# TARGET T0341 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2264 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.009 0.074 0.177 0.319 0.392 2 A 0.025 0.010 0.136 0.230 0.347 0.251 3 A 0.026 0.009 0.223 0.200 0.304 0.237 4 R 0.036 0.013 0.263 0.120 0.322 0.245 5 R 0.031 0.005 0.299 0.075 0.359 0.230 6 A 0.083 0.009 0.127 0.035 0.334 0.412 7 L 0.292 0.012 0.018 0.012 0.270 0.396 8 K 0.488 0.002 0.002 0.002 0.119 0.387 9 A 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 10 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 D 0.885 0.002 0.001 0.001 0.042 0.070 14 L 0.359 0.007 0.005 0.004 0.376 0.251 15 N 0.063 0.007 0.018 0.004 0.704 0.203 16 G 0.110 0.008 0.025 0.007 0.684 0.167 17 T 0.408 0.022 0.043 0.025 0.299 0.203 18 L 0.664 0.026 0.041 0.028 0.134 0.106 19 H 0.614 0.053 0.026 0.050 0.101 0.156 20 I 0.332 0.030 0.020 0.095 0.213 0.310 21 E 0.088 0.013 0.082 0.167 0.339 0.311 22 D 0.021 0.008 0.254 0.179 0.422 0.117 23 A 0.010 0.009 0.319 0.250 0.342 0.070 24 A 0.008 0.010 0.138 0.381 0.302 0.160 25 V 0.009 0.011 0.045 0.428 0.245 0.261 26 P 0.001 0.001 0.041 0.898 0.038 0.022 27 G 0.001 0.001 0.059 0.888 0.031 0.020 28 A 0.001 0.001 0.013 0.979 0.005 0.003 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.004 30 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 36 R 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.004 37 A 0.001 0.001 0.012 0.953 0.018 0.017 38 T 0.001 0.001 0.012 0.729 0.053 0.205 39 S 0.001 0.001 0.003 0.010 0.060 0.925 40 V 0.036 0.006 0.007 0.007 0.145 0.799 41 M 0.294 0.008 0.009 0.011 0.149 0.528 42 V 0.663 0.007 0.015 0.038 0.078 0.199 43 R 0.813 0.004 0.007 0.035 0.046 0.094 44 F 0.885 0.004 0.007 0.026 0.032 0.046 45 V 0.812 0.012 0.005 0.036 0.053 0.083 46 T 0.442 0.017 0.008 0.051 0.195 0.286 47 N 0.122 0.011 0.009 0.027 0.342 0.488 48 T 0.058 0.015 0.014 0.020 0.463 0.429 49 T 0.046 0.013 0.017 0.029 0.554 0.342 50 K 0.041 0.018 0.018 0.028 0.378 0.516 51 E 0.037 0.035 0.003 0.019 0.177 0.729 52 T 0.013 0.008 0.001 0.037 0.070 0.872 53 K 0.001 0.001 0.005 0.982 0.004 0.008 54 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 55 D 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 57 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 59 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.004 60 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.007 61 K 0.001 0.001 0.005 0.968 0.012 0.014 62 K 0.002 0.001 0.013 0.835 0.045 0.105 63 L 0.005 0.003 0.019 0.588 0.119 0.266 64 E 0.014 0.006 0.021 0.151 0.231 0.576 65 F 0.024 0.005 0.014 0.026 0.224 0.707 66 E 0.065 0.012 0.028 0.037 0.239 0.619 67 I 0.089 0.042 0.037 0.039 0.219 0.574 68 S 0.087 0.045 0.037 0.034 0.456 0.341 69 E 0.042 0.006 0.218 0.171 0.448 0.116 70 D 0.049 0.003 0.174 0.225 0.452 