63 T 0.046 0.033 0.017 0.024 0.062 0.355 0.011 0.452 64 W 0.146 0.093 0.036 0.029 0.048 0.229 0.020 0.398 65 H 0.058 0.129 0.023 0.030 0.031 0.083 0.018 0.628 66 G 0.172 0.061 0.071 0.051 0.057 0.091 0.052 0.446 67 G 0.186 0.027 0.143 0.056 0.071 0.115 0.023 0.379 68 I 0.054 0.018 0.111 0.100 0.201 0.082 0.010 0.424 69 A 0.024 0.015 0.154 0.146 0.247 0.066 0.005 0.342 70 T 0.025 0.015 0.150 0.200 0.237 0.116 0.008 0.250 71 I 0.056 0.023 0.158 0.129 0.193 0.072 0.009 0.360 72 F 0.033 0.021 0.207 0.211 0.269 0.057 0.007 0.195 73 Q 0.023 0.010 0.053 0.077 0.150 0.060 0.012 0.614 74 S 0.042 0.012 0.044 0.062 0.177 0.180 0.008 0.475 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 G 0.021 0.003 0.007 0.019 0.029 0.347 0.018 0.556 77 D 0.721 0.002 0.006 0.007 0.005 0.046 0.028 0.186 78 E 0.134 0.008 0.073 0.034 0.041 0.143 0.009 0.558 79 V 0.064 0.006 0.078 0.161 0.269 0.168 0.005 0.250 80 W 0.017 0.003 0.136 0.188 0.224 0.056 0.003 0.373 81 G 0.009 0.003 0.106 0.275 0.361 0.040 0.003 0.203 82 V 0.013 0.002 0.317 0.214 0.332 0.031 0.002 0.090 83 V 0.003 0.002 0.108 0.333 0.439 0.020 0.001 0.094 84 W 0.004 0.002 0.153 0.245 0.536 0.019 0.001 0.041 85 K 0.006 0.006 0.166 0.364 0.281 0.027 0.003 0.148 86 M 0.020 0.006 0.304 0.151 0.276 0.053 0.004 0.186 87 N 0.011 0.010 0.059 0.088 0.242 0.137 0.003 0.450 88 K 0.006 0.004 0.010 0.005 0.045 0.022 0.002 0.905 89 S 0.014 0.008 0.003 0.002 0.006 0.387 0.004 0.576 90 N 0.100 0.023 0.001 0.001 0.002 0.673 0.015 0.186 91 L 0.116 0.754 0.006 0.003 0.004 0.013 0.005 0.099 92 N 0.020 0.665 0.013 0.006 0.013 0.079 0.010 0.195 93 S 0.136 0.554 0.019 0.008 0.010 0.031 0.016 0.225 94 L 0.209 0.639 0.017 0.008 0.023 0.021 0.014 0.069 95 D 0.078 0.667 0.023 0.037 0.045 0.028 0.020 0.102 96 E 0.083 0.507 0.086 0.025 0.063 0.041 0.025 0.172 97 Q 0.116 0.237 0.020 0.021 0.029 0.386 0.041 0.151 98 E 0.530 0.176 0.039 0.030 0.022 0.067 0.055 0.082 99 G 0.182 0.244 0.062 0.044 0.033 0.050 0.042 0.342 100 V 0.071 0.053 0.311 0.079 0.120 0.071 0.028 0.268 101 K 0.012 0.021 0.036 0.054 0.088 0.076 0.008 0.704 102 S 0.021 0.017 0.026 0.042 0.083 0.062 0.016 0.734 103 G 0.208 0.015 0.062 0.082 0.054 0.098 0.069 0.412 104 M 0.411 0.003 0.073 0.055 0.078 0.161 0.019 0.200 105 Y 0.029 0.002 0.065 0.335 0.277 0.056 0.005 0.231 106 V 0.012 0.001 0.042 0.298 0.485 0.029 0.001 0.132 107 V 0.002 0.001 0.029 0.215 0.239 0.015 0.001 0.499 108 I 0.001 0.001 0.055 0.434 0.460 0.008 0.001 0.041 109 E 0.003 0.001 0.027 0.183 0.433 0.019 0.001 0.334 110 V 0.003 0.001 0.058 0.352 0.542 0.011 0.001 0.033 111 K 0.002 0.001 0.033 0.307 0.328 0.023 0.001 0.307 112 V 0.002 0.001 0.035 0.250 0.542 0.019 0.001 0.152 113 A 0.007 0.001 0.056 0.297 0.446 0.036 0.001 0.157 114 T 0.008 0.002 0.022 0.253 0.382 0.039 0.002 0.291 115 Q 0.024 0.004 0.029 0.096 0.241 0.117 0.006 0.483 116 E 0.030 0.004 0.008 0.026 0.044 0.321 0.019 0.548 117 G 0.281 0.012 0.010 0.031 0.019 0.071 0.130 0.445 118 K 0.397 0.003 0.029 0.034 0.042 0.285 0.021 0.189 119 E 0.002 0.001 0.004 0.017 0.015 0.025 0.001 0.936 120 I 0.029 0.001 0.024 0.240 0.580 0.061 0.002 0.063 121 T 0.009 0.001 0.028 0.276 0.268 0.041 0.001 0.376 122 C 0.005 0.001 0.040 0.267 0.535 0.032 0.001 0.121 123 R 0.004 0.001 0.087 0.413 0.480 0.008 0.001 0.007 124 S 0.002 0.001 0.062 0.390 0.511 0.007 0.001 0.026 125 Y 0.001 0.001 0.169 0.325 0.482 0.004 0.001 0.019 126 L 0.001 0.001 0.160 0.297 0.446 0.015 0.001 0.079 127 M 0.002 0.002 0.175 0.228 