# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.093 0.002 0.001 0.004 0.010 0.015 0.077 0.003 0.001 0.038 0.757 2 M 0.019 0.001 0.001 0.011 0.013 0.025 0.105 0.001 0.001 0.024 0.802 3 L 0.010 0.001 0.001 0.011 0.028 0.032 0.119 0.001 0.001 0.030 0.768 4 R 0.008 0.001 0.001 0.030 0.116 0.083 0.168 0.004 0.001 0.039 0.551 5 P 0.003 0.001 0.001 0.072 0.046 0.071 0.135 0.001 0.001 0.028 0.644 6 R 0.001 0.001 0.001 0.276 0.191 0.343 0.031 0.001 0.001 0.051 0.106 7 L 0.001 0.001 0.001 0.333 0.139 0.251 0.028 0.001 0.001 0.060 0.187 8 C 0.001 0.001 0.001 0.432 0.277 0.183 0.011 0.001 0.001 0.022 0.074 9 H 0.003 0.001 0.001 0.420 0.146 0.277 0.022 0.001 0.001 0.046 0.084 10 L 0.011 0.001 0.001 0.243 0.146 0.190 0.050 0.001 0.001 0.056 0.302 11 R 0.006 0.001 0.001 0.139 0.133 0.222 0.104 0.001 0.001 0.042 0.351 12 K 0.008 0.001 0.002 0.032 0.025 0.059 0.124 0.001 0.002 0.024 0.723 13 G 0.460 0.003 0.002 0.015 0.025 0.024 0.071 0.010 0.003 0.093 0.293 14 P 0.069 0.001 0.003 0.009 0.003 0.008 0.096 0.001 0.001 0.111 0.699 15 Q 0.006 0.001 0.001 0.012 0.016 0.055 0.133 0.001 0.001 0.051 0.725 16 G 0.009 0.001 0.001 0.025 0.088 0.143 0.118 0.001 0.001 0.090 0.525 17 Y 0.002 0.001 0.001 0.042 0.181 0.238 0.079 0.001 0.001 0.091 0.366 18 G 0.001 0.001 0.001 0.069 0.205 0.419 0.040 0.001 0.001 0.089 0.177 19 F 0.001 0.001 0.001 0.132 0.296 0.285 0.034 0.001 0.001 0.070 0.181 20 N 0.003 0.001 0.001 0.276 0.199 0.315 0.036 0.001 0.001 0.071 0.099 21 L 0.018 0.001 0.001 0.170 0.165 0.306 0.049 0.001 0.001 0.091 0.198 22 H 0.048 0.002 0.001 0.132 0.080 0.149 0.111 0.001 0.001 0.071 0.403 23 S 0.009 0.001 0.001 0.035 0.023 0.073 0.144 0.004 0.001 0.041 0.669 24 D 0.296 0.002 0.002 0.021 0.020 0.024 0.104 0.002 0.002 0.065 0.462 25 K 0.029 0.001 0.002 0.014 0.017 0.026 0.136 0.002 0.001 0.050 0.722 26 S 0.030 0.001 0.001 0.006 0.009 0.016 0.130 0.002 0.001 0.024 0.783 27 R 0.033 0.001 0.001 0.010 0.031 0.033 0.176 0.003 0.001 0.043 0.670 28 P 0.002 0.001 0.001 0.022 0.054 0.113 0.187 0.002 0.001 0.037 0.582 29 G 0.001 0.001 0.001 0.077 0.125 0.451 0.059 0.001 0.001 0.072 0.215 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.242 0.216 0.299 0.025 0.001 0.001 0.057 0.160 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.232 0.297 0.345 0.012 0.001 0.001 0.046 0.068 32 I 0.001 0.001 0.001 0.217 0.273 0.287 0.020 0.001 0.001 0.047 0.154 33 R 0.004 0.001 0.001 0.256 0.224 0.229 0.040 0.001 0.001 0.070 0.176 34 S 0.006 0.001 0.001 0.165 0.138 0.227 0.102 0.001 0.001 0.073 0.287 35 V 0.015 0.001 0.001 0.140 0.045 0.094 0.137 0.002 0.001 0.032 0.534 36 D 0.396 0.009 0.001 0.044 0.030 0.023 0.100 0.003 0.001 0.068 0.327 37 P 0.009 0.008 0.001 0.015 0.004 0.007 0.153 0.002 0.001 0.023 0.777 38 G 0.012 0.157 0.001 0.006 0.006 0.006 0.091 0.007 0.001 0.008 0.707 39 S 0.107 0.753 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.036 0.001 0.007 0.074 40 P 0.024 0.751 0.005 0.002 0.001 0.002 0.019 0.004 0.002 0.087 0.103 41 A 0.071 0.071 0.397 0.001 0.003 0.005 0.016 0.006 0.130 0.212 0.088 42 A 0.842 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.001 0.031 0.082 43 R 0.187 0.017 0.001 0.003 0.002 0.007 0.051 0.008 0.001 0.034 0.688 44 S 0.012 0.010 0.001 0.007 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 0.004 0.904 45 