# TARGET T0338 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 328 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.608 0.192 0.110 0.061 0.022 0.007 0.001 2 S 0.476 0.186 0.121 0.111 0.074 0.029 0.003 3 S 0.455 0.227 0.124 0.100 0.064 0.027 0.004 4 R 0.479 0.217 0.119 0.091 0.062 0.029 0.004 5 W 0.352 0.197 0.150 0.147 0.095 0.052 0.007 6 F 0.324 0.145 0.136 0.160 0.138 0.085 0.011 7 F 0.433 0.225 0.145 0.110 0.065 0.020 0.001 8 T 0.503 0.250 0.126 0.076 0.033 0.010 0.001 9 R 0.544 0.247 0.121 0.064 0.019 0.004 0.001 10 E 0.566 0.247 0.109 0.053 0.020 0.005 0.001 11 Q 0.492 0.252 0.137 0.083 0.030 0.006 0.001 12 L 0.472 0.228 0.147 0.097 0.044 0.011 0.001 13 E 0.514 0.258 0.127 0.070 0.024 0.006 0.001 14 N 0.439 0.224 0.151 0.115 0.056 0.014 0.001 15 T 0.400 0.238 0.159 0.122 0.061 0.018 0.001 16 P 0.574 0.215 0.108 0.067 0.028 0.008 0.001 17 S 0.544 0.208 0.115 0.080 0.040 0.012 0.001 18 R 0.573 0.226 0.107 0.060 0.027 0.008 0.001 19 R 0.443 0.190 0.144 0.132 0.069 0.020 0.002 20 C 0.539 0.236 0.119 0.068 0.028 0.009 0.001 21 G 0.525 0.242 0.119 0.071 0.032 0.010 0.001 22 V 0.319 0.197 0.176 0.180 0.098 0.028 0.003 23 E 0.518 0.268 0.124 0.060 0.023 0.006 0.001 24 A 0.370 0.271 0.175 0.126 0.047 0.010 0.001 25 D 0.568 0.279 0.093 0.041 0.014 0.004 0.001 26 K 0.289 0.280 0.209 0.144 0.060 0.016 0.002 27 E 0.114 0.138 0.163 0.240 0.223 0.109 0.013 28 L 0.127 0.242 0.238 0.211 0.131 0.046 0.005 29 S 0.118 0.255 0.278 0.219 0.094 0.032 0.004 30 C 0.010 0.019 0.039 0.124 0.319 0.427 0.063 31 R 0.004 0.015 0.041 0.129 0.302 0.427 0.081 32 Q 0.025 0.132 0.230 0.289 0.227 0.087 0.010 33 Q 0.009 0.047 0.151 0.353 0.306 0.122 0.012 34 A 0.001 0.002 0.003 0.015 0.103 0.618 0.258 35 A 0.001 0.009 0.040 0.174 0.378 0.347 0.050 36 N 0.009 0.115 0.269 0.340 0.197 0.068 0.003 37 L 0.001 0.005 0.030 0.200 0.458 0.285 0.022 38 I 0.001 0.002 0.003 0.012 0.091 0.626 0.265 39 Q 0.007 0.065 0.193 0.366 0.278 0.085 0.006 40 E 0.019 0.161 0.298 0.317 0.158 0.044 0.003 41 M 0.004 0.012 0.029 0.121 0.359 0.431 0.043 42 G 0.014 0.054 0.148 0.309 0.322 0.142 0.011 43 Q 0.126 0.401 0.279 0.135 0.044 0.013 0.001 44 R 0.073 0.245 0.296 0.269 0.099 0.016 0.001 45 L 0.010 0.035 0.099 0.289 0.391 0.165 0.010 46 N 0.148 0.404 0.292 0.117 0.032 0.006 0.001 47 V 0.046 0.070 0.127 0.299 0.309 0.132 0.017 48 S 0.189 0.326 0.231 0.157 0.072 0.023 0.002 49 Q 0.146 0.251 0.233 0.197 0.124 0.044 0.006 50 L 0.085 0.187 0.235 0.246 0.155 0.075 0.017 51 T 0.029 0.046 0.065 0.140 0.280 0.349 0.090 