# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.011 0.032 0.051 0.104 0.028 0.241 0.099 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.018 0.119 0.062 0.069 0.127 0.001 2 M 0.013 0.014 0.090 0.079 0.096 0.012 0.132 0.054 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.010 0.182 0.121 0.097 0.068 0.001 3 L 0.019 0.023 0.056 0.069 0.168 0.006 0.116 0.037 0.005 0.003 0.004 0.004 0.006 0.002 0.017 0.022 0.112 0.071 0.140 0.119 0.002 4 R 0.011 0.019 0.132 0.130 0.057 0.003 0.038 0.019 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.052 0.011 0.078 0.026 0.114 0.291 0.003 5 P 0.013 0.028 0.014 0.031 0.585 0.002 0.040 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.011 0.043 0.055 0.036 0.049 0.068 0.002 6 R 0.063 0.076 0.348 0.183 0.051 0.003 0.030 0.020 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.006 0.094 0.007 0.031 0.011 0.021 0.027 0.005 7 L 0.128 0.156 0.026 0.053 0.389 0.001 0.014 0.012 0.001 0.001 0.016 0.015 0.031 0.015 0.020 0.040 0.017 0.008 0.023 0.011 0.022 8 C 0.168 0.209 0.118 0.097 0.092 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.014 0.020 0.068 0.035 0.112 0.013 0.005 0.004 0.009 0.007 0.014 9 H 0.166 0.221 0.055 0.158 0.147 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.032 0.025 0.061 0.029 0.027 0.014 0.006 0.006 0.009 0.007 0.025 10 L 0.168 0.155 0.073 0.084 0.255 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 0.020 0.051 0.026 0.059 0.023 0.009 0.005 0.013 0.010 0.019 11 R 0.144 0.118 0.111 0.167 0.173 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.011 0.013 0.035 0.021 0.090 0.017 0.020 0.007 0.020 0.027 0.010 12 K 0.069 0.045 0.057 0.089 0.427 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.008 0.045 0.029 0.051 0.024 0.041 0.068 0.004 13 G 0.014 0.017 0.117 0.119 0.103 0.002 0.020 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.085 0.017 0.049 0.055 0.125 0.252 0.003 14 P 0.007 0.008 0.053 0.048 0.155 0.003 0.022 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.026 0.026 0.285 0.044 0.105 0.200 0.001 15 Q 0.005 0.010 0.042 0.058 0.064 0.019 0.263 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.038 0.018 0.250 0.054 0.040 0.115 0.001 16 G 0.011 0.022 0.039 0.044 0.132 0.008 0.277 0.008 0.002 0.002 0.005 0.005 0.006 0.006 0.028 0.039 0.081 0.086 0.071 0.125 0.004 17 Y 0.035 0.064 0.117 0.075 0.174 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.013 0.010 0.025 0.017 0.092 0.053 0.064 0.043 0.056 0.107 0.009 18 G 0.087 0.134 0.082 0.087 0.186 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.034 0.026 0.054 0.037 0.063 0.043 0.023 0.022 0.036 0.027 0.031 19 F 0.141 0.148 0.073 0.064 0.166 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.035 0.034 0.075 0.045 0.076 0.045 0.010 0.009 0.024 0.015 0.029 20 N 0.128 0.142 0.094 0.109 0.095 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.036 0.034 0.097 0.064 0.082 0.027 0.009 0.008 0.021 0.016 0.028 21 L 0.107 0.120 0.054 0.089 0.209 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.026 0.025 0.064 0.060 0.076 0.070 0.017 0.011 0.023 0.021 0.018 22 H 0.078 0.080 0.115 0.150 0.135 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.016 0.022 0.045 0.041 0.100 0.039 0.025 0.018 0.053 0.048 0.010 23 S 0.030 0.032 0.066 0.094 0.273 0.002 0.024 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.011 0.069 0.050 0.090 0.043 0.064 0.126 0.002 24 D 0.012 0.013 0.095 0.087 0.148 0.008 0.066 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.062 0.021 0.097 0.056 0.089 0.220 0.002 25 K 0.005 0.004 0.047 0.037 0.094 0.011 0.085 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.022 0.349 0.056 0.099 0.140 0.001 26 S 0.005 0.007 0.041 0.036 0.124 0.008 0.266 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.016 0.129 0.111 0.077 0.129 0.001 27 R 0.005 0.005 0.109 0.071 0.053 0.002 0.020 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.023 0.016 0.055 0.041 0.213 0.370 0.001 28 P 0.003 0.005 0.022 0.031 0.175 