# TARGET T0341 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 857 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.457 0.279 0.158 0.080 0.021 0.004 0.001 2 A 0.441 0.281 0.137 0.087 0.041 0.012 0.001 3 A 0.219 0.232 0.191 0.192 0.122 0.041 0.003 4 R 0.139 0.154 0.181 0.245 0.208 0.069 0.005 5 R 0.264 0.357 0.213 0.119 0.039 0.008 0.001 6 A 0.082 0.337 0.327 0.194 0.052 0.007 0.001 7 L 0.003 0.016 0.063 0.227 0.448 0.236 0.008 8 K 0.001 0.024 0.101 0.313 0.387 0.165 0.009 9 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.082 0.533 0.369 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.224 0.761 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.128 0.862 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.126 0.863 13 D 0.001 0.001 0.006 0.022 0.070 0.298 0.603 14 L 0.001 0.001 0.004 0.020 0.089 0.331 0.554 15 N 0.002 0.015 0.038 0.094 0.197 0.350 0.304 16 G 0.005 0.017 0.048 0.111 0.193 0.376 0.249 17 T 0.003 0.006 0.017 0.049 0.125 0.416 0.384 18 L 0.004 0.007 0.017 0.061 0.166 0.465 0.279 19 H 0.005 0.012 0.025 0.062 0.216 0.465 0.215 20 I 0.015 0.067 0.158 0.269 0.258 0.181 0.051 21 E 0.037 0.135 0.211 0.256 0.216 0.123 0.023 22 D 0.171 0.291 0.232 0.177 0.090 0.033 0.005 23 A 0.241 0.313 0.223 0.134 0.063 0.023 0.004 24 A 0.034 0.088 0.170 0.266 0.282 0.145 0.015 25 V 0.015 0.061 0.133 0.241 0.309 0.217 0.024 26 P 0.130 0.320 0.287 0.170 0.066 0.024 0.003 27 G 0.027 0.158 0.317 0.310 0.142 0.041 0.004 28 A 0.002 0.006 0.013 0.057 0.278 0.547 0.098 29 Q 0.002 0.029 0.138 0.341 0.334 0.143 0.012 30 E 0.020 0.317 0.394 0.190 0.060 0.018 0.001 31 A 0.003 0.022 0.101 0.300 0.385 0.179 0.009 32 L 0.001 0.003 0.009 0.062 0.323 0.560 0.043 33 K 0.023 0.179 0.308 0.298 0.145 0.043 0.003 34 R 0.101 0.376 0.286 0.162 0.058 0.016 0.001 35 L 0.021 0.080 0.150 0.302 0.305 0.134 0.008 36 R 0.080 0.151 0.240 0.280 0.189 0.058 0.003 37 A 0.512 0.270 0.112 0.069 0.028 0.008 0.001 38 T 0.326 0.291 0.204 0.124 0.043 0.010 0.001 39 S 0.419 0.283 0.156 0.091 0.039 0.011 0.001 40 V 0.138 0.174 0.194 0.215 0.191 0.079 0.009 41 M 0.167 0.203 0.217 0.240 0.125 0.042 0.005 42 V 0.093 0.112 0.142 0.217 0.256 0.157 0.022 43 R 0.064 0.091 0.137 0.221 0.259 0.192 0.036 44 F 0.051 0.081 0.133 0.217 0.251 0.214 0.053 45 V 0.035 0.039 0.058 0.128 0.247 0.358 0.135 46 T 0.058 0.113 0.153 0.209 0.222 0.187 0.058 47 N 0.089 0.125 0.151 0.192 0.198 0.180 0.066 48 T 0.096 0.132 0.143 0.177 0.197 0.187 0.069 49 T 0.102 0.119 0.133 0.180 0.201 0.197 0.067 50 K 0.177 0.185 0.164 0.177 