# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.114 0.002 0.006 0.022 0.029 0.062 0.027 0.737 2 M 0.018 0.001 0.006 0.011 0.036 0.100 0.019 0.808 3 L 0.018 0.001 0.016 0.019 0.047 0.107 0.028 0.764 4 R 0.052 0.002 0.034 0.104 0.142 0.108 0.047 0.512 5 P 0.004 0.001 0.050 0.047 0.100 0.071 0.023 0.704 6 R 0.002 0.001 0.221 0.200 0.375 0.037 0.023 0.140 7 L 0.002 0.001 0.171 0.200 0.357 0.021 0.038 0.210 8 C 0.003 0.001 0.204 0.388 0.248 0.015 0.023 0.118 9 H 0.005 0.001 0.180 0.308 0.363 0.019 0.020 0.105 10 L 0.017 0.001 0.076 0.279 0.252 0.048 0.029 0.299 11 R 0.011 0.001 0.075 0.163 0.220 0.081 0.050 0.398 12 K 0.029 0.001 0.021 0.038 0.049 0.093 0.021 0.750 13 G 0.577 0.004 0.007 0.021 0.022 0.056 0.043 0.269 14 P 0.045 0.002 0.011 0.009 0.014 0.102 0.028 0.788 15 Q 0.050 0.002 0.033 0.016 0.079 0.171 0.019 0.630 16 G 0.026 0.002 0.035 0.044 0.084 0.103 0.078 0.628 17 Y 0.003 0.001 0.138 0.140 0.184 0.124 0.026 0.382 18 G 0.003 0.001 0.269 0.103 0.330 0.042 0.048 0.203 19 F 0.003 0.001 0.182 0.298 0.218 0.034 0.045 0.219 20 N 0.003 0.001 0.557 0.160 0.188 0.014 0.033 0.043 21 L 0.028 0.002 0.145 0.185 0.254 0.056 0.058 0.272 22 H 0.030 0.002 0.226 0.166 0.177 0.062 0.065 0.272 23 S 0.035 0.002 0.047 0.046 0.087 0.100 0.032 0.651 24 D 0.108 0.002 0.024 0.043 0.073 0.131 0.059 0.560 25 K 0.012 0.001 0.018 0.025 0.041 0.127 0.031 0.745 26 S 0.056 0.002 0.017 0.013 0.030 0.110 0.041 0.733 27 R 0.218 0.004 0.021 0.037 0.032 0.118 0.089 0.480 28 P 0.009 0.002 0.038 0.025 0.058 0.131 0.020 0.715 29 G 0.003 0.001 0.147 0.055 0.343 0.073 0.044 0.333 30 Q 0.001 0.001 0.143 0.253 0.384 0.026 0.069 0.124 31 Y 0.003 0.001 0.247 0.343 0.281 0.015 0.031 0.078 32 I 0.004 0.001 0.191 0.268 0.319 0.024 0.020 0.173 33 R 0.012 0.002 0.211 0.183 0.244 0.059 0.035 0.253 34 S 0.008 0.001 0.209 0.135 0.205 0.076 0.040 0.325 35 V 0.033 0.002 0.040 0.056 0.067 0.078 0.015 0.709 36 D 0.757 0.010 0.018 0.023 0.016 0.038 0.038 0.100 37 P 0.020 0.019 0.005 0.008 0.017 0.135 0.005 0.791 38 G 0.004 0.014 0.003 0.001 0.003 0.030 0.002 0.942 39 S 0.252 0.517 0.007 0.023 0.008 0.035 0.051 0.107 40 P 0.294 0.233 0.032 0.017 0.014 0.067 0.190 0.154 41 A 0.299 0.101 0.040 0.023 0.028 0.051 0.146 0.312 42 A 0.701 0.022 0.007 0.004 0.008 0.032 0.021 0.204 43 R 0.065 0.008 0.003 0.005 0.008 0.060 0.025 0.826 44 S 0.009 0.011 0.011 0.008 0.028 0.106 0.012 0.814 45 G 0.017 0.016 0.027 0.021 0.047 0.150 0.055 