# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 411.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.099 0.079 0.032 0.069 0.065 0.081 0.137 0.127 0.134 0.104 0.072 2 M 0.128 0.073 0.035 0.102 0.080 0.078 0.109 0.102 0.109 0.097 0.085 3 L 0.072 0.042 0.022 0.059 0.073 0.090 0.147 0.139 0.151 0.123 0.082 4 R 0.064 0.114 0.055 0.200 0.156 0.117 0.120 0.075 0.054 0.030 0.015 5 P 0.054 0.036 0.028 0.074 0.081 0.094 0.142 0.141 0.144 0.122 0.083 6 R 0.044 0.057 0.037 0.153 0.142 0.138 0.175 0.106 0.075 0.048 0.025 7 L 0.015 0.049 0.053 0.167 0.150 0.160 0.167 0.100 0.072 0.047 0.021 8 C 0.003 0.005 0.008 0.017 0.022 0.038 0.112 0.161 0.246 0.227 0.160 9 H 0.014 0.053 0.057 0.229 0.228 0.157 0.142 0.065 0.034 0.015 0.007 10 L 0.006 0.017 0.015 0.046 0.057 0.065 0.142 0.169 0.205 0.172 0.106 11 R 0.037 0.071 0.052 0.241 0.230 0.160 0.113 0.049 0.030 0.012 0.005 12 K 0.133 0.148 0.055 0.166 0.136 0.121 0.123 0.061 0.034 0.017 0.007 13 G 0.272 0.230 0.060 0.174 0.102 0.059 0.047 0.025 0.015 0.010 0.004 14 P 0.422 0.199 0.056 0.111 0.074 0.050 0.038 0.021 0.014 0.009 0.006 15 Q 0.267 0.237 0.055 0.170 0.110 0.060 0.049 0.024 0.015 0.009 0.005 16 G 0.072 0.061 0.024 0.097 0.105 0.117 0.141 0.125 0.118 0.087 0.054 17 Y 0.016 0.027 0.013 0.071 0.096 0.122 0.196 0.160 0.142 0.095 0.062 18 G 0.027 0.038 0.031 0.095 0.099 0.121 0.165 0.140 0.125 0.092 0.065 19 F 0.006 0.007 0.007 0.025 0.037 0.063 0.139 0.168 0.203 0.199 0.146 20 N 0.041 0.074 0.041 0.160 0.149 0.120 0.149 0.099 0.077 0.053 0.036 21 L 0.004 0.004 0.003 0.011 0.016 0.026 0.073 0.118 0.211 0.266 0.269 22 H 0.035 0.090 0.050 0.184 0.174 0.138 0.149 0.075 0.053 0.030 0.022 23 S 0.056 0.071 0.032 0.098 0.102 0.107 0.173 0.124 0.107 0.078 0.053 24 D 0.317 0.193 0.071 0.162 0.095 0.061 0.049 0.021 0.014 0.010 0.006 25 K 0.375 0.184 0.072 0.150 0.082 0.053 0.041 0.018 0.013 0.008 0.005 26 S 0.295 0.149 0.048 0.117 0.084 0.070 0.081 0.052 0.044 0.031 0.028 27 R 0.125 0.147 0.065 0.173 0.140 0.119 0.106 0.056 0.036 0.022 0.012 28 P 0.154 0.165 0.059 0.171 0.141 0.116 0.093 0.044 0.030 0.018 0.009 29 G 0.071 0.074 0.043 0.204 0.194 0.143 0.121 0.068 0.040 0.026 0.015 30 Q 0.001 0.002 0.002 0.016 0.036 0.071 0.174 0.209 0.217 0.176 0.097 31 Y 0.002 0.020 0.025 0.153 0.216 0.194 0.193 0.096 0.057 0.027 0.015 32 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.044 0.117 0.205 0.265 0.353 33 R 0.018 0.036 0.030 0.185 0.244 0.176 0.177 0.074 0.036 0.015 0.008 34 S 0.085 0.255 0.050 0.239 0.158 0.085 0.076 0.027 0.016 0.007 0.003 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.032 0.073 0.163 0.270 0.448 36 D 0.114 0.283 0.102 0.239 0.148 0.062 0.035 0.009 0.004 0.002 0.002 37 P 0.268 0.214 0.069 0.178 0.101 0.067 0.061 0.023 0.011 0.006 0.002 38 G 0.583 0.118 0.036 0.095 0.060 0.044 0.029 0.013 0.010 0.007 0.006 39 S 0.059 0.154 0.046 0.131 0.122 0.112 0.112 0.076 0.081 0.057 0.049 40 P 0.113 0.132 0.047 0.142 0.130 0.112 0.120 0.074 0.064 0.040 0.027 41 A 0.111 0.028 0.016 0.041 0.053 0.079 0.129 0.117 0.148 0.137 0.141 42 A 0.069 0.085 0.094 0.220 0.174 0.129 0.104 0.056 0.034 0.020 0.014 43 R 0.086 0.089 0.110 0.213 0.158 0.122 0.092 0.052 0.039 0.022 0.017 44 S 0.067 0.033 0.034 0.049 0.053 0.079 0.153 0.131 0.149 0.141 0.110 45 G 0.398 0.194 0.077 0.134 0.073 0.045 0.038 0.016 0.013 0.008 0.004 46 L 0.004 0.003 0.002 0.005 0.006 0.010 0.036 