0.147 0.114 0.035 51 E 0.216 0.189 0.155 0.149 0.137 0.116 0.038 52 T 0.122 0.184 0.182 0.197 0.173 0.109 0.033 53 K 0.135 0.197 0.202 0.201 0.148 0.093 0.024 54 K 0.343 0.285 0.170 0.103 0.056 0.034 0.009 55 D 0.190 0.307 0.234 0.141 0.078 0.040 0.010 56 L 0.045 0.069 0.107 0.200 0.299 0.245 0.035 57 L 0.053 0.112 0.215 0.292 0.210 0.104 0.013 58 E 0.337 0.370 0.158 0.076 0.037 0.020 0.003 59 R 0.105 0.218 0.254 0.234 0.133 0.049 0.005 60 L 0.033 0.039 0.097 0.245 0.346 0.219 0.020 61 K 0.188 0.240 0.224 0.179 0.111 0.051 0.007 62 K 0.372 0.274 0.157 0.108 0.057 0.027 0.004 63 L 0.168 0.179 0.198 0.209 0.154 0.080 0.012 64 E 0.238 0.223 0.180 0.152 0.120 0.075 0.012 65 F 0.182 0.139 0.144 0.209 0.200 0.108 0.018 66 E 0.329 0.263 0.190 0.130 0.063 0.023 0.003 67 I 0.264 0.189 0.162 0.179 0.135 0.061 0.010 68 S 0.328 0.224 0.152 0.135 0.099 0.049 0.012 69 E 0.302 0.218 0.181 0.154 0.092 0.042 0.011 70 D 0.364 0.248 0.154 0.120 0.070 0.034 0.010 71 E 0.263 0.215 0.165 0.141 0.110 0.076 0.028 72 I 0.126 0.118 0.138 0.190 0.203 0.165 0.061 73 F 0.090 0.097 0.122 0.178 0.215 0.207 0.092 74 T 0.104 0.108 0.129 0.171 0.188 0.195 0.106 75 S 0.080 0.083 0.089 0.134 0.186 0.257 0.171 76 L 0.060 0.061 0.064 0.110 0.178 0.285 0.242 77 T 0.078 0.104 0.143 0.169 0.181 0.204 0.122 78 A 0.054 0.076 0.102 0.171 0.226 0.263 0.107 79 A 0.044 0.050 0.043 0.077 0.154 0.375 0.257 80 R 0.037 0.059 0.091 0.178 0.254 0.294 0.088 81 N 0.073 0.192 0.216 0.205 0.168 0.124 0.023 82 L 0.040 0.087 0.136 0.236 0.262 0.202 0.037 83 I 0.033 0.042 0.073 0.172 0.297 0.330 0.052 84 E 0.143 0.221 0.197 0.192 0.142 0.090 0.015 85 Q 0.278 0.297 0.173 0.127 0.073 0.041 0.011 86 K 0.196 0.196 0.189 0.182 0.134 0.083 0.019 87 Q 0.259 0.173 0.160 0.162 0.141 0.089 0.016 88 V 0.257 0.182 0.154 0.167 0.141 0.081 0.016 89 R 0.287 0.221 0.182 0.154 0.097 0.051 0.009 90 P 0.193 0.175 0.159 0.185 0.165 0.104 0.019 91 M 0.131 0.125 0.139 0.185 0.220 0.172 0.028 92 L 0.115 0.114 0.141 0.209 0.217 0.172 0.032 93 L 0.144 0.136 0.138 0.184 0.198 0.166 0.034 94 L 0.131 0.144 0.153 0.191 0.190 0.154 0.036 95 D 0.140 0.133 0.145 0.190 0.202 0.155 0.035 96 D 0.241 0.213 0.169 0.157 0.124 0.079 0.019 97 R 0.276 0.206 0.167 0.157 0.111 0.069 0.016 98 A 0.358 0.221 0.143 0.122 0.087 0.056 0.013 99 L 0.301 0.224 0.157 0.133 0.101 0.067 0.016 100 P 0.242 0.188 0.165 0.173 0.135 0.081 0.017 101 E 0.341 0.233 0.159 0.130 0.083 0.045 0.009 102 F 0.389 0.227 0.141 0.115 0.077 0.042 0.008 103 T 0.296 0.219 0.167 0.151 0.104 0.052 0.010 104 