# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.005 0.900 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.044 0.024 0.002 0.015 2 M 0.001 0.011 0.792 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.074 0.060 0.020 0.015 3 L 0.001 0.016 0.501 0.017 0.015 0.003 0.001 0.001 0.004 0.299 0.082 0.008 0.053 4 R 0.002 0.010 0.508 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.229 0.016 0.184 0.027 5 P 0.004 0.004 0.567 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.030 0.051 0.007 0.004 0.315 6 R 0.052 0.003 0.177 0.030 0.001 0.001 0.028 0.002 0.091 0.044 0.001 0.531 0.039 7 L 0.217 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.113 0.010 0.097 0.002 0.001 0.031 0.493 8 C 0.388 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.175 0.023 0.076 0.002 0.001 0.250 0.050 9 H 0.389 0.001 0.050 0.005 0.001 0.001 0.158 0.017 0.087 0.001 0.001 0.066 0.225 10 L 0.243 0.002 0.095 0.010 0.001 0.001 0.091 0.011 0.118 0.005 0.002 0.189 0.234 11 R 0.130 0.005 0.268 0.046 0.002 0.001 0.032 0.002 0.085 0.059 0.015 0.135 0.220 12 K 0.042 0.031 0.289 0.006 0.003 0.001 0.011 0.001 0.041 0.143 0.019 0.114 0.300 13 G 0.001 0.019 0.600 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.209 0.030 0.061 0.060 14 P 0.001 0.004 0.289 0.010 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.421 0.004 0.028 15 Q 0.002 0.006 0.109 0.007 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.447 0.030 0.010 16 G 0.012 0.015 0.288 0.008 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.286 0.213 0.048 0.091 17 Y 0.090 0.010 0.370 0.041 0.011 0.001 0.007 0.001 0.004 0.123 0.049 0.054 0.239 18 G 0.436 0.004 0.065 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.015 0.004 0.284 0.161 19 F 0.631 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.003 0.005 0.001 0.100 0.222 20 N 0.585 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.032 0.001 0.006 0.002 0.001 0.284 0.069 21 L 0.599 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.053 0.002 0.007 0.002 0.002 0.037 0.281 22 H 0.555 0.003 0.030 0.036 0.001 0.001 0.044 0.002 0.008 0.008 0.006 0.227 0.079 23 S 0.176 0.006 0.121 0.013 0.003 0.001 0.014 0.001 0.013 0.076 0.030 0.196 0.351 24 D 0.020 0.006 0.250 0.017 0.012 0.001 0.003 0.001 0.011 0.310 0.156 0.065 0.149 25 K 0.006 0.017 0.156 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.004 0.333 0.361 0.034 0.052 26 S 0.003 0.021 0.200 0.007 0.025 0.002 0.001 0.001 0.003 0.449 0.238 0.024 0.027 27 R 0.001 0.009 0.439 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.406 0.074 0.021 0.018 28 P 0.002 0.007 0.211 0.044 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.338 0.003 0.038 29 G 0.024 0.008 0.231 0.018 0.022 0.002 0.006 0.001 0.006 0.259 0.214 0.175 0.037 30 Q 0.149 0.014 0.203 0.011 0.005 0.001 0.043 0.004 0.029 0.042 0.006 0.045 0.449 31 Y 0.316 0.011 0.041 0.003 0.001 0.001 0.089 0.009 0.028 0.002 0.001 0.428 0.071 32 I 0.151 0.006 0.094 0.017 0.003 0.002 0.091 0.010 0.060 0.004 0.002 0.038 0.520 33 R 0.074 0.001 0.103 0.442 0.003 0.001 0.046 0.009 0.083 0.022 0.006 0.160 0.050 34 S 0.084 0.004 0.131 0.013 0.002 0.001 0.047 0.005 0.147 0.048 0.005 0.205 0.308 35 V 0.029 0.038 0.189 0.007 0.002 0.001 0.023 0.013 0.210 0.022 0.002 0.056 0.409 36 D 0.001 0.021 0.762 0.027 0.003 0.002 0.001 0.001 0.062 0.044 0.004 0.044 0.029 37 P 0.001 0.001 0.029 0.002 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.109 0.819 0.001 0.002 38 G 0.001 0.001 0.083 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.772 0.001 0.001 39 S 0.001 0.019 0.672 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.266 0.011 0.003 0.003 40 P 0.001 0.032 0.260 0.001 0.065 0.349 0.001 0.001 0.003 0.037 0.244 0.001 0.007 41 A 0.001 0.014 0.075 0.001 0.194 0.387 0.001 0.003 0.003 0.069 0.248 0.002 0.003 42 