# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.012 0.002 0.014 0.032 0.033 0.036 0.003 0.001 0.002 0.820 2 M 0.071 0.005 0.002 0.014 0.016 0.027 0.039 0.003 0.001 0.003 0.819 3 L 0.122 0.004 0.009 0.029 0.034 0.052 0.094 0.003 0.001 0.010 0.643 4 R 0.090 0.002 0.005 0.054 0.075 0.062 0.179 0.001 0.001 0.005 0.526 5 P 0.004 0.001 0.002 0.010 0.005 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.954 6 R 0.007 0.001 0.001 0.254 0.249 0.312 0.081 0.001 0.001 0.002 0.093 7 L 0.024 0.001 0.001 0.121 0.063 0.112 0.059 0.001 0.001 0.005 0.614 8 C 0.002 0.001 0.001 0.296 0.278 0.316 0.016 0.001 0.001 0.001 0.091 9 H 0.001 0.001 0.001 0.348 0.173 0.272 0.031 0.001 0.001 0.001 0.174 10 L 0.002 0.001 0.001 0.208 0.168 0.267 0.026 0.001 0.001 0.002 0.326 11 R 0.003 0.001 0.001 0.123 0.226 0.378 0.028 0.001 0.001 0.002 0.240 12 K 0.004 0.001 0.001 0.052 0.095 0.227 0.050 0.001 0.001 0.003 0.568 13 G 0.015 0.001 0.001 0.049 0.145 0.192 0.089 0.001 0.001 0.006 0.502 14 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.015 0.021 0.026 0.001 0.001 0.002 0.926 15 Q 0.021 0.001 0.001 0.011 0.028 0.041 0.155 0.001 0.001 0.007 0.735 16 G 0.395 0.002 0.002 0.008 0.013 0.018 0.071 0.001 0.001 0.030 0.462 17 Y 0.194 0.004 0.010 0.040 0.076 0.059 0.121 0.001 0.001 0.012 0.484 18 G 0.018 0.001 0.007 0.068 0.110 0.160 0.138 0.001 0.001 0.004 0.494 19 F 0.007 0.001 0.003 0.188 0.234 0.340 0.031 0.001 0.001 0.002 0.195 20 N 0.001 0.001 0.001 0.191 0.243 0.395 0.049 0.001 0.001 0.001 0.119 21 L 0.004 0.001 0.001 0.143 0.237 0.354 0.027 0.001 0.001 0.002 0.232 22 H 0.003 0.001 0.001 0.251 0.218 0.358 0.049 0.001 0.001 0.002 0.118 23 S 0.007 0.001 0.001 0.118 0.129 0.216 0.110 0.001 0.001 0.006 0.412 24 D 0.023 0.002 0.001 0.091 0.095 0.115 0.189 0.001 0.001 0.014 0.468 25 K 0.049 0.002 0.002 0.025 0.033 0.048 0.223 0.001 0.001 0.022 0.594 26 S 0.084 0.004 0.002 0.017 0.024 0.030 0.307 0.002 0.001 0.027 0.502 27 R 0.199 0.004 0.005 0.013 0.021 0.023 0.176 0.001 0.001 0.025 0.533 28 P 0.030 0.001 0.004 0.006 0.011 0.013 0.066 0.001 0.001 0.005 0.863 29 G 0.026 0.001 0.004 0.031 0.056 0.100 0.144 0.001 0.001 0.009 0.629 30 Q 0.051 0.001 0.004 0.089 0.149 0.242 0.092 0.001 0.001 0.008 0.364 31 Y 0.006 0.001 0.001 0.201 0.293 0.339 0.040 0.001 0.001 0.002 0.117 32 I 0.001 0.001 0.001 0.302 0.202 0.331 0.028 0.001 0.001 0.001 0.134 33 R 0.002 0.001 0.001 0.497 0.171 0.252 0.020 0.001 0.001 0.001 0.057 34 S 0.004 0.001 0.001 0.258 0.149 0.245 0.047 0.001 0.001 0.002 0.293 35 V 0.008 0.002 0.001 0.393 0.124 0.197 0.071 0.001 0.001 0.005 0.200 36 D 0.015 0.001 0.001 0.113 0.076 0.121 0.282 0.001 0.001 0.006 0.383 37 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.976 38 G 0.014 0.001 0.001 0.020 0.014 0.041 0.287 0.001 0.001 0.014 0.609 39 S 0.538 0.005 0.002 0.004 0.002 0.005 0.091 0.001 0.001 0.025 0.327 40 P 0.007 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.964 41 A 0.072 0.080 0.001 0.023 0.027 0.083 0.376 0.001 0.001 0.012 0.327 42 A 0.066 0.474 0.001 0.032 0.036 0.088 0.069 0.003 0.001 0.003 0.228 43 R 0.120 0.723 0.001 0.003 0.011 0.018 0.014 0.005 0.001 0.002 0.104 44 S 0.272 0.548 0.005 0.001 0.012 0.023 0.037 0.012 0.001 0.003 0.087 45 G 0.431 0.103 0.012 0.007 0.012 0.008 0.029 0.161 0.001 