# TARGET T0342 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 461 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.153 0.229 0.361 0.065 0.059 0.048 0.021 0.005 0.049 0.006 0.001 2 A 0.506 0.064 0.274 0.073 0.024 0.024 0.008 0.007 0.008 0.012 0.002 3 N 0.414 0.089 0.144 0.226 0.026 0.047 0.021 0.006 0.022 0.004 0.001 4 S 0.400 0.080 0.159 0.287 0.030 0.012 0.015 0.004 0.012 0.003 0.001 5 G 0.178 0.018 0.088 0.085 0.052 0.006 0.062 0.377 0.006 0.128 0.001 6 C 0.164 0.163 0.439 0.088 0.035 0.052 0.019 0.004 0.031 0.004 0.002 7 K 0.299 0.164 0.338 0.099 0.021 0.035 0.019 0.004 0.016 0.004 0.002 8 D 0.149 0.173 0.343 0.130 0.044 0.071 0.037 0.005 0.045 0.002 0.001 9 V 0.155 0.237 0.454 0.053 0.034 0.036 0.006 0.002 0.019 0.002 0.002 10 T 0.160 0.192 0.413 0.139 0.025 0.045 0.004 0.002 0.015 0.001 0.003 11 G 0.036 0.091 0.363 0.005 0.165 0.006 0.016 0.016 0.046 0.256 0.001 12 P 0.241 0.006 0.557 0.043 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.125 13 D 0.184 0.085 0.261 0.266 0.041 0.073 0.032 0.018 0.029 0.008 0.001 14 E 0.283 0.122 0.272 0.153 0.052 0.025 0.034 0.022 0.024 0.013 0.001 15 E 0.352 0.087 0.319 0.117 0.046 0.021 0.018 0.015 0.009 0.014 0.001 16 S 0.291 0.176 0.290 0.133 0.053 0.019 0.011 0.010 0.011 0.004 0.002 17 F 0.135 0.471 0.270 0.019 0.038 0.029 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 18 L 0.203 0.231 0.492 0.010 0.003 0.048 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 19 Y 0.155 0.629 0.125 0.010 0.037 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 20 F 0.128 0.683 0.095 0.010 0.043 0.024 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 21 A 0.175 0.639 0.054 0.017 0.068 0.017 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 22 Y 0.146 0.498 0.111 0.040 0.045 0.049 0.007 0.001 0.099 0.003 0.001 23 G 0.286 0.110 0.160 0.060 0.190 0.024 0.042 0.045 0.018 0.063 0.002 24 S 0.496 0.069 0.218 0.118 0.055 0.021 0.007 0.003 0.004 0.008 0.001 25 N 0.252 0.020 0.068 0.503 0.010 0.042 0.057 0.027 0.018 0.002 0.001 26 L 0.084 0.210 0.456 0.042 0.016 0.083 0.049 0.003 0.055 0.001 0.001 27 L 0.095 0.121 0.587 0.024 0.025 0.079 0.026 0.004 0.029 0.008 0.002 28 T 0.599 0.059 0.164 0.060 0.034 0.020 0.022 0.020 0.007 0.010 0.005 29 E 0.741 0.073 0.080 0.045 0.023 0.012 0.009 0.007 0.005 0.004 0.001 30 R 0.751 0.058 0.063 0.089 0.008 0.013 0.005 0.002 0.008 0.003 0.001 31 I 0.677 0.056 0.069 0.125 0.010 0.021 0.021 0.004 0.014 0.002 0.001 32 H 0.506 0.094 0.079 0.186 0.021 0.035 0.050 0.009 0.018 0.002 0.001 33 L 0.389 0.189 0.223 0.078 0.025 0.040 0.024 0.003 0.026 0.002 0.002 34 R 0.318 0.123 0.280 0.187 0.010 0.054 0.008 0.002 0.015 0.001 0.002 35 N 0.033 0.127 0.339 0.014 0.039 0.058 0.085 0.001 0.300 0.003 0.001 36 P 0.650 0.006 0.260 0.045 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 37 S 0.311 0.070 0.180 0.294 0.029 0.041 0.026 0.017 0.025 0.006 0.001 38 A 0.254 0.117 0.382 0.103 0.055 0.029 0.016 0.013 0.019 0.011 0.002 39 A 0.420 0.165 0.232 0.102 0.026 0.022 0.012 0.004 0.012 0.003 0.001 40 F 0.121 0.313 0.323 0.086 0.059 0.057 0.013 0.003 0.021 0.003 0.001 41 F 0.082 0.549 0.134 0.118 0.057 0.022 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 42 C 0.011 0.536 0.146 0.006 0.251 0.015 0.008 0.001 0.023 0.003 0.001 43 V 0.019 0.490 0.404 0.010 0.008 0.048 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 44 A 0.011 0.666 0.124 0.006 0.139 0.018 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 45 R 0.008 