# TARGET T0341 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4797 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.985 2 A 0.012 0.012 0.031 0.211 0.007 0.066 0.662 3 A 0.015 0.009 0.106 0.248 0.093 0.152 0.376 4 R 0.018 0.004 0.227 0.229 0.064 0.150 0.308 5 R 0.033 0.002 0.227 0.233 0.113 0.199 0.193 6 A 0.073 0.010 0.084 0.028 0.180 0.119 0.507 7 L 0.118 0.005 0.003 0.001 0.104 0.008 0.762 8 K 0.358 0.003 0.001 0.001 0.288 0.030 0.319 9 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 13 D 0.640 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.348 14 L 0.214 0.006 0.006 0.001 0.238 0.107 0.428 15 N 0.070 0.021 0.023 0.002 0.301 0.458 0.125 16 G 0.108 0.004 0.035 0.004 0.345 0.356 0.148 17 T 0.277 0.039 0.031 0.008 0.238 0.068 0.338 18 L 0.581 0.042 0.025 0.009 0.080 0.086 0.175 19 H 0.595 0.065 0.022 0.012 0.078 0.081 0.147 20 I 0.352 0.043 0.026 0.017 0.109 0.071 0.381 21 E 0.110 0.022 0.039 0.017 0.201 0.274 0.337 22 D 0.046 0.016 0.096 0.023 0.280 0.258 0.281 23 A 0.024 0.010 0.110 0.034 0.208 0.401 0.213 24 A 0.018 0.024 0.093 0.063 0.199 0.296 0.307 25 V 0.015 0.017 0.024 0.133 0.219 0.025 0.568 26 P 0.003 0.002 0.055 0.710 0.033 0.126 0.070 27 G 0.003 0.005 0.028 0.830 0.020 0.088 0.025 28 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.002 0.009 0.010 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 36 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 37 A 0.001 0.001 0.004 0.872 0.002 0.121 0.001 38 T 0.001 0.001 0.002 0.163 0.006 0.825 0.003 39 S 0.001 0.001 0.002 0.006 0.039 0.914 0.038 40 V 0.032 0.004 0.002 0.001 0.123 0.009 0.829 41 M 0.480 0.017 0.005 0.002 0.049 0.005 0.443 42 V 0.901 0.006 0.003 0.001 0.011 0.002 0.075 43 R 0.949 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.039 44 F 0.926 0.004 0.004 0.003 0.009 0.004 0.051 45 V 0.673 0.013 0.010 0.007 0.035 0.028 0.234 46 T 0.292 0.019 0.016 0.007 0.142 0.119 0.405 47 N 0.087 0.017 0.018 0.010 0.327 0.182 0.360 48 T 0.034 0.022 0.021 0.014 0.332 0.099 0.479 49 T 0.026 0.016 0.030 0.034 0.228 0.127 0.539 50 K 0.025 0.016 0.064 0.156 0.216 0.166 0.357 51 E 0.029 0.014 0.043 0.245 0.292 0.082 0.295 52 T 0.031 0.026 0.037 0.302 0.103 0.059 0.442 53 K 0.002 0.001 0.025 0.923 0.005 0.022 0.024 54 K 0.001 0.001 0.014 0.967 0.003 0.009 0.006 55 D 0.001 0.001 0.013 0.971 0.002 0.007 0.006 56 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.007 0.003 57 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 58 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.014 0.001 59 R 0.001 0.001 0.006 0.962 0.001 0.027 0.003 60 L 0.002 0.002 0.014 0.901 0.006 0.061 0.013 61 K 0.003 0.002 0.028 0.715 0.017 0.213 0.022 62 K 0.006 0.001 0.047 0.525 0.049 0.341 0.031 63 L 0.020 0.003 0.039 0.289 0.140 0.390 0.119 64 E 0.039 0.008 0.038 0.088 0.154 0.393 0.281 65 F 0.164 0.011 0.014 0.033 0.120 0.035 0.624 66 E 0.470 0.050 0.008 0.028 0.025 0.017 0.402 67 I 0.453 0.072 0.007 0.027 0.037 0.011 0.394 68 S 0.219 0.010 0.010 0.023 0.032 0.025 0.682 69 E 0.109 0.007 0.079 0.102 0.182 0.388 0.134 70 D 0.049 0.003 0.059 