# TARGET T0341 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0341.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2264 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.983 2 A 0.010 0.008 0.037 0.160 0.009 0.072 0.705 3 A 0.015 0.011 0.130 0.219 0.100 0.190 0.335 4 R 0.016 0.004 0.264 0.178 0.069 0.148 0.320 5 R 0.033 0.002 0.266 0.219 0.110 0.205 0.165 6 A 0.085 0.014 0.103 0.030 0.179 0.152 0.436 7 L 0.142 0.006 0.003 0.001 0.083 0.007 0.759 8 K 0.290 0.002 0.001 0.001 0.399 0.027 0.280 9 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 13 D 0.663 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.321 14 L 0.259 0.006 0.006 0.001 0.230 0.102 0.396 15 N 0.087 0.024 0.024 0.002 0.302 0.417 0.143 16 G 0.138 0.004 0.032 0.004 0.311 0.365 0.147 17 T 0.318 0.034 0.033 0.009 0.216 0.069 0.320 18 L 0.631 0.033 0.024 0.010 0.066 0.081 0.155 19 H 0.642 0.044 0.025 0.014 0.071 0.083 0.121 20 I 0.445 0.040 0.021 0.018 0.078 0.062 0.337 21 E 0.142 0.019 0.034 0.020 0.217 0.159 0.408 22 D 0.062 0.016 0.082 0.057 0.363 0.147 0.274 23 A 0.027 0.008 0.125 0.101 0.163 0.384 0.193 24 A 0.017 0.018 0.099 0.173 0.145 0.260 0.288 25 V 0.013 0.014 0.029 0.421 0.133 0.034 0.356 26 P 0.002 0.001 0.028 0.868 0.015 0.065 0.021 27 G 0.002 0.001 0.015 0.918 0.007 0.048 0.009 28 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.007 0.005 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 36 R 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.016 0.001 37 A 0.001 0.001 0.006 0.850 0.003 0.138 0.002 38 T 0.001 0.001 0.005 0.252 0.008 0.730 0.005 39 S 0.001 0.001 0.005 0.023 0.063 0.836 0.072 40 V 0.032 0.006 0.009 0.008 0.203 0.029 0.713 41 M 0.304 0.022 0.019 0.008 0.075 0.017 0.554 42 V 0.708 0.012 0.013 0.007 0.033 0.009 0.218 43 R 0.872 0.007 0.008 0.006 0.013 0.005 0.088 44 F 0.899 0.007 0.008 0.008 0.015 0.007 0.055 45 V 0.718 0.012 0.014 0.018 0.035 0.023 0.180 46 T 0.495 0.021 0.020 0.019 0.089 0.074 0.282 47 N 0.191 0.020 0.032 0.032 0.168 0.167 0.389 48 T 0.060 0.017 0.044 0.018 0.242 0.187 0.431 49 T 0.035 0.010 0.038 0.021 0.267 0.188 0.440 50 K 0.035 0.016 0.036 0.046 0.296 0.193 0.379 51 E 0.020 0.008 0.005 0.027 0.370 0.016 0.554 52 T 0.023 0.029 0.005 0.056 0.055 0.014 0.817 53 K 0.001 0.001 0.015 0.935 0.005 0.023 0.020 54 K 0.001 0.001 0.010 0.975 0.002 0.008 0.005 55 D 0.001 0.001 0.013 0.975 0.001 0.005 0.006 56 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.003 57 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 60 L 0.001 0.001 0.005 0.966 0.002 0.019 0.006 61 K 0.001 0.001 0.010 0.879 0.005 0.101 0.004 62 K 0.001 0.001 0.014 0.599 0.011 0.369 0.006 63 L 0.003 0.002 0.016 0.324 0.071 0.495 0.089 64 E 0.009 0.009 0.021 0.067 0.134 0.446 0.314 65 F 0.033 0.010 0.014 0.024 0.126 0.036 0.757 66 E 0.135 0.062 0.017 0.026 0.054 0.036 0.670 67 I 0.089 0.047 0.014 0.026 0.085 0.020 0.719 68 S 0.056 0.009 0.014 0.021 0.044 0.030 0.826 69 E 0.036 0.007 0.151 0.153 0.153 0.301 0.200 70 D 0.027 0.004 0.174 0.105 0.129 0.393 0.168 71 E 0.052 0.007 0.191 0.108 