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 0.032 0.388 0.024 0.041 0.207 0.001 29 G 0.012 0.035 0.036 0.038 0.167 0.005 0.344 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.015 0.017 0.062 0.066 0.024 0.067 0.034 0.048 0.010 30 Q 0.082 0.140 0.129 0.103 0.102 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.031 0.022 0.065 0.056 0.091 0.062 0.008 0.014 0.035 0.024 0.023 31 Y 0.122 0.119 0.062 0.048 0.186 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.041 0.105 0.082 0.060 0.048 0.005 0.003 0.017 0.006 0.044 32 I 0.139 0.132 0.059 0.063 0.087 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.057 0.096 0.089 0.137 0.027 0.004 0.002 0.008 0.003 0.041 33 R 0.122 0.145 0.042 0.068 0.122 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.130 0.125 0.115 0.032 0.004 0.003 0.004 0.008 0.017 34 S 0.088 0.096 0.097 0.155 0.098 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.061 0.093 0.083 0.049 0.009 0.010 0.025 0.019 0.022 35 V 0.055 0.072 0.030 0.042 0.441 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.022 0.016 0.078 0.090 0.030 0.033 0.023 0.040 0.003 36 D 0.014 0.009 0.112 0.126 0.026 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.150 0.014 0.015 0.014 0.152 0.338 0.002 37 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.069 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.801 0.008 0.021 0.066 0.001 38 G 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.009 0.767 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.047 0.072 0.015 0.043 0.001 39 S 0.002 0.002 0.062 0.021 0.017 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.108 0.080 0.266 0.369 0.001 40 P 0.001 0.003 0.014 0.007 0.129 0.002 0.014 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.526 0.050 0.041 0.063 0.001 41 A 0.001 0.003 0.018 0.007 0.013 0.013 0.117 0.661 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.106 0.011 0.010 0.011 0.001 42 A 0.002 0.003 0.013 0.011 0.020 0.017 0.094 0.718 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.069 0.010 0.011 0.010 0.001 43 R 0.006 0.005 0.012 0.032 0.013 0.012 0.218 0.075 0.133 0.121 0.001 0.002 0.005 0.009 0.013 0.012 0.253 0.036 0.025 0.017 0.001 44 S 0.001 0.001 0.004 0.010 0.012 0.017 0.724 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.092 0.007 0.019 0.075 0.001 45 G 0.001 0.001 0.005 0.003 0.017 0.003 0.236 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.034 0.645 0.033 0.009 0.001 46 L 0.001 0.001 0.035 0.022 0.016 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.023 0.031 0.347 0.472 0.001 47 R 0.001 0.001 0.016 0.008 0.048 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.019 0.017 0.199 0.666 0.001 48 A 0.001 0.001 0.023 0.003 0.013 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.760 0.026 0.022 0.092 0.001 49 Q 0.001 0.003 0.012 0.011 0.019 0.010 0.807 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.010 0.022 0.018 0.015 0.032 0.001 50 D 0.019 0.035 0.095 0.043 0.148 0.004 0.152 0.028 0.001 0.001 0.012 0.010 0.015 0.023 0.036 0.189 0.020 0.055 0.073 0.034 0.007 51 R 0.087 0.083 0.228 0.107 0.086 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.009 0.012 0.075 0.049 0.113 0.040 0.019 0.014 0.021 0.011 0.015 52 L 0.170 0.158 0.023 0.030 0.353 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.016 0.037 0.042 0.048 0.021 0.041 0.006 0.003 0.008 0.003 0.022 53 I 0.171 0.128 0.151 0.106 0.017 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.018 0.021 0.095 0.139 0.110 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.016 54 E 0.148 0.212 0.017 0.065 0.196 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.036 0.031 0.076 0.114 0.021 0.023 0.006 0.004 0.005 0.003 0.027 55 V 0.161 0.111 0.124 0.100 0.051 0.001 0.007 0.005 0.011 0.005 0.023 0.036 0.064 0.059 0.163 0.014 0.017 0.004 0.012 0.012 0.020 56 N 0.054 0.032 0.025 0.042 0.464 0.001 0.028 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.008 0.062 0.038 0.101 0.005 0.019 0.093 0.004 57 G 0.021 0.025 0.041 0.023 0.300 0.003 