# TARGET T0341 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4797 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.099 0.359 0.014 0.011 0.013 0.046 0.173 0.286 2 A 0.104 0.180 0.019 0.014 0.010 0.063 0.245 0.364 3 A 0.199 0.145 0.008 0.009 0.011 0.051 0.141 0.437 4 R 0.163 0.049 0.010 0.004 0.008 0.078 0.101 0.587 5 R 0.023 0.026 0.024 0.011 0.015 0.163 0.065 0.673 6 A 0.024 0.017 0.044 0.007 0.016 0.158 0.076 0.659 7 L 0.011 0.011 0.080 0.022 0.025 0.237 0.122 0.492 8 K 0.003 0.005 0.461 0.033 0.065 0.098 0.143 0.192 9 A 0.002 0.003 0.633 0.036 0.066 0.030 0.113 0.117 10 V 0.002 0.001 0.820 0.049 0.044 0.014 0.027 0.043 11 L 0.002 0.001 0.758 0.051 0.069 0.020 0.039 0.060 12 V 0.003 0.001 0.718 0.044 0.063 0.058 0.043 0.070 13 D 0.113 0.004 0.315 0.022 0.034 0.188 0.122 0.201 14 L 0.073 0.007 0.067 0.011 0.016 0.261 0.110 0.454 15 N 0.015 0.005 0.052 0.004 0.019 0.206 0.041 0.658 16 G 0.028 0.009 0.197 0.031 0.101 0.149 0.149 0.336 17 T 0.025 0.018 0.217 0.092 0.101 0.109 0.106 0.331 18 L 0.012 0.021 0.264 0.073 0.106 0.085 0.053 0.386 19 H 0.037 0.023 0.172 0.076 0.097 0.108 0.053 0.434 20 I 0.262 0.056 0.083 0.042 0.038 0.096 0.144 0.279 21 E 0.188 0.126 0.018 0.011 0.019 0.078 0.098 0.461 22 D 0.167 0.101 0.014 0.005 0.009 0.079 0.065 0.559 23 A 0.020 0.114 0.020 0.022 0.017 0.117 0.113 0.577 24 A 0.026 0.552 0.004 0.002 0.003 0.041 0.021 0.350 25 V 0.079 0.803 0.002 0.001 0.001 0.010 0.067 0.037 26 P 0.017 0.850 0.003 0.001 0.001 0.009 0.072 0.047 27 G 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.015 28 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 29 Q 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 30 E 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 31 A 0.009 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 32 L 0.029 0.909 0.010 0.001 0.001 0.002 0.043 0.007 33 K 0.041 0.822 0.010 0.001 0.001 0.005 0.037 0.083 34 R 0.045 0.077 0.029 0.001 0.001 0.022 0.691 0.136 35 L 0.021 0.013 0.029 0.001 0.001 0.021 0.859 0.055 36 R 0.488 0.024 0.008 0.001 0.002 0.027 0.058 0.393 37 A 0.035 0.002 0.003 0.001 0.001 0.037 0.011 0.912 38 T 0.009 0.002 0.063 0.003 0.008 0.248 0.022 0.644 39 S 0.017 0.001 0.068 0.003 0.010 0.168 0.043 0.691 40 V 0.006 0.001 0.211 0.022 0.012 0.186 0.046 0.516 41 M 0.001 0.001 0.775 0.008 0.014 0.052 0.037 0.112 42 V 0.002 0.001 0.634 0.030 0.038 0.034 0.119 0.141 43 R 0.001 0.001 0.916 0.015 0.016 0.005 0.028 0.018 44 F 0.006 0.001 0.716 0.038 0.054 0.028 0.049 0.109 45 V 0.015 0.002 0.542 0.079 0.075 0.063 0.060 0.164 46 T 0.026 0.009 0.221 0.023 0.060 0.147 0.100 0.415 47 N 0.084 0.017 0.057 0.015 0.037 0.213 0.059 0.517 48 T 0.046 0.014 0.022 0.011 0.014 0.154 0.098 0.640 49 T 0.103 0.199 0.013 0.007 0.010 0.125 0.139 0.404 50 K 0.085 0.348 0.009 0.005 0.009 0.096 0.062 0.388 51 E 0.031 0.336 0.008 0.009 0.007 0.073 0.073 0.462 52 T 0.017 