G 0.226 0.171 0.162 0.184 0.152 0.088 0.016 105 V 0.293 0.226 0.169 0.146 0.100 0.055 0.012 106 Q 0.300 0.217 0.160 0.144 0.103 0.062 0.014 107 T 0.195 0.160 0.151 0.183 0.170 0.113 0.028 108 Q 0.179 0.155 0.164 0.185 0.169 0.118 0.031 109 D 0.237 0.189 0.159 0.163 0.137 0.091 0.024 110 P 0.190 0.180 0.162 0.172 0.152 0.114 0.030 111 N 0.105 0.106 0.124 0.189 0.224 0.198 0.055 112 A 0.100 0.110 0.129 0.179 0.215 0.206 0.062 113 V 0.111 0.106 0.122 0.174 0.200 0.215 0.072 114 V 0.120 0.120 0.129 0.184 0.207 0.184 0.054 115 I 0.095 0.117 0.140 0.192 0.209 0.186 0.060 116 G 0.137 0.135 0.146 0.191 0.198 0.150 0.042 117 L 0.226 0.225 0.180 0.157 0.116 0.075 0.022 118 A 0.170 0.179 0.164 0.178 0.155 0.121 0.033 119 P 0.120 0.121 0.132 0.195 0.216 0.178 0.039 120 E 0.146 0.184 0.186 0.183 0.161 0.112 0.027 121 H 0.097 0.158 0.178 0.225 0.201 0.120 0.021 122 F 0.048 0.114 0.183 0.264 0.246 0.129 0.018 123 H 0.277 0.309 0.186 0.121 0.067 0.034 0.006 124 Y 0.057 0.197 0.276 0.255 0.148 0.054 0.012 125 Q 0.006 0.019 0.047 0.139 0.332 0.384 0.073 126 L 0.037 0.191 0.301 0.264 0.141 0.059 0.008 127 L 0.064 0.331 0.325 0.183 0.069 0.025 0.003 128 N 0.003 0.011 0.028 0.112 0.354 0.442 0.050 129 Q 0.003 0.011 0.041 0.178 0.381 0.354 0.032 130 A 0.070 0.344 0.293 0.180 0.082 0.028 0.004 131 F 0.018 0.139 0.311 0.338 0.155 0.037 0.002 132 R 0.003 0.012 0.037 0.185 0.440 0.304 0.018 133 L 0.062 0.194 0.291 0.277 0.135 0.038 0.003 134 L 0.447 0.355 0.115 0.060 0.020 0.003 0.001 135 L 0.135 0.336 0.318 0.172 0.035 0.004 0.001 136 D 0.304 0.480 0.162 0.044 0.009 0.001 0.001 137 G 0.002 0.034 0.140 0.365 0.375 0.082 0.001 138 A 0.001 0.010 0.066 0.292 0.412 0.212 0.007 139 P 0.001 0.001 0.002 0.017 0.150 0.636 0.195 140 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.278 0.702 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.121 0.873 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.118 0.875 143 I 0.001 0.001 0.004 0.020 0.100 0.455 0.420 144 H 0.001 0.008 0.036 0.120 0.327 0.385 0.124 145 K 0.012 0.078 0.166 0.240 0.261 0.194 0.049 146 A 0.111 0.244 0.238 0.203 0.134 0.061 0.009 147 R 0.108 0.173 0.219 0.242 0.171 0.078 0.009 148 Y 0.176 0.227 0.212 0.197 0.122 0.060 0.006 149 Y 0.123 0.153 0.194 0.229 0.198 0.092 0.011 150 K 0.240 0.240 0.202 0.171 0.100 0.042 0.006 151 R 0.304 0.247 0.184 0.143 0.080 0.036 0.007 152 K 0.313 0.253 0.174 0.136 0.079 0.036 0.008 153 D 0.232 0.235 0.201 0.167 0.105 0.051 0.010 154 G 0.140 0.134 0.157 0.208 0.204 0.128 0.029 155 L 0.194 0.230 0.207 