0.172 0.004 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.009 0.045 0.034 0.021 0.218 0.023 0.034 0.008 58 Q 0.024 0.025 0.341 0.118 0.038 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.010 0.008 0.022 0.023 0.094 0.040 0.036 0.026 0.063 0.105 0.010 59 N 0.013 0.014 0.021 0.019 0.631 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.013 0.030 0.058 0.036 0.018 0.070 0.040 0.004 60 V 0.010 0.009 0.137 0.082 0.042 0.002 0.023 0.004 0.004 0.003 0.008 0.007 0.008 0.014 0.342 0.030 0.079 0.031 0.078 0.085 0.003 61 E 0.005 0.004 0.024 0.043 0.099 0.014 0.077 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.046 0.038 0.376 0.020 0.048 0.173 0.001 62 G 0.001 0.002 0.004 0.007 0.044 0.010 0.456 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.061 0.056 0.241 0.034 0.030 0.001 63 L 0.004 0.003 0.083 0.074 0.007 0.001 0.028 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.046 0.012 0.078 0.049 0.173 0.417 0.001 64 R 0.001 0.001 0.004 0.006 0.068 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.022 0.016 0.180 0.649 0.001 65 H 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.003 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.859 0.020 0.018 0.014 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.032 0.859 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.076 0.008 0.003 0.003 0.001 73 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.026 0.212 0.443 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.239 0.017 0.009 0.011 0.001 74 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.012 0.517 0.082 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.205 0.062 0.025 0.028 0.001 75 R 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.002 0.086 0.017 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.160 0.136 0.322 0.206 0.001 76 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.013 0.001 0.084 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.352 0.162 0.145 0.204 0.001 77 D 0.001 0.001 0.018 0.011 0.024 0.005 0.379 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.066 0.177 0.123 0.155 0.001 78 E 0.007 0.017 0.118 0.056 0.125 0.003 0.087 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.044 0.060 0.068 0.131 0.116 0.147 0.004 79 A 0.046 0.125 0.089 0.069 0.285 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.013 0.011 0.040 0.028 0.097 0.079 0.017 0.014 0.029 0.022 0.016 80 R 0.136 0.209 0.089 0.095 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.039 0.083 0.078 0.125 0.014 0.002 0.001 0.005 0.002 0.033 81 L 0.230 0.236 0.019 0.023 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.056 0.110 0.054 0.027 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 82 L 0.227 0.247 0.067 0.070 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.035 0.122 0.044 0.095 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 83 V 0.223 0.259 0.021 0.050 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.034 0.072 0.026 0.023 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.070 84 V 0.250 0.277 0.065 0.090 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.075 0.019 0.066 0.014 0.002 0.002 0.007 0.006 0.012 85 G 0.084 0.103 0.101 0.220 0.132 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.016 0.010 0.048 0.033 0.007 0.010 0.059 0.143 0.008 86 P 0.014 0.010 0.041 0.039 0.281 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.069 0.028 0.221 0.023 0.062 0.194 0.001 87 S 0.004 0.005 0.035 0.031 0.057 0.008 0.247 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.067 0.017 0.251 0.067 0.062 0.128 0.001 88 T 0.005 0.006 0.058 0.050 0.049 0.018 0.197 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.016 0.139 0.103 0.102 0.193 0.001 89 R 0.007 0.011 0.038 0.040 0.126 0.011 0.121 0.046 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.017 0.027 0.189 0.121 0.115 0.114 0.001 90 L 0.015 0.022 0.071 0.079 0.133 0.008 0.112 0.068 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.040 0.023 0.148 0.060 0.084 0.117 0.002