0.067 0.157 0.557 0.108 71 E 0.087 0.007 0.065 0.082 0.341 0.209 0.209 72 I 0.265 0.035 0.041 0.164 0.122 0.094 0.279 73 F 0.408 0.048 0.037 0.197 0.063 0.073 0.175 74 T 0.292 0.029 0.038 0.228 0.072 0.077 0.264 75 S 0.211 0.015 0.034 0.255 0.111 0.090 0.283 76 L 0.079 0.005 0.026 0.567 0.092 0.053 0.178 77 T 0.022 0.001 0.021 0.848 0.025 0.034 0.048 78 A 0.021 0.003 0.022 0.883 0.011 0.028 0.032 79 A 0.012 0.001 0.014 0.932 0.004 0.015 0.021 80 R 0.009 0.001 0.013 0.942 0.005 0.019 0.012 81 N 0.004 0.001 0.009 0.946 0.005 0.026 0.010 82 L 0.003 0.001 0.012 0.937 0.005 0.030 0.012 83 I 0.006 0.003 0.016 0.924 0.011 0.026 0.014 84 E 0.004 0.001 0.023 0.870 0.008 0.078 0.016 85 Q 0.002 0.001 0.028 0.765 0.021 0.164 0.020 86 K 0.004 0.002 0.018 0.592 0.065 0.235 0.084 87 Q 0.013 0.009 0.017 0.180 0.140 0.261 0.381 88 V 0.034 0.010 0.026 0.145 0.150 0.060 0.575 89 R 0.072 0.009 0.033 0.116 0.113 0.036 0.623 90 P 0.082 0.012 0.089 0.318 0.080 0.063 0.356 91 M 0.120 0.015 0.139 0.356 0.060 0.084 0.226 92 L 0.180 0.017 0.114 0.303 0.085 0.096 0.205 93 L 0.162 0.024 0.090 0.274 0.067 0.128 0.255 94 L 0.095 0.021 0.067 0.252 0.106 0.110 0.348 95 D 0.048 0.008 0.062 0.199 0.083 0.132 0.468 96 D 0.012 0.002 0.161 0.341 0.082 0.279 0.123 97 R 0.011 0.005 0.165 0.380 0.066 0.281 0.092 98 A 0.019 0.010 0.146 0.474 0.062 0.151 0.139 99 L 0.020 0.006 0.103 0.570 0.059 0.052 0.191 100 P 0.011 0.002 0.145 0.671 0.022 0.082 0.066 101 E 0.013 0.003 0.146 0.688 0.019 0.093 0.037 102 F 0.030 0.010 0.089 0.683 0.033 0.078 0.078 103 T 0.035 0.005 0.078 0.571 0.040 0.177 0.094 104 G 0.031 0.004 0.086 0.503 0.051 0.251 0.073 105 V 0.038 0.008 0.083 0.445 0.063 0.189 0.173 106 Q 0.048 0.014 0.074 0.296 0.135 0.189 0.244 107 T 0.058 0.012 0.048 0.173 0.153 0.145 0.410 108 Q 0.045 0.015 0.026 0.118 0.323 0.157 0.316 109 D 0.024 0.007 0.005 0.020 0.254 0.025 0.664 110 P 0.012 0.004 0.080 0.299 0.071 0.414 0.120 111 N 0.036 0.005 0.121 0.325 0.089 0.327 0.097 112 A 0.149 0.020 0.139 0.353 0.085 0.082 0.173 113 V 0.255 0.030 0.057 0.415 0.038 0.051 0.155 114 V 0.302 0.029 0.056 0.391 0.037 0.079 0.107 115 I 0.203 0.013 0.087 0.279 0.062 0.245 0.112 116 G 0.121 0.008 0.063 0.145 0.133 0.333 0.197 117 L 0.136 0.029 0.054 0.105 0.182 0.152 0.341 118 A 0.077 0.021 0.036 0.067 0.132 0.056 0.612 119 P 0.027 0.005 0.136 0.113 0.090 0.224 0.404 120 E 0.038 0.008 0.175 0.160 0.088 0.345 0.186 121 H 0.058 0.016 0.161 0.177 0.151 0.189 0.248 122 F 0.071 0.030 0.094 0.206 0.115 0.131 0.353 123 H 0.049 0.021 0.067 0.284 0.084 0.118 0.376 124 Y 0.020 0.008 0.060 0.509 0.074 0.052 0.277 125 Q 0.004 0.002 0.054 0.785 0.028 0.095 0.032 126 L 0.003 0.002 0.038 0.824 0.015 0.089 0.028 127 L 0.001 0.001 0.006 0.963 0.003 0.010 0.015 128 N 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 129 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 131 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 132 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 133 L 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.030 0.001 134 L 0.001 0.001 0.007 