# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.010 0.795 0.004 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.103 0.041 0.005 0.022 2 M 0.001 0.015 0.702 0.003 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.095 0.111 0.013 0.023 3 L 0.002 0.024 0.505 0.020 0.020 0.005 0.001 0.001 0.003 0.248 0.110 0.014 0.049 4 R 0.001 0.012 0.543 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.008 0.285 0.019 0.104 0.015 5 P 0.004 0.005 0.562 0.024 0.004 0.001 0.003 0.001 0.027 0.074 0.022 0.006 0.268 6 R 0.033 0.008 0.182 0.021 0.001 0.001 0.022 0.002 0.108 0.051 0.004 0.528 0.040 7 L 0.133 0.007 0.061 0.004 0.001 0.001 0.060 0.013 0.133 0.007 0.001 0.047 0.533 8 C 0.370 0.003 0.045 0.053 0.001 0.001 0.148 0.021 0.056 0.004 0.001 0.220 0.077 9 H 0.495 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.119 0.016 0.039 0.002 0.001 0.137 0.156 10 L 0.384 0.002 0.051 0.011 0.001 0.001 0.101 0.009 0.035 0.004 0.002 0.102 0.298 11 R 0.277 0.002 0.145 0.024 0.001 0.001 0.039 0.002 0.041 0.021 0.007 0.314 0.128 12 K 0.091 0.023 0.159 0.010 0.002 0.001 0.014 0.001 0.027 0.077 0.014 0.076 0.505 13 G 0.005 0.015 0.435 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.205 0.038 0.171 0.082 14 P 0.001 0.003 0.171 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.491 0.006 0.034 15 Q 0.006 0.010 0.079 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.486 0.040 0.017 16 G 0.040 0.014 0.239 0.005 0.032 0.001 0.002 0.001 0.003 0.238 0.223 0.081 0.123 17 Y 0.151 0.007 0.300 0.034 0.012 0.001 0.013 0.001 0.005 0.139 0.074 0.051 0.210 18 G 0.608 0.004 0.023 0.007 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.011 0.004 0.228 0.087 19 F 0.732 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.173 20 N 0.629 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.038 0.002 0.005 0.001 0.001 0.268 0.039 21 L 0.513 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.051 0.003 0.010 0.002 0.002 0.037 0.357 22 H 0.437 0.004 0.060 0.037 0.003 0.001 0.037 0.002 0.010 0.020 0.016 0.261 0.113 23 S 0.112 0.012 0.136 0.029 0.009 0.001 0.010 0.001 0.013 0.152 0.046 0.191 0.289 24 D 0.012 0.014 0.279 0.026 0.018 0.001 0.002 0.001 0.016 0.276 0.111 0.084 0.160 25 K 0.006 0.022 0.188 0.011 0.030 0.002 0.002 0.001 0.006 0.291 0.327 0.060 0.053 26 S 0.009 0.052 0.208 0.015 0.028 0.002 0.003 0.001 0.004 0.318 0.263 0.022 0.075 27 R 0.002 0.011 0.503 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.309 0.090 0.040 0.012 28 P 0.001 0.006 0.174 0.019 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.519 0.002 0.025 29 G 0.009 0.006 0.204 0.061 0.031 0.001 0.002 0.001 0.005 0.214 0.399 0.049 0.020 30 Q 0.165 0.016 0.260 0.006 0.006 0.001 0.037 0.009 0.039 0.056 0.006 0.070 0.329 31 Y 0.292 0.014 0.045 0.001 0.001 0.001 0.110 0.013 0.055 0.002 0.001 0.400 0.067 32 I 0.171 0.014 0.069 0.008 0.001 0.001 0.114 0.017 0.072 0.001 0.001 0.032 0.499 33 R 0.026 0.001 0.077 0.596 0.002 0.001 0.029 0.011 0.085 0.012 0.005 0.128 0.027 34 S 0.046 0.004 0.180 0.031 0.005 0.001 0.039 0.014 0.184 0.128 0.025 0.126 0.218 35 V 0.026 0.050 0.264 0.009 0.003 0.003 0.026 0.012 0.158 0.088 0.005 0.069 0.287 36 D 0.001 0.032 0.726 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.056 0.082 0.008 0.065 0.013 37 P 0.001 0.004 0.081 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.003 0.077 0.810 0.001 0.003 38 G 0.001 0.002 0.137 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.133 0.716 0.001 0.001 39 S 0.001 0.016 0.677 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.265 0.008 0.002 0.002 40 P 0.001 0.013 0.108 0.001 0.079 0.672 0.001 0.001 0.001 0.030 0.091 0.001 0.004 41 A 0.001 0.005 0.022 0.001 0.221 0.629 0.001 0.001 0.001 0.020 0.100 0.001 0.001 42 A 0.001 0.004 0.058 0.001 0.186 0.662 0.001 0.001 