# TARGET T0338 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.013 0.003 0.003 0.049 0.097 0.836 2 S 0.053 0.017 0.019 0.191 0.135 0.584 3 S 0.084 0.017 0.056 0.221 0.169 0.453 4 R 0.105 0.012 0.121 0.281 0.169 0.311 5 W 0.193 0.024 0.087 0.300 0.163 0.233 6 F 0.207 0.020 0.057 0.346 0.158 0.211 7 F 0.165 0.013 0.026 0.320 0.178 0.299 8 T 0.043 0.003 0.044 0.711 0.111 0.089 9 R 0.033 0.004 0.042 0.776 0.092 0.053 10 E 0.020 0.002 0.038 0.811 0.087 0.042 11 Q 0.015 0.003 0.028 0.800 0.086 0.067 12 L 0.009 0.003 0.021 0.832 0.067 0.067 13 E 0.009 0.003 0.018 0.705 0.112 0.153 14 N 0.008 0.004 0.011 0.331 0.174 0.472 15 T 0.007 0.010 0.019 0.149 0.273 0.542 16 P 0.006 0.008 0.075 0.241 0.374 0.297 17 S 0.006 0.007 0.172 0.206 0.432 0.176 18 R 0.006 0.005 0.220 0.189 0.433 0.148 19 R 0.010 0.010 0.221 0.202 0.412 0.146 20 C 0.011 0.007 0.103 0.175 0.452 0.252 21 G 0.015 0.016 0.040 0.090 0.418 0.422 22 V 0.023 0.026 0.016 0.066 0.321 0.548 23 E 0.024 0.017 0.010 0.091 0.239 0.619 24 A 0.004 0.001 0.033 0.798 0.092 0.071 25 D 0.004 0.001 0.023 0.870 0.064 0.037 26 K 0.003 0.001 0.018 0.911 0.041 0.026 27 E 0.002 0.001 0.005 0.964 0.013 0.015 28 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.006 29 S 0.001 0.001 0.002 0.983 0.006 0.008 30 C 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.008 31 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 32 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 34 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 35 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 37 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 38 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 41 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 42 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.004 43 Q 0.001 0.001 0.011 0.962 0.018 0.009 44 R 0.001 0.001 0.016 0.946 0.022 0.015 45 L 0.001 0.001 0.010 0.892 0.030 0.066 46 N 0.001 0.001 0.002 0.030 0.062 0.905 47 V 0.003 0.003 0.001 0.018 0.093 0.882 48 S 0.005 0.003 0.004 0.050 0.107 0.831 49 Q 0.003 0.001 0.026 0.835 0.049 0.086 50 L 0.004 0.001 0.016 0.945 0.018 0.016 51 T 0.003 0.001 0.016 0.958 0.011 0.011 52 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 53 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 61 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 62 F 0.005 0.001 0.004 0.973 0.010 0.008 63 Y 0.018 0.001 0.010 0.910 0.030 0.031 64 M 0.032 0.005 0.014 0.784 0.075 0.090 65 H 0.038 0.005 0.018 0.574 0.165 0.200 66 H 0.047 0.011 0.014 0.406 0.214 0.308 67 S 0.061 0.020 0.035 0.240 0.280 0.365 68 F 0.025 0.006 0.356 0.265 0.265 0.083 69 T 0.019 0.004 0.444 0.196 0.269 0.067 70 K 0.019 0.005 0.344 0.279 0.274 0.078 71 F 0.016 0.009 0.040 0.354 0.286 0.296 72 N 0.005 0.004 0.006 0.148 0.192 0.644 73 K 0.001 0.001 0.019 0.903 0.041 0.035 74 N 0.003 0.001 0.017 0.940 0.025 0.015 75 I 0.002 0.001 0.015 0.969 0.008 0.005 76 I 0.002 0.001 0.006 0.987 0.002 0.002 77 S 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 78 S 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 81 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.003 0.004 82 F 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.005 83 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.008 0.005 84 A 0.001 0.001 0.009 0.972 0.010 0.007 85 A 0.004 0.002 0.016 0.881 0.042 0.055 86 K 0.014 0.005 0.041 0.664 0.120 0.155 87 V 0.032 0.020 0.058 0.597 0.152 0.141 88 E 0.042 