0.741 0.174 0.003 0.019 0.031 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 46 L 0.024 0.416 0.381 0.011 0.017 0.075 0.002 0.001 0.073 0.001 0.001 47 Q 0.262 0.139 0.431 0.048 0.021 0.030 0.019 0.003 0.015 0.030 0.001 48 D 0.129 0.061 0.079 0.130 0.071 0.054 0.371 0.065 0.030 0.007 0.003 49 F 0.147 0.369 0.272 0.074 0.080 0.018 0.012 0.004 0.021 0.003 0.001 50 K 0.140 0.373 0.359 0.031 0.021 0.042 0.007 0.001 0.023 0.001 0.002 51 L 0.155 0.363 0.291 0.049 0.040 0.054 0.016 0.003 0.025 0.004 0.001 52 D 0.152 0.284 0.249 0.092 0.043 0.082 0.030 0.004 0.060 0.002 0.001 53 F 0.252 0.209 0.183 0.202 0.070 0.027 0.019 0.006 0.026 0.005 0.001 54 G 0.129 0.047 0.157 0.080 0.117 0.021 0.082 0.166 0.014 0.187 0.001 55 N 0.228 0.126 0.271 0.192 0.037 0.066 0.031 0.008 0.034 0.006 0.002 56 S 0.349 0.171 0.145 0.161 0.065 0.027 0.030 0.016 0.021 0.015 0.001 57 Q 0.187 0.075 0.152 0.425 0.020 0.032 0.075 0.006 0.024 0.004 0.001 58 G 0.072 0.032 0.129 0.062 0.108 0.013 0.129 0.348 0.008 0.099 0.001 59 K 0.247 0.191 0.260 0.166 0.044 0.033 0.024 0.008 0.018 0.007 0.001 60 T 0.153 0.203 0.272 0.140 0.102 0.035 0.028 0.018 0.026 0.021 0.001 61 S 0.117 0.203 0.355 0.074 0.169 0.030 0.007 0.006 0.020 0.016 0.001 62 Q 0.506 0.078 0.191 0.149 0.019 0.025 0.013 0.005 0.010 0.003 0.001 63 T 0.320 0.200 0.158 0.207 0.036 0.025 0.014 0.006 0.029 0.003 0.001 64 W 0.142 0.216 0.317 0.107 0.048 0.052 0.033 0.005 0.074 0.006 0.001 65 H 0.140 0.114 0.341 0.188 0.027 0.048 0.080 0.020 0.029 0.007 0.005 66 G 0.039 0.026 0.087 0.037 0.148 0.003 0.051 0.272 0.004 0.332 0.001 67 G 0.073 0.111 0.378 0.041 0.183 0.015 0.024 0.077 0.006 0.089 0.005 68 I 0.029 0.632 0.198 0.013 0.034 0.028 0.008 0.001 0.056 0.001 0.001 69 A 0.096 0.148 0.661 0.019 0.013 0.043 0.003 0.001 0.009 0.002 0.005 70 T 0.034 0.556 0.138 0.028 0.165 0.034 0.007 0.002 0.034 0.001 0.001 71 I 0.019 0.684 0.206 0.017 0.036 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 72 F 0.017 0.672 0.184 0.006 0.058 0.028 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 73 Q 0.081 0.109 0.694 0.023 0.004 0.074 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 74 S 0.015 0.435 0.347 0.001 0.073 0.008 0.003 0.001 0.115 0.002 0.001 75 P 0.161 0.001 0.779 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 76 G 0.027 0.002 0.016 0.076 0.009 0.002 0.032 0.813 0.003 0.021 0.001 77 D 0.014 0.099 0.740 0.016 0.023 0.040 0.044 0.006 0.014 0.002 0.001 78 E 0.022 0.484 0.376 0.028 0.038 0.025 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 79 V 0.007 0.656 0.258 0.003 0.030 0.027 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 80 W 0.063 0.538 0.241 0.069 0.021 0.043 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 81 G 0.003 0.211 0.059 0.002 0.713 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 82 V 0.003 0.826 0.104 0.001 0.044 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 V 0.006 0.820 0.107 0.004 0.020 0.018 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 84 W 0.015 0.799 0.083 0.004 0.050 0.025 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 85 K 0.007 0.527 0.301 0.006 0.019 0.075 0.011 0.001 0.053 0.001 0.001 86 M 0.014 0.591 0.282 0.016 0.042 0.033 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 87 N 0.001 0.088 0.789 0.001 0.022 0.072 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 88 K 0.969 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 89 S 0.924 0.001 0.005 0.063 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 