52 I 0.033 0.057 0.090 0.154 0.263 0.308 0.095 53 N 0.048 0.079 0.119 0.196 0.225 0.248 0.084 54 T 0.016 0.029 0.046 0.128 0.222 0.331 0.228 55 A 0.006 0.009 0.008 0.023 0.069 0.326 0.558 56 I 0.011 0.018 0.040 0.110 0.219 0.343 0.258 57 V 0.015 0.031 0.071 0.136 0.224 0.344 0.179 58 Y 0.004 0.005 0.012 0.038 0.114 0.431 0.396 59 M 0.002 0.004 0.009 0.035 0.111 0.411 0.427 60 H 0.012 0.046 0.096 0.184 0.272 0.299 0.091 61 R 0.012 0.044 0.094 0.208 0.313 0.268 0.061 62 F 0.007 0.012 0.024 0.071 0.195 0.544 0.148 63 Y 0.026 0.056 0.104 0.262 0.321 0.211 0.020 64 M 0.082 0.167 0.172 0.183 0.242 0.139 0.014 65 H 0.064 0.154 0.262 0.330 0.146 0.039 0.004 66 H 0.121 0.190 0.209 0.244 0.170 0.061 0.005 67 S 0.276 0.330 0.203 0.119 0.054 0.016 0.002 68 F 0.192 0.175 0.177 0.229 0.164 0.059 0.005 69 T 0.381 0.313 0.179 0.092 0.028 0.006 0.001 70 K 0.463 0.327 0.132 0.056 0.019 0.004 0.001 71 F 0.153 0.202 0.224 0.252 0.139 0.029 0.001 72 N 0.131 0.327 0.291 0.179 0.060 0.011 0.001 73 K 0.059 0.128 0.171 0.267 0.259 0.110 0.007 74 N 0.015 0.092 0.223 0.354 0.238 0.074 0.004 75 I 0.004 0.012 0.030 0.102 0.306 0.455 0.090 76 I 0.004 0.007 0.013 0.042 0.141 0.510 0.283 77 S 0.004 0.008 0.018 0.052 0.121 0.405 0.392 78 S 0.003 0.005 0.012 0.027 0.076 0.299 0.578 79 T 0.001 0.004 0.010 0.032 0.076 0.270 0.606 80 A 0.002 0.004 0.008 0.025 0.079 0.244 0.638 81 L 0.003 0.008 0.018 0.041 0.103 0.290 0.537 82 F 0.011 0.014 0.032 0.068 0.144 0.373 0.358 83 L 0.011 0.015 0.032 0.069 0.139 0.373 0.361 84 A 0.023 0.026 0.051 0.112 0.187 0.406 0.194 85 A 0.036 0.058 0.084 0.172 0.275 0.281 0.094 86 K 0.037 0.088 0.142 0.207 0.261 0.218 0.047 87 V 0.064 0.103 0.126 0.225 0.258 0.198 0.027 88 E 0.154 0.213 0.205 0.202 0.154 0.064 0.007 89 E 0.317 0.241 0.172 0.148 0.085 0.033 0.003 90 Q 0.385 0.241 0.168 0.119 0.066 0.019 0.002 91 A 0.246 0.240 0.198 0.187 0.097 0.030 0.002 92 R 0.372 0.234 0.163 0.129 0.073 0.026 0.003 93 K 0.328 0.274 0.184 0.125 0.061 0.024 0.004 94 L 0.091 0.125 0.169 0.237 0.235 0.126 0.017 95 E 0.120 0.242 0.273 0.219 0.105 0.037 0.005 96 H 0.113 0.263 0.245 0.215 0.114 0.042 0.006 97 V 0.019 0.055 0.097 0.198 0.320 0.273 0.038 98 I 0.005 0.016 0.047 0.152 0.337 0.389 0.053 99 K 0.024 0.161 0.314 0.301 0.137 0.056 0.006 100 V 0.011 0.054 0.148 0.300 0.317 0.160 0.010 101 A 0.003 0.006 0.014 0.065 0.253 0.550 0.110 102 H 0.011 0.060 0.163 0.297 0.286 0.164 0.018 103 A 0.065 0.281 0.286 0.209 0.111 0.043 0.005 104 C 0.016 0.059 0.145 0.292 0.329 0.151 0.008 105 L 0.070 