0.206 0.200 0.237 72 I 0.124 0.042 0.070 0.168 0.129 0.122 0.347 73 F 0.112 0.033 0.022 0.166 0.116 0.063 0.488 74 T 0.063 0.023 0.010 0.198 0.108 0.046 0.552 75 S 0.019 0.005 0.012 0.669 0.066 0.052 0.175 76 L 0.002 0.001 0.004 0.935 0.012 0.012 0.034 77 T 0.002 0.001 0.003 0.978 0.003 0.004 0.010 78 A 0.002 0.001 0.004 0.982 0.002 0.003 0.006 79 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.003 80 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 81 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.014 0.005 83 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.004 0.008 0.004 84 E 0.001 0.001 0.007 0.953 0.002 0.032 0.004 85 Q 0.001 0.001 0.011 0.833 0.008 0.142 0.006 86 K 0.001 0.001 0.007 0.546 0.021 0.399 0.025 87 Q 0.003 0.004 0.009 0.115 0.131 0.404 0.335 88 V 0.014 0.007 0.017 0.062 0.160 0.047 0.693 89 R 0.041 0.008 0.025 0.065 0.124 0.030 0.706 90 P 0.058 0.014 0.083 0.265 0.108 0.049 0.422 91 M 0.086 0.013 0.149 0.375 0.064 0.068 0.244 92 L 0.144 0.017 0.142 0.347 0.070 0.098 0.183 93 L 0.121 0.025 0.110 0.292 0.063 0.147 0.243 94 L 0.068 0.025 0.073 0.246 0.136 0.187 0.266 95 D 0.030 0.007 0.038 0.131 0.137 0.145 0.512 96 D 0.004 0.001 0.166 0.309 0.071 0.362 0.086 97 R 0.004 0.004 0.162 0.367 0.059 0.342 0.062 98 A 0.007 0.007 0.139 0.580 0.045 0.125 0.097 99 L 0.006 0.003 0.061 0.792 0.030 0.025 0.083 100 P 0.004 0.001 0.061 0.866 0.010 0.030 0.028 101 E 0.006 0.001 0.059 0.882 0.006 0.035 0.011 102 F 0.012 0.005 0.028 0.890 0.008 0.038 0.019 103 T 0.016 0.002 0.026 0.815 0.015 0.096 0.030 104 G 0.016 0.002 0.041 0.706 0.027 0.165 0.042 105 V 0.019 0.003 0.055 0.637 0.032 0.165 0.088 106 Q 0.029 0.010 0.066 0.473 0.086 0.208 0.128 107 T 0.047 0.012 0.057 0.326 0.125 0.187 0.247 108 Q 0.042 0.011 0.030 0.204 0.284 0.170 0.259 109 D 0.023 0.005 0.009 0.030 0.306 0.035 0.591 110 P 0.017 0.004 0.097 0.135 0.121 0.435 0.191 111 N 0.065 0.007 0.139 0.117 0.185 0.343 0.144 112 A 0.339 0.030 0.114 0.124 0.109 0.077 0.207 113 V 0.569 0.036 0.040 0.121 0.036 0.039 0.158 114 V 0.624 0.033 0.039 0.106 0.035 0.045 0.118 115 I 0.460 0.019 0.069 0.076 0.073 0.137 0.166 116 G 0.234 0.013 0.060 0.043 0.185 0.243 0.221 117 L 0.200 0.037 0.055 0.041 0.169 0.148 0.350 118 A 0.095 0.028 0.058 0.053 0.114 0.067 0.585 119 P 0.035 0.007 0.142 0.081 0.107 0.175 0.453 120 E 0.034 0.009 0.182 0.153 0.111 0.319 0.192 121 H 0.037 0.012 0.172 0.174 0.154 0.226 0.224 122 F 0.043 0.024 0.113 0.193 0.131 0.152 0.343 123 H 0.028 0.018 0.074 0.287 0.086 0.138 0.368 124 Y 0.012 0.008 0.055 0.547 0.076 0.056 0.245 125 Q 0.003 0.002 0.046 0.800 0.025 0.098 0.027 126 L 0.002 0.002 0.029 0.839 0.014 0.091 0.023 127 L 0.001 0.001 0.004 0.971 0.003 0.008 0.013 128 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 129 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 131 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 132 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 134 L 0.001 0.001 0.003 0.949 0.002 0.041 0.004 135 L 0.001 0.002 0.013 0.805 0.010 0.155 0.015 136 D 0.001 