# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.055 0.082 0.011 0.019 0.028 0.105 0.023 0.678 2 S 0.064 0.165 0.011 0.015 0.027 0.079 0.061 0.577 3 S 0.201 0.279 0.008 0.011 0.021 0.077 0.052 0.351 4 R 0.041 0.044 0.022 0.032 0.043 0.080 0.398 0.340 5 W 0.024 0.131 0.028 0.032 0.045 0.128 0.205 0.406 6 F 0.051 0.230 0.035 0.031 0.063 0.124 0.042 0.423 7 F 0.018 0.160 0.047 0.039 0.038 0.092 0.034 0.572 8 T 0.088 0.675 0.014 0.010 0.015 0.020 0.075 0.104 9 R 0.228 0.516 0.014 0.009 0.010 0.031 0.070 0.122 10 E 0.107 0.125 0.036 0.030 0.037 0.072 0.173 0.420 11 Q 0.129 0.047 0.019 0.018 0.026 0.100 0.195 0.466 12 L 0.081 0.036 0.011 0.012 0.020 0.125 0.064 0.650 13 E 0.014 0.013 0.012 0.013 0.030 0.119 0.023 0.777 14 N 0.020 0.016 0.006 0.009 0.013 0.120 0.032 0.784 15 T 0.177 0.139 0.011 0.020 0.015 0.111 0.067 0.460 16 P 0.230 0.171 0.010 0.009 0.013 0.078 0.039 0.450 17 S 0.095 0.095 0.029 0.019 0.027 0.108 0.091 0.538 18 R 0.242 0.068 0.018 0.018 0.026 0.090 0.042 0.496 19 R 0.255 0.044 0.019 0.027 0.036 0.088 0.060 0.471 20 C 0.028 0.025 0.011 0.014 0.032 0.125 0.016 0.750 21 G 0.015 0.028 0.021 0.028 0.066 0.099 0.034 0.708 22 V 0.045 0.055 0.013 0.036 0.028 0.107 0.025 0.691 23 E 0.241 0.307 0.019 0.035 0.031 0.052 0.088 0.226 24 A 0.091 0.289 0.007 0.012 0.019 0.061 0.032 0.490 25 D 0.069 0.265 0.018 0.016 0.022 0.062 0.147 0.401 26 K 0.030 0.570 0.007 0.015 0.013 0.044 0.093 0.229 27 E 0.034 0.814 0.003 0.003 0.005 0.017 0.040 0.085 28 L 0.016 0.859 0.003 0.004 0.004 0.014 0.033 0.068 29 S 0.006 0.869 0.002 0.002 0.003 0.010 0.068 0.039 30 C 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 31 R 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 32 Q 0.002 0.734 0.001 0.001 0.001 0.002 0.250 0.008 33 Q 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 34 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 35 A 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 36 N 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 37 L 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 38 I 0.006 0.926 0.006 0.001 0.001 0.002 0.054 0.004 39 Q 0.013 0.801 0.009 0.002 0.001 0.008 0.138 0.028 40 E 0.023 0.809 0.018 0.002 0.002 0.010 0.077 0.060 41 M 0.117 0.629 0.025 0.005 0.006 0.027 0.087 0.103 42 G 0.136 0.105 0.042 0.014 0.014 0.060 0.281 0.347 43 Q 0.118 0.074 0.009 0.010 0.010 0.060 0.039 0.679 44 R 0.060 0.020 0.019 0.007 0.011 0.093 0.041 0.749 45 L 0.014 0.020 0.023 0.025 0.025 0.169 0.039 0.685 46 N 0.037 0.048 0.016 0.008 0.017 0.104 0.027 0.743 47 V 0.063 0.077 0.015 0.011 0.007 0.084 0.165 0.578 48 S 0.071 0.537 0.008 0.006 0.006 0.029 0.221 0.122 49 Q 0.038 0.470 0.008 0.003 0.006 0.042 0.218 0.217 50 L 0.004 0.189 0.018 0.012 0.014 0.036 0.641 0.086 51 T 0.006 0.870 0.004 0.003 0.005 0.009 0.081 0.022 52 I 0.005 0.953 0.002 0.002 0.004 0.005 0.014 