# TARGET T0341 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4797 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.002 0.008 0.175 0.090 0.716 2 A 0.015 0.004 0.038 0.506 0.138 0.298 3 A 0.020 0.005 0.076 0.386 0.198 0.316 4 R 0.039 0.011 0.167 0.219 0.292 0.272 5 R 0.041 0.002 0.127 0.122 0.291 0.417 6 A 0.097 0.010 0.052 0.046 0.256 0.540 7 L 0.189 0.004 0.007 0.010 0.241 0.549 8 K 0.366 0.001 0.002 0.003 0.126 0.502 9 A 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 10 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 11 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 V 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 13 D 0.811 0.003 0.001 0.002 0.074 0.109 14 L 0.271 0.007 0.010 0.009 0.474 0.229 15 N 0.070 0.008 0.034 0.015 0.676 0.198 16 G 0.067 0.005 0.063 0.030 0.721 0.114 17 T 0.266 0.024 0.100 0.104 0.351 0.155 18 L 0.488 0.040 0.091 0.129 0.139 0.112 19 H 0.492 0.046 0.050 0.126 0.139 0.147 20 I 0.345 0.026 0.035 0.102 0.261 0.231 21 E 0.123 0.017 0.084 0.107 0.418 0.250 22 D 0.040 0.012 0.220 0.145 0.450 0.133 23 A 0.024 0.012 0.317 0.152 0.377 0.119 24 A 0.014 0.014 0.134 0.276 0.311 0.252 25 V 0.008 0.007 0.018 0.316 0.201 0.450 26 P 0.001 0.001 0.019 0.899 0.041 0.040 27 G 0.002 0.002 0.030 0.907 0.041 0.020 28 A 0.001 0.001 0.017 0.967 0.011 0.004 29 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 30 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 31 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 35 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 36 R 0.001 0.001 0.010 0.982 0.005 0.003 37 A 0.001 0.001 0.018 0.966 0.011 0.005 38 T 0.001 0.001 0.030 0.835 0.037 0.097 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.961 40 V 0.150 0.007 0.003 0.002 0.088 0.750 41 M 0.751 0.006 0.002 0.003 0.043 0.195 42 V 0.946 0.005 0.001 0.004 0.009 0.035 43 R 0.932 0.002 0.002 0.009 0.016 0.039 44 F 0.829 0.004 0.006 0.013 0.048 0.100 45 V 0.513 0.015 0.012 0.023 0.178 0.259 46 T 0.146 0.019 0.023 0.022 0.424 0.366 47 N 0.035 0.005 0.017 0.026 0.477 0.440 48 T 0.029 0.011 0.014 0.028 0.393 0.525 49 T 0.030 0.017 0.012 0.057 0.351 0.532 50 K 0.036 0.019 0.019 0.251 0.235 0.439 51 E 0.037 0.023 0.030 0.325 0.247 0.338 52 T 0.030 0.012 0.018 0.307 0.177 0.456 53 K 0.002 0.001 0.013 0.933 0.022 0.029 54 K 0.002 0.001 0.011 0.956 0.015 0.015 55 D 0.001 0.001 0.008 0.969 0.014 0.008 56 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 57 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 58 E 0.001 0.001 0.009 0.977 0.008 0.004 59 R 0.001 0.001 0.008 0.961 0.013 0.016 60 L 0.003 0.002 0.011 0.938 0.023 0.023 61 K 0.006 0.001 0.027 0.858 0.058 0.050 62 K 0.012 0.001 0.048 0.704 0.111 0.124 63 L 0.037 0.006 0.050 0.554 0.144 0.209 64 E 0.068 0.006 0.037 0.212 0.227 0.449 65 F 0.201 0.010 0.044 