# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 857 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.072 0.604 0.008 0.003 0.004 0.020 0.177 0.113 2 A 0.070 0.399 0.014 0.009 0.005 0.041 0.253 0.210 3 A 0.171 0.310 0.008 0.005 0.006 0.035 0.193 0.272 4 R 0.235 0.108 0.012 0.003 0.005 0.071 0.190 0.376 5 R 0.036 0.056 0.021 0.007 0.008 0.138 0.098 0.636 6 A 0.035 0.028 0.041 0.003 0.008 0.150 0.089 0.647 7 L 0.012 0.015 0.083 0.010 0.014 0.277 0.138 0.450 8 K 0.003 0.006 0.531 0.018 0.039 0.099 0.134 0.169 9 A 0.002 0.003 0.709 0.018 0.032 0.029 0.097 0.109 10 V 0.002 0.001 0.866 0.031 0.024 0.014 0.024 0.039 11 L 0.002 0.001 0.814 0.032 0.044 0.018 0.034 0.054 12 V 0.003 0.001 0.738 0.035 0.049 0.060 0.042 0.073 13 D 0.109 0.004 0.333 0.021 0.031 0.184 0.118 0.200 14 L 0.082 0.009 0.061 0.010 0.015 0.258 0.108 0.457 15 N 0.014 0.006 0.054 0.004 0.019 0.212 0.041 0.650 16 G 0.029 0.012 0.204 0.031 0.098 0.149 0.153 0.323 17 T 0.023 0.021 0.227 0.096 0.103 0.102 0.120 0.308 18 L 0.014 0.022 0.292 0.075 0.112 0.076 0.061 0.349 19 H 0.053 0.024 0.186 0.097 0.124 0.102 0.066 0.348 20 I 0.179 0.039 0.091 0.049 0.050 0.110 0.124 0.358 21 E 0.132 0.081 0.023 0.016 0.030 0.090 0.089 0.540 22 D 0.167 0.073 0.017 0.008 0.013 0.090 0.059 0.573 23 A 0.020 0.077 0.026 0.030 0.024 0.129 0.075 0.619 24 A 0.042 0.406 0.005 0.004 0.006 0.052 0.017 0.469 25 V 0.131 0.712 0.003 0.002 0.002 0.017 0.070 0.062 26 P 0.018 0.808 0.004 0.002 0.002 0.016 0.054 0.095 27 G 0.012 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.020 28 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 29 Q 0.007 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 30 E 0.003 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 31 A 0.007 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 32 L 0.058 0.864 0.015 0.001 0.001 0.003 0.048 0.012 33 K 0.092 0.691 0.015 0.001 0.001 0.009 0.091 0.100 34 R 0.075 0.077 0.012 0.001 0.001 0.018 0.623 0.193 35 L 0.021 0.025 0.013 0.001 0.001 0.027 0.789 0.123 36 R 0.150 0.072 0.007 0.002 0.002 0.054 0.086 0.626 37 A 0.093 0.016 0.004 0.001 0.001 0.051 0.021 0.813 38 T 0.045 0.023 0.020 0.004 0.006 0.128 0.031 0.743 39 S 0.049 0.018 0.030 0.003 0.008 0.147 0.034 0.711 40 V 0.028 0.015 0.109 0.013 0.013 0.161 0.046 0.616 41 M 0.035 0.024 0.252 0.019 0.027 0.127 0.083 0.433 42 V 0.018 0.014 0.230 0.024 0.038 0.082 0.197 0.397 43 R 0.004 0.008 0.575 0.053 0.083 0.044 0.110 0.124 44 F 0.014 0.009 0.346 0.065 0.108 0.060 0.094 0.303 45 V 0.022 0.014 0.291 0.122 0.104 0.078 0.101 0.267 46 T 0.034 0.034 0.170 0.041 0.094 0.099 0.123 0.407 47 N 0.117 0.059 0.053 0.037 0.073 0.140 0.069 0.453 48 T 0.038 0.036 0.038 0.028 0.039 0.126 0.133 0.564 49 T 0.050 0.210 0.024 0.018 0.028 0.115 0.143 0.412 50 K 0.060 0.353 0.017 0.016 0.024 0.090 0.066 0.373 51 E 0.029 0.348 0.013 0.016 0.014 