# TARGET T0340 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.524 0.204 0.060 0.088 0.044 0.029 0.021 0.012 0.009 0.006 0.003 2 M 0.416 0.139 0.055 0.130 0.087 0.061 0.052 0.028 0.018 0.009 0.005 3 L 0.224 0.153 0.047 0.109 0.106 0.098 0.101 0.070 0.050 0.029 0.013 4 R 0.334 0.294 0.061 0.165 0.082 0.031 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 5 P 0.270 0.071 0.046 0.124 0.113 0.089 0.091 0.069 0.057 0.043 0.028 6 R 0.053 0.071 0.035 0.165 0.143 0.140 0.203 0.098 0.054 0.027 0.011 7 L 0.013 0.073 0.077 0.407 0.227 0.120 0.054 0.017 0.007 0.003 0.001 8 C 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.019 0.081 0.157 0.281 0.264 0.179 9 H 0.012 0.087 0.108 0.435 0.246 0.077 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 10 L 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.008 0.044 0.096 0.238 0.315 0.287 11 R 0.014 0.060 0.046 0.337 0.296 0.145 0.071 0.019 0.009 0.002 0.001 12 K 0.050 0.082 0.021 0.094 0.106 0.132 0.216 0.136 0.097 0.048 0.019 13 G 0.123 0.166 0.057 0.222 0.154 0.106 0.081 0.041 0.026 0.015 0.008 14 P 0.613 0.191 0.051 0.075 0.034 0.017 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 15 Q 0.497 0.184 0.036 0.133 0.072 0.033 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 16 G 0.080 0.121 0.042 0.193 0.172 0.143 0.109 0.068 0.042 0.022 0.010 17 Y 0.003 0.011 0.005 0.041 0.071 0.118 0.210 0.184 0.167 0.118 0.072 18 G 0.017 0.054 0.047 0.196 0.202 0.180 0.144 0.080 0.043 0.023 0.013 19 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.026 0.092 0.164 0.252 0.260 0.189 20 N 0.033 0.127 0.058 0.323 0.241 0.097 0.068 0.027 0.013 0.007 0.005 21 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.036 0.081 0.196 0.306 0.365 22 H 0.020 0.078 0.060 0.276 0.224 0.148 0.116 0.039 0.021 0.010 0.007 23 S 0.055 0.088 0.030 0.121 0.114 0.118 0.200 0.113 0.083 0.052 0.026 24 D 0.335 0.181 0.074 0.166 0.084 0.057 0.047 0.021 0.015 0.012 0.009 25 K 0.355 0.202 0.064 0.139 0.078 0.054 0.050 0.021 0.016 0.011 0.009 26 S 0.378 0.181 0.041 0.099 0.068 0.059 0.061 0.037 0.034 0.022 0.020 27 R 0.249 0.206 0.069 0.181 0.111 0.074 0.052 0.026 0.016 0.010 0.005 28 P 0.136 0.145 0.051 0.186 0.160 0.133 0.099 0.040 0.026 0.016 0.007 29 G 0.039 0.063 0.044 0.210 0.227 0.162 0.120 0.069 0.037 0.021 0.009 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.074 0.190 0.229 0.212 0.166 0.083 31 Y 0.001 0.011 0.018 0.107 0.175 0.181 0.225 0.134 0.083 0.041 0.023 32 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.044 0.121 0.208 0.273 0.339 33 R 0.014 0.029 0.024 0.170 0.236 0.174 0.190 0.088 0.045 0.019 0.011 34 S 0.076 0.253 0.047 0.256 0.166 0.085 0.071 0.024 0.013 0.005 0.002 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.028 0.068 0.159 0.273 0.461 36 D 0.101 0.274 0.100 0.262 0.155 0.061 0.032 0.008 0.004 0.002 0.001 37 P 0.255 0.202 0.068 0.186 0.106 0.072 0.067 0.025 0.012 0.006 0.002 38 G 0.508 0.117 0.037 0.105 0.071 0.057 0.042 0.021 0.017 0.013 0.011 39 S 0.062 0.154 0.043 0.124 0.115 0.108 0.114 0.080 0.086 0.062 0.051 40 P 0.119 0.129 0.046 0.140 0.129 0.112 0.122 0.073 0.063 0.040 0.027 41 A 0.102 0.031 0.016 0.043 0.049 0.068 0.117 0.114 0.150 0.148 0.162 42 A 0.076 0.095 0.077 0.217 0.180 0.127 0.102 0.056 0.035 0.020 0.014 43 R 0.116 0.094 0.098 0.190 0.148 0.119 0.093 0.055 0.043 0.025 0.019 44 S 0.106 0.052 0.036 0.062 0.066 0.089 0.163 0.124 0.127 0.106 0.069 45 G 0.486 0.170 