0.139 0.206 0.400 66 E 0.438 0.014 0.045 0.086 0.124 0.293 67 I 0.478 0.068 0.022 0.060 0.091 0.280 68 S 0.242 0.025 0.019 0.028 0.642 0.044 69 E 0.056 0.005 0.031 0.038 0.832 0.039 70 D 0.012 0.001 0.024 0.043 0.886 0.033 71 E 0.168 0.018 0.019 0.017 0.741 0.037 72 I 0.412 0.025 0.015 0.065 0.130 0.353 73 F 0.579 0.072 0.024 0.105 0.070 0.149 74 T 0.465 0.017 0.030 0.122 0.113 0.253 75 S 0.246 0.013 0.022 0.169 0.157 0.393 76 L 0.058 0.003 0.039 0.557 0.150 0.193 77 T 0.020 0.002 0.032 0.836 0.067 0.043 78 A 0.023 0.002 0.040 0.832 0.074 0.029 79 A 0.014 0.002 0.026 0.890 0.041 0.026 80 R 0.008 0.001 0.020 0.929 0.025 0.017 81 N 0.009 0.001 0.020 0.916 0.031 0.023 82 L 0.007 0.001 0.021 0.900 0.031 0.038 83 I 0.010 0.002 0.030 0.877 0.043 0.037 84 E 0.007 0.002 0.036 0.863 0.048 0.044 85 Q 0.007 0.002 0.035 0.824 0.058 0.074 86 K 0.006 0.002 0.032 0.756 0.079 0.125 87 Q 0.013 0.004 0.028 0.356 0.181 0.418 88 V 0.024 0.007 0.029 0.253 0.192 0.496 89 R 0.034 0.007 0.030 0.201 0.188 0.540 90 P 0.043 0.006 0.076 0.390 0.168 0.316 91 M 0.100 0.011 0.157 0.422 0.126 0.184 92 L 0.209 0.013 0.134 0.352 0.136 0.155 93 L 0.170 0.018 0.074 0.440 0.129 0.169 94 L 0.078 0.016 0.037 0.494 0.142 0.233 95 D 0.037 0.008 0.046 0.500 0.193 0.215 96 D 0.003 0.001 0.253 0.601 0.111 0.032 97 R 0.003 0.001 0.215 0.639 0.111 0.031 98 A 0.004 0.003 0.206 0.676 0.080 0.031 99 L 0.008 0.004 0.148 0.569 0.162 0.108 100 P 0.005 0.001 0.274 0.540 0.125 0.055 101 E 0.019 0.006 0.279 0.526 0.130 0.041 102 F 0.034 0.011 0.144 0.602 0.159 0.049 103 T 0.047 0.006 0.099 0.557 0.189 0.102 104 G 0.061 0.008 0.097 0.450 0.218 0.167 105 V 0.094 0.027 0.087 0.292 0.270 0.231 106 Q 0.081 0.019 0.060 0.202 0.322 0.315 107 T 0.047 0.018 0.032 0.115 0.370 0.418 108 Q 0.046 0.022 0.013 0.058 0.291 0.570 109 D 0.031 0.013 0.005 0.015 0.339 0.598 110 P 0.010 0.003 0.176 0.263 0.409 0.139 111 N 0.030 0.002 0.228 0.282 0.371 0.087 112 A 0.090 0.006 0.265 0.326 0.267 0.047 113 V 0.288 0.016 0.053 0.395 0.137 0.111 114 V 0.378 0.030 0.041 0.382 0.094 0.075 115 I 0.346 0.014 0.036 0.353 0.122 0.129 116 G 0.199 0.011 0.030 0.222 0.221 0.317 117 L 0.130 0.032 0.033 0.156 0.270 0.378 118 A 0.069 0.017 0.036 0.088 0.431 0.360 119 P 0.024 0.004 0.217 0.146 0.439 0.171 120 E 0.037 0.005 0.296 0.152 0.366 0.144 121 H 0.076 0.019 0.242 0.184 0.329 0.151 122 F 0.098 0.039 0.063 0.162 0.233 0.405 123 H 0.081 0.028 0.029 0.195 0.171 0.497 124 Y 0.024 0.008 0.048 0.422 0.173 0.326 125 Q 0.004 0.001 0.069 0.782 0.093 0.051 126 L 0.003 0.001 0.082 0.807 0.074 0.032 127 L 0.001 0.001 0.015 0.952 0.020 0.011 128 N 0.001 0.001 0.007 0.970 0.011 0.011 129 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.004 130 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 131 F 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 132 