# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.124 0.232 0.389 0.059 0.083 0.036 0.016 0.008 0.040 0.013 0.001 2 A 0.522 0.058 0.237 0.077 0.037 0.015 0.012 0.012 0.005 0.024 0.002 3 N 0.371 0.104 0.144 0.256 0.026 0.037 0.026 0.008 0.024 0.003 0.001 4 S 0.350 0.079 0.208 0.298 0.026 0.007 0.015 0.004 0.009 0.003 0.001 5 G 0.092 0.010 0.076 0.067 0.037 0.006 0.109 0.501 0.004 0.097 0.001 6 C 0.115 0.162 0.521 0.078 0.033 0.038 0.016 0.004 0.027 0.004 0.002 7 K 0.263 0.178 0.391 0.095 0.023 0.024 0.009 0.003 0.009 0.003 0.002 8 D 0.088 0.163 0.404 0.095 0.051 0.096 0.037 0.004 0.059 0.003 0.001 9 V 0.249 0.192 0.374 0.098 0.027 0.032 0.006 0.002 0.015 0.001 0.002 10 T 0.202 0.171 0.338 0.203 0.022 0.037 0.005 0.002 0.017 0.001 0.001 11 G 0.055 0.057 0.309 0.009 0.172 0.003 0.013 0.030 0.028 0.323 0.001 12 P 0.297 0.008 0.546 0.045 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.077 13 D 0.161 0.064 0.294 0.275 0.045 0.069 0.030 0.026 0.026 0.008 0.002 14 E 0.278 0.128 0.283 0.135 0.065 0.022 0.030 0.024 0.022 0.013 0.001 15 E 0.491 0.061 0.238 0.133 0.027 0.013 0.013 0.010 0.007 0.006 0.002 16 S 0.280 0.217 0.258 0.106 0.095 0.014 0.009 0.008 0.008 0.005 0.001 17 F 0.113 0.543 0.217 0.022 0.059 0.021 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 18 L 0.162 0.430 0.340 0.009 0.010 0.034 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 19 Y 0.071 0.754 0.101 0.004 0.028 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 20 F 0.110 0.699 0.085 0.009 0.032 0.034 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 21 A 0.097 0.691 0.069 0.014 0.055 0.032 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 22 Y 0.147 0.435 0.142 0.076 0.047 0.061 0.012 0.002 0.075 0.003 0.001 23 G 0.185 0.090 0.157 0.072 0.186 0.024 0.088 0.077 0.018 0.100 0.002 24 S 0.503 0.079 0.205 0.107 0.070 0.012 0.007 0.003 0.002 0.011 0.001 25 N 0.226 0.018 0.061 0.383 0.020 0.066 0.149 0.047 0.024 0.005 0.001 26 L 0.174 0.149 0.336 0.157 0.017 0.079 0.034 0.004 0.049 0.002 0.001 27 L 0.123 0.139 0.477 0.088 0.016 0.085 0.041 0.006 0.022 0.004 0.001 28 T 0.298 0.113 0.363 0.045 0.064 0.027 0.035 0.021 0.018 0.015 0.002 29 E 0.813 0.027 0.076 0.041 0.014 0.007 0.007 0.009 0.002 0.003 0.001 30 R 0.837 0.026 0.035 0.083 0.005 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 31 I 0.795 0.033 0.040 0.093 0.007 0.010 0.012 0.002 0.007 0.001 0.001 32 H 0.795 0.048 0.048 0.066 0.008 0.013 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 33 L 0.668 0.114 0.078 0.088 0.020 0.013 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 34 R 0.373 0.181 0.138 0.244 0.011 0.029 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 35 N 0.019 0.151 0.304 0.003 0.024 0.031 0.018 0.001 0.448 0.002 0.001 36 P 0.859 0.001 0.082 0.027 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 37 S 0.305 0.057 0.098 0.429 0.027 0.021 0.028 0.015 0.019 0.002 0.001 38 A 0.202 0.116 0.482 0.073 0.046 0.029 0.012 0.009 0.022 0.008 0.001 39 A 0.501 0.121 0.196 0.120 0.023 0.014 0.010 0.004 0.007 0.002 0.001 40 F 0.137 0.330 0.221 0.145 0.097 0.034 0.012 0.006 0.014 0.004 0.001 41 F 0.062 0.519 0.195 0.095 0.072 0.020 0.006 0.002 0.028 0.001 0.001 42 C 0.014 0.503 0.176 0.007 0.232 0.013 0.009 0.001 0.040 0.004 0.001 43 V 0.041 0.262 0.594 0.017 0.007 0.060 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 44 A 0.018 0.602 0.149 0.010 0.166 0.023 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 45 R 0.013 0.720 0.179 0.005 0.020 0.035 