A 0.002 0.024 0.098 0.004 0.271 0.377 0.001 0.003 0.003 0.060 0.152 0.002 0.004 43 R 0.003 0.017 0.121 0.001 0.222 0.350 0.001 0.003 0.004 0.046 0.218 0.004 0.010 44 S 0.001 0.003 0.035 0.002 0.035 0.103 0.001 0.001 0.001 0.060 0.758 0.001 0.002 45 G 0.001 0.004 0.132 0.006 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.137 0.690 0.004 0.002 46 L 0.001 0.033 0.800 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.129 0.007 0.008 0.012 47 R 0.001 0.025 0.888 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.042 0.006 0.007 0.021 48 A 0.001 0.012 0.067 0.016 0.202 0.072 0.001 0.001 0.002 0.089 0.517 0.004 0.016 49 Q 0.001 0.002 0.063 0.055 0.119 0.014 0.001 0.001 0.001 0.094 0.631 0.011 0.008 50 D 0.007 0.002 0.401 0.019 0.157 0.028 0.002 0.001 0.008 0.137 0.082 0.022 0.137 51 R 0.157 0.029 0.150 0.042 0.014 0.025 0.019 0.004 0.028 0.085 0.031 0.177 0.238 52 L 0.194 0.027 0.056 0.013 0.002 0.033 0.047 0.047 0.067 0.014 0.009 0.163 0.328 53 I 0.283 0.003 0.078 0.234 0.001 0.018 0.031 0.025 0.036 0.019 0.014 0.061 0.196 54 E 0.748 0.001 0.017 0.004 0.003 0.014 0.050 0.009 0.010 0.004 0.018 0.051 0.073 55 V 0.569 0.006 0.014 0.001 0.003 0.006 0.030 0.003 0.008 0.004 0.005 0.183 0.168 56 N 0.009 0.001 0.014 0.113 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.032 0.761 0.037 0.011 57 G 0.005 0.001 0.007 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.841 0.001 0.010 58 Q 0.045 0.016 0.114 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.011 0.001 0.754 0.042 59 N 0.020 0.070 0.089 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.027 0.004 0.001 0.009 0.758 60 V 0.033 0.016 0.405 0.145 0.047 0.018 0.024 0.013 0.019 0.029 0.087 0.122 0.043 61 E 0.003 0.006 0.044 0.010 0.048 0.013 0.003 0.004 0.004 0.112 0.727 0.007 0.018 62 G 0.002 0.001 0.093 0.021 0.022 0.003 0.001 0.001 0.004 0.191 0.642 0.006 0.014 63 L 0.004 0.042 0.669 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.125 0.003 0.104 0.042 64 R 0.002 0.086 0.675 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.028 0.002 0.008 0.183 65 H 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 73 K 0.001 0.002 0.010 0.001 0.011 0.812 0.001 0.001 0.001 0.012 0.151 0.001 0.001 74 A 0.001 0.002 0.053 0.001 0.014 0.360 0.001 0.001 0.001 0.078 0.488 0.001 0.003 75 R 0.001 0.003 0.267 0.001 0.024 0.067 0.001 0.001 0.001 0.218 0.417 0.001 0.002 76 E 0.001 0.002 0.185 0.004 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.199 0.561 0.001 0.001 77 D 0.001 0.003 0.274 0.007 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.444 0.227 0.006 0.008 78 E 0.026 0.011 0.424 0.017 0.010 0.001 0.011 0.001 0.026 0.156 0.066 0.041 0.210 79 A 0.282 0.005 0.089 0.004 0.001 0.001 0.066 0.006 0.034 0.015 0.001 0.318 0.180 80 R 0.601 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.087 0.005 0.010 0.002 0.001 0.134 0.133 81 L 0.753 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.100 0.004 0.006 0.001 0.001 0.052 0.077 82 L 0.757 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.121 0.003 0.006 0.001 0.001 0.072 0.037 83 V 0.583 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.159 0.001 0.010 0.001 0.001 0.049 0.188 84 V 0.261 0.004 0.143 0.029 0.001 0.001 0.060 0.001 0.037 0.014 0.001 0.264 0.187 85 G 0.016 0.010 0.520 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 0.096 0.005 0.064 0.236 86 P 0.001 0.007 0.557 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.205 0.129 0.017 0.051 87 S 0.001 0.006 0.469 0.008 0.024 0.003 0.001 0.001 0.005 0.225 0.229 0.009 0.021 88 T 0.002 0.015 0.511 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.005 0.309 0.071 0.031 0.027 89 R 0.002 0.024 0.796 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.079 0.014 0.015 0.053 90 L 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.015