# TARGET T0340 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.109 0.002 0.006 0.021 0.029 0.062 0.026 0.745 2 M 0.017 0.001 0.006 0.011 0.039 0.101 0.019 0.805 3 L 0.016 0.001 0.017 0.020 0.050 0.106 0.029 0.761 4 R 0.048 0.002 0.037 0.113 0.152 0.107 0.047 0.494 5 P 0.004 0.001 0.053 0.050 0.102 0.068 0.024 0.699 6 R 0.002 0.001 0.231 0.202 0.366 0.037 0.022 0.140 7 L 0.002 0.001 0.184 0.189 0.350 0.021 0.038 0.216 8 C 0.003 0.001 0.209 0.394 0.244 0.015 0.023 0.113 9 H 0.005 0.001 0.200 0.298 0.356 0.018 0.020 0.103 10 L 0.016 0.001 0.083 0.290 0.255 0.045 0.028 0.282 11 R 0.010 0.001 0.084 0.169 0.224 0.078 0.050 0.384 12 K 0.027 0.001 0.023 0.038 0.049 0.094 0.022 0.746 13 G 0.589 0.003 0.007 0.021 0.021 0.055 0.042 0.261 14 P 0.048 0.002 0.011 0.009 0.013 0.101 0.028 0.788 15 Q 0.046 0.002 0.033 0.015 0.077 0.174 0.018 0.634 16 G 0.026 0.002 0.036 0.044 0.088 0.103 0.075 0.626 17 Y 0.003 0.001 0.133 0.147 0.183 0.120 0.026 0.385 18 G 0.003 0.001 0.281 0.102 0.319 0.043 0.047 0.203 19 F 0.003 0.001 0.185 0.289 0.214 0.035 0.048 0.225 20 N 0.004 0.001 0.567 0.157 0.175 0.015 0.036 0.044 21 L 0.033 0.003 0.153 0.168 0.240 0.061 0.062 0.278 22 H 0.027 0.002 0.236 0.159 0.172 0.062 0.061 0.280 23 S 0.040 0.002 0.056 0.054 0.100 0.097 0.037 0.613 24 D 0.109 0.003 0.027 0.047 0.076 0.130 0.068 0.540 25 K 0.012 0.001 0.021 0.029 0.044 0.132 0.033 0.729 26 S 0.060 0.002 0.015 0.011 0.024 0.105 0.039 0.745 27 R 0.238 0.004 0.018 0.027 0.024 0.118 0.084 0.487 28 P 0.011 0.003 0.034 0.021 0.051 0.138 0.021 0.721 29 G 0.004 0.001 0.135 0.048 0.310 0.080 0.047 0.373 30 Q 0.002 0.001 0.149 0.245 0.362 0.030 0.072 0.139 31 Y 0.004 0.001 0.250 0.328 0.278 0.018 0.034 0.088 32 I 0.005 0.001 0.197 0.254 0.299 0.028 0.022 0.194 33 R 0.012 0.002 0.223 0.182 0.240 0.059 0.037 0.247 34 S 0.008 0.002 0.213 0.127 0.204 0.075 0.041 0.330 35 V 0.032 0.002 0.048 0.063 0.075 0.079 0.016 0.686 36 D 0.727 0.011 0.022 0.027 0.020 0.042 0.041 0.110 37 P 0.020 0.019 0.006 0.009 0.019 0.134 0.005 0.787 38 G 0.005 0.015 0.003 0.001 0.004 0.032 0.002 0.938 39 S 0.261 0.493 0.007 0.025 0.009 0.037 0.056 0.112 40 P 0.290 0.218 0.033 0.018 0.015 0.069 0.192 0.165 41 A 0.276 0.099 0.040 0.025 0.030 0.053 0.145 0.330 42 A 0.666 0.025 0.008 0.005 0.009 0.036 0.024 0.228 43 R 0.068 0.010 0.003 0.005 0.009 0.062 0.027 0.816 44 S 0.010 0.013 0.012 0.009 0.030 0.106 0.013 0.808 45 G 0.019 0.018 0.028 0.021 0.048 0.146 