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 46 L 0.044 0.372 0.417 0.017 0.009 0.079 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 47 Q 0.306 0.165 0.341 0.048 0.039 0.021 0.029 0.005 0.013 0.032 0.001 48 D 0.121 0.039 0.057 0.115 0.066 0.031 0.471 0.077 0.014 0.007 0.003 49 F 0.147 0.344 0.306 0.093 0.060 0.019 0.008 0.003 0.017 0.002 0.001 50 K 0.109 0.419 0.338 0.025 0.021 0.055 0.006 0.001 0.024 0.001 0.002 51 L 0.150 0.405 0.286 0.041 0.037 0.041 0.008 0.001 0.027 0.002 0.001 52 D 0.154 0.337 0.248 0.081 0.053 0.056 0.017 0.003 0.048 0.002 0.001 53 F 0.185 0.284 0.215 0.177 0.074 0.019 0.014 0.004 0.022 0.005 0.001 54 G 0.081 0.060 0.157 0.056 0.171 0.012 0.047 0.197 0.009 0.211 0.001 55 N 0.169 0.191 0.370 0.111 0.069 0.038 0.011 0.007 0.022 0.010 0.002 56 S 0.382 0.176 0.136 0.153 0.045 0.030 0.028 0.013 0.022 0.013 0.001 57 Q 0.154 0.086 0.149 0.421 0.017 0.038 0.087 0.004 0.039 0.003 0.001 58 G 0.052 0.022 0.106 0.062 0.076 0.012 0.183 0.395 0.007 0.083 0.001 59 K 0.237 0.163 0.228 0.214 0.057 0.024 0.038 0.015 0.012 0.010 0.001 60 T 0.114 0.158 0.278 0.167 0.133 0.029 0.051 0.026 0.019 0.023 0.001 61 S 0.084 0.231 0.420 0.058 0.145 0.029 0.006 0.004 0.017 0.006 0.001 62 Q 0.462 0.110 0.202 0.140 0.034 0.025 0.008 0.005 0.009 0.004 0.001 63 T 0.230 0.233 0.183 0.236 0.039 0.031 0.010 0.004 0.031 0.002 0.001 64 W 0.122 0.275 0.337 0.075 0.064 0.035 0.025 0.005 0.056 0.006 0.001 65 H 0.142 0.114 0.405 0.149 0.030 0.047 0.062 0.013 0.021 0.007 0.008 66 G 0.050 0.032 0.106 0.052 0.166 0.003 0.072 0.288 0.004 0.225 0.001 67 G 0.094 0.096 0.310 0.043 0.194 0.011 0.026 0.099 0.003 0.119 0.006 68 I 0.044 0.620 0.189 0.025 0.045 0.023 0.005 0.001 0.048 0.001 0.001 69 A 0.111 0.199 0.566 0.029 0.033 0.037 0.005 0.002 0.010 0.005 0.004 70 T 0.052 0.506 0.183 0.039 0.137 0.038 0.009 0.002 0.033 0.001 0.001 71 I 0.045 0.568 0.242 0.033 0.045 0.034 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 72 F 0.019 0.652 0.196 0.011 0.052 0.034 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 73 Q 0.067 0.117 0.714 0.019 0.006 0.060 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 74 S 0.021 0.382 0.361 0.002 0.075 0.008 0.007 0.001 0.140 0.004 0.001 75 P 0.171 0.002 0.702 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 76 G 0.023 0.003 0.029 0.033 0.015 0.002 0.049 0.803 0.001 0.041 0.001 77 D 0.049 0.114 0.627 0.052 0.042 0.049 0.040 0.010 0.012 0.003 0.001 78 E 0.032 0.547 0.288 0.048 0.037 0.022 0.008 0.002 0.015 0.001 0.001 79 V 0.009 0.635 0.276 0.002 0.017 0.045 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 80 W 0.188 0.416 0.101 0.238 0.024 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 81 G 0.002 0.213 0.042 0.002 0.731 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 82 V 0.003 0.878 0.075 0.001 0.030 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 83 V 0.009 0.800 0.121 0.004 0.018 0.020 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 84 W 0.013 0.807 0.079 0.006 0.058 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 85 K 0.011 0.513 0.305 0.007 0.031 0.079 0.011 0.001 0.042 0.001 0.001 86 M 0.029 0.532 0.324 0.027 0.038 0.031 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 87 N 0.004 0.079 0.738 0.001 0.031 0.104 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 88 K 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.951 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 90 N 0.672 0.001 0.004 0.301 0.001 0.005 