0.072 0.069 0.438 52 T 0.021 0.911 0.002 0.001 0.002 0.007 0.024 0.032 53 K 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 54 K 0.007 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.013 55 D 0.005 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.009 56 L 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 57 L 0.024 0.932 0.004 0.001 0.001 0.002 0.028 0.009 58 E 0.022 0.873 0.011 0.001 0.001 0.005 0.038 0.049 59 R 0.111 0.661 0.019 0.001 0.001 0.016 0.064 0.127 60 L 0.280 0.188 0.090 0.004 0.002 0.037 0.203 0.197 61 K 0.294 0.134 0.010 0.001 0.001 0.038 0.032 0.488 62 K 0.077 0.027 0.007 0.001 0.001 0.035 0.022 0.830 63 L 0.048 0.035 0.016 0.004 0.004 0.120 0.027 0.747 64 E 0.049 0.017 0.029 0.007 0.010 0.097 0.079 0.712 65 F 0.039 0.025 0.023 0.008 0.007 0.127 0.045 0.726 66 E 0.044 0.051 0.071 0.013 0.015 0.140 0.044 0.622 67 I 0.034 0.037 0.018 0.005 0.005 0.106 0.017 0.779 68 S 0.216 0.318 0.027 0.006 0.007 0.054 0.080 0.293 69 E 0.205 0.332 0.011 0.004 0.007 0.062 0.074 0.306 70 D 0.047 0.102 0.020 0.009 0.016 0.077 0.313 0.415 71 E 0.021 0.161 0.031 0.027 0.037 0.097 0.289 0.337 72 I 0.045 0.245 0.026 0.017 0.042 0.132 0.072 0.421 73 F 0.033 0.131 0.052 0.028 0.037 0.101 0.249 0.370 74 T 0.041 0.466 0.017 0.012 0.014 0.055 0.186 0.209 75 S 0.039 0.795 0.005 0.002 0.003 0.019 0.053 0.084 76 L 0.026 0.839 0.004 0.002 0.003 0.017 0.037 0.072 77 T 0.027 0.491 0.009 0.002 0.003 0.021 0.381 0.065 78 A 0.009 0.924 0.002 0.001 0.001 0.006 0.032 0.024 79 A 0.017 0.943 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 80 R 0.012 0.919 0.004 0.001 0.001 0.006 0.029 0.027 81 N 0.009 0.915 0.007 0.001 0.001 0.006 0.033 0.027 82 L 0.028 0.897 0.012 0.001 0.001 0.006 0.030 0.025 83 I 0.118 0.601 0.054 0.004 0.003 0.019 0.136 0.065 84 E 0.183 0.306 0.034 0.003 0.003 0.031 0.156 0.283 85 Q 0.167 0.135 0.021 0.002 0.003 0.046 0.104 0.521 86 K 0.071 0.062 0.021 0.004 0.003 0.088 0.061 0.689 87 Q 0.020 0.035 0.010 0.003 0.004 0.094 0.026 0.808 88 V 0.045 0.067 0.012 0.003 0.004 0.093 0.024 0.752 89 R 0.195 0.183 0.028 0.010 0.010 0.095 0.080 0.399 90 P 0.099 0.149 0.040 0.012 0.019 0.100 0.076 0.505 91 M 0.053 0.085 0.084 0.023 0.040 0.107 0.089 0.520 92 L 0.025 0.060 0.162 0.045 0.063 0.118 0.081 0.445 93 L 0.049 0.052 0.132 0.046 0.064 0.120 0.074 0.464 94 L 0.108 0.047 0.124 0.049 0.052 0.098 0.103 0.419 95 D 0.131 0.066 0.039 0.025 0.038 0.091 0.060 0.549 96 D 0.169 0.058 0.018 0.011 0.016 0.094 0.033 0.602 97 R 0.024 0.049 0.020 0.018 0.020 0.126 0.032 0.712 98 A 0.047 0.081 0.011 0.006 0.010 0.091 0.028 0.727 99 L 0.161 0.076 0.019 0.014 0.011 0.082 0.360 0.276 100 P 0.082 0.165 0.017 0.012 0.013 0.099 0.209 0.403 101 E 0.188 0.214 0.012 0.006 0.013 0.061 0.064 0.441 102 F 0.089 0.117 0.020 0.016 0.027 0.120 0.066 0.546 103 T 0.046 0.049 0.026 0.018 0.042 0.113 0.187 0.518 