0.098 71 E 0.152 0.012 0.120 0.277 0.367 0.071 72 I 0.264 0.028 0.036 0.349 0.168 0.156 73 F 0.260 0.046 0.024 0.314 0.171 0.184 74 T 0.125 0.019 0.012 0.278 0.195 0.371 75 S 0.048 0.005 0.007 0.434 0.104 0.401 76 L 0.004 0.001 0.004 0.951 0.016 0.024 77 T 0.003 0.001 0.004 0.978 0.009 0.006 78 A 0.004 0.001 0.005 0.981 0.007 0.004 79 A 0.003 0.001 0.003 0.984 0.004 0.004 80 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 81 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 82 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 83 I 0.001 0.001 0.008 0.969 0.012 0.010 84 E 0.001 0.001 0.015 0.957 0.015 0.012 85 Q 0.001 0.001 0.017 0.927 0.026 0.028 86 K 0.001 0.001 0.016 0.815 0.047 0.120 87 Q 0.003 0.003 0.016 0.186 0.138 0.653 88 V 0.011 0.010 0.019 0.136 0.191 0.632 89 R 0.023 0.010 0.019 0.111 0.187 0.649 90 P 0.026 0.009 0.069 0.268 0.184 0.445 91 M 0.053 0.013 0.160 0.367 0.172 0.236 92 L 0.107 0.014 0.161 0.362 0.213 0.143 93 L 0.135 0.030 0.069 0.319 0.253 0.194 94 L 0.087 0.027 0.046 0.356 0.278 0.205 95 D 0.040 0.010 0.059 0.198 0.459 0.234 96 D 0.007 0.002 0.285 0.312 0.305 0.090 97 R 0.011 0.007 0.255 0.388 0.233 0.106 98 A 0.009 0.010 0.168 0.568 0.156 0.089 99 L 0.010 0.008 0.070 0.547 0.190 0.175 100 P 0.006 0.002 0.137 0.612 0.169 0.074 101 E 0.008 0.004 0.107 0.751 0.097 0.034 102 F 0.011 0.005 0.075 0.786 0.089 0.034 103 T 0.011 0.003 0.055 0.744 0.092 0.094 104 G 0.015 0.004 0.067 0.619 0.132 0.164 105 V 0.032 0.009 0.090 0.518 0.198 0.153 106 Q 0.078 0.018 0.063 0.382 0.242 0.217 107 T 0.063 0.020 0.025 0.248 0.311 0.332 108 Q 0.034 0.012 0.018 0.114 0.309 0.512 109 D 0.025 0.015 0.007 0.011 0.468 0.475 110 P 0.009 0.003 0.131 0.037 0.658 0.162 111 N 0.033 0.002 0.127 0.034 0.649 0.154 112 A 0.437 0.016 0.124 0.042 0.314 0.065 113 V 0.826 0.021 0.009 0.031 0.054 0.059 114 V 0.873 0.024 0.006 0.025 0.041 0.031 115 I 0.594 0.029 0.010 0.054 0.153 0.161 116 G 0.172 0.008 0.024 0.046 0.383 0.367 117 L 0.060 0.015 0.079 0.098 0.475 0.272 118 A 0.033 0.023 0.122 0.093 0.511 0.219 119 P 0.013 0.010 0.273 0.187 0.422 0.094 120 E 0.010 0.006 0.298 0.197 0.373 0.116 121 H 0.013 0.015 0.212 0.178 0.428 0.153 122 F 0.015 0.018 0.100 0.201 0.361 0.306 123 H 0.016 0.018 0.048 0.256 0.256 0.406 124 Y 0.010 0.008 0.073 0.476 0.222 0.212 125 Q 0.002 0.001 0.060 0.837 0.065 0.035 126 L 0.002 0.002 0.050 0.864 0.040 0.043 127 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.007 0.006 128 N 0.001 0.001 0.006 0.973 0.008 0.011 129 Q 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 130 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 131 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 132 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 134 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.010 