0.179 0.115 0.060 0.014 156 A 0.125 0.152 0.175 0.217 0.191 0.115 0.025 157 L 0.072 0.083 0.113 0.195 0.254 0.214 0.068 158 G 0.092 0.126 0.151 0.199 0.198 0.164 0.071 159 P 0.040 0.049 0.069 0.129 0.214 0.309 0.190 160 G 0.062 0.096 0.129 0.196 0.224 0.205 0.087 161 P 0.029 0.062 0.105 0.190 0.239 0.252 0.123 162 F 0.013 0.022 0.030 0.072 0.167 0.412 0.284 163 V 0.008 0.021 0.047 0.120 0.242 0.381 0.181 164 T 0.019 0.090 0.201 0.276 0.220 0.151 0.043 165 A 0.011 0.025 0.047 0.126 0.267 0.370 0.154 166 L 0.008 0.010 0.016 0.057 0.197 0.475 0.237 167 E 0.030 0.104 0.193 0.271 0.225 0.148 0.029 168 Y 0.071 0.183 0.221 0.242 0.181 0.091 0.012 169 A 0.043 0.066 0.095 0.181 0.281 0.288 0.047 170 T 0.069 0.096 0.137 0.239 0.264 0.175 0.020 171 D 0.289 0.329 0.191 0.116 0.053 0.019 0.003 172 T 0.286 0.274 0.195 0.148 0.069 0.023 0.005 173 K 0.459 0.273 0.143 0.080 0.032 0.011 0.002 174 A 0.342 0.265 0.181 0.120 0.065 0.023 0.003 175 M 0.171 0.187 0.199 0.219 0.152 0.062 0.010 176 V 0.156 0.182 0.177 0.208 0.171 0.091 0.015 177 V 0.091 0.096 0.145 0.219 0.237 0.174 0.039 178 G 0.150 0.168 0.153 0.186 0.168 0.142 0.032 179 K 0.036 0.064 0.099 0.196 0.271 0.264 0.070 180 P 0.024 0.059 0.098 0.184 0.277 0.281 0.076 181 E 0.037 0.178 0.225 0.240 0.182 0.116 0.022 182 K 0.044 0.204 0.328 0.260 0.121 0.039 0.005 183 T 0.111 0.346 0.307 0.159 0.057 0.018 0.002 184 F 0.005 0.024 0.065 0.187 0.410 0.265 0.043 185 F 0.003 0.009 0.026 0.117 0.358 0.438 0.049 186 L 0.016 0.225 0.397 0.273 0.076 0.012 0.001 187 E 0.022 0.191 0.366 0.289 0.112 0.019 0.001 188 A 0.004 0.009 0.019 0.103 0.393 0.449 0.023 189 L 0.007 0.035 0.184 0.453 0.256 0.060 0.003 190 R 0.313 0.549 0.119 0.016 0.002 0.001 0.001 191 D 0.135 0.363 0.289 0.159 0.048 0.007 0.001 192 A 0.010 0.051 0.217 0.414 0.259 0.047 0.002 193 D 0.313 0.471 0.162 0.043 0.010 0.001 0.001 194 C 0.032 0.101 0.179 0.396 0.252 0.039 0.002 195 A 0.224 0.415 0.242 0.093 0.022 0.003 0.001 196 P 0.096 0.245 0.247 0.237 0.144 0.029 0.002 197 E 0.059 0.241 0.275 0.276 0.120 0.028 0.002 198 E 0.013 0.096 0.208 0.325 0.256 0.096 0.007 199 A 0.001 0.004 0.013 0.060 0.219 0.530 0.173 200 V 0.001 0.003 0.008 0.028 0.100 0.458 0.402 201 M 0.002 0.003 0.008 0.024 0.073 0.320 0.570 202 I 0.002 0.005 0.012 0.032 0.083 0.321 0.545 203 G 0.005 0.014 0.030 0.087 0.189 0.355 0.321 204 D 0.010 0.036 0.067 0.117 0.210 0.306 0.255 205 D 0.027 0.075 0.115 0.200 0.244 0.229 0.111 206 C 0.023 0.055 0.101 0.169 0.259 0.288 0.107 207 R 0.073 0.133 0.169 0.214 0.205 0.161 