# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1995 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.552 0.184 0.124 0.062 0.039 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.229 0.149 0.156 0.156 0.152 0.075 0.040 0.021 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 3 L 0.126 0.098 0.101 0.160 0.166 0.130 0.095 0.066 0.028 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 4 R 0.178 0.165 0.158 0.148 0.130 0.085 0.054 0.033 0.021 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 5 P 0.033 0.038 0.052 0.103 0.134 0.142 0.138 0.114 0.095 0.077 0.043 0.020 0.008 0.004 6 R 0.013 0.013 0.022 0.048 0.067 0.093 0.128 0.161 0.150 0.129 0.096 0.049 0.020 0.011 7 L 0.004 0.007 0.013 0.024 0.047 0.066 0.088 0.213 0.148 0.145 0.120 0.068 0.038 0.019 8 C 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.019 0.031 0.071 0.103 0.193 0.189 0.206 0.128 0.041 9 H 0.007 0.012 0.025 0.061 0.091 0.081 0.123 0.154 0.150 0.126 0.076 0.054 0.020 0.019 10 L 0.006 0.004 0.007 0.016 0.027 0.068 0.079 0.140 0.151 0.199 0.161 0.088 0.038 0.015 11 R 0.033 0.056 0.086 0.147 0.176 0.150 0.117 0.095 0.081 0.031 0.015 0.008 0.003 0.002 12 K 0.074 0.096 0.099 0.191 0.169 0.109 0.077 0.070 0.056 0.036 0.017 0.005 0.001 0.001 13 G 0.265 0.259 0.180 0.119 0.072 0.051 0.024 0.012 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 P 0.273 0.279 0.176 0.122 0.072 0.034 0.018 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.282 0.286 0.200 0.095 0.059 0.035 0.023 0.010 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.143 0.142 0.155 0.103 0.140 0.118 0.084 0.046 0.031 0.014 0.016 0.003 0.002 0.001 17 Y 0.010 0.013 0.023 0.054 0.110 0.121 0.146 0.163 0.111 0.106 0.082 0.034 0.018 0.009 18 G 0.007 0.012 0.016 0.035 0.059 0.076 0.114 0.160 0.143 0.121 0.112 0.093 0.034 0.021 19 F 0.004 0.003 0.004 0.008 0.011 0.023 0.042 0.114 0.147 0.204 0.195 0.150 0.070 0.025 20 N 0.006 0.008 0.015 0.028 0.045 0.060 0.086 0.168 0.160 0.139 0.123 0.094 0.041 0.027 21 L 0.005 0.004 0.006 0.011 0.022 0.049 0.059 0.103 0.128 0.207 0.178 0.139 0.064 0.026 22 H 0.023 0.037 0.066 0.120 0.162 0.151 0.135 0.106 0.099 0.051 0.025 0.015 0.004 0.004 23 S 0.072 0.087 0.096 0.177 0.176 0.128 0.084 0.064 0.055 0.031 0.020 0.006 0.002 0.001 24 D 0.205 0.241 0.174 0.164 0.098 0.054 0.027 0.014 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 K 0.320 0.285 0.157 0.118 0.054 0.029 0.016 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 26 S 0.463 0.284 0.154 0.046 0.024 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.272 0.219 0.200 0.095 0.096 0.059 0.030 0.016 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 28 P 0.063 0.076 0.101 0.136 0.232 0.140 0.111 0.060 0.036 0.024 0.012 0.005 0.003 0.002 29 G 0.019 0.025 0.035 0.070 0.130 0.137 0.156 0.131 0.104 0.095 0.051 0.029 0.011 0.007 30 Q 0.008 0.007 0.010 0.024 0.033 0.067 0.093 0.129 0.152 0.149 0.158 0.102 0.044 0.023 31 Y 0.004 0.004 0.008 0.020 0.029 0.049 0.070 0.100 0.151 0.150 0.174 0.151 0.052 0.039 32 I 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.022 0.044 0.117 0.159 0.171 0.186 0.170 0.082 0.024 33 R 0.010 0.016 0.023 0.040 0.050 0.074 0.099 0.203 0.143 0.127 0.110 0.050 0.038 0.017 34 S 0.019 0.033 0.048 0.077 0.129 0.119 0.118 0.111 0.117 0.097 0.064 0.039 0.013 0.016 35 V 0.014 0.013 0.023 0.047 0.083 0.125 0.155 0.155 0.144 0.128 0.063 0.033 0.013 0.005 36 D 0.057 0.106 0.144 0.163 0.151 0.137 0.102 0.061 0.045 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 37 P 0.153 0.124 0.138 0.138 0.151 0.105 0.073 0.055 0.031 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 38 G 0.148 0.183 0.168 0.143 0.145 0.081 0.054 0.038 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 39 S 0.174 0.126 0.119 0.142 0.154 0.113 0.067 0.049 0.027 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 40 P 0.146 0.114 0.128 0.161 0.165 0.123 0.075 0.037 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 41 A 0.177 0.078 0.087 0.123 0.133 0.151 0.102 0.048 0.045 0.026 0.018 0.008 0.004 0.001 42 A 0.325 0.231 0.129 0.125 0.073 0.046 0.034 0.018 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 43 R 0.274 0.167 0.178 0.105 0.096 0.071 0.049 0.025 0.017 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 44 S 0.266 0.127 0.140 0.134 0.128 0.087 0.053 0.028 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 45 G 0.340 0.175 0.152 0.110 0.092 0.051 0.034 