0.001 0.008 0.178 0.013 0.794 0.007 137 G 0.001 0.001 0.011 0.016 0.094 0.816 0.063 138 A 0.015 0.002 0.002 0.001 0.196 0.011 0.774 139 P 0.141 0.004 0.002 0.001 0.191 0.011 0.650 140 L 0.903 0.009 0.002 0.001 0.018 0.004 0.064 141 I 0.956 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 142 A 0.957 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 143 I 0.740 0.007 0.002 0.002 0.025 0.013 0.210 144 H 0.158 0.006 0.002 0.001 0.266 0.040 0.525 145 K 0.068 0.009 0.017 0.026 0.438 0.124 0.317 146 A 0.042 0.012 0.094 0.251 0.131 0.205 0.265 147 R 0.049 0.009 0.152 0.424 0.067 0.162 0.137 148 Y 0.071 0.017 0.087 0.559 0.061 0.102 0.103 149 Y 0.123 0.020 0.063 0.518 0.053 0.074 0.149 150 K 0.130 0.014 0.054 0.477 0.040 0.087 0.198 151 R 0.112 0.008 0.068 0.479 0.064 0.081 0.188 152 K 0.078 0.006 0.103 0.438 0.081 0.128 0.167 153 D 0.058 0.007 0.129 0.408 0.058 0.226 0.113 154 G 0.059 0.011 0.167 0.291 0.090 0.254 0.127 155 L 0.078 0.007 0.176 0.229 0.112 0.233 0.166 156 A 0.114 0.017 0.137 0.232 0.137 0.200 0.164 157 L 0.089 0.025 0.041 0.104 0.270 0.095 0.376 158 G 0.048 0.012 0.011 0.021 0.151 0.050 0.706 159 P 0.067 0.031 0.039 0.106 0.120 0.202 0.436 160 G 0.072 0.031 0.038 0.141 0.263 0.178 0.278 161 P 0.077 0.038 0.053 0.267 0.210 0.103 0.252 162 F 0.040 0.009 0.052 0.728 0.029 0.053 0.088 163 V 0.023 0.003 0.103 0.777 0.021 0.036 0.037 164 T 0.033 0.004 0.128 0.696 0.022 0.066 0.051 165 A 0.041 0.005 0.177 0.601 0.024 0.119 0.034 166 L 0.201 0.011 0.107 0.425 0.068 0.067 0.121 167 E 0.195 0.003 0.091 0.414 0.119 0.101 0.077 168 Y 0.321 0.002 0.057 0.449 0.025 0.117 0.028 169 A 0.565 0.028 0.012 0.281 0.016 0.045 0.052 170 T 0.552 0.027 0.010 0.225 0.038 0.055 0.093 171 D 0.359 0.008 0.006 0.061 0.114 0.081 0.371 172 T 0.070 0.005 0.058 0.195 0.152 0.175 0.345 173 K 0.057 0.005 0.096 0.190 0.256 0.187 0.210 174 A 0.102 0.013 0.158 0.161 0.135 0.127 0.305 175 M 0.228 0.031 0.076 0.129 0.106 0.072 0.359 176 V 0.237 0.055 0.045 0.131 0.073 0.099 0.360 177 V 0.134 0.022 0.028 0.075 0.158 0.353 0.229 178 G 0.063 0.010 0.011 0.022 0.229 0.339 0.327 179 K 0.049 0.023 0.004 0.009 0.241 0.023 0.651 180 P 0.048 0.076 0.006 0.016 0.095 0.043 0.716 181 E 0.010 0.015 0.015 0.061 0.062 0.037 0.800 182 K 0.001 0.001 0.037 0.904 0.010 0.027 0.021 183 T 0.001 0.001 0.023 0.958 0.003 0.012 0.004 184 F 0.001 0.001 0.011 0.977 0.001 0.006 0.004 185 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 189 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 190 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 191 D 0.001 0.001 0.002 0.902 0.004 0.090 0.002 192 A 0.001 0.001 0.003 0.275 0.015 0.698 0.009 193 D 0.001 0.001 0.002 0.005 0.055 0.807 0.130 194 C 0.004 0.011 0.001 0.001 0.077 0.002 0.906 195 A 0.017 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.961 196 P 0.021 0.008 0.643 0.039 0.051 0.163 0.075 197 E 0.027 0.001 0.530 0.026 0.087 0.278 0.052 198 E 0.185 0.003 0.397 0.040 0.100 0.114 0.161 199 A 0.871 0.011 0.011 0.020 0.009 0.008 0.069 200 V 0.966 0.002 0.002 0.008 0.002 