0.900 0.004 0.078 0.009 135 L 0.001 0.003 0.019 0.723 0.021 0.198 0.036 136 D 0.001 0.001 0.013 0.151 0.026 0.794 0.015 137 G 0.002 0.001 0.013 0.012 0.116 0.788 0.068 138 A 0.029 0.003 0.003 0.001 0.236 0.017 0.712 139 P 0.197 0.005 0.002 0.001 0.130 0.009 0.656 140 L 0.899 0.009 0.002 0.001 0.015 0.003 0.071 141 I 0.949 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.041 142 A 0.955 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.034 143 I 0.762 0.007 0.002 0.003 0.023 0.015 0.188 144 H 0.194 0.007 0.003 0.003 0.247 0.059 0.486 145 K 0.077 0.009 0.015 0.029 0.405 0.140 0.324 146 A 0.046 0.012 0.062 0.257 0.140 0.170 0.314 147 R 0.040 0.006 0.105 0.526 0.066 0.128 0.128 148 Y 0.039 0.007 0.049 0.726 0.044 0.068 0.067 149 Y 0.058 0.011 0.039 0.751 0.019 0.049 0.073 150 K 0.059 0.006 0.031 0.742 0.017 0.050 0.095 151 R 0.064 0.003 0.031 0.712 0.030 0.051 0.109 152 K 0.040 0.004 0.034 0.701 0.047 0.068 0.106 153 D 0.021 0.004 0.030 0.750 0.027 0.092 0.076 154 G 0.019 0.008 0.063 0.664 0.044 0.129 0.073 155 L 0.014 0.003 0.105 0.545 0.044 0.196 0.094 156 A 0.015 0.007 0.091 0.477 0.051 0.276 0.084 157 L 0.008 0.011 0.047 0.242 0.173 0.283 0.235 158 G 0.007 0.008 0.013 0.032 0.238 0.187 0.515 159 P 0.012 0.012 0.031 0.049 0.179 0.107 0.611 160 G 0.020 0.009 0.083 0.084 0.190 0.096 0.518 161 P 0.025 0.006 0.165 0.225 0.151 0.200 0.228 162 F 0.073 0.017 0.158 0.389 0.064 0.156 0.143 163 V 0.205 0.019 0.080 0.345 0.056 0.036 0.260 164 T 0.291 0.005 0.056 0.349 0.083 0.054 0.163 165 A 0.556 0.003 0.050 0.274 0.028 0.046 0.042 166 L 0.735 0.009 0.022 0.168 0.010 0.021 0.035 167 E 0.740 0.010 0.018 0.154 0.015 0.026 0.037 168 Y 0.557 0.006 0.022 0.178 0.029 0.090 0.118 169 A 0.197 0.006 0.017 0.063 0.123 0.065 0.528 170 T 0.112 0.011 0.039 0.074 0.164 0.233 0.368 171 D 0.121 0.015 0.047 0.040 0.237 0.259 0.282 172 T 0.168 0.016 0.078 0.069 0.163 0.129 0.377 173 K 0.216 0.014 0.060 0.104 0.134 0.079 0.393 174 A 0.299 0.015 0.077 0.126 0.095 0.077 0.309 175 M 0.336 0.026 0.049 0.116 0.084 0.072 0.316 176 V 0.307 0.053 0.038 0.111 0.069 0.103 0.319 177 V 0.163 0.027 0.021 0.069 0.150 0.284 0.286 178 G 0.062 0.011 0.009 0.024 0.249 0.275 0.370 179 K 0.031 0.015 0.003 0.011 0.222 0.023 0.694 180 P 0.028 0.051 0.007 0.027 0.087 0.062 0.738 181 E 0.007 0.013 0.012 0.084 0.073 0.047 0.764 182 K 0.001 0.001 0.022 0.917 0.013 0.028 0.020 183 T 0.001 0.001 0.015 0.964 0.003 0.013 0.004 184 F 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.006 0.005 185 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 189 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 191 D 0.001 0.001 0.002 0.897 0.005 0.093 0.003 192 A 0.001 0.001 0.003 0.292 0.018 0.675 0.011 193 D 0.001 0.001 0.002 0.006 0.058 0.798 0.135 194 C 0.004 0.011 0.001 0.001 0.094 0.002 0.888 195 A 0.015 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.964 196 P 0.018 0.007 0.629 0.041 0.055 0.188 0.061 197 E 0.025 0.001 0.531 0.025 0.078 0.289 0.050 198 E 0.172 0.004 0.382 0.035 0.111 0.108 0.189 199 A 0.859 0.015 0.010 0.014 0.011 0.007 0.084 200 V 