# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.057 0.912 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.966 3 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.003 0.112 0.809 4 R 0.114 0.002 0.002 0.001 0.009 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.009 0.100 0.588 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 6 R 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.003 0.020 0.104 7 L 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.003 0.151 0.559 8 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.001 0.005 0.036 9 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.864 0.001 0.026 0.098 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.037 0.022 0.707 0.002 0.025 0.181 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.219 0.294 0.037 0.007 0.367 0.001 0.014 0.052 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.046 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.258 0.002 0.077 0.591 13 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.290 0.023 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.225 0.004 0.068 0.278 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 Q 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.002 0.172 0.744 16 G 0.505 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.033 0.035 0.377 17 Y 0.073 0.005 0.015 0.022 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.009 0.203 0.463 18 G 0.007 0.001 0.002 0.001 0.172 0.024 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.526 0.002 0.059 0.184 19 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.153 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.001 0.053 0.192 20 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.040 0.838 0.001 0.013 0.047 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.103 0.050 0.674 0.001 0.017 0.135 22 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.024 0.124 0.025 0.025 0.636 0.003 0.027 0.107 23 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.017 0.023 0.042 0.014 0.026 0.016 0.246 0.008 0.109 0.481 24 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.007 0.002 0.058 0.006 0.016 0.002 0.001 0.160 0.018 0.129 0.562 25 K 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.005 0.123 0.706 26 S 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.007 0.137 0.678 27 R 0.214 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.124 0.586 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 G 0.014 0.001 0.001 0.002 0.064 0.069 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.006 0.084 0.519 30 Q 0.051 0.003 0.005 0.003 0.018 0.052 0.073 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.005 0.072 0.356 31 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.023 0.007 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.001 0.041 0.211 32 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.623 0.002 0.043 0.267 33 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.899 0.001 0.014 0.074 34 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.361 0.005 0.060 0.552 35 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.704 0.004 0.037 0.233 36 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.229 0.004 0.309 0.436 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.002 0.250 0.426 39 S 0.486 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.047 0.442 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.003 0.219 0.676 42 A 0.130 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.278 0.553 43 R 0.127 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.180 44 S 0.116 0.539 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.039 0.022 0.252 45 G 0.560 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.195 0.007 0.188 46 L 0.064 0.011 0.700 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.050 0.131 47 R 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.001 0.632 0.224 48 A 0.027 0.011 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.002 0.117 0.701 49 Q 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.002 0.029 0.163 50 D 0.762 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.013 0.011 0.164 51 R 0.150 0.051 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.407 0.017 0.109 0.250 52 L 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.899 0.001 0.022 0.052 53 I 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.263 0.080 0.004 0.001 0.552 0.001 0.021 0.052 54 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.875 0.002 0.013 0.058 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.006 0.031 56 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.502 0.020 0.074 0.366 57 G 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.027 0.108 0.770 58 Q 0.356 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.005 0.002 0.001 0.029 0.009 0.271 0.301 59 N 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 0.112 0.828 60 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.801 0.016 0.004 0.002 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.012 0.102 61 E 0.019 0.010 0.003 0.001 0.009 0.078 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.003 0.283 0.531 62 G 0.085 0.008 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.024 0.092 0.733 63 L 0.652 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.050 0.219 64 R 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.381 0.596 65 H 0.012 0.007 0.006 0.002 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.004 0.045 0.816 66 A 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.076 0.885 67 E 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.478 0.485 68 V 0.005 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.100 69 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 70 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 S 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 72 I 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 73 K 0.036 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.026 74 A 0.165 0.610 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.003 0.075 75 R 0.313 0.322 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.004 0.208 76 E 0.159 0.099 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.035 0.652 77 D 0.028 0.008 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.010 0.180 0.645 78 E 0.135 0.002 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.006 0.150 0.432 79 A 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.735 0.001 0.064 0.186 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.015 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.877 0.001 0.017 0.039 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.001 0.017 0.075 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.004 0.012 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.781 0.001 0.019 0.184 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.001 0.011 0.049 85 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.262 0.004 0.151 0.567 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.994 87 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.085 0.846 88 T 0.159 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.007 0.057 0.704 89 R 0.127 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 0.006 0.133 0.625 90 L 0.080 0.039 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.008 0.100 0.677