# TARGET T0340 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1980 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.016 0.548 0.007 0.113 0.034 0.001 0.001 0.002 0.074 0.167 0.010 0.026 2 M 0.005 0.028 0.360 0.005 0.130 0.026 0.001 0.001 0.002 0.109 0.265 0.024 0.045 3 L 0.010 0.030 0.367 0.009 0.041 0.016 0.001 0.001 0.004 0.250 0.144 0.019 0.108 4 R 0.011 0.006 0.468 0.008 0.006 0.009 0.001 0.001 0.005 0.188 0.022 0.240 0.036 5 P 0.025 0.008 0.331 0.012 0.002 0.006 0.003 0.001 0.007 0.031 0.010 0.004 0.561 6 R 0.164 0.003 0.082 0.012 0.001 0.002 0.006 0.001 0.013 0.008 0.002 0.673 0.033 7 L 0.260 0.001 0.026 0.012 0.001 0.003 0.008 0.001 0.010 0.009 0.001 0.023 0.646 8 C 0.370 0.001 0.027 0.029 0.001 0.003 0.019 0.002 0.007 0.002 0.001 0.462 0.077 9 H 0.564 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.021 0.002 0.004 0.001 0.001 0.054 0.339 10 L 0.590 0.002 0.017 0.010 0.001 0.003 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.163 0.187 11 R 0.401 0.002 0.045 0.013 0.002 0.003 0.017 0.002 0.009 0.010 0.005 0.103 0.387 12 K 0.092 0.014 0.137 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.004 0.191 0.138 0.168 0.204 13 G 0.004 0.005 0.146 0.012 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.375 0.362 0.027 0.044 14 P 0.003 0.006 0.135 0.013 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.457 0.296 0.030 0.033 15 Q 0.015 0.016 0.174 0.018 0.036 0.006 0.001 0.002 0.001 0.359 0.250 0.059 0.063 16 G 0.102 0.021 0.273 0.026 0.027 0.005 0.004 0.002 0.005 0.143 0.080 0.082 0.230 17 Y 0.329 0.020 0.178 0.035 0.010 0.004 0.014 0.005 0.008 0.059 0.023 0.142 0.174 18 G 0.533 0.008 0.062 0.020 0.005 0.004 0.022 0.007 0.009 0.017 0.010 0.116 0.188 19 F 0.666 0.007 0.036 0.013 0.004 0.003 0.026 0.009 0.007 0.009 0.004 0.103 0.112 20 N 0.703 0.005 0.029 0.010 0.003 0.003 0.030 0.008 0.008 0.006 0.003 0.088 0.102 21 L 0.661 0.004 0.033 0.011 0.005 0.003 0.030 0.013 0.013 0.008 0.005 0.074 0.138 22 H 0.488 0.007 0.074 0.009 0.006 0.004 0.018 0.013 0.026 0.025 0.010 0.172 0.146 23 S 0.177 0.023 0.200 0.024 0.025 0.010 0.007 0.006 0.018 0.080 0.051 0.081 0.297 24 D 0.033 0.018 0.324 0.017 0.041 0.015 0.001 0.001 0.007 0.218 0.119 0.093 0.115 25 K 0.006 0.018 0.198 0.019 0.059 0.020 0.001 0.001 0.002 0.288 0.307 0.022 0.062 26 S 0.004 0.018 0.219 0.014 0.046 0.027 0.001 0.001 0.001 0.258 0.341 0.035 0.037 27 R 0.006 0.020 0.300 0.021 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.289 0.258 0.027 0.042 28 P 0.028 0.010 0.374 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 0.003 0.217 0.187 0.046 0.088 29 G 0.206 0.010 0.156 0.024 0.006 0.003 0.052 0.008 0.020 0.089 0.039 0.113 0.276 30 Q 0.494 0.004 0.051 0.004 0.001 0.001 0.132 0.020 0.039 0.006 0.002 0.073 0.172 31 Y 0.593 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.161 0.017 0.049 0.001 0.001 0.131 0.038 32 I 0.342 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.117 0.038 0.251 0.002 0.001 0.026 0.191 33 R 0.201 0.002 0.060 0.367 0.001 0.001 0.050 0.013 0.139 0.012 0.003 0.096 0.054 34 S 0.184 0.006 0.143 0.013 0.001 0.001 0.059 0.012 0.201 0.024 0.002 0.181 0.172 35 V 0.074 0.035 0.187 0.003 0.006 0.001 0.040 0.011 0.180 0.052 0.003 0.049 0.360 36 D 0.007 0.056 0.618 0.009 0.010 0.001 0.006 0.001 0.074 0.085 0.011 0.039 0.083 37 P 0.001 0.007 0.106 0.003 0.016 0.010 0.001 0.001 0.002 0.308 0.525 0.004 0.018 38 G 0.001 0.006 0.305 0.001 0.010 0.029 0.001 0.001 0.001 0.229 0.416 0.001 0.003 39 S 0.001 0.003 0.370 0.001 0.008 0.217 0.001 0.001 0.001 0.370 0.030 0.001 0.001 40 P 0.001 0.002 0.027 0.001 0.016 0.901 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 41 A 0.001 0.004 0.012 0.001 0.039 0.911 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 42 A 0.001 0.002 