# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.123 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.047 0.100 0.663 2 M 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.032 0.120 0.713 3 L 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.029 0.110 0.755 4 R 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.025 0.004 0.022 0.011 0.008 0.008 0.347 0.073 0.076 0.345 5 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.024 0.095 0.794 6 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.018 0.022 0.012 0.699 0.040 0.023 0.156 7 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.506 0.054 0.033 0.391 8 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.781 0.038 0.012 0.126 9 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.693 0.037 0.013 0.180 10 L 0.011 0.001 0.001 0.003 0.089 0.104 0.111 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.060 0.032 0.293 11 R 0.009 0.002 0.001 0.008 0.073 0.060 0.066 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.028 0.057 0.466 12 K 0.044 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.023 0.082 0.804 13 G 0.096 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.044 0.106 0.717 14 P 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.030 0.117 0.770 15 Q 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.005 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.038 0.127 0.620 16 G 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.104 0.005 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.107 0.067 0.119 0.483 17 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.047 0.014 0.122 0.015 0.028 0.008 0.263 0.071 0.085 0.301 18 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.020 0.045 0.106 0.265 0.039 0.025 0.262 0.054 0.031 0.138 19 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.011 0.021 0.090 0.068 0.027 0.417 0.089 0.049 0.202 20 N 0.005 0.005 0.001 0.002 0.007 0.002 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.045 0.019 0.529 0.086 0.048 0.199 21 L 0.028 0.005 0.001 0.003 0.002 0.010 0.029 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.306 0.073 0.090 0.419 22 H 0.044 0.006 0.003 0.003 0.014 0.023 0.086 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.111 0.100 0.371 23 S 0.032 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.055 0.105 0.713 24 D 0.178 0.002 0.002 0.002 0.021 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.077 0.081 0.583 25 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.094 0.817 26 S 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.022 0.085 0.804 27 R 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.007 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.042 0.053 0.151 0.588 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.086 0.028 0.139 0.731 29 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.021 0.018 0.013 0.013 0.011 0.003 0.285 0.059 0.087 0.453 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.005 0.046 0.005 0.035 0.018 0.017 0.526 0.059 0.045 0.206 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.081 0.011 0.081 0.017 0.527 0.113 0.025 0.138 32 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.007 0.010 0.567 0.055 0.047 0.287 33 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.700 0.045 0.041 0.192 34 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.010 0.012 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.135 0.156 0.489 35 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.041 0.104 0.551 36 D 0.737 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.063 0.030 0.129 37 P 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.008 0.112 0.830 38 G 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.075 0.880 39 S 0.069 0.665 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.212 0.010 0.035 40 P 0.062 0.574 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.016 0.062 41 A 0.036 0.110 0.138 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.506 0.023 0.178 42 A 0.669 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.070 0.042 0.204 43 R 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 0.123 0.804 44 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.014 0.146 0.819 45 G 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.211 0.718 46 L 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.030 0.210 0.619 47 R 0.688 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.114 0.029 0.105 48 A 0.126 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.104 0.126 0.504 49 Q 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.033 0.163 0.642 50 D 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.697 0.064 0.043 0.163 51 R 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.548 0.143 0.039 0.226 52 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.040 0.005 0.053 53 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.513 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.049 0.008 0.069 54 E 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.007 0.012 0.107 55 V 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.024 0.032 0.208 56 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.116 0.818 57 G 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.023 0.067 0.835 58 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.787 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.014 0.139 59 N 0.241 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.033 0.053 0.548 60 V 0.295 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.001 0.008 0.001 0.014 0.034 0.060 0.414 61 E 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.062 0.007 0.017 0.062 0.030 0.099 0.675 62 G 0.013 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.080 0.794 63 L 0.009 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.036 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.023 0.097 0.590 64 R 0.018 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.010 0.092 65 H 0.010 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.021 66 A 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.024 67 E 0.003 0.466 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.493 0.007 0.028 68 V 0.007 0.871 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.008 0.024 69 V 0.022 0.885 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.006 0.051 70 A 0.031 0.782 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.015 0.119 71 S 0.189 0.444 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.082 0.045 0.214 72 I 0.257 0.105 0.040 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.174 0.064 0.345 73 K 0.063 0.021 0.005 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.099 0.738 74 A 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.063 0.872 75 R 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.093 0.686 76 E 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.135 0.809 77 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.028 0.113 0.708 78 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.066 0.103 0.493 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.632 0.066 0.048 0.242 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.007 0.006 0.829 0.050 0.011 0.079 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.905 0.035 0.006 0.045 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.905 0.044 0.005 0.039 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.048 0.024 0.158 84 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.053 0.055 0.278 85 G 0.034 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.071 0.107 0.635 86 P 0.116 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.057 0.083 0.697 87 S 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.063 0.841 88 T 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.081 0.840 89 R 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.092 0.846 90 L 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.036 0.111 0.787