0.002 135 L 0.001 0.001 0.012 0.902 0.074 0.011 136 D 0.001 0.001 0.017 0.744 0.173 0.065 137 G 0.001 0.003 0.006 0.025 0.310 0.654 138 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.154 0.838 139 P 0.101 0.003 0.002 0.001 0.167 0.726 140 L 0.889 0.010 0.002 0.001 0.024 0.075 141 I 0.975 0.004 0.001 0.001 0.005 0.015 142 A 0.961 0.002 0.001 0.001 0.009 0.027 143 I 0.622 0.008 0.001 0.002 0.060 0.306 144 H 0.108 0.004 0.004 0.003 0.261 0.620 145 K 0.045 0.006 0.023 0.037 0.480 0.409 146 A 0.033 0.011 0.084 0.128 0.469 0.275 147 R 0.073 0.017 0.123 0.304 0.344 0.138 148 Y 0.094 0.012 0.097 0.444 0.205 0.148 149 Y 0.122 0.014 0.083 0.461 0.176 0.143 150 K 0.158 0.014 0.053 0.490 0.124 0.160 151 R 0.184 0.011 0.051 0.466 0.130 0.158 152 K 0.087 0.006 0.076 0.588 0.132 0.110 153 D 0.088 0.011 0.095 0.578 0.124 0.105 154 G 0.081 0.016 0.124 0.484 0.166 0.130 155 L 0.088 0.012 0.139 0.434 0.171 0.157 156 A 0.053 0.019 0.084 0.390 0.240 0.215 157 L 0.026 0.028 0.027 0.274 0.253 0.392 158 G 0.011 0.014 0.004 0.061 0.281 0.629 159 P 0.012 0.004 0.021 0.518 0.251 0.194 160 G 0.021 0.009 0.051 0.502 0.304 0.112 161 P 0.026 0.018 0.069 0.590 0.223 0.075 162 F 0.024 0.012 0.106 0.718 0.077 0.064 163 V 0.032 0.006 0.107 0.693 0.092 0.069 164 T 0.043 0.003 0.117 0.646 0.113 0.079 165 A 0.038 0.004 0.085 0.741 0.082 0.050 166 L 0.074 0.008 0.059 0.664 0.133 0.062 167 E 0.088 0.002 0.088 0.458 0.234 0.130 168 Y 0.310 0.004 0.061 0.428 0.114 0.083 169 A 0.464 0.010 0.015 0.375 0.062 0.075 170 T 0.426 0.021 0.010 0.307 0.057 0.179 171 D 0.212 0.012 0.007 0.160 0.146 0.464 172 T 0.042 0.002 0.197 0.418 0.217 0.124 173 K 0.063 0.003 0.326 0.243 0.276 0.090 174 A 0.080 0.008 0.436 0.232 0.201 0.043 175 M 0.148 0.023 0.138 0.365 0.172 0.155 176 V 0.209 0.033 0.107 0.336 0.168 0.147 177 V 0.173 0.030 0.083 0.231 0.233 0.250 178 G 0.122 0.028 0.035 0.083 0.274 0.458 179 K 0.041 0.027 0.010 0.024 0.257 0.641 180 P 0.016 0.022 0.005 0.033 0.200 0.725 181 E 0.005 0.010 0.007 0.116 0.172 0.690 182 K 0.001 0.001 0.015 0.938 0.027 0.019 183 T 0.001 0.001 0.018 0.957 0.018 0.006 184 F 0.001 0.001 0.018 0.970 0.008 0.003 185 F 0.001 0.001 0.007 0.982 0.004 0.005 186 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 187 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 188 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 189 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 190 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 191 D 0.001 0.001 0.007 0.966 0.010 0.016 192 A 0.001 0.001 0.011 0.817 0.030 0.141 193 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.970 194 C 0.004 0.009 0.001 0.001 0.060 0.926 195 A 0.019 0.008 0.005 0.001 0.183 0.785 196 P 0.008 0.002 0.750 0.012 0.178 0.050 197 E 0.021 0.001 0.695 0.009 0.223 0.051 