0.017 53 N 0.004 0.847 0.009 0.009 0.017 0.007 0.084 0.023 54 T 0.004 0.870 0.008 0.006 0.010 0.006 0.086 0.011 55 A 0.003 0.924 0.009 0.004 0.005 0.004 0.042 0.009 56 I 0.006 0.866 0.029 0.015 0.013 0.005 0.055 0.012 57 V 0.009 0.878 0.022 0.009 0.014 0.009 0.039 0.020 58 Y 0.012 0.874 0.029 0.008 0.012 0.007 0.035 0.022 59 M 0.026 0.776 0.032 0.015 0.016 0.014 0.069 0.052 60 H 0.055 0.665 0.021 0.017 0.014 0.023 0.082 0.122 61 R 0.050 0.530 0.036 0.021 0.025 0.039 0.086 0.214 62 F 0.198 0.221 0.043 0.029 0.039 0.065 0.089 0.317 63 Y 0.185 0.041 0.029 0.045 0.038 0.082 0.145 0.436 64 M 0.042 0.026 0.009 0.015 0.025 0.080 0.044 0.758 65 H 0.034 0.014 0.011 0.016 0.031 0.095 0.066 0.734 66 H 0.037 0.019 0.014 0.050 0.047 0.139 0.065 0.630 67 S 0.100 0.031 0.015 0.019 0.035 0.097 0.050 0.654 68 F 0.086 0.018 0.023 0.037 0.034 0.096 0.114 0.593 69 T 0.102 0.050 0.019 0.022 0.029 0.090 0.082 0.606 70 K 0.042 0.045 0.013 0.011 0.014 0.091 0.040 0.744 71 F 0.030 0.243 0.018 0.014 0.015 0.086 0.025 0.570 72 N 0.051 0.772 0.003 0.003 0.006 0.017 0.019 0.129 73 K 0.012 0.455 0.013 0.008 0.013 0.034 0.327 0.139 74 N 0.003 0.240 0.009 0.006 0.011 0.009 0.700 0.021 75 I 0.001 0.035 0.001 0.002 0.002 0.002 0.954 0.004 76 I 0.001 0.914 0.004 0.004 0.005 0.002 0.062 0.007 77 S 0.002 0.967 0.002 0.002 0.006 0.002 0.012 0.007 78 S 0.002 0.926 0.003 0.005 0.004 0.003 0.048 0.008 79 T 0.003 0.962 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 0.003 80 A 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.005 81 L 0.008 0.915 0.015 0.004 0.004 0.006 0.040 0.009 82 F 0.013 0.872 0.025 0.004 0.005 0.007 0.050 0.024 83 L 0.015 0.899 0.017 0.003 0.004 0.007 0.024 0.031 84 A 0.026 0.774 0.045 0.008 0.009 0.016 0.050 0.073 85 A 0.042 0.610 0.030 0.018 0.015 0.034 0.061 0.190 86 K 0.082 0.430 0.042 0.022 0.024 0.048 0.112 0.240 87 V 0.213 0.297 0.027 0.014 0.016 0.052 0.112 0.269 88 E 0.090 0.140 0.017 0.027 0.028 0.068 0.086 0.544 89 E 0.029 0.032 0.009 0.007 0.008 0.062 0.026 0.828 90 Q 0.154 0.185 0.011 0.017 0.015 0.072 0.092 0.454 91 A 0.066 0.118 0.010 0.006 0.008 0.091 0.032 0.668 92 R 0.031 0.106 0.016 0.011 0.013 0.113 0.046 0.664 93 K 0.061 0.464 0.007 0.007 0.006 0.048 0.058 0.348 94 L 0.066 0.761 0.004 0.003 0.004 0.019 0.059 0.086 95 E 0.017 0.723 0.012 0.007 0.011 0.027 0.072 0.131 96 H 0.014 0.803 0.011 0.012 0.017 0.015 0.042 0.086 97 V 0.026 0.697 0.035 0.016 0.027 0.033 0.077 0.090 98 I 0.035 0.409 0.089 0.048 0.059 0.043 0.202 0.117 99 K 0.111 0.333 0.061 0.047 0.056 0.049 0.149 0.195 100 V 0.093 0.139 0.069 0.032 0.044 0.082 0.151 0.389 101 A 0.080 0.055 0.080 0.052 0.086 0.109 0.102 0.436 102 H 0.126 0.018 0.033 0.032 0.049 0.082 0.066 0.594 103 A 0.027 0.005 0.023 0.026 0.027 0.089 0.034 0.768 104 C 0.026 0.006 0.039 0.041 0.066 0.130 0.031 0.660 105 L 0.039 0.004 0.017 0.019 