0.226 0.269 0.253 0.138 0.041 0.002 106 H 0.177 0.282 0.247 0.175 0.090 0.026 0.002 107 P 0.452 0.296 0.141 0.078 0.026 0.006 0.001 108 L 0.569 0.257 0.115 0.045 0.012 0.002 0.001 109 E 0.703 0.193 0.065 0.027 0.009 0.002 0.001 110 P 0.486 0.243 0.144 0.085 0.034 0.008 0.001 111 L 0.459 0.234 0.148 0.103 0.045 0.011 0.001 112 L 0.440 0.231 0.141 0.110 0.057 0.020 0.002 113 D 0.450 0.216 0.140 0.116 0.058 0.018 0.002 114 T 0.486 0.241 0.135 0.089 0.038 0.010 0.001 115 K 0.519 0.222 0.121 0.085 0.040 0.012 0.001 116 C 0.507 0.223 0.123 0.089 0.042 0.014 0.002 117 D 0.532 0.234 0.110 0.074 0.037 0.012 0.001 118 A 0.320 0.254 0.172 0.139 0.082 0.029 0.004 119 Y 0.131 0.205 0.211 0.235 0.152 0.060 0.007 120 L 0.117 0.213 0.227 0.233 0.153 0.052 0.006 121 Q 0.177 0.234 0.221 0.202 0.123 0.040 0.003 122 Q 0.069 0.122 0.156 0.238 0.259 0.140 0.016 123 T 0.020 0.076 0.147 0.281 0.314 0.147 0.015 124 R 0.097 0.322 0.276 0.191 0.089 0.023 0.002 125 E 0.013 0.060 0.183 0.328 0.280 0.121 0.015 126 L 0.002 0.004 0.007 0.032 0.166 0.609 0.181 127 V 0.003 0.022 0.084 0.264 0.379 0.224 0.023 128 I 0.021 0.131 0.290 0.312 0.161 0.076 0.009 129 L 0.004 0.010 0.022 0.104 0.315 0.436 0.109 130 E 0.001 0.003 0.006 0.022 0.116 0.565 0.286 131 T 0.016 0.078 0.212 0.349 0.240 0.097 0.009 132 I 0.020 0.146 0.267 0.319 0.191 0.053 0.005 133 M 0.004 0.009 0.020 0.091 0.307 0.496 0.073 134 L 0.009 0.041 0.096 0.261 0.349 0.223 0.021 135 Q 0.114 0.471 0.273 0.109 0.028 0.005 0.001 136 T 0.115 0.276 0.294 0.224 0.078 0.012 0.001 137 L 0.017 0.053 0.117 0.267 0.367 0.171 0.008 138 G 0.089 0.289 0.303 0.223 0.079 0.015 0.001 139 F 0.062 0.103 0.125 0.197 0.250 0.224 0.038 140 E 0.026 0.111 0.260 0.329 0.194 0.071 0.008 141 I 0.021 0.033 0.059 0.144 0.314 0.350 0.078 142 T 0.059 0.157 0.198 0.250 0.194 0.116 0.026 143 I 0.045 0.087 0.128 0.242 0.246 0.197 0.055 144 E 0.089 0.224 0.228 0.191 0.148 0.095 0.025 145 H 0.026 0.080 0.140 0.270 0.275 0.171 0.037 146 P 0.032 0.063 0.078 0.156 0.258 0.323 0.090 147 H 0.014 0.065 0.144 0.271 0.303 0.175 0.028 148 T 0.035 0.188 0.292 0.274 0.145 0.058 0.007 149 D 0.006 0.024 0.061 0.186 0.334 0.317 0.072 150 V 0.003 0.005 0.008 0.035 0.167 0.571 0.211 151 V 0.015 0.119 0.279 0.345 0.183 0.054 0.004 152 K 0.028 0.181 0.302 0.298 0.146 0.043 0.003 153 C 0.003 0.008 0.024 0.114 0.373 0.445 0.033 154 T 0.007 0.028 0.101 0.302 0.376 0.177 0.009 155 Q 0.140 0.456 0.266 0.100 0.029 0.007 0.001 156 L 0.101 0.275 0.313 0.226 0.073 0.012 0.001 157 V 0.021 0.066 0.167 0.370 