0.059 0.660 46 L 0.041 0.020 0.049 0.055 0.027 0.154 0.045 0.608 47 R 0.353 0.070 0.053 0.017 0.021 0.079 0.096 0.311 48 A 0.130 0.120 0.022 0.011 0.017 0.089 0.051 0.559 49 Q 0.043 0.069 0.051 0.018 0.076 0.112 0.109 0.521 50 D 0.017 0.043 0.044 0.079 0.158 0.099 0.130 0.431 51 R 0.006 0.015 0.128 0.273 0.356 0.042 0.045 0.135 52 L 0.009 0.008 0.094 0.186 0.347 0.054 0.067 0.234 53 I 0.003 0.002 0.136 0.337 0.368 0.028 0.052 0.073 54 E 0.041 0.002 0.071 0.149 0.308 0.063 0.037 0.330 55 V 0.406 0.004 0.021 0.119 0.083 0.065 0.082 0.221 56 N 0.019 0.003 0.012 0.020 0.054 0.133 0.009 0.751 57 G 0.012 0.002 0.011 0.009 0.044 0.096 0.010 0.815 58 Q 0.016 0.005 0.047 0.151 0.098 0.145 0.058 0.480 59 N 0.122 0.018 0.035 0.051 0.060 0.109 0.050 0.555 60 V 0.451 0.020 0.024 0.043 0.032 0.051 0.062 0.316 61 E 0.028 0.025 0.026 0.020 0.039 0.087 0.026 0.747 62 G 0.021 0.061 0.014 0.011 0.034 0.067 0.025 0.768 63 L 0.019 0.179 0.027 0.094 0.053 0.123 0.046 0.460 64 R 0.017 0.866 0.003 0.006 0.007 0.013 0.020 0.068 65 H 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 66 A 0.003 0.967 0.002 0.002 0.002 0.002 0.014 0.010 67 E 0.004 0.722 0.004 0.006 0.006 0.004 0.244 0.011 68 V 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.002 69 V 0.008 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 70 A 0.010 0.890 0.007 0.008 0.006 0.005 0.026 0.047 71 S 0.078 0.488 0.024 0.011 0.012 0.031 0.215 0.141 72 I 0.306 0.118 0.040 0.035 0.012 0.033 0.318 0.137 73 K 0.135 0.016 0.013 0.014 0.017 0.066 0.101 0.637 74 A 0.033 0.001 0.003 0.001 0.002 0.045 0.024 0.890 75 R 0.169 0.003 0.008 0.006 0.008 0.087 0.044 0.675 76 E 0.043 0.001 0.009 0.003 0.007 0.091 0.016 0.831 77 D 0.011 0.001 0.049 0.018 0.079 0.153 0.021 0.669 78 E 0.003 0.001 0.182 0.065 0.184 0.081 0.039 0.445 79 A 0.002 0.001 0.206 0.294 0.254 0.028 0.030 0.186 80 R 0.001 0.001 0.273 0.282 0.333 0.011 0.028 0.073 81 L 0.001 0.001 0.192 0.322 0.378 0.009 0.015 0.084 82 L 0.001 0.001 0.207 0.400 0.351 0.005 0.008 0.028 83 V 0.001 0.001 0.096 0.331 0.402 0.017 0.017 0.135 84 V 0.005 0.001 0.085 0.254 0.315 0.049 0.024 0.268 85 G 0.044 0.001 0.032 0.167 0.187 0.087 0.046 0.435 86 P 0.069 0.002 0.011 0.026 0.030 0.099 0.027 0.736 87 S 0.123 0.005 0.010 0.019 0.027 0.094 0.037 0.685 88 T 0.085 0.006 0.008 0.013 0.020 0.120 0.036 0.713 89 R 0.054 0.008 0.011 0.022 0.039 0.121 0.041 0.702 90 L 0.036 0.009 0.014 0.027 0.049 0.101 0.043 0.721