0.030 0.114 0.024 0.754 106 H 0.041 0.006 0.028 0.032 0.024 0.142 0.033 0.695 107 P 0.024 0.021 0.020 0.015 0.021 0.136 0.032 0.731 108 L 0.096 0.045 0.013 0.007 0.009 0.097 0.040 0.694 109 E 0.436 0.111 0.019 0.017 0.015 0.063 0.103 0.237 110 P 0.112 0.072 0.024 0.015 0.032 0.090 0.096 0.560 111 L 0.042 0.038 0.042 0.026 0.079 0.132 0.088 0.552 112 L 0.029 0.041 0.054 0.072 0.112 0.131 0.064 0.498 113 D 0.022 0.032 0.039 0.052 0.090 0.124 0.033 0.608 114 T 0.071 0.085 0.039 0.041 0.049 0.116 0.051 0.547 115 K 0.144 0.317 0.026 0.027 0.033 0.074 0.065 0.314 116 C 0.100 0.391 0.016 0.013 0.025 0.053 0.043 0.359 117 D 0.047 0.451 0.021 0.035 0.039 0.050 0.077 0.280 118 A 0.043 0.470 0.019 0.032 0.038 0.059 0.067 0.272 119 Y 0.066 0.335 0.022 0.031 0.037 0.046 0.247 0.217 120 L 0.056 0.410 0.016 0.026 0.031 0.053 0.142 0.267 121 Q 0.040 0.504 0.010 0.014 0.017 0.047 0.065 0.302 122 Q 0.021 0.840 0.002 0.004 0.005 0.012 0.018 0.100 123 T 0.016 0.891 0.001 0.001 0.003 0.008 0.039 0.040 124 R 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.020 125 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 126 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 127 V 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.003 128 I 0.001 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.002 129 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 130 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 131 T 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.003 132 I 0.011 0.490 0.009 0.005 0.002 0.005 0.464 0.013 133 M 0.017 0.509 0.011 0.005 0.006 0.013 0.405 0.033 134 L 0.086 0.186 0.089 0.011 0.009 0.052 0.337 0.230 135 Q 0.380 0.083 0.018 0.016 0.016 0.057 0.052 0.377 136 T 0.090 0.013 0.018 0.003 0.004 0.051 0.035 0.785 137 L 0.021 0.007 0.035 0.013 0.033 0.265 0.034 0.592 138 G 0.012 0.002 0.049 0.020 0.053 0.104 0.101 0.659 139 F 0.011 0.004 0.057 0.087 0.063 0.103 0.087 0.590 140 E 0.011 0.003 0.330 0.098 0.146 0.058 0.070 0.284 141 I 0.013 0.002 0.153 0.128 0.152 0.062 0.047 0.443 142 T 0.013 0.002 0.299 0.106 0.116 0.051 0.047 0.365 143 I 0.017 0.005 0.102 0.092 0.138 0.093 0.039 0.514 144 E 0.021 0.005 0.047 0.031 0.041 0.100 0.055 0.701 145 H 0.112 0.046 0.042 0.058 0.037 0.128 0.155 0.423 146 P 0.062 0.216 0.011 0.006 0.010 0.080 0.041 0.572 147 H 0.063 0.630 0.006 0.005 0.006 0.034 0.017 0.240 148 T 0.015 0.858 0.006 0.006 0.007 0.015 0.025 0.069 149 D 0.014 0.937 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.021 150 V 0.007 0.103 0.003 0.002 0.002 0.005 0.868 0.010 151 V 0.003 0.442 0.004 0.006 0.005 0.007 0.518 0.015 152 K 0.008 0.937 0.003 0.002 0.006 0.005 0.015 0.025 153 C 0.019 0.877 0.011 0.011 0.013 0.010 0.027 0.033 154 T 0.052 0.600 0.036 0.021 0.030 0.022 0.149 0.090 155 Q 0.112 0.523 0.012 0.012 0.010 0.041 0.054 0.236 156 L 0.087 0.131 0.058 