0.045 208 D 0.056 0.132 0.176 0.223 0.209 0.149 0.057 209 D 0.013 0.028 0.054 0.126 0.254 0.376 0.150 210 V 0.009 0.027 0.057 0.137 0.276 0.362 0.133 211 D 0.045 0.122 0.169 0.252 0.218 0.149 0.045 212 G 0.022 0.042 0.077 0.149 0.255 0.355 0.099 213 A 0.014 0.015 0.025 0.078 0.234 0.468 0.167 214 Q 0.042 0.141 0.226 0.302 0.180 0.088 0.021 215 N 0.067 0.159 0.200 0.233 0.208 0.112 0.019 216 I 0.011 0.031 0.052 0.143 0.304 0.349 0.110 217 G 0.011 0.048 0.104 0.192 0.237 0.314 0.095 218 M 0.002 0.004 0.014 0.049 0.154 0.469 0.308 219 L 0.003 0.018 0.045 0.140 0.290 0.358 0.147 220 G 0.001 0.003 0.009 0.028 0.101 0.416 0.442 221 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.267 0.697 222 L 0.001 0.002 0.008 0.034 0.112 0.394 0.449 223 V 0.001 0.003 0.008 0.025 0.123 0.443 0.397 224 K 0.004 0.024 0.078 0.193 0.309 0.310 0.082 225 T 0.025 0.099 0.198 0.260 0.242 0.154 0.022 226 G 0.067 0.191 0.228 0.249 0.184 0.076 0.006 227 K 0.114 0.214 0.257 0.240 0.132 0.041 0.002 228 Y 0.176 0.225 0.252 0.211 0.107 0.028 0.001 229 K 0.408 0.304 0.156 0.089 0.035 0.009 0.001 230 A 0.414 0.277 0.171 0.095 0.035 0.008 0.001 231 A 0.585 0.256 0.098 0.044 0.014 0.003 0.001 232 D 0.517 0.267 0.124 0.068 0.020 0.004 0.001 233 E 0.384 0.245 0.175 0.134 0.051 0.010 0.001 234 E 0.582 0.264 0.099 0.042 0.011 0.002 0.001 235 K 0.681 0.215 0.064 0.029 0.009 0.002 0.001 236 I 0.483 0.231 0.148 0.104 0.030 0.004 0.001 237 N 0.557 0.296 0.099 0.036 0.010 0.002 0.001 238 P 0.176 0.275 0.242 0.204 0.087 0.015 0.001 239 P 0.105 0.272 0.282 0.234 0.087 0.020 0.001 240 P 0.020 0.040 0.078 0.213 0.369 0.258 0.021 241 Y 0.029 0.120 0.248 0.319 0.217 0.062 0.005 242 L 0.015 0.043 0.084 0.200 0.328 0.292 0.038 243 T 0.010 0.051 0.109 0.247 0.310 0.241 0.030 244 C 0.003 0.017 0.052 0.167 0.351 0.364 0.046 245 E 0.027 0.170 0.247 0.261 0.195 0.089 0.011 246 S 0.017 0.124 0.232 0.325 0.204 0.087 0.010 247 F 0.003 0.017 0.044 0.148 0.381 0.372 0.034 248 P 0.056 0.292 0.349 0.218 0.070 0.015 0.001 249 H 0.077 0.291 0.325 0.219 0.070 0.016 0.002 250 A 0.010 0.013 0.021 0.074 0.318 0.513 0.051 251 V 0.012 0.065 0.163 0.333 0.325 0.098 0.003 252 D 0.110 0.493 0.275 0.099 0.020 0.003 0.001 253 H 0.017 0.065 0.290 0.443 0.164 0.021 0.001 254 I 0.040 0.050 0.061 0.181 0.404 0.252 0.012 255 L 0.219 0.420 0.247 0.094 0.018 0.002 0.001 256 Q 0.600 0.323 0.064 0.011 0.001 0.001 0.001 257 H 0.237 0.275 0.283 0.169 0.033 0.003 0.001 258 L 0.512 0.284 0.131 0.055 0.016 0.002 0.001 259 L 0.404 0.201 0.158 0.146 0.077 0.014 0.001