# TARGET T0342 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.012 0.004 0.015 0.019 0.025 0.045 0.003 0.001 0.002 0.819 2 A 0.037 0.009 0.003 0.016 0.014 0.022 0.075 0.002 0.001 0.004 0.818 3 N 0.131 0.009 0.002 0.014 0.017 0.021 0.240 0.003 0.001 0.012 0.552 4 S 0.159 0.016 0.007 0.017 0.009 0.014 0.118 0.001 0.001 0.010 0.648 5 G 0.082 0.018 0.003 0.024 0.020 0.027 0.240 0.002 0.001 0.008 0.576 6 C 0.197 0.018 0.007 0.026 0.022 0.039 0.160 0.001 0.001 0.016 0.514 7 K 0.056 0.027 0.004 0.057 0.040 0.063 0.106 0.002 0.001 0.004 0.641 8 D 0.074 0.014 0.002 0.031 0.034 0.045 0.108 0.002 0.001 0.006 0.684 9 V 0.112 0.013 0.004 0.033 0.024 0.047 0.068 0.002 0.001 0.006 0.690 10 T 0.089 0.010 0.004 0.038 0.030 0.059 0.134 0.005 0.001 0.006 0.625 11 G 0.198 0.005 0.008 0.033 0.026 0.039 0.086 0.003 0.001 0.008 0.593 12 P 0.013 0.001 0.002 0.009 0.005 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.939 13 D 0.017 0.001 0.001 0.013 0.013 0.014 0.124 0.001 0.001 0.003 0.814 14 E 0.093 0.001 0.001 0.013 0.007 0.010 0.088 0.001 0.001 0.012 0.774 15 E 0.116 0.005 0.001 0.028 0.022 0.031 0.339 0.001 0.001 0.026 0.432 16 S 0.234 0.004 0.004 0.060 0.035 0.038 0.208 0.001 0.001 0.030 0.387 17 F 0.127 0.005 0.008 0.272 0.083 0.108 0.123 0.001 0.001 0.014 0.259 18 L 0.014 0.001 0.007 0.324 0.250 0.245 0.060 0.001 0.001 0.003 0.095 19 Y 0.001 0.001 0.001 0.430 0.212 0.274 0.020 0.001 0.001 0.001 0.060 20 F 0.001 0.001 0.001 0.425 0.195 0.319 0.015 0.001 0.001 0.001 0.044 21 A 0.001 0.001 0.001 0.466 0.170 0.299 0.016 0.001 0.001 0.001 0.045 22 Y 0.001 0.002 0.001 0.271 0.131 0.295 0.054 0.001 0.001 0.002 0.243 23 G 0.006 0.003 0.001 0.256 0.164 0.308 0.067 0.001 0.001 0.008 0.187 24 S 0.018 0.011 0.001 0.087 0.084 0.137 0.238 0.001 0.001 0.012 0.410 25 N 0.042 0.025 0.002 0.036 0.043 0.066 0.199 0.003 0.001 0.015 0.569 26 L 0.159 0.069 0.008 0.030 0.053 0.071 0.218 0.005 0.001 0.033 0.355 27 L 0.178 0.109 0.012 0.010 0.022 0.036 0.289 0.004 0.001 0.023 0.316 28 T 0.068 0.109 0.012 0.008 0.012 0.019 0.110 0.005 0.001 0.005 0.651 29 E 0.045 0.104 0.004 0.006 0.009 0.012 0.088 0.003 0.001 0.005 0.724 30 R 0.071 0.116 0.004 0.006 0.017 0.034 0.396 0.006 0.001 0.023 0.326 31 I 0.115 0.397 0.010 0.015 0.028 0.035 0.101 0.006 0.001 0.004 0.289 32 H 0.077 0.513 0.002 0.011 0.020 0.025 0.030 0.008 0.001 0.002 0.310 33 L 0.211 0.392 0.005 0.008 0.027 0.047 0.034 0.020 0.001 0.006 0.249 34 R 0.318 0.294 0.022 0.010 0.013 0.021 0.023 0.038 0.001 0.003 0.258 35 N 0.258 0.178 0.031 0.031 0.045 0.050 0.051 0.049 0.001 0.004 0.303 36 P 0.005 0.002 0.005 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 37 S 0.026 0.003 0.002 0.019 0.015 0.026 0.222 0.002 0.001 0.004 0.680 