0.017 0.017 0.085 0.288 0.317 157 V 0.091 0.155 0.031 0.013 0.014 0.123 0.189 0.384 158 R 0.063 0.121 0.021 0.006 0.008 0.083 0.051 0.646 159 A 0.032 0.325 0.010 0.003 0.002 0.049 0.020 0.561 160 S 0.058 0.803 0.003 0.001 0.001 0.015 0.023 0.095 161 K 0.050 0.703 0.006 0.001 0.002 0.033 0.050 0.155 162 D 0.012 0.111 0.004 0.001 0.002 0.016 0.798 0.056 163 L 0.006 0.278 0.002 0.001 0.001 0.009 0.685 0.018 164 A 0.002 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.020 165 Q 0.002 0.958 0.002 0.002 0.002 0.004 0.009 0.021 166 T 0.002 0.966 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.006 167 S 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.004 168 Y 0.003 0.134 0.004 0.002 0.002 0.004 0.845 0.007 169 F 0.003 0.258 0.010 0.003 0.003 0.012 0.694 0.017 170 M 0.039 0.496 0.056 0.005 0.010 0.027 0.319 0.048 171 A 0.039 0.536 0.057 0.014 0.014 0.037 0.185 0.118 172 T 0.051 0.341 0.029 0.006 0.012 0.058 0.077 0.426 173 N 0.107 0.342 0.019 0.009 0.014 0.098 0.081 0.331 174 S 0.056 0.092 0.036 0.008 0.014 0.109 0.420 0.265 175 L 0.025 0.106 0.052 0.021 0.028 0.143 0.324 0.302 176 H 0.023 0.153 0.071 0.018 0.046 0.129 0.098 0.462 177 L 0.044 0.231 0.138 0.039 0.040 0.089 0.083 0.335 178 T 0.127 0.422 0.064 0.024 0.041 0.051 0.070 0.202 179 T 0.107 0.152 0.086 0.034 0.060 0.067 0.114 0.379 180 F 0.065 0.056 0.113 0.108 0.136 0.095 0.093 0.334 181 C 0.137 0.019 0.061 0.066 0.112 0.077 0.085 0.443 182 L 0.049 0.010 0.028 0.067 0.075 0.111 0.032 0.629 183 Q 0.004 0.006 0.021 0.025 0.065 0.092 0.036 0.751 184 Y 0.019 0.047 0.011 0.018 0.024 0.111 0.036 0.734 185 K 0.106 0.477 0.007 0.016 0.012 0.041 0.178 0.163 186 P 0.014 0.789 0.002 0.002 0.004 0.013 0.088 0.090 187 T 0.001 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.009 188 V 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 189 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 190 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 191 C 0.001 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.001 192 V 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 193 C 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 194 I 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 195 H 0.003 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 196 L 0.029 0.909 0.008 0.001 0.001 0.004 0.033 0.016 197 A 0.064 0.226 0.043 0.004 0.003 0.034 0.533 0.093 198 C 0.038 0.087 0.049 0.009 0.005 0.051 0.477 0.284 199 K 0.223 0.060 0.022 0.005 0.007 0.080 0.062 0.541 200 W 0.154 0.008 0.025 0.007 0.007 0.098 0.054 0.647 201 S 0.054 0.003 0.006 0.003 0.006 0.083 0.014 0.830 202 N 0.052 0.002 0.005 0.003 0.006 0.074 0.015 0.843 203 W 0.013 0.002 0.014 0.016 0.021 0.189 0.018 0.728 204 E 0.020 0.002 0.022 0.016 0.030 0.113 0.035 0.761 205 I 0.028 0.003 0.024 0.041 0.033 0.105 0.085 0.679 206 P 0.040 0.013 0.060 0.037 0.043 