# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.432 0.248 0.062 0.106 0.055 0.034 0.024 0.014 0.012 0.007 0.005 2 M 0.499 0.147 0.045 0.120 0.073 0.046 0.032 0.016 0.012 0.007 0.005 3 L 0.302 0.159 0.041 0.092 0.084 0.089 0.087 0.055 0.048 0.027 0.015 4 R 0.137 0.404 0.093 0.231 0.079 0.029 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 5 P 0.251 0.079 0.044 0.112 0.104 0.096 0.102 0.071 0.061 0.048 0.031 6 R 0.068 0.098 0.057 0.186 0.148 0.132 0.158 0.074 0.051 0.021 0.008 7 L 0.019 0.064 0.073 0.418 0.227 0.102 0.055 0.020 0.013 0.007 0.003 8 C 0.004 0.005 0.005 0.013 0.016 0.031 0.104 0.152 0.260 0.247 0.161 9 H 0.016 0.116 0.123 0.390 0.230 0.076 0.036 0.009 0.003 0.001 0.001 10 L 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.013 0.054 0.110 0.234 0.294 0.281 11 R 0.021 0.101 0.067 0.411 0.253 0.096 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 12 K 0.053 0.067 0.030 0.093 0.105 0.140 0.205 0.121 0.102 0.059 0.025 13 G 0.118 0.161 0.069 0.244 0.152 0.103 0.077 0.033 0.022 0.012 0.008 14 P 0.554 0.187 0.046 0.103 0.052 0.025 0.017 0.006 0.004 0.003 0.002 15 Q 0.357 0.204 0.046 0.199 0.099 0.046 0.028 0.010 0.006 0.003 0.002 16 G 0.050 0.092 0.037 0.187 0.186 0.159 0.126 0.068 0.050 0.031 0.016 17 Y 0.003 0.009 0.007 0.044 0.073 0.107 0.206 0.179 0.185 0.119 0.068 18 G 0.008 0.035 0.033 0.162 0.185 0.169 0.178 0.098 0.065 0.040 0.028 19 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.075 0.134 0.231 0.283 0.246 20 N 0.016 0.051 0.041 0.278 0.246 0.134 0.123 0.056 0.032 0.014 0.009 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.071 0.196 0.314 0.385 22 H 0.009 0.056 0.049 0.303 0.255 0.151 0.110 0.036 0.021 0.007 0.004 23 S 0.034 0.046 0.021 0.086 0.098 0.122 0.213 0.148 0.122 0.075 0.036 24 D 0.274 0.223 0.088 0.224 0.095 0.045 0.027 0.010 0.007 0.004 0.003 25 K 0.249 0.168 0.054 0.187 0.132 0.086 0.066 0.024 0.016 0.010 0.008 26 S 0.310 0.192 0.046 0.135 0.088 0.065 0.061 0.035 0.029 0.020 0.019 27 R 0.236 0.177 0.055 0.180 0.125 0.091 0.068 0.029 0.020 0.012 0.007 28 P 0.218 0.167 0.078 0.194 0.139 0.088 0.062 0.023 0.017 0.009 0.005 29 G 0.061 0.066 0.040 0.173 0.174 0.134 0.132 0.078 0.070 0.044 0.028 30 Q 0.001 0.005 0.005 0.032 0.065 0.108 0.204 0.190 0.182 0.140 0.069 31 Y 0.003 0.018 0.024 0.130 0.189 0.184 0.209 0.116 0.074 0.036 0.017 32 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.042 0.094 0.179 0.248 0.417 33 R 0.016 0.031 0.033 0.150 0.196 0.165 0.205 0.101 0.058 0.028 0.015 34 S 0.059 0.157 0.076 0.292 0.182 0.093 0.076 0.032 0.021 0.009 0.004 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.034 0.071 0.169 0.267 0.439 36 D 0.060 0.196 0.086 0.288 0.177 0.094 0.061 0.018 0.011 0.005 0.004 37 P 0.216 0.188 0.059 0.199 0.121 0.079 0.071 0.032 0.019 0.010 0.005 38 G 0.500 0.115 0.042 0.119 0.082 0.056 0.036 0.017 0.013 0.010 0.009 39 S 0.070 0.165 0.041 0.133 0.105 0.096 0.115 0.078 0.081 0.061 0.055 40 P 0.138 0.153 0.054 0.153 0.134 0.113 0.110 0.058 0.044 0.026 0.016 41 A 0.048 0.019 0.010 0.029 0.034 0.046 0.088 0.108 0.190 0.200 0.230 42 A 0.059 0.105 0.103 0.251 0.189 0.120 0.083 0.035 0.025 0.016 0.013 43 R 0.079 0.090 0.102 0.206 0.169 0.125 0.102 0.049 0.038 0.022 0.017 44 S 0.082 0.036 0.028 0.053 0.061 0.090 0.184 0.144 0.139 0.104 0.079 45 G 0.357 0.241 0.080 0.160 0.078 