0.002 0.018 201 M 0.971 0.003 0.002 0.009 0.002 0.002 0.011 202 I 0.882 0.003 0.002 0.013 0.009 0.010 0.081 203 G 0.441 0.006 0.008 0.010 0.137 0.055 0.344 204 D 0.116 0.015 0.028 0.034 0.435 0.136 0.236 205 D 0.045 0.022 0.051 0.058 0.302 0.223 0.299 206 C 0.013 0.008 0.112 0.431 0.094 0.213 0.130 207 R 0.003 0.002 0.075 0.731 0.031 0.123 0.034 208 D 0.005 0.002 0.059 0.781 0.025 0.094 0.034 209 D 0.005 0.002 0.029 0.888 0.007 0.037 0.032 210 V 0.001 0.001 0.005 0.971 0.003 0.011 0.007 211 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 212 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 213 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 214 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 215 N 0.001 0.001 0.005 0.932 0.003 0.058 0.001 216 I 0.001 0.001 0.003 0.284 0.007 0.701 0.004 217 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.941 0.026 218 M 0.049 0.005 0.001 0.001 0.051 0.009 0.884 219 L 0.377 0.002 0.002 0.001 0.342 0.004 0.273 220 G 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.028 221 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 222 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 223 V 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 224 K 0.621 0.004 0.001 0.001 0.059 0.015 0.298 225 T 0.184 0.008 0.016 0.009 0.324 0.148 0.312 226 G 0.062 0.009 0.022 0.007 0.422 0.207 0.271 227 K 0.069 0.022 0.030 0.020 0.282 0.173 0.404 228 Y 0.072 0.048 0.018 0.048 0.273 0.070 0.471 229 K 0.080 0.015 0.024 0.083 0.116 0.062 0.620 230 A 0.044 0.008 0.083 0.443 0.073 0.080 0.268 231 A 0.031 0.010 0.109 0.491 0.074 0.086 0.198 232 D 0.024 0.006 0.165 0.511 0.045 0.095 0.154 233 E 0.021 0.008 0.193 0.586 0.033 0.090 0.068 234 E 0.016 0.004 0.171 0.563 0.037 0.139 0.070 235 K 0.010 0.004 0.095 0.514 0.049 0.252 0.076 236 I 0.012 0.010 0.027 0.251 0.145 0.338 0.217 237 N 0.012 0.007 0.005 0.020 0.254 0.142 0.560 238 P 0.018 0.005 0.004 0.005 0.192 0.032 0.744 239 P 0.062 0.011 0.004 0.002 0.078 0.013 0.830 240 P 0.215 0.008 0.009 0.004 0.076 0.009 0.679 241 Y 0.646 0.012 0.013 0.011 0.088 0.010 0.220 242 L 0.908 0.006 0.006 0.008 0.010 0.005 0.057 243 T 0.946 0.010 0.002 0.006 0.003 0.004 0.029 244 C 0.815 0.016 0.003 0.004 0.013 0.007 0.143 245 E 0.402 0.010 0.004 0.003 0.238 0.067 0.275 246 S 0.117 0.038 0.005 0.003 0.331 0.045 0.462 247 F 0.006 0.003 0.163 0.633 0.025 0.038 0.132 248 P 0.001 0.001 0.184 0.761 0.008 0.037 0.010 249 H 0.001 0.001 0.117 0.853 0.002 0.023 0.004 250 A 0.001 0.001 0.035 0.952 0.001 0.009 0.003 251 V 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.006 0.002 252 D 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 253 H 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.010 0.002 254 I 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.014 0.003 255 L 0.001 0.001 0.006 0.961 0.002 0.027 0.003 256 Q 0.001 0.001 0.016 0.900 0.006 0.072 0.006 257 H 0.001 0.001 0.016 0.716 0.014 0.226 0.026 258 L 0.006 0.013 0.016 0.332 0.020 0.286 0.328 259 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.986