104 G 0.078 0.058 0.024 0.027 0.040 0.145 0.147 0.481 105 V 0.114 0.034 0.027 0.027 0.041 0.126 0.087 0.543 106 Q 0.099 0.022 0.017 0.017 0.027 0.132 0.055 0.632 107 T 0.016 0.012 0.018 0.011 0.022 0.134 0.061 0.726 108 Q 0.037 0.029 0.022 0.011 0.016 0.143 0.049 0.691 109 D 0.228 0.136 0.017 0.017 0.020 0.097 0.077 0.407 110 P 0.074 0.142 0.024 0.014 0.028 0.113 0.056 0.548 111 N 0.035 0.137 0.069 0.037 0.116 0.092 0.113 0.401 112 A 0.024 0.053 0.094 0.123 0.188 0.079 0.133 0.307 113 V 0.022 0.023 0.132 0.195 0.222 0.068 0.078 0.259 114 V 0.057 0.018 0.107 0.127 0.194 0.078 0.058 0.360 115 I 0.063 0.015 0.066 0.096 0.127 0.096 0.065 0.471 116 G 0.024 0.011 0.027 0.037 0.065 0.104 0.034 0.699 117 L 0.048 0.017 0.016 0.029 0.039 0.107 0.039 0.705 118 A 0.148 0.061 0.014 0.031 0.031 0.099 0.078 0.538 119 P 0.148 0.097 0.013 0.013 0.018 0.089 0.072 0.550 120 E 0.034 0.129 0.023 0.024 0.033 0.117 0.050 0.591 121 H 0.035 0.284 0.012 0.009 0.014 0.076 0.030 0.539 122 F 0.059 0.782 0.007 0.006 0.006 0.019 0.045 0.076 123 H 0.031 0.851 0.006 0.002 0.003 0.014 0.027 0.065 124 Y 0.021 0.425 0.012 0.003 0.004 0.014 0.457 0.064 125 Q 0.011 0.744 0.005 0.002 0.002 0.010 0.201 0.025 126 L 0.019 0.919 0.003 0.001 0.001 0.005 0.035 0.018 127 L 0.009 0.910 0.003 0.001 0.001 0.005 0.037 0.035 128 N 0.009 0.845 0.002 0.001 0.001 0.006 0.114 0.023 129 Q 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 130 A 0.007 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 131 F 0.051 0.856 0.011 0.001 0.001 0.006 0.039 0.034 132 R 0.149 0.211 0.104 0.006 0.003 0.025 0.405 0.096 133 L 0.263 0.039 0.090 0.005 0.003 0.033 0.293 0.274 134 L 0.500 0.005 0.016 0.001 0.001 0.033 0.041 0.404 135 L 0.044 0.001 0.009 0.001 0.001 0.062 0.014 0.870 136 D 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.080 0.004 0.904 137 G 0.008 0.001 0.032 0.002 0.003 0.165 0.018 0.770 138 A 0.007 0.003 0.199 0.025 0.021 0.236 0.080 0.429 139 P 0.002 0.001 0.715 0.018 0.032 0.033 0.087 0.111 140 L 0.001 0.002 0.782 0.030 0.041 0.012 0.071 0.061 141 I 0.001 0.002 0.882 0.037 0.031 0.006 0.014 0.027 142 A 0.003 0.004 0.822 0.048 0.054 0.014 0.017 0.039 143 I 0.017 0.028 0.532 0.050 0.089 0.064 0.059 0.160 144 H 0.108 0.116 0.174 0.038 0.055 0.116 0.077 0.316 145 K 0.106 0.182 0.042 0.017 0.031 0.116 0.058 0.448 146 A 0.139 0.303 0.020 0.013 0.021 0.075 0.054 0.375 147 R 0.064 0.307 0.019 0.029 0.032 0.072 0.080 0.398 148 Y 0.058 0.286 0.015 0.021 0.028 0.075 0.074 0.444 149 Y 0.099 0.291 0.018 0.036 0.036 0.072 0.114 0.334 150 K 0.056 0.167 0.020 0.029 0.035 0.090 0.109 0.494 151 R 0.229 0.289 0.011 0.013 0.018 0.056 0.095 0.289 152 K 0.161 0.225 0.015 0.017 0.019 0.065 0.064 0.433 153 D 0.063 0.125 0.024 0.016 0.034 0.096 0.065 0.577 154 G 0.113 0.054 0.031 0.022 0.032 0.092 0.103 0.554 155 L 0.207 0.027 0.027 0.039 0.030 0.112 0.106 