0.963 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.024 201 M 0.971 0.004 0.001 0.007 0.002 0.002 0.013 202 I 0.882 0.003 0.002 0.010 0.008 0.011 0.084 203 G 0.525 0.006 0.006 0.005 0.141 0.062 0.255 204 D 0.227 0.031 0.020 0.014 0.247 0.147 0.315 205 D 0.070 0.021 0.028 0.015 0.328 0.233 0.305 206 C 0.031 0.013 0.064 0.091 0.268 0.219 0.314 207 R 0.010 0.006 0.069 0.380 0.126 0.332 0.077 208 D 0.013 0.008 0.047 0.493 0.094 0.241 0.104 209 D 0.013 0.006 0.021 0.803 0.016 0.034 0.105 210 V 0.002 0.001 0.006 0.968 0.003 0.010 0.011 211 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.003 212 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 213 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 214 Q 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 215 N 0.001 0.001 0.004 0.934 0.002 0.058 0.001 216 I 0.001 0.001 0.003 0.358 0.008 0.624 0.005 217 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.032 0.925 0.034 218 M 0.057 0.009 0.002 0.001 0.085 0.016 0.830 219 L 0.405 0.006 0.004 0.001 0.241 0.008 0.335 220 G 0.909 0.002 0.003 0.001 0.020 0.005 0.061 221 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 222 L 0.982 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 223 V 0.906 0.002 0.001 0.004 0.006 0.004 0.077 224 K 0.545 0.006 0.007 0.008 0.103 0.066 0.266 225 T 0.167 0.007 0.036 0.025 0.264 0.290 0.210 226 G 0.094 0.006 0.038 0.022 0.334 0.268 0.237 227 K 0.178 0.032 0.047 0.064 0.176 0.164 0.338 228 Y 0.225 0.056 0.032 0.116 0.121 0.071 0.378 229 K 0.201 0.014 0.040 0.171 0.086 0.087 0.402 230 A 0.118 0.011 0.060 0.306 0.123 0.114 0.268 231 A 0.070 0.016 0.068 0.256 0.134 0.126 0.330 232 D 0.049 0.011 0.098 0.285 0.100 0.111 0.346 233 E 0.026 0.006 0.245 0.444 0.054 0.103 0.122 234 E 0.017 0.003 0.271 0.416 0.050 0.144 0.098 235 K 0.014 0.006 0.170 0.398 0.061 0.242 0.109 236 I 0.023 0.025 0.037 0.187 0.191 0.205 0.331 237 N 0.019 0.011 0.005 0.020 0.193 0.090 0.662 238 P 0.022 0.007 0.006 0.010 0.187 0.055 0.715 239 P 0.059 0.012 0.008 0.006 0.087 0.027 0.801 240 P 0.157 0.008 0.020 0.010 0.090 0.019 0.697 241 Y 0.510 0.016 0.031 0.026 0.146 0.024 0.247 242 L 0.825 0.011 0.017 0.023 0.023 0.013 0.088 243 T 0.886 0.020 0.004 0.016 0.007 0.009 0.058 244 C 0.705 0.023 0.007 0.010 0.025 0.013 0.216 245 E 0.316 0.013 0.008 0.006 0.257 0.101 0.298 246 S 0.082 0.032 0.006 0.005 0.361 0.056 0.458 247 F 0.005 0.004 0.127 0.622 0.039 0.041 0.161 248 P 0.001 0.001 0.135 0.800 0.009 0.046 0.009 249 H 0.001 0.001 0.085 0.879 0.003 0.028 0.005 250 A 0.001 0.001 0.023 0.967 0.001 0.007 0.002 251 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.004 0.001 252 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 253 H 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.001 254 I 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.012 0.002 255 L 0.001 0.001 0.006 0.966 0.001 0.023 0.002 256 Q 0.001 0.001 0.014 0.907 0.004 0.069 0.005 257 H 0.001 0.001 0.018 0.758 0.013 0.182 0.028 258 L 0.004 0.012 0.020 0.485 0.017 0.289 0.174 259 L 0.002 0.001 0.002 0.019 0.006 0.006 0.964