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 91 L 0.896 0.004 0.028 0.050 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.970 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 S 0.939 0.004 0.005 0.045 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 94 L 0.948 0.007 0.016 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.972 0.004 0.006 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.961 0.009 0.007 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.902 0.012 0.018 0.059 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 98 E 0.423 0.044 0.077 0.435 0.009 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 99 G 0.067 0.003 0.020 0.049 0.011 0.005 0.213 0.573 0.005 0.054 0.001 100 V 0.045 0.215 0.627 0.031 0.020 0.041 0.002 0.001 0.016 0.002 0.001 101 K 0.147 0.180 0.442 0.077 0.032 0.062 0.017 0.004 0.028 0.007 0.003 102 S 0.214 0.111 0.361 0.213 0.044 0.017 0.016 0.004 0.013 0.005 0.002 103 G 0.041 0.023 0.040 0.044 0.104 0.003 0.106 0.540 0.005 0.092 0.001 104 M 0.028 0.262 0.415 0.148 0.074 0.045 0.010 0.002 0.013 0.003 0.001 105 Y 0.003 0.629 0.225 0.006 0.119 0.005 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 106 V 0.001 0.720 0.234 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 107 V 0.001 0.142 0.831 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 108 I 0.002 0.859 0.042 0.002 0.035 0.015 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 109 E 0.001 0.267 0.714 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 V 0.001 0.842 0.080 0.001 0.033 0.011 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 111 K 0.001 0.340 0.597 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 112 V 0.004 0.829 0.101 0.004 0.020 0.022 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 113 A 0.008 0.637 0.215 0.006 0.041 0.047 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 114 T 0.046 0.206 0.625 0.021 0.054 0.033 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 115 Q 0.378 0.247 0.127 0.099 0.055 0.025 0.010 0.005 0.043 0.010 0.001 116 E 0.106 0.050 0.215 0.445 0.018 0.017 0.103 0.004 0.029 0.012 0.001 117 G 0.006 0.002 0.018 0.009 0.020 0.001 0.071 0.791 0.001 0.082 0.001 118 K 0.023 0.303 0.574 0.021 0.038 0.021 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 119 E 0.011 0.211 0.717 0.004 0.004 0.040 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 120 I 0.006 0.756 0.135 0.004 0.050 0.020 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 121 T 0.013 0.344 0.573 0.007 0.015 0.040 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 122 C 0.002 0.673 0.051 0.002 0.256 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 123 R 0.010 0.792 0.101 0.008 0.066 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 124 S 0.002 0.878 0.037 0.001 0.073 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 125 Y 0.002 0.840 0.066 0.001 0.047 0.018 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 126 L 0.008 0.720 0.190 0.005 0.012 0.035 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 127 M 0.047 0.415 0.239 0.033 0.115 0.076 0.014 0.001 0.056 0.004 0.001 128 T 0.116 0.321 0.276 0.088 0.077 0.058 0.015 0.003 0.037 0.007 0.002 129 N 0.138 0.222 0.219 0.218 0.060 0.041 0.051 0.008 0.038 0.004 0.002 130 Y 0.135 0.230 0.298 0.095 0.091 0.029 0.045 0.028 0.034 0.014 0.001 131 E 0.249 0.212 0.286 0.141 0.032 0.026 0.021 0.008 0.015 0.009 0.001 132 S 0.109 0.072 0.263 0.213 0.075 0.038 0.135 0.046 0.017 0.028 0.004 133 A 0.028 0.212 0.565 0.004 0.034 