# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.003 0.040 0.043 0.111 0.012 0.074 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.122 0.088 0.163 0.282 0.001 2 M 0.003 0.003 0.051 0.052 0.111 0.005 0.076 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.200 0.075 0.213 0.168 0.001 3 L 0.003 0.005 0.068 0.059 0.091 0.008 0.153 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.019 0.084 0.069 0.126 0.268 0.001 4 R 0.004 0.007 0.097 0.115 0.067 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.046 0.024 0.056 0.037 0.175 0.322 0.003 5 P 0.008 0.020 0.014 0.025 0.606 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.020 0.103 0.016 0.021 0.053 0.072 0.003 6 R 0.043 0.069 0.340 0.240 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.022 0.011 0.168 0.007 0.005 0.004 0.011 0.019 0.011 7 L 0.071 0.107 0.007 0.017 0.416 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.023 0.047 0.029 0.020 0.126 0.002 0.002 0.012 0.003 0.064 8 C 0.140 0.163 0.083 0.049 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.038 0.144 0.077 0.206 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 9 H 0.168 0.252 0.018 0.064 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.089 0.044 0.016 0.038 0.001 0.001 0.004 0.002 0.053 10 L 0.202 0.227 0.051 0.048 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.031 0.104 0.047 0.095 0.019 0.001 0.001 0.004 0.003 0.030 11 R 0.234 0.204 0.079 0.133 0.105 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.049 0.032 0.061 0.018 0.004 0.003 0.009 0.008 0.018 12 K 0.159 0.099 0.057 0.086 0.384 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.023 0.014 0.048 0.030 0.016 0.011 0.022 0.026 0.006 13 G 0.033 0.037 0.153 0.196 0.092 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.007 0.096 0.017 0.025 0.032 0.106 0.172 0.003 14 P 0.010 0.007 0.047 0.037 0.205 0.002 0.015 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.029 0.357 0.030 0.079 0.141 0.001 15 Q 0.003 0.006 0.023 0.033 0.030 0.015 0.491 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.046 0.017 0.168 0.033 0.024 0.096 0.001 16 G 0.007 0.014 0.038 0.034 0.086 0.005 0.324 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.005 0.006 0.027 0.039 0.060 0.130 0.085 0.119 0.005 17 Y 0.025 0.048 0.091 0.044 0.186 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.027 0.025 0.114 0.106 0.037 0.028 0.062 0.135 0.014 18 G 0.058 0.116 0.098 0.073 0.085 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.055 0.029 0.067 0.064 0.169 0.029 0.009 0.012 0.021 0.015 0.090 19 F 0.084 0.110 0.018 0.018 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.052 0.101 0.104 0.067 0.118 0.002 0.003 0.013 0.005 0.071 20 N 0.083 0.086 0.096 0.069 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.043 0.150 0.167 0.156 0.014 0.001 0.001 0.006 0.004 0.037 21 L 0.059 0.068 0.009 0.026 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.032 0.078 0.190 0.045 0.220 0.004 0.003 0.007 0.004 0.023 22 H 0.064 0.057 0.081 0.093 0.029 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 0.036 0.090 0.205 0.238 0.032 0.006 0.004 0.016 0.010 0.010 23 S 0.037 0.036 0.041 0.084 0.252 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.023 0.072 0.062 0.152 0.044 0.029 0.047 0.081 0.003 24 D 0.014 0.015 0.094 0.075 0.154 0.006 0.059 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.123 0.039 0.061 0.068 0.065 0.198 0.002 25 K 0.006 0.004 0.062 0.031 0.088 0.006 0.054 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.060 0.030 0.319 0.055 0.113 0.155 0.001 26 S 0.005 0.006 0.050 0.037 0.124 0.008 0.183 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.057 0.021 0.137 0.110 0.081 0.163 0.001 27 R 0.004 0.004 0.102 0.063 0.045 0.002 0.019 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.024 0.017 0.061 0.039 0.215 0.385 0.001 28 P 0.002 0.003 0.014 0.023 