0.453 156 A 0.053 0.016 0.018 0.009 0.016 0.089 0.042 0.757 157 L 0.023 0.014 0.015 0.008 0.013 0.147 0.029 0.752 158 G 0.030 0.098 0.018 0.013 0.015 0.124 0.044 0.658 159 P 0.096 0.280 0.006 0.003 0.004 0.079 0.053 0.479 160 G 0.067 0.211 0.009 0.004 0.003 0.023 0.606 0.076 161 P 0.023 0.771 0.010 0.003 0.004 0.021 0.101 0.068 162 F 0.032 0.828 0.011 0.002 0.003 0.015 0.040 0.069 163 V 0.030 0.824 0.024 0.009 0.007 0.015 0.036 0.055 164 T 0.020 0.801 0.024 0.004 0.010 0.022 0.031 0.088 165 A 0.039 0.733 0.030 0.004 0.007 0.028 0.058 0.101 166 L 0.056 0.197 0.096 0.019 0.019 0.038 0.486 0.089 167 E 0.071 0.200 0.043 0.019 0.023 0.071 0.265 0.308 168 Y 0.070 0.109 0.075 0.015 0.026 0.090 0.151 0.465 169 A 0.028 0.070 0.083 0.034 0.045 0.150 0.111 0.480 170 T 0.047 0.059 0.043 0.021 0.039 0.128 0.056 0.607 171 D 0.099 0.117 0.022 0.025 0.036 0.118 0.059 0.524 172 T 0.098 0.129 0.034 0.023 0.033 0.108 0.074 0.500 173 K 0.141 0.154 0.022 0.031 0.052 0.103 0.075 0.422 174 A 0.027 0.025 0.074 0.043 0.081 0.097 0.130 0.524 175 M 0.088 0.015 0.059 0.112 0.177 0.111 0.063 0.375 176 V 0.131 0.003 0.040 0.079 0.110 0.078 0.040 0.518 177 V 0.008 0.002 0.034 0.059 0.131 0.121 0.015 0.630 178 G 0.010 0.003 0.021 0.025 0.082 0.099 0.017 0.743 179 K 0.014 0.005 0.014 0.059 0.038 0.153 0.023 0.694 180 P 0.046 0.076 0.010 0.011 0.010 0.080 0.047 0.721 181 E 0.138 0.726 0.001 0.001 0.002 0.013 0.049 0.069 182 K 0.026 0.871 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 0.061 183 T 0.008 0.923 0.003 0.001 0.001 0.006 0.027 0.031 184 F 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.008 185 F 0.012 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 186 L 0.010 0.844 0.005 0.001 0.001 0.003 0.126 0.010 187 E 0.016 0.883 0.017 0.001 0.001 0.005 0.046 0.030 188 A 0.213 0.546 0.059 0.002 0.002 0.019 0.093 0.066 189 L 0.290 0.062 0.142 0.006 0.003 0.036 0.272 0.191 190 R 0.307 0.019 0.008 0.001 0.001 0.032 0.022 0.610 191 D 0.101 0.003 0.006 0.001 0.001 0.045 0.009 0.835 192 A 0.015 0.001 0.011 0.003 0.003 0.130 0.011 0.827 193 D 0.009 0.001 0.007 0.001 0.003 0.086 0.007 0.886 194 C 0.008 0.001 0.016 0.002 0.002 0.131 0.010 0.830 195 A 0.187 0.019 0.056 0.006 0.004 0.149 0.080 0.499 196 P 0.311 0.036 0.018 0.002 0.003 0.108 0.081 0.441 197 E 0.017 0.015 0.064 0.005 0.013 0.170 0.055 0.661 198 E 0.009 0.009 0.341 0.034 0.105 0.091 0.133 0.276 199 A 0.006 0.005 0.273 0.063 0.133 0.086 0.136 0.299 200 V 0.005 0.003 0.552 0.094 0.132 0.049 0.036 0.130 201 M 0.018 0.004 0.419 0.098 0.157 0.068 0.052 0.183 202 I 0.057 0.014 0.190 0.064 0.091 0.160 0.072 0.353 203 G 0.046 0.016 0.068 0.020 0.046 0.167 0.046 0.591 204 D 0.064 0.024 0.030 0.014 0.023 0.159 0.075 0.610 205 D 0.127 0.099 0.043 0.023 0.022 0.133 0.145 0.408 206 C 0.134 0.177 0.016 0.014 0.021 0.089 0.087 0.462 207 R 0.113 0.218 0.017 0.014 