0.304 0.071 0.002 158 R 0.310 0.428 0.184 0.059 0.016 0.003 0.001 159 A 0.305 0.286 0.197 0.156 0.049 0.006 0.001 160 S 0.314 0.350 0.198 0.098 0.033 0.006 0.001 161 K 0.367 0.320 0.174 0.096 0.036 0.007 0.001 162 D 0.329 0.308 0.195 0.113 0.043 0.011 0.002 163 L 0.035 0.065 0.114 0.223 0.322 0.210 0.031 164 A 0.011 0.070 0.184 0.317 0.300 0.109 0.010 165 Q 0.033 0.143 0.230 0.313 0.204 0.071 0.006 166 T 0.007 0.023 0.057 0.154 0.335 0.364 0.061 167 S 0.001 0.003 0.005 0.021 0.122 0.555 0.294 168 Y 0.002 0.021 0.089 0.284 0.357 0.216 0.031 169 F 0.006 0.039 0.134 0.325 0.309 0.168 0.019 170 M 0.001 0.002 0.003 0.012 0.075 0.437 0.469 171 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.080 0.451 0.450 172 T 0.005 0.040 0.136 0.303 0.294 0.189 0.033 173 N 0.006 0.025 0.068 0.227 0.363 0.255 0.055 174 S 0.002 0.004 0.006 0.019 0.084 0.442 0.443 175 L 0.011 0.022 0.044 0.124 0.287 0.389 0.123 176 H 0.053 0.172 0.249 0.257 0.167 0.082 0.020 177 L 0.073 0.087 0.115 0.213 0.255 0.192 0.065 178 T 0.058 0.095 0.133 0.183 0.200 0.228 0.103 179 T 0.081 0.103 0.136 0.187 0.185 0.208 0.101 180 F 0.078 0.100 0.100 0.153 0.222 0.215 0.132 181 C 0.089 0.093 0.107 0.149 0.195 0.231 0.136 182 L 0.037 0.040 0.062 0.134 0.224 0.363 0.140 183 Q 0.047 0.102 0.164 0.244 0.244 0.162 0.037 184 Y 0.045 0.065 0.095 0.164 0.288 0.271 0.072 185 K 0.063 0.145 0.228 0.286 0.171 0.089 0.018 186 P 0.027 0.056 0.084 0.178 0.285 0.284 0.085 187 T 0.017 0.081 0.138 0.233 0.291 0.188 0.051 188 V 0.005 0.019 0.040 0.113 0.268 0.403 0.153 189 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.054 0.339 0.593 190 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.180 0.796 191 C 0.001 0.001 0.002 0.011 0.062 0.287 0.638 192 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.240 0.719 193 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.932 194 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.165 0.818 195 H 0.001 0.001 0.004 0.035 0.163 0.524 0.272 196 L 0.001 0.001 0.003 0.024 0.144 0.469 0.360 197 A 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.499 0.427 198 C 0.001 0.007 0.029 0.119 0.363 0.414 0.068 199 K 0.001 0.027 0.130 0.327 0.325 0.173 0.016 200 W 0.008 0.044 0.106 0.237 0.351 0.236 0.019 201 S 0.015 0.074 0.206 0.324 0.270 0.105 0.006 202 N 0.243 0.391 0.221 0.103 0.034 0.008 0.001 203 W 0.131 0.250 0.283 0.225 0.091 0.018 0.001 204 E 0.359 0.336 0.180 0.084 0.032 0.008 0.001 205 I 0.083 0.145 0.221 0.273 0.210 0.064 0.003 206 P 0.188 0.212 0.221 0.221 0.122 