0.117 0.092 0.598 207 V 0.050 0.017 0.036 0.030 0.041 0.116 0.042 0.668 208 S 0.123 0.035 0.023 0.018 0.023 0.089 0.033 0.657 209 T 0.236 0.100 0.014 0.017 0.023 0.091 0.061 0.457 210 D 0.047 0.107 0.018 0.018 0.040 0.144 0.039 0.585 211 G 0.086 0.191 0.020 0.027 0.062 0.099 0.053 0.461 212 K 0.096 0.198 0.030 0.068 0.079 0.087 0.079 0.363 213 H 0.043 0.132 0.035 0.097 0.199 0.070 0.082 0.341 214 W 0.061 0.056 0.040 0.129 0.243 0.065 0.071 0.334 215 W 0.044 0.027 0.044 0.207 0.272 0.065 0.049 0.291 216 E 0.060 0.027 0.027 0.103 0.188 0.082 0.036 0.475 217 Y 0.006 0.006 0.040 0.123 0.204 0.107 0.054 0.458 218 V 0.057 0.010 0.017 0.035 0.049 0.097 0.030 0.705 219 D 0.531 0.021 0.009 0.026 0.020 0.036 0.186 0.171 220 P 0.028 0.053 0.011 0.010 0.019 0.117 0.032 0.729 221 T 0.014 0.061 0.011 0.007 0.022 0.095 0.015 0.776 222 V 0.017 0.132 0.024 0.037 0.015 0.095 0.043 0.637 223 T 0.041 0.913 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 0.019 224 L 0.046 0.914 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.019 225 E 0.005 0.918 0.006 0.003 0.002 0.007 0.016 0.043 226 L 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 227 L 0.009 0.269 0.001 0.001 0.001 0.002 0.714 0.005 228 D 0.002 0.585 0.001 0.001 0.001 0.002 0.403 0.006 229 E 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.013 230 L 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 231 T 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 232 H 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.012 233 E 0.003 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 234 F 0.010 0.960 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 235 L 0.026 0.853 0.032 0.002 0.001 0.007 0.053 0.028 236 Q 0.084 0.573 0.072 0.003 0.003 0.022 0.083 0.159 237 I 0.188 0.134 0.071 0.006 0.006 0.061 0.311 0.222 238 L 0.141 0.085 0.033 0.008 0.008 0.097 0.155 0.474 239 E 0.015 0.016 0.008 0.003 0.005 0.068 0.022 0.863 240 K 0.014 0.020 0.007 0.003 0.003 0.097 0.019 0.837 241 T 0.308 0.230 0.009 0.007 0.005 0.080 0.063 0.299 242 P 0.161 0.218 0.006 0.003 0.003 0.079 0.020 0.510 243 N 0.070 0.362 0.008 0.004 0.005 0.061 0.028 0.462 244 R 0.054 0.676 0.007 0.005 0.006 0.031 0.036 0.184 245 L 0.085 0.653 0.009 0.006 0.009 0.032 0.058 0.148 246 K 0.043 0.325 0.035 0.027 0.029 0.046 0.245 0.252 247 K 0.054 0.412 0.019 0.023 0.030 0.064 0.097 0.300 248 I 0.103 0.371 0.025 0.022 0.033 0.062 0.067 0.316 249 R 0.058 0.249 0.019 0.028 0.042 0.080 0.054 0.470 250 N 0.065 0.131 0.021 0.027 0.038 0.064 0.217 0.438 251 W 0.101 0.086 0.023 0.042 0.031 0.100 0.157 0.460 252 R 0.254 0.048 0.018 0.030 0.035 0.084 0.079 0.452 253 A 0.057 0.009 0.008 0.008 0.012 0.089 0.026 0.792 254 N 0.036 0.009 0.010 0.010 0.019 0.102 0.034 0.781 255 Q 0.055 0.013 0.009 0.011 0.015 0.100 0.038 0.760 256 A 0.052 0.019 0.016 0.023 0.029 0.132 0.046 0.682