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.026 53 K 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 54 K 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 55 D 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 56 L 0.011 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 57 L 0.038 0.866 0.012 0.001 0.001 0.003 0.065 0.014 58 E 0.056 0.699 0.020 0.003 0.002 0.012 0.081 0.127 59 R 0.172 0.340 0.032 0.003 0.003 0.039 0.112 0.299 60 L 0.187 0.104 0.057 0.007 0.004 0.070 0.140 0.430 61 K 0.150 0.047 0.009 0.002 0.003 0.056 0.023 0.710 62 K 0.047 0.017 0.006 0.001 0.002 0.052 0.017 0.858 63 L 0.061 0.032 0.016 0.007 0.009 0.140 0.029 0.706 64 E 0.048 0.017 0.029 0.014 0.022 0.105 0.079 0.686 65 F 0.027 0.020 0.043 0.030 0.029 0.123 0.054 0.674 66 E 0.022 0.016 0.156 0.051 0.071 0.122 0.073 0.489 67 I 0.046 0.008 0.062 0.022 0.022 0.118 0.031 0.690 68 S 0.508 0.032 0.036 0.014 0.015 0.054 0.052 0.289 69 E 0.078 0.025 0.017 0.007 0.016 0.109 0.032 0.717 70 D 0.013 0.012 0.039 0.017 0.075 0.133 0.084 0.628 71 E 0.010 0.017 0.058 0.097 0.162 0.089 0.248 0.318 72 I 0.016 0.043 0.070 0.152 0.161 0.108 0.069 0.381 73 F 0.019 0.046 0.118 0.101 0.140 0.075 0.093 0.409 74 T 0.031 0.229 0.063 0.072 0.074 0.071 0.135 0.325 75 S 0.054 0.626 0.025 0.012 0.017 0.032 0.087 0.146 76 L 0.052 0.746 0.008 0.007 0.008 0.024 0.054 0.101 77 T 0.025 0.359 0.010 0.006 0.008 0.029 0.462 0.102 78 A 0.011 0.856 0.002 0.002 0.003 0.010 0.083 0.034 79 A 0.017 0.922 0.002 0.001 0.003 0.006 0.024 0.025 80 R 0.019 0.860 0.006 0.005 0.005 0.011 0.037 0.056 81 N 0.021 0.748 0.020 0.007 0.010 0.020 0.093 0.080 82 L 0.076 0.685 0.026 0.005 0.005 0.025 0.088 0.091 83 I 0.222 0.302 0.074 0.014 0.011 0.043 0.174 0.160 84 E 0.143 0.145 0.022 0.007 0.008 0.058 0.086 0.532 85 Q 0.109 0.061 0.020 0.004 0.006 0.067 0.057 0.676 86 K 0.046 0.035 0.021 0.009 0.008 0.128 0.043 0.711 87 Q 0.027 0.044 0.011 0.005 0.007 0.096 0.029 0.781 88 V 0.058 0.109 0.014 0.006 0.007 0.097 0.029 0.680 89 R 0.159 0.230 0.035 0.018 0.017 0.088 0.075 0.379 90 P 0.120 0.301 0.026 0.012 0.018 0.068 0.061 0.393 91 M 0.078 0.221 0.053 0.017 0.027 0.082 0.093 0.431 92 L 0.046 0.278 0.074 0.031 0.034 0.092 0.062 0.385 93 L 0.055 0.193 0.047 0.018 0.021 0.093 0.069 0.503 94 L 0.122 0.315 0.053 0.017 0.014 0.060 0.163 0.256 95 D 0.178 0.575 0.008 0.004 0.006 0.024 0.057 0.149 96 D 0.157 0.352 0.011 0.004 0.005 0.046 0.043 0.383 97 R 0.016 0.342 0.021 0.014 0.013 0.082 0.079 0.433 98 A 0.061 0.536 0.010 0.002 0.005 0.048 0.055 0.284 99 L 0.138 0.163 0.017 0.005 0.004 0.039 0.535 0.098 100 P 0.047 0.322 0.019 0.006 0.006 0.057 0.294 0.248 101 E 0.132 0.390 0.015 0.003 0.006 0.048 0.068 0.338 102 F 0.118 0.212 0.038 0.013 0.016 0.106 0.097 0.401 103 T 0.070 0.056 0.032 0.011 0.023 0.099 0.233 0.476 104 G 0.072 0.055 0.025 0.013 0.018 0.137 0.115 0.565 105 V 0.058 