# TARGET T0340 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1980 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.117 0.185 0.095 0.031 0.240 0.016 0.035 0.065 0.055 0.102 0.058 2 M 0.124 0.215 0.102 0.021 0.254 0.011 0.017 0.057 0.059 0.093 0.047 3 L 0.159 0.256 0.103 0.015 0.304 0.012 0.020 0.033 0.020 0.040 0.038 4 R 0.093 0.347 0.148 0.018 0.296 0.009 0.015 0.023 0.011 0.020 0.021 5 P 0.272 0.151 0.026 0.007 0.393 0.005 0.008 0.035 0.023 0.018 0.061 6 R 0.047 0.307 0.066 0.023 0.319 0.047 0.055 0.080 0.031 0.019 0.007 7 L 0.518 0.024 0.003 0.001 0.357 0.001 0.003 0.010 0.004 0.011 0.070 8 C 0.192 0.163 0.014 0.015 0.495 0.025 0.013 0.024 0.009 0.014 0.036 9 H 0.275 0.094 0.017 0.003 0.484 0.003 0.005 0.013 0.007 0.022 0.075 10 L 0.206 0.215 0.050 0.006 0.438 0.004 0.004 0.012 0.007 0.017 0.042 11 R 0.202 0.197 0.057 0.031 0.270 0.022 0.036 0.054 0.024 0.042 0.066 12 K 0.049 0.155 0.204 0.216 0.087 0.073 0.053 0.059 0.031 0.044 0.028 13 G 0.024 0.129 0.140 0.275 0.050 0.096 0.084 0.086 0.053 0.047 0.017 14 P 0.033 0.062 0.080 0.117 0.040 0.089 0.095 0.111 0.123 0.193 0.056 15 Q 0.038 0.215 0.205 0.126 0.093 0.059 0.057 0.051 0.051 0.073 0.031 16 G 0.097 0.102 0.077 0.095 0.133 0.067 0.060 0.054 0.071 0.143 0.102 17 Y 0.175 0.138 0.067 0.042 0.239 0.021 0.023 0.029 0.038 0.110 0.116 18 G 0.149 0.129 0.094 0.090 0.269 0.039 0.022 0.024 0.029 0.075 0.080 19 F 0.244 0.181 0.033 0.010 0.400 0.008 0.010 0.020 0.021 0.026 0.048 20 N 0.213 0.152 0.054 0.012 0.400 0.009 0.013 0.018 0.017 0.038 0.074 21 L 0.283 0.134 0.032 0.013 0.309 0.012 0.014 0.038 0.032 0.050 0.082 22 H 0.119 0.179 0.098 0.043 0.250 0.030 0.046 0.057 0.039 0.082 0.056 23 S 0.088 0.169 0.096 0.109 0.141 0.057 0.047 0.071 0.061 0.108 0.053 24 D 0.059 0.136 0.115 0.086 0.115 0.048 0.049 0.102 0.092 0.145 0.053 25 K 0.058 0.166 0.109 0.064 0.110 0.050 0.070 0.147 0.107 0.087 0.033 26 S 0.091 0.073 0.051 0.045 0.121 0.041 0.089 0.120 0.096 0.200 0.073 27 R 0.082 0.143 0.099 0.097 0.157 0.056 0.040 0.069 0.053 0.151 0.052 28 P 0.044 0.145 0.142 0.141 0.095 0.059 0.098 0.096 0.058 0.095 0.028 29 G 0.073 0.261 0.199 0.063 0.207 0.012 0.013 0.029 0.027 0.079 0.036 30 Q 0.177 0.184 0.012 0.001 0.611 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 31 Y 0.121 0.206 0.023 0.001 0.632 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 32 I 0.454 0.045 0.005 0.001 0.411 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.077 33 R 0.056 0.077 0.033 0.080 0.114 0.246 0.230 0.072 0.028 0.045 0.020 34 S 0.075 0.402 0.125 0.002 0.326 0.001 0.001 0.007 0.007 0.027 0.029 35 V 0.217 0.183 0.031 0.007 0.408 0.011 0.025 0.031 0.014 0.024 0.049 36 D 0.016 0.322 0.463 0.098 0.068 0.013 0.006 0.004 0.001 0.003 0.005 37 P 0.011 0.024 0.011 0.024 0.013 0.193 0.458 0.189 0.062 0.009 0.006 38 G 0.019 0.010 0.017 0.037 0.012 0.011 0.009 0.008 0.022 0.747 0.109 39 S 0.013 0.450 0.385 0.035 0.074 0.003 0.003 0.007 0.006 0.015 0.008 40 P 0.028 0.231 0.112 0.009 0.057 0.005 0.008 0.268 0.166 0.100 0.014 41 A 0.005 0.010 0.003 0.002 0.008 0.005 0.030 0.567 0.337 0.030 0.004 42 A 0.008 0.011 0.010 0.003 0.007 0.010 0.051 0.604 0.282 0.012 0.004 43 R 0.014 0.017 0.006 0.004 0.021 0.009 0.055 0.510 0.307 0.050 0.007 44 S 0.020 0.257 0.160 0.072 0.092 0.032 0.024 0.100 0.159 0.076 0.008 45 G 0.027 0.016 0.010 0.020 0.018 0.005 0.003 