198 E 0.146 0.002 0.558 0.013 0.233 0.048 199 A 0.813 0.009 0.010 0.015 0.046 0.107 200 V 0.946 0.008 0.001 0.007 0.009 0.028 201 M 0.962 0.004 0.001 0.005 0.008 0.021 202 I 0.900 0.006 0.001 0.006 0.026 0.061 203 G 0.430 0.012 0.003 0.007 0.222 0.327 204 D 0.104 0.014 0.004 0.007 0.372 0.499 205 D 0.023 0.015 0.006 0.014 0.381 0.562 206 C 0.020 0.014 0.019 0.197 0.380 0.370 207 R 0.008 0.007 0.052 0.618 0.222 0.094 208 D 0.009 0.009 0.043 0.665 0.168 0.105 209 D 0.005 0.003 0.026 0.902 0.028 0.036 210 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.004 0.007 211 D 0.001 0.001 0.005 0.980 0.008 0.006 212 G 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.002 213 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.001 214 Q 0.001 0.001 0.010 0.984 0.004 0.002 215 N 0.001 0.001 0.015 0.967 0.008 0.008 216 I 0.003 0.001 0.024 0.851 0.028 0.093 217 G 0.003 0.001 0.002 0.003 0.032 0.960 218 M 0.029 0.002 0.001 0.001 0.058 0.910 219 L 0.404 0.003 0.002 0.001 0.073 0.518 220 G 0.918 0.003 0.001 0.001 0.015 0.063 221 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 222 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 223 V 0.965 0.001 0.001 0.002 0.010 0.022 224 K 0.723 0.003 0.001 0.002 0.109 0.161 225 T 0.173 0.009 0.006 0.007 0.388 0.418 226 G 0.080 0.017 0.012 0.005 0.482 0.404 227 K 0.142 0.034 0.020 0.014 0.287 0.504 228 Y 0.140 0.035 0.028 0.020 0.286 0.491 229 K 0.092 0.021 0.037 0.043 0.322 0.485 230 A 0.029 0.007 0.184 0.224 0.292 0.264 231 A 0.020 0.009 0.180 0.394 0.225 0.172 232 D 0.015 0.013 0.217 0.475 0.178 0.101 233 E 0.005 0.007 0.225 0.607 0.100 0.055 234 E 0.012 0.007 0.270 0.475 0.152 0.084 235 K 0.019 0.010 0.206 0.335 0.253 0.178 236 I 0.027 0.016 0.065 0.212 0.260 0.420 237 N 0.018 0.009 0.007 0.008 0.362 0.597 238 P 0.016 0.006 0.007 0.004 0.405 0.563 239 P 0.039 0.006 0.006 0.001 0.388 0.561 240 P 0.269 0.014 0.014 0.001 0.317 0.385 241 Y 0.762 0.010 0.007 0.002 0.056 0.163 242 L 0.952 0.007 0.002 0.002 0.010 0.028 243 T 0.942 0.005 0.001 0.002 0.012 0.038 244 C 0.763 0.007 0.004 0.003 0.064 0.158 245 E 0.263 0.012 0.013 0.008 0.282 0.422 246 S 0.044 0.009 0.045 0.037 0.357 0.508 247 F 0.005 0.002 0.223 0.452 0.229 0.088 248 P 0.002 0.001 0.288 0.614 0.075 0.019 249 H 0.001 0.001 0.208 0.730 0.050 0.009 250 A 0.001 0.002 0.066 0.899 0.021 0.010 251 V 0.001 0.001 0.018 0.966 0.008 0.007 252 D 0.001 0.001 0.016 0.968 0.010 0.006 253 H 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 254 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 255 L 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.006 256 Q 0.001 0.001 0.024 0.929 0.021 0.026 257 H 0.001 0.001 0.019 0.839 0.029 0.111 258 L 0.002 0.002 0.013 0.152 0.050 0.782 259 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.970