0.027 0.045 0.022 0.033 0.151 0.071 0.592 106 Q 0.102 0.023 0.024 0.012 0.017 0.152 0.052 0.617 107 T 0.027 0.016 0.022 0.009 0.013 0.129 0.060 0.724 108 Q 0.029 0.028 0.018 0.005 0.007 0.129 0.026 0.757 109 D 0.286 0.194 0.013 0.008 0.009 0.081 0.074 0.335 110 P 0.125 0.221 0.016 0.007 0.011 0.102 0.054 0.463 111 N 0.073 0.236 0.032 0.013 0.033 0.076 0.098 0.440 112 A 0.034 0.094 0.077 0.059 0.083 0.108 0.135 0.410 113 V 0.053 0.049 0.102 0.074 0.106 0.127 0.070 0.419 114 V 0.172 0.038 0.091 0.053 0.087 0.089 0.079 0.391 115 I 0.072 0.021 0.045 0.034 0.050 0.115 0.050 0.613 116 G 0.015 0.012 0.030 0.019 0.032 0.114 0.033 0.746 117 L 0.044 0.024 0.015 0.016 0.020 0.107 0.040 0.734 118 A 0.330 0.061 0.017 0.018 0.018 0.087 0.092 0.376 119 P 0.114 0.051 0.015 0.013 0.018 0.096 0.050 0.642 120 E 0.044 0.060 0.022 0.014 0.035 0.084 0.058 0.683 121 H 0.074 0.092 0.023 0.017 0.023 0.114 0.042 0.614 122 F 0.023 0.106 0.058 0.047 0.039 0.129 0.064 0.534 123 H 0.055 0.416 0.012 0.004 0.007 0.050 0.040 0.416 124 Y 0.130 0.459 0.010 0.002 0.002 0.015 0.324 0.057 125 Q 0.016 0.708 0.010 0.004 0.002 0.023 0.118 0.118 126 L 0.010 0.937 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.029 127 L 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 128 N 0.006 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 129 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 130 A 0.009 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 131 F 0.025 0.911 0.013 0.001 0.001 0.002 0.039 0.009 132 R 0.062 0.670 0.030 0.003 0.002 0.012 0.073 0.147 133 L 0.065 0.021 0.374 0.005 0.002 0.027 0.339 0.167 134 L 0.771 0.005 0.021 0.002 0.001 0.020 0.056 0.122 135 L 0.478 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.007 0.500 136 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.071 0.001 0.923 137 G 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.079 0.004 0.904 138 A 0.010 0.001 0.085 0.024 0.011 0.255 0.051 0.564 139 P 0.002 0.001 0.599 0.018 0.020 0.056 0.071 0.234 140 L 0.001 0.001 0.781 0.023 0.043 0.014 0.071 0.067 141 I 0.001 0.001 0.882 0.027 0.023 0.006 0.020 0.040 142 A 0.002 0.002 0.852 0.042 0.031 0.011 0.014 0.046 143 I 0.011 0.016 0.593 0.033 0.056 0.055 0.043 0.194 144 H 0.087 0.114 0.191 0.031 0.044 0.139 0.068 0.326 145 K 0.079 0.212 0.051 0.013 0.020 0.115 0.060 0.450 146 A 0.097 0.594 0.010 0.005 0.008 0.047 0.046 0.192 147 R 0.053 0.648 0.012 0.010 0.011 0.032 0.079 0.156 148 Y 0.026 0.698 0.008 0.011 0.013 0.032 0.050 0.162 149 Y 0.061 0.694 0.008 0.010 0.012 0.025 0.076 0.114 150 K 0.040 0.606 0.012 0.012 0.015 0.035 0.143 0.136 151 R 0.054 0.749 0.006 0.006 0.008 0.019 0.065 0.095 152 K 0.075 0.642 0.014 0.009 0.009 0.026 0.059 0.166 153 D 0.099 0.441 0.026 0.014 0.019 0.050 0.112 0.238 154 G 0.316 0.100 0.035 0.012 0.013 0.053 0.158 0.312 155 L 0.325 0.032 0.014 0.013 0.010 0.077 0.072 0.457 