R 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 133 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 134 L 0.001 0.001 0.013 0.947 0.022 0.016 135 L 0.001 0.002 0.025 0.880 0.073 0.019 136 D 0.002 0.001 0.038 0.648 0.207 0.105 137 G 0.002 0.001 0.008 0.016 0.293 0.681 138 A 0.018 0.003 0.003 0.001 0.317 0.658 139 P 0.146 0.004 0.003 0.001 0.177 0.669 140 L 0.793 0.015 0.002 0.001 0.044 0.145 141 I 0.912 0.009 0.001 0.001 0.017 0.059 142 A 0.897 0.005 0.001 0.002 0.023 0.071 143 I 0.606 0.013 0.003 0.009 0.077 0.293 144 H 0.154 0.007 0.004 0.010 0.234 0.591 145 K 0.062 0.005 0.018 0.097 0.381 0.436 146 A 0.044 0.010 0.042 0.304 0.311 0.288 147 R 0.051 0.010 0.061 0.585 0.188 0.105 148 Y 0.056 0.008 0.059 0.663 0.113 0.100 149 Y 0.062 0.008 0.059 0.632 0.115 0.123 150 K 0.077 0.008 0.040 0.631 0.094 0.149 151 R 0.067 0.009 0.033 0.572 0.111 0.208 152 K 0.047 0.008 0.039 0.676 0.111 0.119 153 D 0.028 0.007 0.043 0.729 0.092 0.101 154 G 0.017 0.004 0.105 0.707 0.105 0.062 155 L 0.017 0.004 0.132 0.671 0.101 0.075 156 A 0.013 0.007 0.078 0.682 0.111 0.107 157 L 0.011 0.011 0.043 0.461 0.150 0.324 158 G 0.005 0.003 0.004 0.014 0.168 0.806 159 P 0.016 0.011 0.028 0.047 0.305 0.593 160 G 0.029 0.013 0.068 0.041 0.430 0.420 161 P 0.053 0.010 0.165 0.069 0.433 0.269 162 F 0.150 0.020 0.192 0.101 0.302 0.234 163 V 0.412 0.013 0.060 0.088 0.257 0.171 164 T 0.606 0.004 0.028 0.082 0.144 0.136 165 A 0.819 0.003 0.013 0.064 0.058 0.043 166 L 0.864 0.004 0.005 0.073 0.026 0.027 167 E 0.839 0.004 0.005 0.088 0.027 0.037 168 Y 0.689 0.008 0.006 0.110 0.058 0.130 169 A 0.329 0.008 0.013 0.096 0.175 0.379 170 T 0.179 0.012 0.053 0.140 0.269 0.347 171 D 0.147 0.012 0.078 0.128 0.366 0.269 172 T 0.150 0.011 0.182 0.218 0.306 0.133 173 K 0.189 0.014 0.141 0.259 0.222 0.175 174 A 0.215 0.015 0.164 0.271 0.186 0.149 175 M 0.194 0.022 0.092 0.256 0.185 0.252 176 V 0.163 0.037 0.065 0.198 0.247 0.290 177 V 0.086 0.021 0.031 0.096 0.281 0.485 178 G 0.047 0.017 0.015 0.043 0.292 0.585 179 K 0.023 0.023 0.013 0.045 0.308 0.589 180 P 0.014 0.018 0.014 0.077 0.244 0.634 181 E 0.006 0.008 0.023 0.283 0.201 0.480 182 K 0.001 0.001 0.030 0.877 0.048 0.045 183 T 0.001 0.001 0.020 0.940 0.024 0.015 184 F 0.001 0.001 0.015 0.972 0.009 0.003 185 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.004 186 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 187 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 188 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 189 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 190 R 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 191 D 0.001 0.001 0.011 0.935 0.026 0.028 192 A 0.001 0.001 0.031 0.757 0.051 0.159 193 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.952 194 C 0.006 0.013 0.002 0.001 0.083 0.895 195 A 0.019 