# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0340/T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.031 0.077 0.104 0.007 0.101 0.029 0.019 0.023 0.019 0.052 0.091 0.306 0.009 0.030 0.047 2 M 0.083 0.115 0.222 0.131 0.005 0.028 0.023 0.008 0.018 0.003 0.061 0.034 0.147 0.009 0.014 0.099 3 L 0.068 0.081 0.329 0.328 0.003 0.023 0.015 0.005 0.006 0.002 0.007 0.037 0.057 0.002 0.008 0.031 4 R 0.016 0.070 0.413 0.393 0.003 0.044 0.006 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.024 0.001 0.002 0.016 5 P 0.021 0.025 0.101 0.643 0.001 0.155 0.001 0.003 0.002 0.001 0.024 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 6 R 0.006 0.381 0.092 0.489 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.002 0.002 0.029 0.956 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 8 C 0.002 0.009 0.305 0.663 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 9 H 0.001 0.004 0.007 0.970 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.014 0.012 0.859 0.036 0.068 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 11 R 0.001 0.032 0.006 0.222 0.575 0.117 0.016 0.006 0.002 0.003 0.010 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 12 K 0.003 0.214 0.015 0.339 0.020 0.019 0.002 0.337 0.007 0.003 0.021 0.006 0.002 0.001 0.012 0.002 13 G 0.006 0.033 0.029 0.119 0.048 0.188 0.007 0.019 0.188 0.288 0.019 0.025 0.012 0.001 0.002 0.016 14 P 0.107 0.061 0.029 0.047 0.260 0.051 0.065 0.024 0.006 0.007 0.274 0.026 0.016 0.021 0.003 0.004 15 Q 0.010 0.111 0.050 0.080 0.018 0.032 0.004 0.361 0.023 0.007 0.036 0.163 0.013 0.004 0.082 0.005 16 G 0.020 0.021 0.066 0.083 0.145 0.031 0.075 0.015 0.204 0.116 0.026 0.029 0.030 0.037 0.008 0.094 17 Y 0.263 0.057 0.114 0.167 0.005 0.018 0.007 0.185 0.016 0.009 0.023 0.033 0.032 0.001 0.057 0.012 18 G 0.038 0.033 0.221 0.275 0.019 0.049 0.016 0.010 0.101 0.069 0.023 0.025 0.028 0.010 0.003 0.080 19 F 0.212 0.031 0.128 0.516 0.004 0.019 0.003 0.019 0.004 0.002 0.012 0.015 0.021 0.001 0.008 0.004 20 N 0.011 0.030 0.163 0.522 0.021 0.147 0.006 0.003 0.013 0.014 0.012 0.017 0.024 0.002 0.001 0.014 21 L 0.037 0.051 0.064 0.657 0.035 0.054 0.006 0.012 0.002 0.001 0.042 0.011 0.019 0.002 0.002 0.004 22 H 0.006 0.114 0.097 0.507 0.047 0.115 0.010 0.016 0.010 0.007 0.012 0.027 0.015 0.005 0.003 0.009 23 S 0.018 0.100 0.087 0.436 0.023 0.156 0.013 0.037 0.009 0.012 0.036 0.015 0.036 0.002 0.011 0.010 24 D 0.017 0.102 0.043 0.096 0.023 0.389 0.013 0.021 0.023 0.021 0.135 0.059 0.041 0.004 0.004 0.011 25 K 0.038 0.135 0.060 0.079 0.020 0.075 0.018 0.029 0.016 0.005 0.344 0.104 0.043 0.010 0.010 0.016 26 S 0.024 0.275 0.234 0.171 0.007 0.016 0.008 0.013 0.021 0.004 0.014 0.116 0.028 0.003 0.033 0.033 27 R 0.036 0.011 0.132 0.048 0.136 0.119 0.335 0.003 0.007 0.011 0.010 0.009 0.037 0.067 0.004 0.036 28 P 0.033 0.273 0.149 0.100 0.001 0.021 0.007 0.269 0.004 0.001 0.040 0.009 0.015 0.001 0.070 0.006 29 G 0.017 0.053 0.077 0.351 0.001 0.009 0.001 0.002 0.363 0.021 0.005 0.014 0.005 0.001 0.001 0.082 30 Q 0.219 0.011 0.282 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 Y 0.001 0.001 0.262 0.696 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.012 0.008 0.428 0.029 0.509 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.001 0.559 0.002 0.401 0.001 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.002 0.008 0.034 0.885 0.011 0.016 0.001 0.004 0.018 0.002 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 35 V 0.018 0.012 0.628 0.312 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 36 D 0.001 0.001 0.002 0.023 0.897 0.042 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 P 0.001 0.010 0.001 0.014 0.004 0.019 0.001 0.910 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 38 G 0.001 0.037 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.004 0.519 0.380 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.014 39 S 0.634 0.003 0.004 0.009 0.001 0.154 0.002 0.003 0.002 0.005 0.015 0.122 0.043 0.001 0.001 0.001 40 P 0.001 0.006 0.042 0.004 0.001 0.090 0.001 0.005 0.001 0.001 0.656 0.052 0.140 