0.055 0.111 0.061 0.040 0.035 0.017 0.013 0.008 0.005 46 L 0.006 0.004 0.002 0.007 0.009 0.015 0.049 0.084 0.167 0.231 0.425 47 R 0.114 0.226 0.125 0.203 0.127 0.092 0.063 0.021 0.013 0.008 0.007 48 A 0.201 0.128 0.067 0.170 0.126 0.105 0.102 0.048 0.029 0.017 0.007 49 Q 0.366 0.173 0.076 0.173 0.098 0.050 0.029 0.013 0.010 0.006 0.006 50 D 0.003 0.013 0.016 0.060 0.100 0.135 0.215 0.176 0.155 0.086 0.043 51 R 0.009 0.052 0.044 0.223 0.249 0.199 0.147 0.043 0.019 0.009 0.005 52 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.007 0.011 0.048 0.104 0.185 0.287 0.348 53 I 0.002 0.004 0.007 0.035 0.067 0.107 0.238 0.194 0.179 0.108 0.060 54 E 0.004 0.034 0.049 0.153 0.130 0.119 0.162 0.116 0.106 0.071 0.054 55 V 0.001 0.002 0.003 0.011 0.018 0.034 0.102 0.148 0.245 0.248 0.189 56 N 0.015 0.052 0.054 0.197 0.217 0.144 0.164 0.086 0.044 0.018 0.009 57 G 0.461 0.206 0.074 0.145 0.063 0.024 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 58 Q 0.055 0.124 0.081 0.245 0.200 0.146 0.091 0.034 0.015 0.006 0.003 59 N 0.218 0.337 0.073 0.194 0.101 0.042 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 60 V 0.005 0.003 0.001 0.005 0.010 0.021 0.076 0.105 0.247 0.220 0.307 61 E 0.141 0.241 0.108 0.240 0.135 0.066 0.047 0.013 0.005 0.002 0.001 62 G 0.431 0.214 0.058 0.139 0.072 0.043 0.028 0.007 0.004 0.002 0.001 63 L 0.007 0.007 0.005 0.024 0.041 0.069 0.151 0.183 0.185 0.178 0.150 64 R 0.090 0.683 0.066 0.097 0.035 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 65 H 0.005 0.014 0.012 0.058 0.133 0.213 0.269 0.141 0.095 0.042 0.019 66 A 0.753 0.128 0.029 0.041 0.022 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.009 0.048 0.088 0.431 0.250 0.108 0.051 0.011 0.003 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.102 0.215 0.331 0.305 69 V 0.001 0.001 0.007 0.030 0.098 0.272 0.321 0.145 0.074 0.036 0.018 70 A 0.003 0.018 0.696 0.178 0.063 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 71 S 0.001 0.001 0.006 0.029 0.084 0.233 0.415 0.143 0.052 0.027 0.011 72 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.063 0.201 0.347 0.366 73 K 0.002 0.008 0.080 0.186 0.298 0.211 0.154 0.040 0.013 0.005 0.003 74 A 0.010 0.044 0.750 0.110 0.051 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.008 0.021 0.019 0.057 0.091 0.192 0.374 0.133 0.059 0.032 0.015 76 E 0.643 0.196 0.042 0.062 0.026 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 77 D 0.267 0.168 0.098 0.180 0.106 0.082 0.059 0.022 0.010 0.005 0.003 78 E 0.075 0.172 0.139 0.347 0.166 0.072 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.073 0.157 0.287 0.265 0.205 80 R 0.005 0.057 0.081 0.472 0.258 0.099 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.047 0.120 0.270 0.315 0.232 82 L 0.005 0.028 0.031 0.304 0.326 0.173 0.091 0.027 0.010 0.003 0.001 83 V 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.011 0.062 0.116 0.261 0.308 0.227 84 V 0.009 0.040 0.040 0.299 0.283 0.150 0.106 0.042 0.022 0.007 0.003 85 G 0.058 0.103 0.033 0.121 0.138 0.139 0.199 0.111 0.065 0.026 0.007 86 P 0.291 0.193 0.078 0.199 0.106 0.054 0.039 0.021 0.011 0.007 0.002 87 S 0.484 0.241 0.042 0.105 0.057 0.030 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 88 T 0.436 0.116 0.030 0.079 0.064 0.059 0.067 0.056 0.047 0.032 0.014 89 R 0.451 0.302 0.046 0.093 0.046 0.025 0.017 0.009 0.006 0.003 0.001 90 L 0.373 0.174 0.049 0.111 0.080 0.060 0.056 0.037 0.030 0.019 0.011