0.496 0.022 0.002 0.073 128 T 0.008 0.005 0.084 0.135 0.327 0.081 0.004 0.356 129 N 0.027 0.004 0.032 0.035 0.086 0.082 0.009 0.726 130 Y 0.079 0.006 0.014 0.014 0.028 0.185 0.010 0.664 131 E 0.076 0.014 0.018 0.015 0.020 0.249 0.021 0.587 132 S 0.084 0.034 0.014 0.010 0.017 0.164 0.021 0.656 133 A 0.230 0.042 0.016 0.008 0.016 0.076 0.023 0.588 134 P 0.011 0.003 0.003 0.002 0.002 0.018 0.001 0.960 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 S 0.041 0.008 0.010 0.018 0.053 0.183 0.003 0.684 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 Q 0.007 0.012 0.001 0.003 0.008 0.316 0.001 0.652 139 Y 0.231 0.107 0.003 0.002 0.004 0.248 0.004 0.401 140 K 0.047 0.818 0.002 0.002 0.003 0.013 0.001 0.115 141 K 0.015 0.924 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.048 142 I 0.031 0.897 0.007 0.003 0.003 0.006 0.006 0.047 143 I 0.008 0.968 0.002 0.003 0.006 0.002 0.002 0.009 144 C 0.008 0.940 0.008 0.008 0.014 0.003 0.004 0.016 145 M 0.017 0.914 0.010 0.010 0.008 0.005 0.009 0.026 146 G 0.085 0.754 0.025 0.017 0.012 0.007 0.029 0.071 147 A 0.103 0.600 0.067 0.026 0.043 0.015 0.025 0.121 148 K 0.067 0.383 0.046 0.029 0.059 0.045 0.036 0.337 149 E 0.110 0.289 0.037 0.015 0.019 0.061 0.030 0.439 150 N 0.176 0.237 0.020 0.010 0.009 0.050 0.093 0.406 151 G 0.780 0.007 0.006 0.002 0.001 0.005 0.104 0.095 152 L 0.169 0.013 0.389 0.012 0.012 0.189 0.008 0.207 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 154 L 0.003 0.008 0.007 0.004 0.020 0.041 0.001 0.917 155 E 0.018 0.025 0.004 0.002 0.004 0.235 0.002 0.710 156 Y 0.082 0.378 0.006 0.003 0.007 0.135 0.002 0.386 157 Q 0.010 0.943 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.034 158 E 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 159 K 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 160 L 0.027 0.955 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 161 K 0.037 0.897 0.004 0.004 0.004 0.004 0.016 0.034 162 A 0.136 0.642 0.013 0.006 0.006 0.009 0.054 0.135 163 I 0.300 0.418 0.035 0.010 0.014 0.012 0.084 0.126 164 E 0.104 0.238 0.077 0.045 0.041 0.060 0.031 0.405 165 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 166 N 0.026 0.016 0.027 0.036 0.048 0.106 0.010 0.732 167 D 0.311 0.010 0.017 0.009 0.008 0.039 0.020 0.586 168 Y 0.154 0.022 0.093 0.023 0.031 0.151 0.009 0.517 169 T 0.049 0.013 0.028 0.013 0.019 0.241 0.005 0.632 170 G 0.114 0.027 0.025 0.012 0.018 0.080 0.013 0.710 171 K 0.104 0.015 0.021 0.010 0.012 0.177 0.008 0.653 172 V 0.025 0.012 0.015 0.006 0.009 0.147 0.003 0.783 173 S 0.055 0.046 0.016 0.012 0.061 0.188 0.005 0.618 174 E 0.020 0.056 0.006 0.005 0.017 0.085 0.002 0.808 175 E 0.023 0.110 0.002 0.002 0.005 0.225 0.002 0.630 176 I 0.044 0.570 0.002 0.002 0.006 0.069 0.004 0.304 177 E 0.005 0.927 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.059 178 D 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 179 I 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 180 I 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 181 K 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 182 K 0.023 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 183 G 0.201 0.659 0.010 0.003 0.002 0.002 0.059 0.063 184 E 0.196 0.405 0.092 0.011 0.010 0.033 0.062 0.191 185 T 0.090 0.239 0.076 0.017 0.018 0.065 0.031 0.464 186 Q 0.125 0.123 0.081 0.016 0.021 0.096 0.024 0.516 187 T 0.086 0.100 0.046 0.014 0.017 0.173 0.017 0.547 188 L 0.096 0.098 0.084 0.021 0.035 0.107 0.014 0.546