0.001 0.020 0.064 0.001 0.002 43 R 0.001 0.006 0.062 0.001 0.121 0.697 0.001 0.001 0.001 0.014 0.093 0.001 0.003 44 S 0.001 0.002 0.012 0.001 0.029 0.262 0.001 0.001 0.001 0.016 0.677 0.001 0.001 45 G 0.001 0.002 0.029 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.037 0.904 0.001 0.001 46 L 0.001 0.025 0.804 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.135 0.012 0.005 0.005 47 R 0.001 0.030 0.884 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.048 0.009 0.007 0.008 48 A 0.001 0.009 0.096 0.009 0.191 0.024 0.001 0.001 0.004 0.053 0.595 0.003 0.016 49 Q 0.001 0.002 0.082 0.106 0.110 0.005 0.001 0.001 0.003 0.097 0.583 0.005 0.005 50 D 0.011 0.002 0.455 0.019 0.123 0.009 0.005 0.002 0.036 0.109 0.035 0.061 0.131 51 R 0.169 0.013 0.121 0.025 0.008 0.007 0.039 0.009 0.066 0.077 0.013 0.179 0.273 52 L 0.165 0.018 0.024 0.018 0.002 0.010 0.075 0.155 0.216 0.006 0.002 0.126 0.184 53 I 0.273 0.003 0.014 0.133 0.001 0.004 0.099 0.194 0.078 0.007 0.006 0.098 0.089 54 E 0.630 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.077 0.042 0.050 0.003 0.005 0.044 0.107 55 V 0.418 0.009 0.039 0.002 0.001 0.001 0.035 0.005 0.019 0.006 0.005 0.334 0.126 56 N 0.007 0.001 0.047 0.064 0.004 0.003 0.002 0.001 0.013 0.043 0.744 0.046 0.025 57 G 0.004 0.001 0.030 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.741 0.005 0.018 58 Q 0.028 0.035 0.261 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.015 0.038 0.002 0.513 0.094 59 N 0.040 0.120 0.129 0.004 0.001 0.001 0.026 0.009 0.069 0.009 0.004 0.033 0.555 60 V 0.046 0.039 0.370 0.100 0.031 0.014 0.048 0.026 0.035 0.020 0.110 0.115 0.047 61 E 0.004 0.003 0.021 0.011 0.025 0.007 0.005 0.005 0.010 0.093 0.788 0.013 0.015 62 G 0.002 0.002 0.098 0.014 0.016 0.002 0.001 0.001 0.006 0.215 0.610 0.012 0.022 63 L 0.002 0.046 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.114 0.002 0.093 0.042 64 R 0.001 0.113 0.663 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.049 0.004 0.007 0.150 65 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 73 K 0.001 0.002 0.005 0.001 0.010 0.881 0.001 0.001 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 74 A 0.001 0.003 0.026 0.001 0.014 0.517 0.001 0.001 0.001 0.022 0.416 0.001 0.002 75 R 0.001 0.003 0.389 0.001 0.020 0.098 0.001 0.001 0.001 0.160 0.326 0.001 0.002 76 E 0.001 0.003 0.201 0.003 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.221 0.523 0.001 0.001 77 D 0.001 0.003 0.298 0.004 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 0.407 0.254 0.007 0.004 78 E 0.018 0.009 0.413 0.023 0.011 0.001 0.009 0.002 0.033 0.191 0.090 0.023 0.179 79 A 0.238 0.008 0.091 0.005 0.001 0.001 0.124 0.013 0.089 0.015 0.002 0.260 0.156 80 R 0.567 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.155 0.020 0.030 0.003 0.001 0.089 0.110 81 L 0.705 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.131 0.015 0.013 0.001 0.001 0.077 0.042 82 L 0.714 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.165 0.010 0.014 0.001 0.001 0.045 0.045 83 V 0.629 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.158 0.005 0.017 0.001 0.001 0.066 0.111 84 V 0.382 0.002 0.110 0.023 0.001 0.001 0.081 0.003 0.037 0.013 0.001 0.190 0.157 85 G 0.033 0.011 0.517 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.064 0.005 0.066 0.260 86 P 0.002 0.009 0.619 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.193 0.092 0.029 0.036 87 S 0.001 0.006 0.579 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.239 0.136 0.004 0.017 88 T 0.001 0.009 0.690 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.037 0.016 0.003 89 R 0.001 0.007 0.928 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.011 0.001 0.012 90 L 0.001 0.013 0.913 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.008 0.004 0.004