0.139 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.030 0.461 0.020 0.036 0.205 0.001 29 G 0.008 0.023 0.028 0.026 0.127 0.005 0.465 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.012 0.042 0.051 0.026 0.089 0.026 0.039 0.007 30 Q 0.075 0.130 0.130 0.091 0.107 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.029 0.022 0.062 0.056 0.088 0.082 0.008 0.017 0.038 0.029 0.022 31 Y 0.115 0.119 0.073 0.050 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.039 0.105 0.076 0.066 0.045 0.006 0.004 0.019 0.006 0.041 32 I 0.137 0.129 0.056 0.058 0.097 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.061 0.094 0.093 0.127 0.033 0.005 0.002 0.008 0.003 0.038 33 R 0.119 0.136 0.046 0.076 0.097 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 0.031 0.137 0.139 0.128 0.026 0.004 0.003 0.004 0.007 0.015 34 S 0.083 0.094 0.078 0.135 0.111 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.064 0.108 0.086 0.063 0.010 0.010 0.023 0.018 0.022 35 V 0.068 0.089 0.038 0.055 0.376 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.028 0.020 0.090 0.077 0.027 0.033 0.025 0.040 0.003 36 D 0.015 0.011 0.116 0.130 0.032 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.128 0.016 0.016 0.014 0.151 0.341 0.002 37 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.081 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.786 0.008 0.021 0.064 0.001 38 G 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.009 0.761 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.044 0.078 0.015 0.040 0.001 39 S 0.002 0.003 0.074 0.028 0.022 0.002 0.017 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.096 0.086 0.231 0.379 0.001 40 P 0.002 0.006 0.020 0.013 0.206 0.002 0.017 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.020 0.389 0.060 0.056 0.086 0.001 41 A 0.003 0.006 0.040 0.017 0.028 0.015 0.148 0.497 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.010 0.132 0.020 0.021 0.020 0.001 42 A 0.005 0.006 0.029 0.026 0.046 0.019 0.128 0.548 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.008 0.090 0.018 0.026 0.020 0.001 43 R 0.008 0.006 0.017 0.039 0.023 0.011 0.198 0.050 0.127 0.098 0.001 0.003 0.007 0.010 0.019 0.017 0.258 0.043 0.037 0.027 0.001 44 S 0.002 0.002 0.007 0.013 0.020 0.019 0.634 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 0.124 0.010 0.028 0.099 0.001 45 G 0.001 0.001 0.006 0.003 0.024 0.003 0.235 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.031 0.630 0.038 0.011 0.001 46 L 0.001 0.001 0.043 0.030 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.019 0.028 0.298 0.512 0.001 47 R 0.001 0.001 0.013 0.007 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.012 0.012 0.161 0.724 0.001 48 A 0.001 0.001 0.028 0.004 0.013 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.768 0.036 0.019 0.082 0.001 49 Q 0.001 0.003 0.015 0.014 0.023 0.016 0.756 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.010 0.034 0.016 0.016 0.039 0.001 50 D 0.020 0.035 0.084 0.046 0.160 0.005 0.190 0.062 0.001 0.001 0.010 0.008 0.013 0.015 0.027 0.116 0.028 0.054 0.086 0.033 0.005 51 R 0.093 0.085 0.214 0.114 0.095 0.002 0.007 0.066 0.001 0.001 0.006 0.009 0.057 0.029 0.087 0.036 0.032 0.020 0.023 0.015 0.010 52 L 0.177 0.169 0.022 0.035 0.365 0.001 0.012 0.027 0.001 0.001 0.010 0.026 0.032 0.028 0.016 0.033 0.011 0.005 0.010 0.004 0.017 53 I 0.200 0.147 0.160 0.108 0.022 0.002 0.008 0.028 0.001 0.001 0.013 0.017 0.079 0.098 0.085 0.004 0.006 0.002 0.004 0.003 0.012 54 E 0.167 0.244 0.024 0.079 0.156 0.002 0.010 0.026 0.003 0.001 0.029 0.027 0.063 0.087 0.018 0.015 0.009 0.004 0.007 0.003 0.027 55 V 0.175 0.132 0.112 0.085 0.057 0.002 0.012 0.011 0.024 0.009 0.019 0.032 0.061 0.054 0.124 0.014 0.027 0.005 0.012 0.011 0.022 56 N 0.066 0.049 0.031 0.051 0.354 0.002 0.052 0.006 0.004 0.001 0.007 0.006 0.014 0.012 0.073 0.036 0.089 0.006 0.025 