0.022 0.001 0.100 0.839 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 43 R 0.001 0.011 0.024 0.001 0.223 0.647 0.001 0.001 0.003 0.012 0.074 0.001 0.004 44 S 0.001 0.003 0.014 0.001 0.151 0.188 0.001 0.001 0.001 0.037 0.602 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.024 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.003 0.047 0.891 0.001 0.001 46 L 0.001 0.049 0.777 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.122 0.017 0.006 0.008 47 R 0.001 0.028 0.897 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.003 0.001 0.020 48 A 0.001 0.001 0.061 0.006 0.075 0.022 0.001 0.001 0.001 0.081 0.746 0.005 0.003 49 Q 0.001 0.002 0.052 0.011 0.087 0.013 0.001 0.001 0.001 0.104 0.719 0.002 0.010 50 D 0.044 0.008 0.515 0.002 0.022 0.031 0.007 0.003 0.038 0.082 0.015 0.038 0.195 51 R 0.218 0.015 0.141 0.004 0.001 0.022 0.034 0.021 0.243 0.013 0.003 0.101 0.182 52 L 0.323 0.038 0.065 0.015 0.001 0.010 0.044 0.041 0.074 0.002 0.002 0.072 0.315 53 I 0.525 0.003 0.031 0.057 0.001 0.006 0.026 0.019 0.010 0.003 0.002 0.226 0.090 54 E 0.570 0.003 0.030 0.022 0.007 0.013 0.043 0.003 0.007 0.012 0.011 0.026 0.252 55 V 0.411 0.008 0.050 0.001 0.003 0.006 0.041 0.003 0.017 0.019 0.014 0.236 0.191 56 N 0.004 0.005 0.085 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.132 0.704 0.026 0.024 57 G 0.001 0.001 0.069 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.631 0.003 0.011 58 Q 0.005 0.009 0.118 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.080 0.010 0.698 0.071 59 N 0.004 0.063 0.371 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.016 0.006 0.004 0.007 0.514 60 V 0.022 0.042 0.438 0.058 0.031 0.008 0.020 0.001 0.053 0.030 0.014 0.188 0.097 61 E 0.010 0.010 0.162 0.109 0.084 0.012 0.011 0.001 0.038 0.151 0.207 0.074 0.132 62 G 0.003 0.005 0.114 0.039 0.073 0.008 0.002 0.001 0.017 0.166 0.486 0.038 0.049 63 L 0.002 0.042 0.605 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.021 0.154 0.011 0.080 0.073 64 R 0.001 0.055 0.690 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.042 0.046 0.009 0.005 0.126 65 H 0.001 0.001 0.035 0.001 0.008 0.906 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 73 K 0.001 0.001 0.020 0.001 0.007 0.780 0.001 0.001 0.001 0.011 0.179 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.064 0.001 0.010 0.325 0.001 0.001 0.001 0.081 0.516 0.001 0.002 75 R 0.001 0.005 0.428 0.001 0.021 0.057 0.001 0.001 0.001 0.218 0.263 0.002 0.005 76 E 0.001 0.004 0.179 0.001 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.265 0.502 0.002 0.004 77 D 0.001 0.001 0.195 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.477 0.292 0.006 0.004 78 E 0.010 0.016 0.482 0.003 0.005 0.001 0.009 0.001 0.115 0.152 0.023 0.033 0.151 79 A 0.123 0.009 0.127 0.017 0.001 0.001 0.116 0.013 0.300 0.013 0.001 0.108 0.172 80 R 0.170 0.002 0.031 0.053 0.001 0.001 0.192 0.074 0.307 0.004 0.001 0.073 0.094 81 L 0.152 0.001 0.017 0.018 0.001 0.001 0.288 0.249 0.153 0.002 0.001 0.052 0.068 82 L 0.115 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.323 0.356 0.115 0.001 0.001 0.032 0.036 83 V 0.167 0.002 0.031 0.004 0.001 0.001 0.318 0.170 0.176 0.003 0.001 0.039 0.089 84 V 0.260 0.004 0.088 0.032 0.001 0.001 0.145 0.011 0.106 0.013 0.003 0.100 0.236 85 G 0.045 0.006 0.376 0.007 0.002 0.001 0.021 0.001 0.063 0.097 0.008 0.187 0.187 86 P 0.002 0.010 0.449 0.004 0.013 0.005 0.001 0.001 0.012 0.362 0.076 0.010 0.056 87 S 0.001 0.007 0.219 0.002 0.079 0.019 0.001 0.001 0.001 0.307 0.354 0.004 0.006 88 T 0.001 0.015 0.252 0.001 0.073 0.031 0.001 0.001 0.002 0.247 0.370 0.003 0.006 89 R 0.001 0.018 0.736 0.001 0.045 0.033 0.001 0.001 0.002 0.062 0.091 0.003 0.010 90 L 0.001 0.002 0.971 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002