# TARGET T0342 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0342.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37322 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.043 0.083 0.088 0.190 0.164 0.130 0.137 0.078 0.050 0.026 0.011 2 K 0.016 0.060 0.070 0.253 0.261 0.190 0.100 0.031 0.012 0.005 0.002 3 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.065 0.168 0.259 0.271 0.209 4 I 0.001 0.002 0.002 0.014 0.032 0.065 0.189 0.232 0.210 0.154 0.101 5 C 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 0.027 0.099 0.137 0.234 0.227 0.249 6 M 0.004 0.004 0.007 0.023 0.027 0.050 0.141 0.155 0.220 0.206 0.163 7 G 0.006 0.024 0.013 0.104 0.125 0.124 0.208 0.167 0.120 0.071 0.038 8 A 0.002 0.003 0.004 0.008 0.009 0.011 0.038 0.087 0.211 0.292 0.335 9 K 0.026 0.045 0.066 0.248 0.308 0.171 0.095 0.027 0.009 0.003 0.002 10 E 0.054 0.129 0.230 0.221 0.158 0.103 0.068 0.021 0.010 0.003 0.002 11 N 0.012 0.011 0.007 0.038 0.062 0.123 0.269 0.184 0.138 0.101 0.054 12 G 0.802 0.142 0.018 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.004 0.021 0.008 0.025 0.033 0.057 0.134 0.164 0.198 0.203 0.151 14 P 0.095 0.215 0.057 0.168 0.147 0.123 0.101 0.039 0.027 0.015 0.012 15 L 0.478 0.124 0.070 0.105 0.070 0.055 0.062 0.019 0.011 0.004 0.002 16 E 0.293 0.179 0.179 0.209 0.083 0.035 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Y 0.005 0.008 0.027 0.026 0.031 0.081 0.222 0.204 0.188 0.132 0.076 18 Q 0.024 0.028 0.114 0.252 0.232 0.179 0.117 0.034 0.013 0.004 0.001 19 E 0.045 0.047 0.758 0.104 0.030 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.007 0.018 0.219 0.130 0.133 0.178 0.210 0.060 0.028 0.012 0.004 21 L 0.003 0.005 0.081 0.022 0.025 0.039 0.176 0.181 0.200 0.162 0.105 22 K 0.012 0.042 0.590 0.205 0.104 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 23 A 0.030 0.078 0.472 0.151 0.127 0.080 0.044 0.010 0.005 0.002 0.001 24 I 0.006 0.011 0.039 0.025 0.036 0.054 0.170 0.167 0.216 0.170 0.105 25 E 0.188 0.205 0.163 0.136 0.109 0.072 0.076 0.025 0.013 0.007 0.005 26 P 0.200 0.176 0.259 0.174 0.093 0.045 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 27 N 0.071 0.060 0.037 0.070 0.102 0.126 0.199 0.122 0.094 0.070 0.051 28 D 0.264 0.299 0.152 0.170 0.071 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.059 0.036 0.028 0.062 0.091 0.121 0.196 0.130 0.116 0.095 0.066 30 T 0.299 0.266 0.144 0.185 0.065 0.022 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 31 G 0.310 0.149 0.058 0.121 0.095 0.086 0.103 0.039 0.023 0.010 0.005 32 K 0.295 0.334 0.130 0.156 0.056 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 33 V 0.010 0.023 0.016 0.031 0.038 0.070 0.144 0.137 0.188 0.188 0.156 34 S 0.087 0.235 0.188 0.237 0.140 0.067 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 35 E 0.520 0.196 0.142 0.104 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.130 0.079 0.187 0.213 0.141 0.123 0.088 0.023 0.010 0.004 0.002 37 I 0.004 0.005 0.061 0.030 0.036 0.077 0.251 0.186 0.171 0.121 0.058 38 E 0.004 0.011 0.301 0.181 0.154 0.149 0.135 0.043 0.016 0.006 0.001 39 D 0.006 0.026 0.719 0.157 0.058 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 40 I 0.008 0.017 0.119 0.056 0.093 0.162 0.290 0.130 0.076 0.037 0.012 41 I 0.005 0.009 0.145 0.040 0.044 0.050 0.171 0.139 0.176 0.143 0.078 42 K 0.024 0.067 0.498 0.145 0.121 0.069 0.052 0.016 0.006 0.002 0.001 43 K 0.054 0.135 0.428 0.211 0.101 0.042 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 44 G 0.389 0.155 0.139 0.060 0.060 0.053 0.067 0.033 0.022 0.014 0.006 45 E 0.174 0.192 0.183 0.162 0.092 0.061 0.068 0.029 0.019 0.012 0.007 46 T 0.182 0.126 0.161 0.129 0.106 0.079 0.095 0.052 0.038 0.023 0.009 47 Q 0.301 0.152 0.181 0.178 0.080 0.047 0.032 0.014 0.009 0.004 0.002 48 T 0.226 0.165 0.158 0.121 0.091 0.071 0.077 0.038 0.028 0.016 0.009 49 L 0.196 0.110 0.068 0.109 0.095 0.092 0.099 0.075 0.071 0.053 0.031