38 A 0.522 0.004 0.008 0.020 0.005 0.007 0.044 0.001 0.001 0.015 0.373 39 A 0.110 0.022 0.004 0.091 0.044 0.043 0.235 0.002 0.001 0.007 0.443 40 F 0.078 0.010 0.006 0.146 0.056 0.112 0.126 0.001 0.001 0.009 0.455 41 F 0.044 0.014 0.003 0.317 0.142 0.247 0.058 0.001 0.001 0.004 0.171 42 C 0.014 0.008 0.002 0.218 0.210 0.236 0.066 0.001 0.001 0.003 0.242 43 V 0.007 0.003 0.002 0.097 0.105 0.172 0.026 0.001 0.001 0.002 0.585 44 A 0.005 0.002 0.001 0.245 0.198 0.335 0.049 0.001 0.001 0.002 0.163 45 R 0.021 0.005 0.001 0.124 0.100 0.183 0.095 0.001 0.001 0.007 0.463 46 L 0.041 0.014 0.002 0.174 0.168 0.263 0.082 0.001 0.001 0.008 0.245 47 Q 0.021 0.011 0.002 0.080 0.077 0.150 0.124 0.001 0.001 0.006 0.528 48 D 0.042 0.009 0.002 0.042 0.047 0.093 0.120 0.001 0.001 0.015 0.629 49 F 0.184 0.021 0.012 0.058 0.110 0.134 0.136 0.002 0.001 0.022 0.321 50 K 0.052 0.036 0.007 0.071 0.132 0.178 0.154 0.002 0.001 0.010 0.356 51 L 0.020 0.028 0.005 0.095 0.237 0.321 0.065 0.001 0.001 0.004 0.223 52 D 0.026 0.035 0.002 0.082 0.204 0.347 0.078 0.002 0.001 0.004 0.220 53 F 0.030 0.026 0.004 0.067 0.195 0.252 0.052 0.003 0.001 0.005 0.366 54 G 0.030 0.022 0.005 0.073 0.135 0.242 0.127 0.003 0.001 0.009 0.354 55 N 0.075 0.017 0.008 0.056 0.116 0.157 0.190 0.004 0.001 0.016 0.361 56 S 0.040 0.015 0.006 0.043 0.056 0.075 0.116 0.003 0.001 0.009 0.637 57 Q 0.036 0.011 0.004 0.034 0.051 0.077 0.236 0.002 0.001 0.015 0.533 58 G 0.198 0.013 0.007 0.021 0.032 0.041 0.202 0.003 0.001 0.033 0.450 59 K 0.135 0.020 0.013 0.020 0.033 0.040 0.143 0.002 0.001 0.014 0.580 60 T 0.050 0.013 0.006 0.030 0.054 0.078 0.167 0.002 0.001 0.010 0.592 61 S 0.093 0.013 0.004 0.046 0.098 0.124 0.156 0.002 0.001 0.012 0.452 62 Q 0.032 0.008 0.003 0.024 0.040 0.053 0.082 0.001 0.001 0.004 0.752 63 T 0.052 0.010 0.003 0.038 0.079 0.147 0.214 0.002 0.001 0.013 0.441 64 W 0.154 0.015 0.004 0.056 0.083 0.115 0.176 0.002 0.001 0.018 0.378 65 H 0.046 0.010 0.004 0.026 0.027 0.041 0.092 0.001 0.001 0.007 0.746 66 G 0.052 0.005 0.006 0.051 0.055 0.092 0.121 0.001 0.001 0.012 0.605 67 G 0.106 0.006 0.006 0.074 0.082 0.120 0.172 0.001 0.001 0.016 0.416 68 I 0.043 0.007 0.006 0.070 0.087 0.149 0.089 0.001 0.001 0.005 0.542 69 A 0.009 0.004 0.002 0.082 0.132 0.247 0.042 0.001 0.001 0.002 0.479 70 T 0.021 0.005 0.001 0.114 0.189 0.254 0.084 0.001 0.001 0.004 0.327 71 I 0.062 0.011 0.003 0.073 0.115 0.187 0.055 0.002 0.001 0.006 0.487 72 F 0.023 0.008 0.002 0.079 0.243 0.389 0.041 0.002 0.001 0.003 0.210 73 Q 0.023 0.005 0.002 0.060 0.093 0.198 0.065 0.003 0.001 0.004 0.547 74 S 0.043 0.005 0.002 0.048 0.140 0.195 0.141 0.003 0.001 0.005 0.417 75 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.973 76 G 0.029 0.001 