0.068 0.156 0.229 0.483 47 R 0.108 0.233 0.135 0.208 0.133 0.090 0.057 0.017 0.010 0.005 0.005 48 A 0.167 0.117 0.073 0.173 0.125 0.109 0.114 0.056 0.035 0.021 0.010 49 Q 0.441 0.178 0.077 0.146 0.076 0.038 0.020 0.008 0.006 0.005 0.005 50 D 0.002 0.012 0.016 0.059 0.095 0.135 0.215 0.175 0.159 0.088 0.043 51 R 0.012 0.064 0.050 0.234 0.250 0.192 0.133 0.036 0.016 0.007 0.005 52 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.034 0.078 0.165 0.281 0.423 53 I 0.002 0.004 0.007 0.037 0.076 0.126 0.263 0.186 0.157 0.092 0.051 54 E 0.005 0.043 0.057 0.181 0.154 0.129 0.156 0.098 0.082 0.053 0.042 55 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.032 0.102 0.143 0.246 0.248 0.202 56 N 0.018 0.065 0.059 0.236 0.246 0.139 0.135 0.058 0.027 0.011 0.006 57 G 0.496 0.224 0.068 0.128 0.051 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 58 Q 0.060 0.131 0.085 0.259 0.200 0.142 0.080 0.026 0.010 0.004 0.002 59 N 0.253 0.370 0.071 0.185 0.080 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 60 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.058 0.095 0.250 0.232 0.342 61 E 0.142 0.264 0.126 0.247 0.122 0.054 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 62 G 0.384 0.229 0.059 0.150 0.077 0.050 0.035 0.008 0.005 0.002 0.001 63 L 0.006 0.006 0.004 0.019 0.033 0.060 0.136 0.176 0.190 0.194 0.177 64 R 0.090 0.654 0.064 0.108 0.043 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 65 H 0.005 0.015 0.011 0.057 0.123 0.195 0.255 0.149 0.112 0.053 0.026 66 A 0.666 0.143 0.037 0.061 0.039 0.026 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 67 E 0.014 0.057 0.100 0.424 0.240 0.102 0.049 0.011 0.003 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.043 0.112 0.221 0.319 0.289 69 V 0.001 0.001 0.008 0.029 0.090 0.238 0.315 0.160 0.089 0.046 0.024 70 A 0.003 0.017 0.714 0.165 0.059 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.002 0.010 0.044 0.115 0.271 0.384 0.112 0.038 0.018 0.007 72 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.024 0.077 0.221 0.349 0.323 73 K 0.004 0.015 0.088 0.196 0.277 0.198 0.155 0.043 0.015 0.006 0.003 74 A 0.016 0.051 0.716 0.115 0.056 0.027 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 75 R 0.027 0.062 0.046 0.099 0.123 0.189 0.286 0.096 0.040 0.022 0.010 76 E 0.643 0.180 0.044 0.057 0.026 0.017 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 77 D 0.397 0.201 0.104 0.120 0.067 0.049 0.035 0.013 0.007 0.004 0.003 78 E 0.161 0.183 0.131 0.227 0.128 0.080 0.056 0.017 0.010 0.005 0.002 79 A 0.030 0.016 0.017 0.033 0.044 0.083 0.212 0.179 0.179 0.126 0.082 80 R 0.019 0.060 0.108 0.287 0.211 0.149 0.100 0.036 0.018 0.008 0.004 81 L 0.008 0.019 0.048 0.070 0.086 0.126 0.188 0.165 0.144 0.100 0.045 82 L 0.009 0.028 0.050 0.157 0.201 0.170 0.171 0.101 0.066 0.033 0.013 83 V 0.008 0.016 0.031 0.039 0.055 0.071 0.177 0.166 0.201 0.155 0.081 84 V 0.016 0.036 0.042 0.131 0.153 0.124 0.187 0.132 0.102 0.055 0.025 85 G 0.080 0.132 0.058 0.146 0.152 0.127 0.141 0.081 0.048 0.026 0.009 86 P 0.193 0.241 0.107 0.183 0.112 0.065 0.049 0.024 0.014 0.009 0.003 87 S 0.456 0.167 0.069 0.129 0.077 0.042 0.032 0.014 0.008 0.005 0.002 88 T 0.455 0.157 0.061 0.105 0.065 0.048 0.046 0.026 0.019 0.012 0.006 89 R 0.299 0.256 0.084 0.152 0.083 0.047 0.038 0.019 0.013 0.007 0.004 90 L 0.238 0.097 0.039 0.071 0.066 0.073 0.105 0.089 0.090 0.077 0.057