# TARGET T0340 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1980 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.005 0.985 2 M 0.002 0.002 0.005 0.007 0.002 0.011 0.970 3 L 0.017 0.010 0.024 0.031 0.070 0.118 0.729 4 R 0.016 0.007 0.005 0.015 0.090 0.015 0.852 5 P 0.098 0.005 0.006 0.018 0.034 0.025 0.814 6 R 0.531 0.011 0.015 0.025 0.110 0.021 0.287 7 L 0.846 0.014 0.013 0.012 0.017 0.005 0.093 8 C 0.906 0.005 0.009 0.012 0.009 0.004 0.056 9 H 0.937 0.005 0.003 0.009 0.008 0.003 0.035 10 L 0.867 0.009 0.004 0.007 0.010 0.007 0.096 11 R 0.667 0.009 0.007 0.011 0.069 0.051 0.187 12 K 0.362 0.013 0.013 0.008 0.215 0.148 0.240 13 G 0.084 0.009 0.016 0.004 0.346 0.292 0.249 14 P 0.103 0.016 0.029 0.003 0.343 0.281 0.224 15 Q 0.157 0.015 0.035 0.004 0.312 0.215 0.262 16 G 0.332 0.032 0.035 0.004 0.181 0.152 0.265 17 Y 0.532 0.027 0.023 0.005 0.099 0.081 0.232 18 G 0.727 0.015 0.014 0.004 0.059 0.063 0.118 19 F 0.843 0.016 0.006 0.004 0.021 0.014 0.097 20 N 0.872 0.013 0.004 0.003 0.019 0.012 0.077 21 L 0.860 0.017 0.004 0.004 0.022 0.014 0.079 22 H 0.750 0.023 0.007 0.005 0.045 0.030 0.139 23 S 0.442 0.022 0.019 0.011 0.161 0.099 0.247 24 D 0.238 0.018 0.029 0.008 0.230 0.161 0.316 25 K 0.174 0.022 0.053 0.014 0.248 0.267 0.221 26 S 0.132 0.023 0.046 0.014 0.270 0.263 0.253 27 R 0.119 0.015 0.038 0.011 0.320 0.141 0.357 28 P 0.144 0.015 0.031 0.009 0.328 0.176 0.297 29 G 0.382 0.012 0.015 0.003 0.156 0.093 0.338 30 Q 0.815 0.012 0.003 0.001 0.021 0.004 0.144 31 Y 0.943 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 32 I 0.949 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 33 R 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.049 34 S 0.881 0.009 0.002 0.001 0.019 0.004 0.084 35 V 0.590 0.042 0.003 0.002 0.039 0.005 0.318 36 D 0.124 0.010 0.008 0.002 0.062 0.019 0.776 37 P 0.004 0.002 0.010 0.002 0.145 0.792 0.044 38 G 0.002 0.003 0.008 0.002 0.289 0.634 0.062 39 S 0.006 0.016 0.003 0.014 0.330 0.010 0.621 40 P 0.003 0.008 0.071 0.744 0.038 0.054 0.082 41 A 0.005 0.005 0.178 0.676 0.021 0.086 0.028 42 A 0.005 0.003 0.308 0.557 0.016 0.087 0.024 43 R 0.014 0.006 0.164 0.621 0.036 0.113 0.046 44 S 0.021 0.003 0.084 0.182 0.096 0.487 0.128 45 G 0.014 0.003 0.020 0.019 0.007 0.826 0.110 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 47 R 0.029 0.013 0.008 0.001 0.011 0.003 0.935 48 A 0.019 0.007 0.110 0.003 0.177 0.616 0.069 49 Q 0.013 0.001 0.036 0.001 0.053 0.868 0.029 50 D 0.285 0.005 0.024 0.001 0.058 0.024 0.603 51 R 0.894 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.091 52 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 53 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 54 E 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 55 V 0.867 0.002 0.003 0.001 0.012 0.039 0.077 56 N 0.035 0.001 0.007 0.001 0.038 0.911 0.007 57 G 0.020 0.001 0.006 0.001 0.134 0.819 0.020 58 Q 0.627 0.028 0.001 0.001 0.070 0.008 0.265 59 N 0.676 0.160 0.001 0.001 0.005 0.001 0.157 60 V 0.710 0.032 0.009 0.002 0.028 0.022 0.195 61 E 0.205 0.006 0.039 0.009 0.142 0.490 0.109 62 G 0.052 0.003 0.049 0.019 0.273 0.534 0.069 63 L 0.107 0.027 0.012 0.030 0.238 0.058 0.528 64 R 0.068 0.067 0.003 0.044 0.110 0.022 0.687 65 H 0.001 0.001 0.010 0.962 0.010 0.009 0.007 66 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.005 0.001 67 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 70 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 71 S 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.012 0.002 72 I 0.005 0.002 0.009 0.961 0.002 0.017 0.004 73 K 0.008 0.001 0.014 0.878 0.008 0.084 0.007 74 A 0.010 0.001 0.009 0.594 0.059 0.286 0.040 75 R 0.014 0.005 0.014 0.080 0.278 0.143 0.465 76 E 0.007 0.003 0.026 0.008 0.270 0.570 0.117 77 D 0.019 0.002 0.022 0.002 0.328 0.535 0.091 78 E 0.290 0.007 0.009 0.001 0.206 0.037 0.450 79 A 0.807 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.175 80 R 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 81 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 82 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 83 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 84 V 0.774 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.205 85 G 0.432 0.016 0.001 0.001 0.076 0.008 0.467 86 P 0.087 0.009 0.008 0.006 0.202 0.073 0.614 87 S 0.012 0.005 0.047 0.024 0.367 0.274 0.270 88 T 0.010 0.006 0.052 0.041 0.365 0.280 0.245 89 R 0.009 0.012 0.034 0.048 0.019 0.132 0.746 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997