0.017 0.004 0.001 0.282 0.677 196 P 0.003 0.002 0.768 0.013 0.186 0.028 197 E 0.008 0.001 0.692 0.012 0.255 0.033 198 E 0.100 0.001 0.668 0.011 0.201 0.019 199 A 0.763 0.017 0.010 0.012 0.079 0.120 200 V 0.928 0.009 0.001 0.004 0.013 0.045 201 M 0.933 0.004 0.001 0.004 0.021 0.038 202 I 0.832 0.012 0.001 0.004 0.031 0.119 203 G 0.416 0.013 0.003 0.006 0.188 0.374 204 D 0.147 0.028 0.009 0.010 0.322 0.484 205 D 0.043 0.031 0.018 0.014 0.397 0.497 206 C 0.025 0.016 0.060 0.054 0.573 0.272 207 R 0.012 0.007 0.131 0.146 0.537 0.168 208 D 0.007 0.015 0.091 0.242 0.438 0.207 209 D 0.006 0.015 0.037 0.718 0.098 0.126 210 V 0.001 0.002 0.009 0.961 0.014 0.014 211 D 0.001 0.001 0.008 0.968 0.015 0.007 212 G 0.001 0.001 0.014 0.971 0.010 0.003 213 A 0.001 0.001 0.017 0.967 0.013 0.002 214 Q 0.001 0.001 0.039 0.944 0.013 0.003 215 N 0.002 0.001 0.035 0.938 0.016 0.009 216 I 0.003 0.001 0.025 0.853 0.028 0.090 217 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.973 218 M 0.079 0.005 0.002 0.001 0.079 0.835 219 L 0.538 0.004 0.002 0.002 0.075 0.379 220 G 0.936 0.004 0.002 0.002 0.014 0.042 221 I 0.973 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 222 L 0.966 0.001 0.002 0.006 0.008 0.018 223 V 0.912 0.003 0.002 0.011 0.028 0.045 224 K 0.678 0.006 0.006 0.013 0.131 0.167 225 T 0.277 0.006 0.018 0.036 0.337 0.325 226 G 0.196 0.014 0.036 0.034 0.359 0.361 227 K 0.307 0.030 0.050 0.059 0.213 0.340 228 Y 0.238 0.038 0.071 0.104 0.209 0.339 229 K 0.169 0.024 0.066 0.120 0.285 0.337 230 A 0.062 0.010 0.152 0.327 0.252 0.198 231 A 0.041 0.011 0.139 0.387 0.261 0.161 232 D 0.030 0.010 0.176 0.377 0.264 0.143 233 E 0.016 0.011 0.288 0.351 0.205 0.129 234 E 0.019 0.009 0.340 0.300 0.197 0.135 235 K 0.025 0.019 0.203 0.228 0.275 0.250 236 I 0.030 0.026 0.054 0.132 0.278 0.481 237 N 0.012 0.006 0.005 0.009 0.237 0.731 238 P 0.019 0.008 0.007 0.007 0.236 0.722 239 P 0.039 0.009 0.010 0.004 0.270 0.668 240 P 0.177 0.012 0.029 0.012 0.315 0.454 241 Y 0.528 0.018 0.021 0.023 0.138 0.272 242 L 0.853 0.009 0.015 0.019 0.042 0.061 243 T 0.876 0.010 0.009 0.016 0.035 0.053 244 C 0.744 0.016 0.020 0.017 0.101 0.102 245 E 0.274 0.017 0.022 0.023 0.311 0.353 246 S 0.051 0.014 0.029 0.039 0.318 0.548 247 F 0.009 0.006 0.102 0.254 0.354 0.275 248 P 0.001 0.001 0.211 0.663 0.091 0.033 249 H 0.001 0.001 0.223 0.707 0.059 0.010 250 A 0.001 0.001 0.097 0.881 0.017 0.004 251 V 0.001 0.001 0.018 0.963 0.012 0.007 252 D 0.001 0.001 0.014 0.971 0.011 0.004 253 H 0.001 0.001 0.010 0.973 0.012 0.004 254 I 0.001 0.001 0.007 0.976 0.012 0.004 255 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.011 0.004 256 Q 0.001 0.001 0.013 0.959 0.014 0.012 257 H 0.002 0.001 0.014 0.858 0.027 0.098 258 L 0.005 0.004 0.015 0.414 0.055 0.506 259 L 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 0.960