N 0.600 0.002 0.007 0.326 0.002 0.020 0.015 0.003 0.023 0.001 0.001 91 L 0.910 0.004 0.022 0.050 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 92 N 0.970 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.851 0.004 0.006 0.129 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 94 L 0.786 0.031 0.117 0.042 0.003 0.012 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 95 D 0.916 0.012 0.017 0.034 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 96 E 0.858 0.048 0.021 0.054 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 97 Q 0.811 0.041 0.044 0.081 0.005 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 98 E 0.420 0.064 0.064 0.412 0.011 0.008 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 99 G 0.147 0.012 0.052 0.045 0.048 0.013 0.190 0.327 0.007 0.156 0.001 100 V 0.196 0.324 0.315 0.073 0.037 0.024 0.003 0.002 0.018 0.006 0.001 101 K 0.351 0.125 0.271 0.092 0.031 0.043 0.034 0.012 0.022 0.017 0.003 102 S 0.247 0.128 0.236 0.227 0.050 0.021 0.047 0.009 0.023 0.010 0.002 103 G 0.037 0.014 0.030 0.035 0.103 0.002 0.168 0.499 0.005 0.104 0.001 104 M 0.050 0.333 0.343 0.124 0.089 0.033 0.008 0.002 0.011 0.005 0.002 105 Y 0.004 0.664 0.201 0.008 0.089 0.008 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 106 V 0.001 0.767 0.171 0.001 0.015 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 107 V 0.001 0.297 0.665 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 I 0.001 0.870 0.036 0.002 0.039 0.010 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 109 E 0.001 0.230 0.742 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 110 V 0.001 0.853 0.062 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 111 K 0.001 0.309 0.603 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 V 0.005 0.811 0.107 0.005 0.029 0.018 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 113 A 0.011 0.622 0.199 0.005 0.069 0.048 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 114 T 0.062 0.229 0.600 0.023 0.041 0.030 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 115 Q 0.498 0.161 0.147 0.094 0.031 0.021 0.011 0.004 0.026 0.007 0.001 116 E 0.167 0.044 0.230 0.420 0.018 0.017 0.063 0.004 0.021 0.015 0.001 117 G 0.014 0.003 0.028 0.020 0.024 0.002 0.108 0.749 0.002 0.049 0.001 118 K 0.024 0.298 0.580 0.020 0.038 0.017 0.007 0.001 0.012 0.003 0.001 119 E 0.010 0.333 0.597 0.006 0.009 0.028 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 120 I 0.002 0.729 0.184 0.002 0.039 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 121 T 0.008 0.391 0.528 0.004 0.008 0.052 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 122 C 0.001 0.744 0.038 0.001 0.201 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 123 R 0.003 0.829 0.100 0.002 0.042 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 124 S 0.001 0.859 0.063 0.001 0.061 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 125 Y 0.002 0.837 0.061 0.001 0.049 0.019 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 126 L 0.008 0.724 0.184 0.006 0.010 0.039 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 127 M 0.038 0.483 0.260 0.026 0.088 0.057 0.008 0.001 0.036 0.002 0.001 128 T 0.110 0.377 0.229 0.088 0.074 0.053 0.018 0.002 0.041 0.007 0.001 129 N 0.122 0.199 0.241 0.162 0.059 0.059 0.098 0.011 0.044 0.005 0.002 130 Y 0.166 0.245 0.293 0.092 0.081 0.034 0.028 0.015 0.037 0.008 0.001 131 E 0.310 0.135 0.291 0.163 0.029 0.027 0.015 0.006 0.013 0.009 0.001 