0.012 0.017 0.001 0.120 0.005 0.001 134 P 0.009 0.002 0.905 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 135 P 0.042 0.003 0.877 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 136 S 0.024 0.075 0.793 0.002 0.050 0.024 0.001 0.001 0.027 0.004 0.001 137 P 0.988 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 Q 0.965 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 Y 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 I 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 C 0.990 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.897 0.005 0.004 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 G 0.770 0.011 0.029 0.102 0.016 0.003 0.017 0.036 0.005 0.010 0.001 147 A 0.695 0.046 0.096 0.105 0.018 0.013 0.008 0.004 0.007 0.007 0.001 148 K 0.748 0.040 0.109 0.033 0.032 0.012 0.009 0.003 0.003 0.010 0.001 149 E 0.864 0.013 0.038 0.064 0.004 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 150 N 0.096 0.011 0.020 0.835 0.004 0.002 0.025 0.002 0.004 0.001 0.001 151 G 0.009 0.001 0.012 0.010 0.012 0.001 0.241 0.527 0.001 0.188 0.001 152 L 0.014 0.244 0.669 0.004 0.029 0.020 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 153 P 0.017 0.004 0.890 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 154 L 0.983 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 E 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Y 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 K 0.959 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 L 0.802 0.010 0.016 0.165 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 K 0.853 0.015 0.036 0.050 0.004 0.004 0.029 0.004 0.002 0.002 0.001 162 A 0.663 0.036 0.071 0.169 0.021 0.009 0.013 0.010 0.004 0.004 0.001 163 I 0.396 0.148 0.233 0.155 0.011 0.025 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 164 E 0.082 0.133 0.499 0.005 0.010 0.049 0.020 0.001 0.198 0.002 0.001 165 P 0.363 0.009 0.531 0.027 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 166 N 0.329 0.058 0.145 0.307 0.028 0.046 0.050 0.017 0.015 0.004 0.001 167 D 0.175 0.091 0.158 0.243 0.070 0.067 0.119 0.033 0.035 0.009 0.001 168 Y 0.241 0.177 0.241 0.219 0.022 0.053 0.013 0.004 0.027 0.002 0.001 169 T 0.201 0.116 0.237 0.323 0.025 0.031 0.037 0.004 0.021 0.005 0.001 170 G 0.174 0.022 0.201 0.042 0.146 0.012 0.037 0.172 0.006 0.188 0.001 171 K 0.740 0.024 0.092 0.102 0.007 0.017 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 172 V 0.680 0.051 0.087 0.127 0.005 0.024 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 173 S 0.849 0.023 0.067 0.037 0.006 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 174 E 0.954 0.003 0.013 0.019 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 175 E 0.927 0.009 0.018 0.028 0.004 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 176 I 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 I 0.977 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.965 0.004 0.006 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 182 K 0.607 0.006 0.021 0.361 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 G 0.171 0.009 0.083 0.089 0.024 0.007 0.149 0.413 0.015 0.040 0.001 184 E 0.242 0.090 0.502 0.067 0.024 0.040 0.012 0.002 0.013 0.006 0.001 185 T 0.333 0.072 0.261 0.235 0.032 0.033 0.010 0.010 0.006 0.005 0.002 186 Q 0.174 0.300 0.289 0.066 0.070 0.027 0.014 0.003 0.053 0.003 0.001 187 T 0.203 0.169 0.466 0.051 0.007 0.070 0.005 0.001 0.024 0.001 0.004 188 L 0.233 0.240 0.276 0.099 0.032 0.067 0.013 0.003 0.034 0.002 0.001