0.668 46 L 0.038 0.019 0.047 0.054 0.026 0.156 0.043 0.618 47 R 0.355 0.073 0.055 0.017 0.021 0.080 0.100 0.299 48 A 0.138 0.130 0.022 0.011 0.018 0.088 0.054 0.539 49 Q 0.043 0.071 0.054 0.018 0.076 0.111 0.111 0.515 50 D 0.016 0.044 0.048 0.083 0.166 0.096 0.133 0.414 51 R 0.006 0.015 0.127 0.276 0.358 0.042 0.045 0.131 52 L 0.009 0.008 0.095 0.190 0.347 0.053 0.067 0.230 53 I 0.003 0.002 0.132 0.337 0.375 0.027 0.051 0.072 54 E 0.039 0.002 0.069 0.148 0.313 0.064 0.036 0.329 55 V 0.398 0.004 0.021 0.122 0.085 0.065 0.082 0.224 56 N 0.019 0.003 0.012 0.021 0.056 0.132 0.009 0.749 57 G 0.012 0.002 0.011 0.009 0.044 0.096 0.010 0.815 58 Q 0.015 0.005 0.048 0.154 0.102 0.145 0.058 0.473 59 N 0.116 0.016 0.035 0.052 0.060 0.108 0.049 0.565 60 V 0.455 0.019 0.025 0.044 0.032 0.050 0.061 0.314 61 E 0.029 0.024 0.026 0.020 0.038 0.087 0.026 0.750 62 G 0.021 0.056 0.013 0.010 0.031 0.066 0.024 0.780 63 L 0.019 0.171 0.026 0.091 0.049 0.124 0.043 0.476 64 R 0.018 0.866 0.003 0.006 0.006 0.013 0.019 0.069 65 H 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 66 A 0.003 0.967 0.001 0.002 0.002 0.002 0.013 0.010 67 E 0.004 0.724 0.004 0.005 0.005 0.004 0.242 0.012 68 V 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 69 V 0.009 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 70 A 0.011 0.880 0.008 0.008 0.007 0.006 0.028 0.053 71 S 0.085 0.462 0.025 0.011 0.012 0.033 0.214 0.158 72 I 0.309 0.099 0.043 0.036 0.013 0.035 0.316 0.149 73 K 0.141 0.013 0.013 0.013 0.016 0.066 0.095 0.643 74 A 0.034 0.001 0.003 0.001 0.002 0.044 0.022 0.894 75 R 0.142 0.002 0.008 0.006 0.008 0.092 0.038 0.704 76 E 0.039 0.001 0.009 0.003 0.007 0.090 0.015 0.836 77 D 0.011 0.001 0.054 0.020 0.085 0.155 0.021 0.652 78 E 0.002 0.001 0.193 0.068 0.189 0.076 0.039 0.432 79 A 0.001 0.001 0.214 0.296 0.254 0.026 0.028 0.179 80 R 0.001 0.001 0.266 0.291 0.334 0.010 0.027 0.071 81 L 0.001 0.001 0.183 0.338 0.364 0.009 0.014 0.091 82 L 0.001 0.001 0.203 0.396 0.362 0.005 0.007 0.027 83 V 0.001 0.001 0.102 0.309 0.390 0.021 0.015 0.161 84 V 0.005 0.001 0.098 0.275 0.297 0.049 0.024 0.252 85 G 0.058 0.002 0.032 0.126 0.131 0.091 0.049 0.512 86 P 0.185 0.006 0.011 0.023 0.026 0.090 0.042 0.616 87 S 0.131 0.008 0.011 0.017 0.027 0.095 0.034 0.678 88 T 0.060 0.008 0.010 0.016 0.029 0.115 0.041 0.722 89 R 0.037 0.009 0.015 0.033 0.056 0.127 0.043 0.679 90 L 0.035 0.011 0.016 0.041 0.067 0.102 0.051 0.677