0.034 0.002 207 V 0.338 0.273 0.178 0.129 0.061 0.019 0.001 208 S 0.424 0.245 0.150 0.109 0.054 0.017 0.001 209 T 0.490 0.227 0.126 0.094 0.047 0.015 0.001 210 D 0.537 0.207 0.122 0.084 0.036 0.011 0.001 211 G 0.598 0.225 0.095 0.052 0.022 0.007 0.001 212 K 0.388 0.273 0.164 0.107 0.050 0.015 0.002 213 H 0.165 0.214 0.214 0.216 0.134 0.051 0.005 214 W 0.115 0.140 0.171 0.230 0.213 0.119 0.013 215 W 0.077 0.115 0.164 0.246 0.237 0.145 0.016 216 E 0.082 0.103 0.153 0.236 0.246 0.163 0.018 217 Y 0.066 0.081 0.116 0.217 0.290 0.198 0.032 218 V 0.131 0.203 0.210 0.204 0.157 0.081 0.014 219 D 0.121 0.185 0.213 0.236 0.161 0.073 0.011 220 P 0.113 0.207 0.205 0.232 0.157 0.077 0.009 221 T 0.268 0.305 0.190 0.129 0.071 0.034 0.004 222 V 0.063 0.115 0.186 0.279 0.255 0.094 0.009 223 T 0.245 0.403 0.210 0.104 0.032 0.007 0.001 224 L 0.073 0.244 0.330 0.253 0.088 0.013 0.001 225 E 0.581 0.345 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 226 L 0.041 0.223 0.364 0.268 0.089 0.014 0.002 227 L 0.002 0.010 0.040 0.173 0.465 0.296 0.014 228 D 0.007 0.130 0.358 0.344 0.139 0.022 0.001 229 E 0.040 0.339 0.359 0.201 0.049 0.011 0.001 230 L 0.001 0.005 0.019 0.098 0.391 0.449 0.036 231 T 0.001 0.002 0.008 0.056 0.298 0.563 0.074 232 H 0.010 0.179 0.407 0.301 0.086 0.017 0.001 233 E 0.009 0.085 0.280 0.384 0.198 0.042 0.001 234 F 0.001 0.003 0.005 0.031 0.224 0.642 0.095 235 L 0.007 0.046 0.172 0.359 0.307 0.104 0.005 236 Q 0.104 0.430 0.302 0.127 0.031 0.006 0.001 237 I 0.032 0.094 0.191 0.331 0.274 0.076 0.003 238 L 0.035 0.077 0.168 0.329 0.299 0.088 0.004 239 E 0.317 0.368 0.194 0.085 0.029 0.007 0.001 240 K 0.388 0.362 0.158 0.070 0.018 0.003 0.001 241 T 0.234 0.249 0.247 0.191 0.068 0.010 0.001 242 P 0.572 0.267 0.107 0.040 0.011 0.002 0.001 243 N 0.683 0.202 0.073 0.032 0.009 0.001 0.001 244 R 0.570 0.246 0.106 0.056 0.019 0.003 0.001 245 L 0.382 0.246 0.193 0.126 0.045 0.007 0.001 246 K 0.620 0.247 0.087 0.035 0.009 0.001 0.001 247 K 0.507 0.268 0.139 0.066 0.017 0.002 0.001 248 I 0.428 0.236 0.178 0.114 0.039 0.005 0.001 249 R 0.484 0.233 0.150 0.096 0.033 0.004 0.001 250 N 0.687 0.202 0.073 0.028 0.008 0.001 0.001 251 W 0.580 0.227 0.117 0.058 0.016 0.002 0.001 252 R 0.624 0.226 0.094 0.043 0.011 0.001 0.001 253 A 0.564 0.229 0.123 0.064 0.017 0.002 0.001 254 N 0.797 0.147 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 255 Q 0.828 0.125 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 256 A 0.850 0.116 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001