0.001 0.006 0.008 0.013 0.340 0.001 0.001 0.016 0.586 77 D 0.717 0.002 0.003 0.006 0.004 0.004 0.088 0.001 0.001 0.039 0.135 78 E 0.132 0.025 0.004 0.027 0.031 0.023 0.244 0.001 0.001 0.008 0.505 79 V 0.033 0.022 0.006 0.060 0.115 0.235 0.191 0.001 0.001 0.007 0.331 80 W 0.011 0.023 0.001 0.115 0.184 0.449 0.056 0.001 0.001 0.003 0.158 81 G 0.013 0.019 0.001 0.038 0.177 0.334 0.049 0.001 0.001 0.004 0.365 82 V 0.018 0.015 0.002 0.039 0.316 0.472 0.020 0.001 0.001 0.003 0.114 83 V 0.009 0.018 0.002 0.107 0.255 0.424 0.026 0.001 0.001 0.002 0.154 84 W 0.010 0.016 0.002 0.143 0.241 0.382 0.033 0.002 0.001 0.003 0.166 85 K 0.033 0.024 0.004 0.115 0.151 0.257 0.050 0.005 0.001 0.004 0.356 86 M 0.037 0.019 0.011 0.097 0.127 0.278 0.083 0.005 0.001 0.005 0.337 87 N 0.026 0.009 0.006 0.049 0.052 0.110 0.184 0.003 0.001 0.005 0.555 88 K 0.008 0.003 0.003 0.014 0.007 0.012 0.044 0.001 0.001 0.003 0.906 89 S 0.014 0.004 0.001 0.005 0.004 0.007 0.344 0.001 0.001 0.005 0.615 90 N 0.221 0.023 0.001 0.005 0.005 0.005 0.268 0.002 0.001 0.017 0.453 91 L 0.160 0.312 0.005 0.008 0.004 0.009 0.083 0.001 0.001 0.012 0.405 92 N 0.035 0.326 0.003 0.004 0.008 0.023 0.224 0.002 0.001 0.006 0.370 93 S 0.136 0.466 0.001 0.004 0.008 0.012 0.034 0.011 0.001 0.002 0.325 94 L 0.122 0.781 0.003 0.002 0.005 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.072 95 D 0.033 0.666 0.005 0.003 0.019 0.022 0.053 0.018 0.001 0.002 0.179 96 E 0.075 0.586 0.009 0.006 0.015 0.022 0.033 0.019 0.001 0.002 0.233 97 Q 0.161 0.620 0.016 0.009 0.013 0.020 0.038 0.023 0.001 0.007 0.095 98 E 0.110 0.404 0.021 0.019 0.029 0.037 0.117 0.051 0.001 0.007 0.205 99 G 0.226 0.104 0.023 0.028 0.034 0.021 0.036 0.096 0.001 0.008 0.425 100 V 0.318 0.064 0.278 0.025 0.020 0.028 0.046 0.006 0.001 0.012 0.203 101 K 0.006 0.006 0.007 0.028 0.041 0.043 0.060 0.003 0.001 0.001 0.804 102 S 0.016 0.002 0.003 0.053 0.026 0.045 0.034 0.001 0.001 0.004 0.816 103 G 0.064 0.004 0.002 0.046 0.043 0.048 0.189 0.001 0.001 0.012 0.590 104 M 0.233 0.006 0.005 0.059 0.028 0.041 0.104 0.001 0.001 0.024 0.499 105 Y 0.075 0.007 0.008 0.176 0.114 0.153 0.131 0.001 0.001 0.012 0.323 106 V 0.021 0.004 0.002 0.225 0.236 0.238 0.082 0.001 0.001 0.005 0.187 107 V 0.007 0.003 0.002 0.123 0.146 0.300 0.041 0.001 0.001 0.002 0.375 108 I 0.002 0.001 0.001 0.151 0.315 0.456 0.019 0.001 0.001 0.001 0.053 109 E 0.005 0.001 0.001 0.079 0.148 0.311 0.040 0.001 0.001 0.003 0.412 110 V 0.003 0.001 0.001 0.132 0.328 0.410 0.016 0.001 0.001 0.002 0.107 111 K 0.003 0.001 0.001 0.107 0.227 0.352 0.040 0.001 0.001 0.002 0.266 112 V 0.003 0.001 0.001 0.043 0.292 0.320 0.019 0.001 0.001 0.002 0.319 113 A 0.002 0.001 0.001 0.043 0.297 0.416 0.029 0.001 0.001 