# TARGET T0340 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0340.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1647.22 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.054 0.918 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.966 3 L 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.003 0.121 0.783 4 R 0.121 0.002 0.002 0.001 0.009 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.008 0.099 0.592 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 R 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.003 0.020 0.105 7 L 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.003 0.154 0.563 8 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.005 0.035 9 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.863 0.001 0.028 0.099 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.035 0.021 0.719 0.002 0.025 0.174 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.208 0.303 0.036 0.007 0.371 0.001 0.014 0.050 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.048 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.263 0.002 0.077 0.585 13 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.312 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.225 0.004 0.067 0.264 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 Q 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.174 0.745 16 G 0.510 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.035 0.034 0.370 17 Y 0.072 0.005 0.016 0.022 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.009 0.219 0.454 18 G 0.007 0.001 0.002 0.001 0.185 0.023 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.513 0.002 0.059 0.186 19 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.167 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.552 0.001 0.052 0.196 20 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.035 0.831 0.001 0.014 0.052 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.063 0.033 0.711 0.001 0.020 0.153 22 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 0.016 0.069 0.028 0.040 0.666 0.004 0.032 0.120 23 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.010 0.017 0.034 0.017 0.042 0.022 0.236 0.008 0.108 0.490 24 D 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.003 0.053 0.004 0.017 0.002 0.001 0.160 0.018 0.126 0.586 25 K 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.024 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.077 0.005 0.131 0.685 26 S 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.116 0.719 27 R 0.173 0.009 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.126 0.605 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 G 0.015 0.001 0.001 0.001 0.031 0.037 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.007 0.099 0.632 30 Q 0.100 0.003 0.007 0.003 0.014 0.034 0.047 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.007 0.077 0.351 31 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.648 0.001 0.055 0.235 32 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.008 0.009 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.634 0.002 0.041 0.244 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.903 0.001 0.015 0.070 34 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.390 0.005 0.061 0.524 35 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.766 0.004 0.032 0.177 36 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.240 0.004 0.304 0.432 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 38 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.002 0.241 0.414 39 S 0.488 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.046 0.440 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.003 0.219 0.669 42 A 0.132 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.275 0.551 43 R 0.130 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.191 44 S 0.115 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.024 0.265 45 G 0.556 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.181 0.008 0.201 46 L 0.078 0.015 0.652 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.057 0.149 47 R 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.001 0.615 0.235 48 A 0.029 0.013 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.002 0.120 0.693 49 Q 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.003 0.030 0.172 50 D 0.745 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.013 0.012 0.176 51 R 0.151 0.054 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.018 0.109 0.250 52 L 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.899 0.001 0.022 0.052 53 I 0.001 0.010 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.204 0.067 0.004 0.001 0.619 0.001 0.022 0.054 54 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.880 0.001 0.013 0.057 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.824 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.114 0.001 0.007 0.039 56 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.519 0.020 0.071 0.352 57 G 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.062 0.027 0.108 0.762 58 Q 0.323 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.006 0.002 0.001 0.033 0.008 0.286 0.315 59 N 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.134 0.788 60 V 0.003 0.002 0.001 0.003 0.742 0.017 0.004 0.002 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.016 0.137 61 E 0.019 0.011 0.003 0.001 0.008 0.066 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.320 0.513 62 G 0.098 0.009 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.028 0.104 0.706 63 L 0.662 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 0.049 0.211 64 R 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.368 0.607 65 H 0.012 0.007 0.006 0.002 0.029 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.004 0.043 0.821 66 A 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.074 0.884 67 E 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.495 0.469 68 V 0.004 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.098 69 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 S 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 72 I 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 73 K 0.029 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.022 74 A 0.144 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.002 0.061 75 R 0.310 0.358 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.003 0.166 76 E 0.162 0.113 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.032 0.635 77 D 0.022 0.008 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.178 0.664 78 E 0.169 0.002 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.007 0.151 0.433 79 A 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.755 0.001 0.059 0.170 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.001 0.020 0.043 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.001 0.015 0.063 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.004 0.014 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.808 0.001 0.018 0.153 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.002 0.013 0.049 85 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.310 0.005 0.151 0.508 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.003 0.155 0.725 88 T 0.208 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.047 0.695 89 R 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.006 0.142 0.656 90 L 0.105 0.014 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.007 0.107 0.702