156 A 0.042 0.007 0.009 0.003 0.005 0.066 0.029 0.838 157 L 0.017 0.006 0.009 0.004 0.006 0.164 0.021 0.775 158 G 0.023 0.022 0.012 0.007 0.008 0.138 0.036 0.754 159 P 0.109 0.071 0.006 0.003 0.003 0.102 0.041 0.666 160 G 0.251 0.140 0.015 0.006 0.006 0.066 0.298 0.218 161 P 0.062 0.317 0.039 0.008 0.015 0.099 0.140 0.320 162 F 0.054 0.266 0.086 0.009 0.025 0.091 0.081 0.389 163 V 0.090 0.193 0.129 0.047 0.053 0.096 0.090 0.302 164 T 0.038 0.111 0.143 0.037 0.088 0.100 0.110 0.374 165 A 0.041 0.085 0.210 0.039 0.108 0.112 0.091 0.314 166 L 0.023 0.022 0.244 0.106 0.135 0.075 0.158 0.237 167 E 0.012 0.018 0.178 0.128 0.155 0.085 0.104 0.320 168 Y 0.042 0.036 0.125 0.062 0.105 0.098 0.109 0.422 169 A 0.112 0.063 0.053 0.072 0.072 0.121 0.087 0.420 170 T 0.060 0.048 0.026 0.019 0.031 0.108 0.041 0.666 171 D 0.103 0.117 0.012 0.018 0.028 0.104 0.051 0.567 172 T 0.126 0.128 0.028 0.023 0.030 0.091 0.082 0.493 173 K 0.159 0.167 0.016 0.032 0.042 0.090 0.061 0.433 174 A 0.038 0.029 0.061 0.037 0.064 0.085 0.118 0.567 175 M 0.127 0.018 0.035 0.073 0.111 0.110 0.048 0.478 176 V 0.257 0.005 0.029 0.044 0.057 0.067 0.041 0.501 177 V 0.011 0.002 0.016 0.029 0.059 0.117 0.012 0.754 178 G 0.011 0.003 0.013 0.012 0.037 0.083 0.017 0.824 179 K 0.017 0.007 0.010 0.036 0.020 0.152 0.024 0.734 180 P 0.040 0.081 0.009 0.008 0.007 0.082 0.047 0.728 181 E 0.113 0.776 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.064 182 K 0.021 0.887 0.002 0.001 0.001 0.009 0.029 0.051 183 T 0.005 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.029 0.021 184 F 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 185 F 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 186 L 0.007 0.873 0.005 0.001 0.001 0.002 0.105 0.007 187 E 0.010 0.915 0.014 0.001 0.001 0.003 0.037 0.019 188 A 0.168 0.618 0.063 0.002 0.002 0.015 0.083 0.049 189 L 0.263 0.060 0.197 0.007 0.003 0.031 0.291 0.149 190 R 0.429 0.016 0.008 0.001 0.001 0.026 0.018 0.501 191 D 0.118 0.002 0.005 0.001 0.001 0.037 0.008 0.829 192 A 0.009 0.001 0.008 0.002 0.002 0.121 0.008 0.848 193 D 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.075 0.004 0.908 194 C 0.008 0.001 0.012 0.002 0.001 0.123 0.007 0.847 195 A 0.296 0.021 0.043 0.005 0.003 0.116 0.069 0.448 196 P 0.357 0.036 0.015 0.002 0.002 0.104 0.067 0.416 197 E 0.014 0.013 0.067 0.005 0.012 0.160 0.049 0.681 198 E 0.008 0.009 0.353 0.034 0.105 0.087 0.136 0.268 199 A 0.006 0.006 0.251 0.063 0.132 0.092 0.131 0.318 200 V 0.005 0.003 0.569 0.097 0.138 0.047 0.035 0.106 201 M 0.014 0.005 0.401 0.093 0.171 0.071 0.051 0.193 202 I 0.048 0.016 0.235 0.075 0.104 0.146 0.077 0.300 203 G 0.051 0.019 0.090 0.026 0.054 0.173 0.067 0.520 204 D 0.076 0.030 0.035 0.015 0.024 0.162 0.083 0.576 205 D 0.195 0.105 0.037 0.016 0.016 0.122 0.106 0.403 206 C 0.155 0.199 0.012 0.008 0.012 0.085 0.090 0.439 207 R 0.071 0.242 0.012 0.007 