0.021 0.084 0.072 0.462 208 D 0.025 0.312 0.017 0.024 0.035 0.085 0.072 0.428 209 D 0.027 0.809 0.007 0.004 0.009 0.026 0.017 0.100 210 V 0.054 0.740 0.013 0.008 0.009 0.028 0.065 0.083 211 D 0.034 0.447 0.054 0.021 0.017 0.029 0.299 0.100 212 G 0.128 0.639 0.016 0.005 0.009 0.017 0.139 0.047 213 A 0.189 0.175 0.093 0.013 0.015 0.050 0.279 0.185 214 Q 0.269 0.141 0.016 0.025 0.022 0.052 0.063 0.412 215 N 0.043 0.029 0.007 0.003 0.006 0.057 0.030 0.826 216 I 0.010 0.019 0.075 0.021 0.033 0.259 0.058 0.526 217 G 0.118 0.035 0.089 0.030 0.061 0.154 0.151 0.362 218 M 0.057 0.018 0.039 0.020 0.018 0.126 0.083 0.638 219 L 0.010 0.019 0.287 0.044 0.134 0.114 0.087 0.305 220 G 0.011 0.010 0.248 0.060 0.169 0.062 0.132 0.307 221 I 0.004 0.003 0.510 0.156 0.121 0.031 0.072 0.104 222 L 0.003 0.003 0.557 0.084 0.151 0.027 0.065 0.111 223 V 0.036 0.005 0.312 0.148 0.154 0.069 0.053 0.223 224 K 0.115 0.009 0.132 0.087 0.109 0.097 0.055 0.396 225 T 0.036 0.011 0.027 0.017 0.047 0.109 0.016 0.737 226 G 0.027 0.021 0.056 0.040 0.098 0.130 0.036 0.593 227 K 0.033 0.035 0.036 0.076 0.063 0.104 0.041 0.612 228 Y 0.067 0.083 0.043 0.075 0.048 0.078 0.060 0.547 229 K 0.139 0.203 0.026 0.028 0.026 0.067 0.054 0.458 230 A 0.226 0.227 0.019 0.014 0.015 0.057 0.058 0.383 231 A 0.096 0.136 0.025 0.018 0.017 0.068 0.076 0.567 232 D 0.246 0.165 0.009 0.013 0.018 0.049 0.108 0.392 233 E 0.220 0.036 0.013 0.017 0.020 0.075 0.145 0.473 234 E 0.076 0.012 0.008 0.021 0.030 0.100 0.070 0.682 235 K 0.049 0.002 0.005 0.008 0.015 0.073 0.021 0.826 236 I 0.023 0.001 0.008 0.009 0.015 0.163 0.016 0.764 237 N 0.028 0.002 0.018 0.007 0.013 0.129 0.028 0.776 238 P 0.073 0.004 0.020 0.008 0.012 0.142 0.028 0.713 239 P 0.031 0.005 0.054 0.017 0.020 0.153 0.071 0.649 240 P 0.010 0.008 0.213 0.039 0.109 0.110 0.086 0.425 241 Y 0.009 0.005 0.282 0.054 0.123 0.052 0.088 0.388 242 L 0.003 0.002 0.505 0.177 0.099 0.029 0.037 0.148 243 T 0.009 0.008 0.403 0.064 0.112 0.045 0.088 0.271 244 C 0.111 0.029 0.200 0.058 0.053 0.083 0.128 0.338 245 E 0.018 0.021 0.077 0.023 0.019 0.124 0.090 0.629 246 S 0.052 0.386 0.009 0.002 0.003 0.054 0.040 0.454 247 F 0.132 0.723 0.003 0.001 0.001 0.011 0.078 0.052 248 P 0.060 0.735 0.006 0.002 0.001 0.017 0.093 0.087 249 H 0.020 0.839 0.002 0.001 0.001 0.009 0.075 0.054 250 A 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 251 V 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 252 D 0.004 0.921 0.006 0.001 0.001 0.003 0.046 0.019 253 H 0.025 0.868 0.014 0.001 0.001 0.006 0.072 0.014 254 I 0.087 0.759 0.054 0.001 0.001 0.006 0.074 0.018 255 L 0.128 0.553 0.022 0.001 0.002 0.019 0.063 0.212 256 Q 0.098 0.122 0.045 0.001 0.001 0.044 0.150 0.540 257 H 0.094 0.100 0.034 0.006 0.004 0.102 0.150 0.510 258 L 0.094 0.038 0.023 0.003 0.004 0.090 0.062 0.688 259 L 0.057 0.018 0.012 0.003 0.004 0.109 0.036 0.761