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.008 0.001 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.752 0.187 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.943 0.005 0.004 0.005 43 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.105 0.814 0.005 0.011 44 S 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.002 0.855 0.006 45 G 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.948 46 L 0.859 0.010 0.071 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.009 47 R 0.002 0.002 0.034 0.001 0.453 0.163 0.236 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.097 0.001 0.001 48 A 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.807 0.001 0.001 0.125 0.001 0.002 0.001 0.054 0.001 49 Q 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.036 0.003 0.042 0.002 0.001 0.001 0.036 50 D 0.937 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.003 0.003 51 R 0.012 0.025 0.883 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.022 52 L 0.022 0.013 0.164 0.305 0.007 0.143 0.003 0.004 0.001 0.001 0.276 0.006 0.049 0.004 0.001 0.002 53 I 0.001 0.193 0.214 0.472 0.008 0.006 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.033 0.052 0.001 0.002 0.003 54 E 0.005 0.006 0.036 0.665 0.098 0.028 0.019 0.002 0.006 0.004 0.002 0.004 0.080 0.018 0.001 0.024 55 V 0.002 0.003 0.036 0.023 0.598 0.027 0.235 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.056 0.002 0.001 56 N 0.001 0.049 0.004 0.033 0.002 0.020 0.001 0.807 0.004 0.005 0.009 0.002 0.003 0.001 0.058 0.002 57 G 0.008 0.017 0.004 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.775 0.065 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.087 58 Q 0.825 0.016 0.078 0.047 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 59 N 0.005 0.032 0.446 0.049 0.009 0.395 0.003 0.004 0.003 0.006 0.011 0.013 0.014 0.001 0.001 0.007 60 V 0.005 0.019 0.005 0.029 0.556 0.065 0.069 0.002 0.001 0.001 0.178 0.013 0.005 0.052 0.001 0.001 61 E 0.002 0.098 0.012 0.023 0.001 0.004 0.001 0.605 0.003 0.001 0.009 0.088 0.004 0.001 0.148 0.001 62 G 0.002 0.007 0.015 0.017 0.001 0.009 0.002 0.001 0.420 0.104 0.004 0.005 0.016 0.001 0.002 0.395 63 L 0.764 0.018 0.134 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.014 0.001 0.001 0.004 64 R 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 65 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.969 0.020 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.012 0.001 0.017 72 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.029 0.018 0.007 73 K 0.001 0.004 0.025 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.783 0.034 0.030 0.100 74 A 0.019 0.010 0.052 0.013 0.003 0.006 0.071 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.437 0.092 0.048 0.237 75 R 0.030 0.018 0.139 0.005 0.010 0.054 0.131 0.015 0.001 0.002 0.041 0.007 0.357 0.049 0.093 0.050 76 E 0.034 0.151 0.070 0.016 0.002 0.065 0.023 0.057 0.014 0.006 0.194 0.034 0.123 0.025 0.091 0.093 77 D 0.103 0.430 0.075 0.069 0.001 0.013 0.006 0.003 0.064 0.003 0.012 0.071 0.028 0.002 0.024 0.097 78 E 0.108 0.070 0.655 0.091 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.058 79 A 0.013 0.005 0.810 0.166 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.001 0.019 0.232 0.745 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.957 0.026 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 V 0.001 0.026 0.002 0.963 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.001 0.009 0.002 0.315 0.026 0.630 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.004 0.285 0.006 0.143 0.010 0.225 0.001 0.033 0.001 0.001 0.289 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.207 0.009 0.125 0.014 0.155 0.002 0.013 0.033 0.009 0.126 0.302 0.002 0.001 0.001 0.001 88 T 0.018 0.163 0.106 0.154 0.015 0.061 0.011 0.026 0.013 0.004 0.143 0.208 0.052 0.002 0.016 0.006 89 R 0.014 0.040 0.098 0.062 0.073 0.141 0.075 0.015 0.019 0.014 0.085 0.146 0.130 0.041 0.007 0.041 90 L 0.026 0.059 0.080 0.063 0.030 0.042 0.057 0.104 0.007 0.005 0.171 0.086 0.140 0.030 0.084 0.015