0.112 0.007 57 G 0.026 0.028 0.051 0.028 0.267 0.003 0.133 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.010 0.043 0.033 0.026 0.248 0.026 0.037 0.012 58 Q 0.025 0.027 0.267 0.092 0.053 0.003 0.012 0.007 0.001 0.001 0.011 0.009 0.026 0.032 0.102 0.064 0.045 0.027 0.069 0.113 0.013 59 N 0.014 0.018 0.034 0.028 0.513 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.015 0.023 0.048 0.062 0.045 0.022 0.087 0.058 0.005 60 V 0.008 0.007 0.112 0.070 0.046 0.002 0.025 0.005 0.006 0.005 0.008 0.007 0.007 0.018 0.282 0.046 0.116 0.042 0.089 0.095 0.003 61 E 0.003 0.003 0.019 0.031 0.065 0.018 0.107 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.051 0.037 0.405 0.018 0.044 0.167 0.001 62 G 0.001 0.001 0.003 0.004 0.034 0.009 0.494 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.054 0.046 0.254 0.029 0.025 0.001 63 L 0.003 0.002 0.081 0.067 0.006 0.001 0.023 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.043 0.013 0.064 0.049 0.186 0.443 0.001 64 R 0.001 0.001 0.003 0.005 0.073 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.021 0.016 0.177 0.656 0.001 65 H 0.001 0.001 0.018 0.002 0.003 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.853 0.023 0.019 0.018 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 73 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.161 0.581 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.191 0.006 0.003 0.005 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.530 0.063 0.100 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.191 0.045 0.013 0.009 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.225 0.009 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.171 0.088 0.287 0.158 0.001 76 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.013 0.001 0.133 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.116 0.355 0.178 0.167 0.001 77 D 0.001 0.003 0.044 0.019 0.043 0.003 0.128 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.073 0.069 0.206 0.152 0.233 0.001 78 E 0.012 0.038 0.118 0.066 0.193 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.014 0.126 0.079 0.050 0.054 0.069 0.096 0.011 79 A 0.056 0.160 0.063 0.054 0.147 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.039 0.030 0.068 0.095 0.130 0.075 0.004 0.005 0.015 0.009 0.042 80 R 0.142 0.201 0.049 0.047 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.053 0.133 0.118 0.090 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 81 L 0.203 0.185 0.017 0.017 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.068 0.143 0.081 0.038 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 82 L 0.207 0.211 0.047 0.045 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.043 0.132 0.055 0.108 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 83 V 0.216 0.255 0.019 0.047 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.038 0.117 0.046 0.022 0.032 0.001 0.001 0.004 0.002 0.045 84 V 0.174 0.245 0.087 0.150 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.028 0.066 0.029 0.072 0.020 0.003 0.004 0.009 0.015 0.010 85 G 0.040 0.057 0.073 0.110 0.215 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.009 0.009 0.064 0.065 0.018 0.013 0.079 0.224 0.005 86 P 0.010 0.008 0.059 0.047 0.115 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.153 0.022 0.266 0.039 0.052 0.195 0.001 87 S 0.004 0.004 0.040 0.035 0.057 0.011 0.203 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.025 0.109 0.074 0.138 0.248 0.001 88 T 0.003 0.003 0.048 0.042 0.046 0.006 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.021 0.130 0.094 0.160 0.354 0.001 89 R 0.004 0.007 0.037 0.039 0.119 0.008 0.062 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.023 0.030 0.148 0.082 0.159 0.253 0.001 90 L 0.009 0.011 0.060 0.072 0.121 0.006 0.068 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.047 0.032 0.161 0.076 0.128 0.163 0.002