0.012 0.080 0.057 0.519 208 D 0.023 0.364 0.012 0.016 0.020 0.079 0.084 0.402 209 D 0.020 0.899 0.003 0.002 0.003 0.013 0.016 0.045 210 V 0.043 0.842 0.005 0.003 0.003 0.013 0.048 0.043 211 D 0.029 0.498 0.036 0.013 0.010 0.018 0.328 0.068 212 G 0.106 0.670 0.012 0.003 0.006 0.015 0.144 0.044 213 A 0.224 0.121 0.095 0.009 0.010 0.040 0.350 0.151 214 Q 0.340 0.086 0.014 0.018 0.015 0.050 0.065 0.412 215 N 0.036 0.010 0.006 0.001 0.003 0.051 0.024 0.870 216 I 0.009 0.008 0.061 0.011 0.018 0.277 0.038 0.576 217 G 0.102 0.015 0.083 0.015 0.035 0.166 0.102 0.481 218 M 0.034 0.007 0.038 0.011 0.010 0.136 0.054 0.710 219 L 0.006 0.007 0.534 0.025 0.073 0.089 0.070 0.195 220 G 0.010 0.006 0.365 0.039 0.095 0.055 0.127 0.303 221 I 0.002 0.001 0.724 0.077 0.053 0.022 0.045 0.077 222 L 0.003 0.003 0.688 0.042 0.075 0.030 0.043 0.116 223 V 0.041 0.007 0.369 0.104 0.099 0.090 0.054 0.237 224 K 0.074 0.017 0.153 0.042 0.062 0.118 0.051 0.482 225 T 0.057 0.038 0.053 0.016 0.045 0.125 0.038 0.630 226 G 0.048 0.054 0.095 0.042 0.075 0.124 0.077 0.485 227 K 0.055 0.064 0.070 0.073 0.062 0.102 0.067 0.507 228 Y 0.112 0.085 0.058 0.054 0.048 0.082 0.077 0.484 229 K 0.129 0.163 0.034 0.023 0.028 0.087 0.063 0.473 230 A 0.117 0.160 0.017 0.010 0.012 0.076 0.037 0.572 231 A 0.070 0.158 0.024 0.013 0.011 0.078 0.061 0.585 232 D 0.217 0.323 0.007 0.006 0.007 0.042 0.092 0.306 233 E 0.314 0.084 0.015 0.008 0.008 0.050 0.245 0.276 234 E 0.118 0.043 0.010 0.013 0.015 0.086 0.109 0.606 235 K 0.092 0.009 0.008 0.006 0.010 0.071 0.035 0.768 236 I 0.033 0.004 0.007 0.006 0.010 0.149 0.018 0.773 237 N 0.025 0.005 0.015 0.005 0.010 0.120 0.025 0.793 238 P 0.076 0.009 0.014 0.005 0.008 0.132 0.025 0.730 239 P 0.079 0.016 0.049 0.013 0.014 0.160 0.094 0.576 240 P 0.021 0.022 0.134 0.024 0.060 0.138 0.092 0.510 241 Y 0.015 0.012 0.243 0.031 0.085 0.068 0.094 0.453 242 L 0.006 0.005 0.475 0.122 0.084 0.047 0.058 0.203 243 T 0.013 0.014 0.394 0.052 0.091 0.054 0.110 0.272 244 C 0.124 0.033 0.207 0.045 0.045 0.087 0.112 0.347 245 E 0.016 0.019 0.085 0.023 0.020 0.130 0.094 0.614 246 S 0.055 0.315 0.011 0.002 0.003 0.062 0.040 0.513 247 F 0.172 0.620 0.004 0.001 0.001 0.017 0.111 0.074 248 P 0.062 0.644 0.009 0.002 0.001 0.026 0.112 0.143 249 H 0.029 0.777 0.003 0.001 0.001 0.015 0.090 0.085 250 A 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.013 251 V 0.019 0.929 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.016 252 D 0.010 0.859 0.012 0.001 0.001 0.007 0.056 0.054 253 H 0.057 0.692 0.039 0.001 0.002 0.020 0.141 0.048 254 I 0.188 0.470 0.097 0.003 0.002 0.020 0.165 0.055 255 L 0.187 0.288 0.023 0.002 0.004 0.037 0.056 0.403 256 Q 0.043 0.049 0.031 0.002 0.003 0.057 0.065 0.750 257 H 0.044 0.056 0.058 0.015 0.013 0.159 0.110 0.544 258 L 0.071 0.028 0.047 0.009 0.014 0.126 0.071 0.634 259 L 0.062 0.016 0.030 0.010 0.012 0.127 0.046 0.698