# TARGET T0340 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1980 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.870 0.101 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 2 M 0.694 0.171 0.074 0.041 0.015 0.003 0.001 3 L 0.622 0.175 0.093 0.064 0.033 0.011 0.002 4 R 0.537 0.235 0.108 0.066 0.036 0.016 0.003 5 P 0.451 0.208 0.150 0.116 0.048 0.022 0.005 6 R 0.368 0.240 0.182 0.126 0.063 0.019 0.002 7 L 0.442 0.270 0.143 0.087 0.046 0.011 0.001 8 C 0.240 0.148 0.146 0.217 0.179 0.066 0.003 9 H 0.236 0.272 0.235 0.195 0.053 0.008 0.001 10 L 0.337 0.277 0.163 0.134 0.075 0.013 0.001 11 R 0.415 0.301 0.178 0.088 0.016 0.001 0.001 12 K 0.583 0.196 0.107 0.081 0.028 0.004 0.001 13 G 0.782 0.167 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 14 P 0.666 0.227 0.072 0.027 0.006 0.001 0.001 15 Q 0.265 0.336 0.229 0.124 0.037 0.008 0.001 16 G 0.083 0.157 0.199 0.252 0.204 0.094 0.011 17 Y 0.015 0.027 0.061 0.172 0.296 0.339 0.091 18 G 0.019 0.030 0.064 0.127 0.219 0.359 0.182 19 F 0.006 0.008 0.018 0.051 0.130 0.391 0.395 20 N 0.009 0.028 0.063 0.130 0.229 0.363 0.179 21 L 0.007 0.019 0.039 0.104 0.246 0.417 0.169 22 H 0.020 0.100 0.187 0.281 0.251 0.138 0.024 23 S 0.063 0.167 0.229 0.270 0.196 0.069 0.006 24 D 0.281 0.322 0.201 0.134 0.049 0.012 0.001 25 K 0.451 0.296 0.140 0.079 0.027 0.006 0.001 26 S 0.466 0.303 0.146 0.064 0.018 0.003 0.001 27 R 0.344 0.333 0.173 0.103 0.037 0.009 0.001 28 P 0.139 0.281 0.278 0.195 0.083 0.022 0.002 29 G 0.029 0.139 0.244 0.300 0.209 0.074 0.006 30 Q 0.005 0.020 0.057 0.176 0.344 0.353 0.045 31 Y 0.004 0.031 0.107 0.261 0.351 0.225 0.021 32 I 0.002 0.004 0.014 0.061 0.235 0.549 0.134 33 R 0.014 0.094 0.200 0.323 0.246 0.109 0.015 34 S 0.034 0.146 0.245 0.276 0.190 0.097 0.013 35 V 0.011 0.043 0.101 0.258 0.372 0.201 0.015 36 D 0.066 0.201 0.263 0.284 0.146 0.037 0.002 37 P 0.381 0.352 0.166 0.070 0.023 0.007 0.001 38 G 0.413 0.316 0.148 0.081 0.031 0.010 0.001 39 S 0.191 0.242 0.224 0.197 0.111 0.032 0.003 40 P 0.311 0.307 0.197 0.121 0.049 0.013 0.001 41 A 0.261 0.216 0.189 0.190 0.110 0.031 0.003 42 A 0.262 0.271 0.210 0.166 0.073 0.018 0.002 43 R 0.404 0.311 0.166 0.080 0.030 0.008 0.001 44 S 0.337 0.298 0.185 0.121 0.045 0.013 0.001 45 G 0.353 0.314 0.168 0.102 0.046 0.016 0.001 46 L 0.068 0.081 0.159 0.302 0.281 0.099 0.009 47 R 0.245 0.358 0.232 0.117 0.039 0.007 0.001 48 A 0.165 0.277 0.236 0.203 0.091 0.025 0.002 49 Q 0.064 0.196 0.232 0.278 0.166 0.058 0.005 50 D 0.016 0.045 0.107 0.238 0.360 0.209 0.025 51 R 0.015 0.085 0.146 0.216 0.266 0.231 0.040 52 L 0.002 0.003 0.011 0.052 0.177 0.566 0.189 53 I 0.007 0.031 0.065 0.162 0.287 0.367 0.081 54 E 0.021 0.105 0.215 0.256 0.204 0.168 0.030 55 V 0.008 0.021 0.059 0.198 0.421 0.264 0.029 56 N 0.112 0.322 0.298 0.181 0.068 0.017 0.001 57 G 0.289 0.341 0.203 0.121 0.038 0.008 0.001 58 Q 0.321 0.380 0.183 0.085 0.025 0.005 0.001 59 N 0.257 0.372 0.218 0.108 0.037 0.007 0.001 60 V 0.031 0.059 0.177 0.370 0.295 0.066 0.002 61 E 0.335 0.400 0.171 0.073 0.018 0.003 0.001 62 G 0.340 0.383 0.182 0.072 0.019 0.003 0.001 63 L 0.082 0.153 0.221 0.278 0.196 0.065 0.004 64 R 0.138 0.411 0.263 0.139 0.041 0.007 0.001 65 H 0.015 0.095 0.248 0.332 0.244 0.063 0.003 66 A 0.346 0.445 0.165 0.038 0.006 0.001 0.001 67 E 0.067 0.430 0.353 0.123 0.024 0.003 0.001 68 V 0.001 0.004 0.019 0.126 0.515 0.324 0.011 69 V 0.003 0.048 0.197 0.411 0.282 0.057 0.002 70 A 0.072 0.585 0.241 0.071 0.023 0.007 0.001 71 S 0.002 0.029 0.283 0.503 0.164 0.019 0.001 72 I 0.002 0.006 0.016 0.122 0.480 0.364 0.010 73 K 0.085 0.394 0.351 0.137 0.029 0.004 0.001 74 A 0.526 0.370 0.083 0.018 0.002 0.001 0.001 75 R 0.228 0.348 0.267 0.133 0.022 0.002 0.001 76 E 0.496 0.320 0.124 0.048 0.011 0.001 0.001 77 D 0.645 0.270 0.062 0.019 0.003 0.001 0.001 78 E 0.204 0.429 0.246 0.101 0.019 0.002 0.001 79 A 0.027 0.077 0.163 0.319 0.316 0.092 0.005 80 R 0.017 0.092 0.202 0.305 0.267 0.107 0.009 81 L 0.012 0.018 0.049 0.165 0.332 0.373 0.051 82 L 0.019 0.061 0.151 0.268 0.308 0.177 0.015 83 V 0.014 0.026 0.058 0.150 0.303 0.398 0.051 84 V 0.041 0.091 0.188 0.318 0.284 0.074 0.003 85 G 0.194 0.314 0.281 0.156 0.048 0.006 0.001 86 P 0.577 0.275 0.102 0.038 0.007 0.001 0.001 87 S 0.726 0.190 0.055 0.022 0.006 0.001 0.001 88 T 0.775 0.150 0.054 0.018 0.003 0.001 0.001 89 R 0.887 0.088 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 90 L 0.804 0.124 0.043 0.020 0.007 0.001 0.001