0.016 0.051 0.573 0.210 0.108 89 E 0.036 0.006 0.046 0.418 0.289 0.205 90 Q 0.025 0.005 0.020 0.216 0.344 0.389 91 A 0.018 0.008 0.011 0.111 0.284 0.568 92 R 0.014 0.010 0.009 0.149 0.215 0.604 93 K 0.016 0.010 0.016 0.209 0.194 0.554 94 L 0.021 0.006 0.033 0.646 0.102 0.192 95 E 0.020 0.002 0.023 0.859 0.042 0.054 96 H 0.027 0.002 0.025 0.887 0.026 0.032 97 V 0.031 0.001 0.012 0.938 0.009 0.010 98 I 0.047 0.001 0.008 0.932 0.006 0.005 99 K 0.057 0.001 0.007 0.922 0.007 0.007 100 V 0.064 0.001 0.006 0.911 0.008 0.009 101 A 0.064 0.001 0.008 0.896 0.013 0.017 102 H 0.065 0.002 0.020 0.867 0.023 0.023 103 A 0.070 0.003 0.040 0.766 0.062 0.059 104 C 0.070 0.008 0.057 0.669 0.108 0.088 105 L 0.103 0.017 0.049 0.430 0.215 0.186 106 H 0.063 0.009 0.048 0.257 0.378 0.244 107 P 0.034 0.008 0.064 0.187 0.479 0.228 108 L 0.020 0.005 0.079 0.124 0.554 0.217 109 E 0.026 0.011 0.083 0.121 0.552 0.207 110 P 0.043 0.024 0.084 0.143 0.437 0.269 111 L 0.056 0.020 0.076 0.145 0.361 0.342 112 L 0.058 0.015 0.085 0.166 0.360 0.315 113 D 0.057 0.019 0.075 0.199 0.334 0.316 114 T 0.057 0.017 0.080 0.251 0.321 0.274 115 K 0.044 0.009 0.065 0.302 0.330 0.249 116 C 0.029 0.005 0.080 0.417 0.310 0.159 117 D 0.025 0.006 0.082 0.479 0.279 0.129 118 A 0.030 0.008 0.068 0.468 0.248 0.179 119 Y 0.040 0.010 0.049 0.446 0.216 0.239 120 L 0.033 0.007 0.055 0.585 0.157 0.164 121 Q 0.035 0.012 0.037 0.552 0.140 0.224 122 Q 0.016 0.003 0.018 0.729 0.054 0.179 123 T 0.001 0.001 0.007 0.975 0.006 0.010 124 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.006 0.005 125 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.005 126 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 133 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 135 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 136 T 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 137 L 0.002 0.002 0.006 0.887 0.030 0.073 138 G 0.006 0.001 0.003 0.016 0.107 0.868 139 F 0.101 0.003 0.004 0.006 0.145 0.741 140 E 0.604 0.006 0.003 0.003 0.099 0.284 141 I 0.885 0.007 0.001 0.003 0.029 0.075 142 T 0.834 0.006 0.003 0.003 0.057 0.098 143 I 0.680 0.010 0.004 0.006 0.113 0.187 144 E 0.287 0.005 0.004 0.013 0.209 0.481 145 H 0.085 0.013 0.004 0.015 0.321 0.562 146 P 0.030 0.008 0.018 0.156 0.301 0.486 147 H 0.025 0.007 0.039 0.411 0.225 0.293 148 T 0.020 0.006 0.044 0.706 0.113 0.111 149 D 0.007 0.003 0.035 0.905 0.021 0.029 150 V 0.005 0.001 0.012 0.964 0.008 0.010 151 V 0.004 0.001 0.008 0.976 0.007 0.005 152 K 0.004 0.001 0.007 0.977 0.008 0.004 153 C 0.004 0.001 0.005 0.976 0.010 0.005 154 T 0.003 0.001 0.010 0.950 0.024 0.012 155 Q 0.002 0.001 0.017 0.907 0.051 0.022 156 L 0.002 0.001 0.019 0.871 0.068 0.038 157 V 0.002 0.001 0.018 0.802 0.090 0.087 158 R 0.003 0.003 0.030 0.239 0.304 0.421 159 A 0.003 0.004 0.026 0.166 0.351 0.450 160 S 0.004 0.003 0.010 0.132 0.265 0.586 161 K 0.003 0.001 0.011 0.649 0.172 0.164 162 D 0.006 0.002 0.012 0.767 0.103 0.110 163 L 0.005 0.002 0.011 0.943 0.023 0.016 164 A 0.004 0.001 0.005 0.979 0.006 0.006 165 Q 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 166 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 167 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 169 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 170 M 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 171 A 0.001 0.001 0.010 0.965 0.014 0.009 172 T 0.002 0.001 0.032 0.914 0.035 0.016 173 N 0.002 0.001 