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.049 0.133 0.004 0.001 0.017 0.760 46 L 0.016 0.002 0.001 0.004 0.009 0.006 0.077 0.002 0.001 0.015 0.866 47 R 0.512 0.025 0.002 0.042 0.013 0.021 0.059 0.009 0.001 0.075 0.239 48 A 0.092 0.008 0.003 0.027 0.002 0.011 0.100 0.001 0.001 0.061 0.695 49 Q 0.010 0.010 0.001 0.155 0.030 0.096 0.143 0.004 0.001 0.036 0.516 50 D 0.006 0.005 0.001 0.134 0.155 0.210 0.091 0.002 0.001 0.077 0.320 51 R 0.001 0.002 0.001 0.203 0.176 0.394 0.035 0.001 0.001 0.058 0.130 52 L 0.001 0.001 0.001 0.145 0.217 0.410 0.024 0.001 0.001 0.051 0.151 53 I 0.001 0.001 0.001 0.109 0.402 0.359 0.017 0.001 0.001 0.034 0.076 54 E 0.012 0.001 0.002 0.134 0.209 0.398 0.028 0.001 0.001 0.098 0.117 55 V 0.285 0.001 0.001 0.062 0.093 0.093 0.060 0.006 0.001 0.115 0.284 56 N 0.035 0.001 0.001 0.049 0.029 0.048 0.110 0.003 0.001 0.041 0.683 57 G 0.009 0.001 0.001 0.026 0.018 0.044 0.132 0.002 0.001 0.022 0.745 58 Q 0.013 0.001 0.001 0.083 0.124 0.097 0.159 0.004 0.001 0.041 0.478 59 N 0.083 0.011 0.002 0.124 0.047 0.063 0.109 0.005 0.001 0.091 0.464 60 V 0.157 0.019 0.002 0.066 0.029 0.037 0.127 0.005 0.001 0.076 0.481 61 E 0.020 0.014 0.001 0.049 0.022 0.050 0.185 0.005 0.001 0.029 0.624 62 G 0.045 0.071 0.001 0.033 0.016 0.035 0.151 0.002 0.001 0.055 0.589 63 L 0.024 0.107 0.002 0.047 0.035 0.045 0.151 0.004 0.001 0.087 0.497 64 R 0.023 0.626 0.001 0.007 0.006 0.009 0.047 0.004 0.001 0.109 0.167 65 H 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.014 66 A 0.016 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.047 0.027 67 E 0.003 0.592 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.369 0.022 68 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 69 V 0.008 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.010 70 A 0.017 0.772 0.011 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.125 0.054 71 S 0.107 0.479 0.027 0.002 0.001 0.002 0.033 0.011 0.016 0.183 0.139 72 I 0.120 0.048 0.244 0.003 0.001 0.002 0.040 0.035 0.199 0.155 0.154 73 K 0.304 0.008 0.007 0.003 0.001 0.002 0.075 0.004 0.010 0.025 0.562 74 A 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.063 0.001 0.001 0.013 0.887 75 R 0.013 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.194 0.003 0.001 0.028 0.751 76 E 0.013 0.001 0.001 0.019 0.003 0.009 0.161 0.001 0.001 0.046 0.746 77 D 0.003 0.001 0.001 0.124 0.068 0.138 0.112 0.001 0.001 0.060 0.491 78 E 0.001 0.001 0.001 0.166 0.047 0.202 0.071 0.001 0.001 0.083 0.429 79 A 0.001 0.001 0.001 0.405 0.204 0.183 0.021 0.001 0.001 0.052 0.133 80 R 0.001 0.001 0.001 0.410 0.197 0.300 0.008 0.001 0.001 0.049 0.036 81 L 0.001 0.001 0.001 0.374 0.221 0.273 0.008 0.001 0.001 0.030 0.094 82 L 0.001 0.001 0.001 0.337 0.255 0.320 0.010 0.001 0.001 0.026 0.050 83 V 0.001 0.001 0.001 0.123 0.258 0.389 0.031 0.001 0.001 0.043 0.153 84 V 0.011 0.001 0.001 0.122 0.122 0.153 0.070 0.001 0.002 0.035 0.483 85 G 0.140 0.001 0.002 0.039 0.033 0.035 0.127 0.011 0.003 0.084 0.526 86 P 0.090 0.001 0.001 0.012 0.005 0.006 0.090 0.003 0.001 0.042 0.748 87 S 0.043 0.001 0.001 0.007 0.010 0.015 0.092 0.004 0.001 0.026 0.802 88 T 0.032 0.001 0.001 0.008 0.021 0.028 0.094 0.003 0.001 0.029 0.783 89 R 0.019 0.003 0.001 0.012 0.026 0.041 0.127 0.002 0.001 0.025 0.742 90 L 0.040 0.005 0.001 0.016 0.044 0.051 0.129 0.006 0.001 0.031 0.675