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 46 L 0.061 0.050 0.065 0.146 0.195 0.167 0.111 0.087 0.054 0.044 0.011 0.005 0.003 0.001 47 R 0.100 0.130 0.125 0.168 0.146 0.113 0.085 0.062 0.037 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 48 A 0.070 0.062 0.096 0.111 0.141 0.153 0.114 0.093 0.061 0.051 0.031 0.012 0.004 0.002 49 Q 0.039 0.058 0.072 0.130 0.166 0.144 0.111 0.081 0.074 0.054 0.040 0.018 0.008 0.005 50 D 0.015 0.016 0.028 0.056 0.071 0.092 0.142 0.141 0.161 0.119 0.075 0.050 0.021 0.014 51 R 0.005 0.007 0.013 0.026 0.045 0.073 0.096 0.264 0.167 0.140 0.090 0.035 0.025 0.013 52 L 0.004 0.003 0.004 0.007 0.017 0.030 0.038 0.065 0.108 0.145 0.171 0.201 0.140 0.068 53 I 0.009 0.007 0.011 0.029 0.031 0.045 0.093 0.100 0.134 0.171 0.156 0.120 0.060 0.035 54 E 0.019 0.026 0.041 0.065 0.083 0.105 0.138 0.124 0.149 0.075 0.102 0.040 0.015 0.016 55 V 0.009 0.008 0.012 0.024 0.045 0.101 0.112 0.174 0.153 0.127 0.129 0.057 0.039 0.011 56 N 0.043 0.080 0.090 0.137 0.168 0.135 0.121 0.100 0.059 0.034 0.017 0.008 0.003 0.002 57 G 0.082 0.093 0.125 0.145 0.197 0.118 0.087 0.054 0.047 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 58 Q 0.138 0.145 0.149 0.168 0.137 0.103 0.065 0.041 0.028 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 59 N 0.243 0.192 0.146 0.124 0.102 0.079 0.053 0.031 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 60 V 0.059 0.049 0.073 0.111 0.179 0.171 0.139 0.106 0.063 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 61 E 0.242 0.179 0.163 0.154 0.113 0.075 0.039 0.017 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 62 G 0.478 0.189 0.153 0.068 0.055 0.026 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.243 0.132 0.122 0.171 0.148 0.084 0.048 0.029 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 64 R 0.270 0.222 0.168 0.133 0.089 0.059 0.031 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 H 0.061 0.054 0.088 0.155 0.207 0.183 0.115 0.066 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 66 A 0.436 0.278 0.154 0.068 0.036 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.232 0.319 0.221 0.113 0.071 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.007 0.009 0.018 0.066 0.137 0.204 0.250 0.226 0.067 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 69 V 0.011 0.033 0.085 0.194 0.254 0.187 0.135 0.059 0.027 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 70 A 0.571 0.300 0.093 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.021 0.054 0.129 0.216 0.256 0.168 0.100 0.042 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.008 0.009 0.027 0.082 0.203 0.215 0.216 0.141 0.073 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 73 K 0.184 0.213 0.186 0.221 0.120 0.048 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.505 0.204 0.123 0.091 0.043 0.019 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.075 0.114 0.146 0.276 0.212 0.101 0.039 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.243 0.279 0.191 0.123 0.076 0.044 0.025 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 D 0.177 0.162 0.177 0.146 0.159 0.092 0.047 0.019 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 78 E 0.028 0.044 0.070 0.159 0.221 0.183 0.131 0.064 0.045 0.028 0.017 0.005 0.003 0.002 79 A 0.005 0.003 0.008 0.016 0.037 0.071 0.118 0.130 0.176 0.166 0.111 0.096 0.046 0.017 80 R 0.002 0.006 0.010 0.034 0.058 0.070 0.113 0.251 0.152 0.127 0.085 0.050 0.026 0.015 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.017 0.039 0.086 0.155 0.257 0.268 0.112 0.050 82 L 0.002 0.003 0.006 0.017 0.031 0.042 0.078 0.163 0.195 0.193 0.112 0.089 0.038 0.031 83 V 0.002 0.002 0.002 0.005 0.010 0.022 0.038 0.108 0.149 0.183 0.211 0.161 0.079 0.027 84 V 0.008 0.014 0.025 0.054 0.078 0.138 0.160 0.194 0.140 0.089 0.054 0.026 0.013 0.008 85 G 0.040 0.064 0.071 0.110 0.160 0.134 0.118 0.086 0.087 0.063 0.040 0.017 0.006 0.004 86 P 0.134 0.139 0.167 0.148 0.145 0.101 0.069 0.039 0.032 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 87 S 0.303 0.215 0.167 0.110 0.082 0.051 0.031 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 88 T 0.253 0.149 0.151 0.128 0.130 0.083 0.050 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 89 R 0.286 0.153 0.144 0.122 0.122 0.071 0.046 0.029 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 90 L 0.271 0.130 0.118 0.123 0.125 0.089 0.060 0.039 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001