0.039 0.879 0.050 0.029 174 S 0.005 0.002 0.038 0.766 0.111 0.077 175 L 0.021 0.012 0.050 0.485 0.206 0.226 176 H 0.053 0.028 0.034 0.251 0.348 0.286 177 L 0.059 0.008 0.043 0.243 0.392 0.255 178 T 0.038 0.002 0.022 0.118 0.431 0.388 179 T 0.073 0.009 0.062 0.198 0.381 0.277 180 F 0.209 0.030 0.083 0.220 0.266 0.192 181 C 0.219 0.013 0.140 0.292 0.209 0.127 182 L 0.245 0.012 0.160 0.219 0.242 0.122 183 Q 0.168 0.038 0.072 0.236 0.251 0.235 184 Y 0.052 0.023 0.029 0.307 0.200 0.388 185 K 0.007 0.006 0.005 0.168 0.190 0.624 186 P 0.001 0.001 0.009 0.938 0.027 0.025 187 T 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.005 188 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 195 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 196 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 197 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 198 C 0.001 0.001 0.007 0.975 0.015 0.003 199 K 0.001 0.001 0.013 0.925 0.046 0.016 200 W 0.001 0.001 0.012 0.900 0.057 0.030 201 S 0.001 0.004 0.014 0.755 0.093 0.133 202 N 0.003 0.002 0.005 0.037 0.163 0.790 203 W 0.034 0.011 0.013 0.030 0.215 0.697 204 E 0.094 0.017 0.016 0.030 0.187 0.656 205 I 0.134 0.027 0.027 0.045 0.215 0.553 206 P 0.149 0.020 0.038 0.048 0.201 0.544 207 V 0.128 0.021 0.074 0.063 0.325 0.389 208 S 0.068 0.012 0.096 0.102 0.396 0.326 209 T 0.051 0.014 0.077 0.089 0.478 0.291 210 D 0.044 0.012 0.061 0.099 0.519 0.265 211 G 0.053 0.010 0.029 0.095 0.467 0.347 212 K 0.136 0.024 0.027 0.081 0.373 0.359 213 H 0.252 0.024 0.023 0.086 0.269 0.348 214 W 0.339 0.013 0.047 0.166 0.199 0.236 215 W 0.433 0.015 0.045 0.212 0.133 0.162 216 E 0.377 0.011 0.061 0.350 0.113 0.088 217 Y 0.363 0.009 0.048 0.377 0.114 0.089 218 V 0.390 0.015 0.047 0.307 0.147 0.094 219 D 0.286 0.011 0.055 0.257 0.280 0.111 220 P 0.118 0.004 0.038 0.176 0.445 0.219 221 T 0.052 0.008 0.007 0.013 0.351 0.570 222 V 0.038 0.063 0.001 0.004 0.183 0.711 223 T 0.008 0.007 0.001 0.007 0.067 0.911 224 L 0.001 0.001 0.045 0.915 0.022 0.017 225 E 0.001 0.001 0.038 0.939 0.018 0.004 226 L 0.001 0.001 0.036 0.954 0.008 0.002 227 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 228 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 229 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 230 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 231 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 232 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 234 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 235 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 236 Q 0.001 0.001 0.002 0.980 0.009 0.008 237 I 0.001 0.001 0.004 0.975 0.011 0.010 238 L 0.001 0.001 0.009 0.940 0.028 0.022 239 E 0.002 0.003 0.019 0.862 0.060 0.055 240 K 0.002 0.002 0.019 0.658 0.136 0.182 241 T 0.003 0.002 0.015 0.287 0.269 0.424 242 P 0.002 0.003 0.063 0.309 0.392 0.230 243 N 0.002 0.003 0.121 0.400 0.349 0.124 244 R 0.005 0.005 0.142 0.403 0.333 0.113 245 L 0.009 0.007 0.086 0.451 0.295 0.151 246 K 0.017 0.007 0.054 0.511 0.215 0.196 247 K 0.016 0.009 0.039 0.618 0.142 0.176 248 I 0.022 0.008 0.034 0.571 0.142 0.223 249 R 0.021 0.005 0.028 0.585 0.159 0.202 250 N 0.013 0.003 0.025 0.580 0.151 0.228 251 W 0.011 0.004 0.033 0.563 0.171 0.218 252 R 0.016 0.004 0.043 0.510 0.189 0.239 253 A 0.014 0.006 0.069 0.427 0.243 0.241 254 N 0.008 0.007 0.042 0.337 0.184 0.422 255 Q 0.003 0.003 0.016 0.136 0.115 0.727 256 A 0.001 0.001 0.002 0.014 0.032 0.951