0.002 0.210 114 T 0.006 0.001 0.001 0.029 0.231 0.317 0.056 0.001 0.001 0.003 0.358 115 Q 0.005 0.001 0.001 0.027 0.132 0.184 0.122 0.001 0.001 0.006 0.522 116 E 0.016 0.002 0.001 0.007 0.024 0.040 0.246 0.001 0.001 0.017 0.648 117 G 0.429 0.004 0.002 0.008 0.011 0.011 0.147 0.001 0.001 0.085 0.303 118 K 0.394 0.008 0.010 0.010 0.025 0.014 0.268 0.001 0.001 0.039 0.232 119 E 0.043 0.004 0.016 0.017 0.059 0.071 0.209 0.001 0.001 0.009 0.571 120 I 0.006 0.002 0.003 0.047 0.229 0.501 0.061 0.001 0.001 0.002 0.149 121 T 0.003 0.001 0.001 0.052 0.301 0.495 0.039 0.001 0.001 0.001 0.107 122 C 0.002 0.001 0.001 0.037 0.277 0.498 0.014 0.001 0.001 0.001 0.169 123 R 0.001 0.001 0.001 0.108 0.301 0.554 0.012 0.001 0.001 0.001 0.023 124 S 0.003 0.002 0.001 0.225 0.223 0.424 0.024 0.001 0.001 0.002 0.097 125 Y 0.001 0.001 0.001 0.330 0.304 0.330 0.010 0.001 0.001 0.001 0.021 126 L 0.002 0.002 0.001 0.201 0.228 0.385 0.026 0.001 0.001 0.002 0.153 127 M 0.003 0.003 0.001 0.187 0.279 0.417 0.025 0.001 0.001 0.002 0.081 128 T 0.006 0.003 0.001 0.085 0.200 0.357 0.073 0.001 0.001 0.003 0.270 129 N 0.007 0.002 0.002 0.050 0.075 0.134 0.075 0.001 0.001 0.004 0.649 130 Y 0.017 0.003 0.001 0.035 0.041 0.064 0.163 0.001 0.001 0.008 0.668 131 E 0.089 0.006 0.002 0.019 0.020 0.033 0.190 0.001 0.001 0.018 0.622 132 S 0.131 0.011 0.002 0.014 0.014 0.014 0.122 0.001 0.001 0.006 0.685 133 A 0.219 0.012 0.006 0.015 0.007 0.013 0.082 0.001 0.001 0.009 0.635 134 P 0.128 0.004 0.007 0.009 0.006 0.014 0.118 0.001 0.001 0.003 0.709 135 P 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 136 S 0.039 0.001 0.001 0.019 0.008 0.025 0.198 0.001 0.001 0.002 0.707 137 P 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 138 Q 0.020 0.012 0.001 0.017 0.007 0.011 0.319 0.001 0.001 0.003 0.611 139 Y 0.213 0.056 0.001 0.023 0.007 0.020 0.301 0.001 0.001 0.020 0.357 140 K 0.048 0.705 0.001 0.058 0.017 0.042 0.032 0.002 0.001 0.002 0.094 141 K 0.036 0.732 0.001 0.016 0.016 0.038 0.021 0.005 0.001 0.002 0.134 142 I 0.070 0.775 0.001 0.023 0.023 0.025 0.004 0.010 0.001 0.001 0.069 143 I 0.028 0.859 0.004 0.021 0.019 0.024 0.003 0.010 0.001 0.001 0.031 144 C 0.022 0.702 0.011 0.039 0.042 0.081 0.008 0.015 0.001 0.001 0.078 145 M 0.026 0.494 0.006 0.075 0.062 0.150 0.027 0.019 0.001 0.001 0.140 146 G 0.171 0.289 0.021 0.031 0.030 0.036 0.044 0.018 0.001 0.003 0.359 147 A 0.052 0.173 0.047 0.049 0.028 0.073 0.080 0.005 0.001 0.003 0.489 148 K 0.029 0.078 0.005 0.077 0.048 0.069 0.111 0.008 0.001 0.005 0.571 149 E 0.255 0.103 0.010 0.009 0.008 0.015 0.078 0.003 0.001 0.007 0.510 150 N 0.154 0.167 0.003 0.012 0.006 0.014 0.075 0.014 0.001 0.002 0.551 151 G 0.500 0.035 0.008 0.012 0.006 0.004 0.044 0.025 