132 S 0.135 0.076 0.253 0.219 0.075 0.028 0.109 0.054 0.018 0.028 0.004 133 A 0.040 0.170 0.627 0.006 0.027 0.017 0.018 0.001 0.086 0.005 0.003 134 P 0.009 0.003 0.932 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 135 P 0.031 0.002 0.886 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 136 S 0.041 0.068 0.791 0.002 0.038 0.027 0.001 0.001 0.024 0.005 0.001 137 P 0.986 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.974 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Y 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 I 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 C 0.986 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.891 0.011 0.008 0.084 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 G 0.733 0.012 0.045 0.095 0.015 0.010 0.037 0.033 0.006 0.014 0.001 147 A 0.710 0.050 0.073 0.121 0.011 0.017 0.005 0.002 0.006 0.004 0.001 148 K 0.721 0.054 0.092 0.047 0.040 0.015 0.012 0.003 0.004 0.012 0.001 149 E 0.732 0.034 0.077 0.115 0.008 0.013 0.007 0.002 0.007 0.004 0.001 150 N 0.108 0.017 0.034 0.770 0.006 0.006 0.044 0.006 0.007 0.001 0.001 151 G 0.014 0.002 0.016 0.015 0.021 0.002 0.281 0.474 0.003 0.171 0.001 152 L 0.007 0.227 0.690 0.002 0.032 0.017 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 153 P 0.021 0.004 0.926 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 154 L 0.988 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 155 E 0.995 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 K 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.887 0.007 0.009 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 K 0.923 0.007 0.024 0.026 0.003 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 162 A 0.725 0.013 0.030 0.203 0.008 0.008 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 163 I 0.444 0.084 0.224 0.192 0.004 0.031 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 164 E 0.181 0.158 0.431 0.005 0.019 0.039 0.023 0.002 0.135 0.007 0.001 165 P 0.377 0.004 0.529 0.028 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 166 N 0.265 0.040 0.104 0.402 0.019 0.036 0.087 0.030 0.015 0.002 0.001 167 D 0.170 0.055 0.136 0.194 0.045 0.081 0.235 0.037 0.035 0.011 0.001 168 Y 0.161 0.245 0.285 0.142 0.037 0.070 0.013 0.003 0.040 0.002 0.001 169 T 0.242 0.120 0.289 0.273 0.026 0.023 0.010 0.002 0.012 0.003 0.001 170 G 0.222 0.027 0.206 0.034 0.134 0.009 0.025 0.155 0.006 0.182 0.001 171 K 0.724 0.028 0.107 0.096 0.007 0.018 0.007 0.004 0.006 0.001 0.001 172 V 0.690 0.054 0.113 0.076 0.008 0.028 0.006 0.003 0.019 0.005 0.001 173 S 0.880 0.014 0.063 0.024 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 174 E 0.970 0.003 0.008 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 175 E 0.961 0.004 0.010 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 176 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 I 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.977 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 K 0.603 0.006 0.014 0.369 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 G 0.278 0.008 0.064 0.080 0.019 0.010 0.191 0.284 0.007 0.059 0.001 184 E 0.515 0.051 0.147 0.183 0.016 0.053 0.016 0.002 0.012 0.004 0.001 185 T 0.360 0.134 0.168 0.216 0.055 0.027 0.012 0.007 0.015 0.004 0.001 186 Q 0.379 0.115 0.271 0.103 0.043 0.031 0.025 0.006 0.020 0.006 0.001 187 T 0.320 0.184 0.247 0.120 0.026 0.049 0.014 0.003 0.033 0.002 0.002 188 L 0.338 0.152 0.276 0.103 0.026 0.051 0.017 0.004 0.028 0.004 0.001