0.041 0.023 0.008 0.006 0.003 0.002 46 L 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.033 0.061 0.156 0.225 0.507 47 R 0.186 0.276 0.096 0.177 0.104 0.067 0.048 0.018 0.012 0.007 0.009 48 A 0.096 0.134 0.064 0.210 0.155 0.122 0.116 0.048 0.030 0.015 0.008 49 Q 0.385 0.186 0.075 0.174 0.097 0.041 0.019 0.006 0.006 0.004 0.005 50 D 0.002 0.009 0.008 0.044 0.071 0.114 0.223 0.196 0.168 0.106 0.060 51 R 0.008 0.035 0.031 0.198 0.247 0.202 0.175 0.058 0.030 0.012 0.006 52 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.030 0.068 0.157 0.250 0.477 53 I 0.002 0.004 0.009 0.037 0.062 0.107 0.229 0.176 0.179 0.124 0.072 54 E 0.004 0.020 0.028 0.103 0.108 0.100 0.179 0.144 0.148 0.095 0.071 55 V 0.001 0.002 0.003 0.008 0.013 0.025 0.072 0.117 0.231 0.287 0.242 56 N 0.009 0.045 0.048 0.224 0.225 0.178 0.155 0.062 0.034 0.014 0.007 57 G 0.316 0.223 0.069 0.167 0.094 0.053 0.043 0.017 0.010 0.005 0.004 58 Q 0.056 0.096 0.068 0.249 0.210 0.144 0.110 0.038 0.018 0.008 0.004 59 N 0.225 0.314 0.079 0.208 0.104 0.039 0.019 0.005 0.003 0.002 0.001 60 V 0.004 0.002 0.001 0.005 0.008 0.017 0.054 0.082 0.207 0.231 0.389 61 E 0.153 0.208 0.093 0.215 0.145 0.091 0.065 0.016 0.008 0.003 0.002 62 G 0.358 0.232 0.064 0.180 0.079 0.043 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 63 L 0.005 0.006 0.004 0.020 0.042 0.075 0.194 0.201 0.185 0.148 0.120 64 R 0.056 0.728 0.065 0.099 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 65 H 0.007 0.010 0.008 0.055 0.159 0.234 0.260 0.133 0.081 0.037 0.015 66 A 0.687 0.143 0.041 0.055 0.033 0.019 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 67 E 0.004 0.044 0.067 0.516 0.237 0.090 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.032 0.086 0.218 0.298 0.357 69 V 0.001 0.001 0.014 0.040 0.111 0.267 0.301 0.134 0.082 0.037 0.013 70 A 0.005 0.022 0.713 0.172 0.049 0.020 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.007 0.028 0.087 0.225 0.408 0.140 0.063 0.029 0.012 72 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.053 0.193 0.331 0.400 73 K 0.002 0.013 0.072 0.213 0.289 0.210 0.140 0.037 0.016 0.006 0.003 74 A 0.017 0.065 0.558 0.160 0.091 0.061 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 75 R 0.011 0.024 0.017 0.069 0.102 0.199 0.348 0.120 0.059 0.032 0.019 76 E 0.663 0.162 0.042 0.069 0.029 0.015 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 77 D 0.121 0.137 0.059 0.197 0.141 0.116 0.121 0.051 0.032 0.015 0.009 78 E 0.053 0.168 0.138 0.374 0.178 0.066 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.053 0.135 0.283 0.282 0.235 80 R 0.004 0.056 0.062 0.453 0.297 0.100 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.075 0.228 0.338 0.327 82 L 0.009 0.030 0.024 0.286 0.339 0.179 0.097 0.025 0.009 0.002 0.001 83 V 0.002 0.004 0.002 0.004 0.007 0.016 0.068 0.139 0.286 0.284 0.188 84 V 0.019 0.075 0.052 0.331 0.257 0.136 0.080 0.027 0.014 0.006 0.002 85 G 0.125 0.133 0.040 0.127 0.122 0.123 0.154 0.084 0.054 0.027 0.011 86 P 0.268 0.199 0.056 0.187 0.118 0.069 0.051 0.026 0.015 0.008 0.003 87 S 0.513 0.233 0.036 0.095 0.055 0.030 0.020 0.008 0.006 0.003 0.002 88 T 0.484 0.158 0.034 0.102 0.068 0.050 0.041 0.025 0.020 0.012 0.006 89 R 0.335 0.260 0.056 0.140 0.084 0.051 0.034 0.017 0.013 0.006 0.003 90 L 0.365 0.221 0.068 0.127 0.074 0.052 0.039 0.021 0.017 0.010 0.006