0.010 0.226 46 L 0.049 0.010 0.871 0.003 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.003 0.048 47 R 0.013 0.009 0.017 0.090 0.100 0.070 0.207 0.009 0.001 0.002 0.482 48 A 0.007 0.002 0.002 0.016 0.006 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.944 49 Q 0.024 0.011 0.001 0.201 0.061 0.155 0.202 0.002 0.001 0.012 0.331 50 D 0.185 0.008 0.004 0.080 0.060 0.071 0.152 0.002 0.001 0.052 0.385 51 R 0.068 0.011 0.004 0.470 0.107 0.115 0.079 0.001 0.001 0.011 0.133 52 L 0.024 0.007 0.006 0.315 0.175 0.260 0.060 0.001 0.001 0.006 0.146 53 I 0.002 0.002 0.001 0.538 0.223 0.214 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 54 E 0.001 0.006 0.001 0.338 0.176 0.272 0.028 0.001 0.001 0.001 0.179 55 V 0.005 0.004 0.001 0.312 0.253 0.391 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 56 N 0.004 0.006 0.001 0.082 0.109 0.292 0.167 0.001 0.001 0.004 0.334 57 G 0.032 0.001 0.002 0.069 0.068 0.099 0.103 0.003 0.001 0.029 0.593 58 Q 0.113 0.002 0.098 0.075 0.051 0.069 0.247 0.001 0.001 0.046 0.296 59 N 0.013 0.002 0.002 0.064 0.066 0.048 0.257 0.001 0.001 0.005 0.543 60 V 0.013 0.002 0.003 0.061 0.045 0.068 0.066 0.001 0.001 0.005 0.736 61 E 0.017 0.011 0.001 0.092 0.092 0.159 0.317 0.001 0.001 0.008 0.303 62 G 0.127 0.010 0.001 0.016 0.007 0.016 0.190 0.002 0.001 0.020 0.612 63 L 0.456 0.044 0.026 0.103 0.022 0.041 0.082 0.002 0.001 0.017 0.208 64 R 0.040 0.019 0.006 0.045 0.025 0.029 0.260 0.001 0.001 0.003 0.572 65 H 0.014 0.016 0.003 0.033 0.006 0.021 0.064 0.001 0.001 0.002 0.841 66 A 0.004 0.037 0.001 0.015 0.005 0.008 0.053 0.001 0.001 0.001 0.876 67 E 0.017 0.083 0.001 0.002 0.002 0.004 0.439 0.001 0.001 0.004 0.448 68 V 0.042 0.686 0.001 0.004 0.003 0.009 0.067 0.002 0.001 0.001 0.186 69 V 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 70 A 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 71 S 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 72 I 0.026 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 73 K 0.043 0.928 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 74 A 0.080 0.769 0.010 0.001 0.002 0.003 0.002 0.055 0.001 0.001 0.079 75 R 0.274 0.422 0.007 0.003 0.003 0.002 0.003 0.079 0.001 0.001 0.207 76 E 0.139 0.106 0.043 0.009 0.007 0.007 0.034 0.038 0.001 0.005 0.613 77 D 0.078 0.015 0.089 0.022 0.013 0.012 0.096 0.009 0.001 0.005 0.661 78 E 0.167 0.006 0.030 0.077 0.016 0.029 0.115 0.002 0.001 0.011 0.548 79 A 0.063 0.003 0.020 0.309 0.164 0.151 0.099 0.001 0.001 0.007 0.183 80 R 0.004 0.001 0.003 0.422 0.174 0.245 0.046 0.001 0.001 0.001 0.104 81 L 0.001 0.001 0.001 0.449 0.244 0.261 0.008 0.001 0.001 0.001 0.036 82 L 0.001 0.001 0.001 0.398 0.217 0.326 0.011 0.001 0.001 0.001 0.048 83 V 0.001 0.001 0.001 0.224 0.225 0.410 0.014 0.001 0.001 0.001 0.125 84 V 0.001 0.001 0.001 0.272 0.199 0.398 0.020 0.001 0.001 0.002 0.106 85 G 0.003 0.001 0.001 0.067 0.129 0.281 0.048 0.001 0.001 0.003 0.468 86 P 0.002 0.001 0.001 0.026 0.033 0.061 0.018 0.001 0.001 0.002 0.858 87 S 0.010 0.001 0.001 0.019 0.037 0.082 0.087 0.001 0.001 0.004 0.760 88 T 0.091 0.002 0.001 0.013 0.022 0.033 0.063 0.001 0.001 0.009 0.766 89 R 0.097 0.010 0.002 0.020 0.044 0.053 0.111 0.001 0.001 0.007 0.656 90 L 0.095 0.015 0.003 0.024 0.043 0.071 0.127 0.001 0.001 0.007 0.615