0.001 0.011 0.356 152 L 0.336 0.024 0.212 0.005 0.002 0.004 0.140 0.001 0.001 0.007 0.269 153 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.984 154 L 0.008 0.005 0.001 0.022 0.004 0.011 0.102 0.001 0.001 0.003 0.844 155 E 0.073 0.036 0.001 0.008 0.004 0.008 0.261 0.001 0.001 0.011 0.599 156 Y 0.114 0.549 0.001 0.016 0.007 0.008 0.066 0.003 0.001 0.002 0.235 157 Q 0.054 0.839 0.001 0.009 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.077 158 E 0.026 0.872 0.001 0.003 0.004 0.007 0.012 0.003 0.001 0.001 0.071 159 K 0.056 0.855 0.002 0.002 0.003 0.006 0.007 0.011 0.001 0.001 0.058 160 L 0.064 0.868 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.034 161 K 0.066 0.779 0.010 0.005 0.006 0.008 0.010 0.021 0.001 0.001 0.093 162 A 0.164 0.448 0.021 0.007 0.009 0.016 0.021 0.086 0.001 0.002 0.226 163 I 0.366 0.289 0.048 0.021 0.010 0.016 0.014 0.058 0.001 0.002 0.177 164 E 0.157 0.077 0.060 0.030 0.024 0.031 0.062 0.022 0.001 0.003 0.532 165 P 0.004 0.002 0.014 0.006 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.960 166 N 0.013 0.002 0.001 0.029 0.010 0.019 0.081 0.001 0.001 0.001 0.844 167 D 0.264 0.007 0.001 0.018 0.005 0.008 0.095 0.001 0.001 0.011 0.590 168 Y 0.188 0.039 0.005 0.032 0.011 0.017 0.189 0.002 0.001 0.010 0.508 169 T 0.103 0.022 0.002 0.025 0.007 0.012 0.353 0.001 0.001 0.007 0.466 170 G 0.200 0.028 0.003 0.019 0.003 0.005 0.126 0.002 0.001 0.011 0.604 171 K 0.104 0.055 0.014 0.006 0.002 0.004 0.211 0.001 0.001 0.009 0.594 172 V 0.042 0.051 0.004 0.006 0.006 0.009 0.382 0.002 0.001 0.007 0.491 173 S 0.087 0.212 0.004 0.012 0.003 0.010 0.106 0.002 0.001 0.004 0.560 174 E 0.029 0.349 0.001 0.004 0.003 0.003 0.086 0.003 0.001 0.002 0.522 175 E 0.056 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.002 0.001 0.003 0.246 176 I 0.016 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.062 177 E 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 178 D 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.023 179 I 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 180 I 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 181 K 0.025 0.950 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 182 K 0.067 0.832 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.033 183 G 0.343 0.481 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.097 0.001 0.001 0.060 184 E 0.102 0.144 0.205 0.006 0.004 0.004 0.021 0.025 0.001 0.002 0.488 185 T 0.020 0.030 0.038 0.018 0.006 0.012 0.053 0.010 0.001 0.001 0.812 186 Q 0.203 0.029 0.011 0.039 0.010 0.014 0.116 0.006 0.001 0.008 0.562 187 T 0.242 0.038 0.008 0.031 0.013 0.017 0.209 0.004 0.001 0.013 0.424 188 L 0.091 0.052 0.020 0.074 0.032 0.043 0.108 0.002 0.001 0.007 0.571