0.010 0.092 0.705 0.094 46 L 0.126 0.369 0.078 0.002 0.327 0.001 0.001 0.006 0.014 0.040 0.036 47 R 0.020 0.493 0.382 0.005 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 48 A 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.099 0.640 0.184 0.060 0.001 0.001 49 Q 0.016 0.004 0.012 0.050 0.010 0.003 0.001 0.017 0.044 0.729 0.114 50 D 0.075 0.297 0.041 0.009 0.434 0.007 0.035 0.022 0.008 0.061 0.010 51 R 0.297 0.088 0.013 0.002 0.567 0.002 0.002 0.006 0.002 0.005 0.017 52 L 0.252 0.114 0.005 0.004 0.560 0.003 0.007 0.007 0.002 0.002 0.043 53 I 0.097 0.191 0.007 0.001 0.640 0.006 0.008 0.004 0.002 0.017 0.027 54 E 0.447 0.080 0.024 0.002 0.341 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.096 55 V 0.039 0.031 0.039 0.303 0.030 0.397 0.068 0.017 0.013 0.023 0.040 56 N 0.001 0.061 0.033 0.728 0.008 0.068 0.067 0.020 0.009 0.004 0.001 57 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.009 0.012 0.059 0.874 0.032 58 Q 0.005 0.495 0.368 0.019 0.088 0.001 0.003 0.006 0.007 0.007 0.001 59 N 0.257 0.176 0.027 0.004 0.374 0.003 0.005 0.011 0.010 0.019 0.114 60 V 0.115 0.047 0.014 0.022 0.110 0.044 0.064 0.116 0.192 0.201 0.074 61 E 0.011 0.031 0.028 0.048 0.023 0.225 0.365 0.141 0.076 0.043 0.010 62 G 0.106 0.050 0.034 0.010 0.055 0.004 0.003 0.009 0.032 0.496 0.201 63 L 0.033 0.442 0.260 0.036 0.147 0.010 0.007 0.016 0.013 0.021 0.016 64 R 0.013 0.588 0.310 0.004 0.044 0.001 0.001 0.018 0.005 0.010 0.005 65 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.806 0.171 0.009 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.056 0.001 0.001 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.943 0.044 0.007 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.003 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.064 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.051 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.873 0.098 0.011 0.001 72 I 0.007 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.698 0.202 0.055 0.005 73 K 0.003 0.019 0.004 0.003 0.010 0.013 0.107 0.648 0.148 0.042 0.002 74 A 0.055 0.048 0.026 0.011 0.049 0.017 0.075 0.273 0.102 0.289 0.055 75 R 0.052 0.181 0.323 0.079 0.127 0.033 0.033 0.073 0.035 0.042 0.022 76 E 0.015 0.108 0.050 0.098 0.036 0.124 0.307 0.140 0.070 0.042 0.011 77 D 0.042 0.049 0.047 0.031 0.056 0.016 0.021 0.041 0.068 0.516 0.114 78 E 0.088 0.340 0.035 0.002 0.492 0.003 0.005 0.004 0.004 0.013 0.013 79 A 0.372 0.030 0.002 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 80 R 0.179 0.099 0.005 0.004 0.690 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 81 L 0.273 0.034 0.001 0.001 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 82 L 0.220 0.076 0.004 0.001 0.682 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 83 V 0.296 0.085 0.007 0.001 0.573 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 84 V 0.245 0.169 0.034 0.005 0.447 0.004 0.005 0.005 0.002 0.014 0.070 85 G 0.077 0.334 0.264 0.047 0.201 0.011 0.011 0.013 0.007 0.013 0.022 86 P 0.052 0.244 0.271 0.089 0.111 0.041 0.032 0.069 0.041 0.027 0.024 87 S 0.026 0.107 0.069 0.063 0.066 0.078 0.141 0.223 0.152 0.058 0.016 88 T 0.027 0.067 0.077 0.058 0.047 0.050 0.072 0.199 0.178 0.186 0.040 89 R 0.064 0.142 0.089 0.024 0.122 0.023 0.037 0.164 0.119 0.160 0.056 90 L 0.089 0.124 0.060 0.018 0.145 0.018 0.026 0.158 0.146 0.156 0.060