# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.033 0.015 0.021 0.020 0.031 0.084 0.006 0.791 2 S 0.051 0.030 0.027 0.022 0.039 0.109 0.009 0.714 3 S 0.076 0.041 0.027 0.021 0.036 0.082 0.011 0.706 4 R 0.077 0.061 0.036 0.027 0.040 0.133 0.010 0.616 5 W 0.080 0.085 0.027 0.023 0.039 0.161 0.011 0.575 6 F 0.173 0.191 0.036 0.040 0.079 0.115 0.011 0.354 7 F 0.087 0.247 0.034 0.048 0.066 0.094 0.010 0.414 8 T 0.069 0.250 0.024 0.042 0.072 0.117 0.013 0.413 9 R 0.061 0.256 0.018 0.021 0.059 0.042 0.009 0.534 10 E 0.058 0.328 0.010 0.022 0.040 0.182 0.015 0.345 11 Q 0.137 0.477 0.010 0.015 0.020 0.101 0.021 0.219 12 L 0.142 0.636 0.011 0.012 0.016 0.022 0.017 0.144 13 E 0.099 0.483 0.026 0.027 0.029 0.037 0.026 0.273 14 N 0.121 0.186 0.029 0.017 0.025 0.035 0.057 0.529 15 T 0.183 0.116 0.034 0.034 0.041 0.069 0.018 0.507 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 S 0.010 0.015 0.011 0.021 0.053 0.311 0.005 0.573 18 R 0.454 0.031 0.016 0.008 0.013 0.096 0.018 0.363 19 R 0.261 0.150 0.023 0.021 0.028 0.189 0.010 0.319 20 C 0.275 0.112 0.045 0.047 0.049 0.108 0.025 0.338 21 G 0.209 0.075 0.034 0.034 0.040 0.053 0.020 0.535 22 V 0.145 0.030 0.049 0.043 0.086 0.081 0.015 0.552 23 E 0.032 0.024 0.020 0.053 0.086 0.094 0.005 0.687 24 A 0.005 0.006 0.005 0.008 0.018 0.015 0.001 0.942 25 D 0.017 0.025 0.011 0.020 0.041 0.104 0.004 0.779 26 K 0.098 0.032 0.011 0.010 0.019 0.100 0.008 0.722 27 E 0.114 0.140 0.013 0.017 0.029 0.275 0.010 0.403 28 L 0.128 0.259 0.017 0.015 0.027 0.076 0.009 0.470 29 S 0.055 0.354 0.009 0.015 0.018 0.120 0.009 0.419 30 C 0.136 0.428 0.012 0.011 0.018 0.069 0.015 0.312 31 R 0.100 0.614 0.011 0.009 0.020 0.062 0.009 0.176 32 Q 0.019 0.654 0.006 0.006 0.010 0.039 0.005 0.261 33 Q 0.016 0.842 0.002 0.003 0.004 0.021 0.003 0.107 34 A 0.016 0.912 0.002 0.002 0.002 0.010 0.003 0.053 35 A 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 36 N 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 39 Q 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 41 M 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 42 G 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 43 Q 0.008 0.966 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.012 44 R 0.027 0.918 0.005 0.004 0.003 0.003 0.011 0.029 45 L 0.078 0.819 0.016 0.013 0.008 0.004 0.025 0.036 46 N 0.217 0.304 0.036 0.032 0.017 0.030 0.084 0.280 47 V 0.140 0.168 0.208 0.036 0.041 0.042 0.022 0.343 48 S 0.024 0.067 0.024 0.016 0.031 0.121 0.007 0.711 49 Q 0.031 0.060 0.014 0.006 0.014 0.097 0.007 0.771 50 L 0.055 0.170 0.012 0.005 0.006 0.241 0.007 0.505 51 T 0.059 0.408 0.013 0.006 0.008 0.180 0.009 0.318 52 I 0.013 0.833 0.006 0.004 0.007 0.018 0.002 0.118 53 N 0.004 0.915 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.059 54 T 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 55 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 Y 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 59 M 0.005 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 60 H 0.004 0.979 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 61 R 0.018 0.951 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.014 62 F 0.025 0.938 0.003 0.005 0.004 0.003 0.008 0.014 63 Y 0.030 0.881 0.013 0.013 0.013 0.005 0.013 0.032 64 M 0.056 0.746 0.023 0.029 0.032 0.015 0.025 0.074 65 H 0.083 0.588 0.040 0.033 0.041 0.015 0.032 0.167 66 H 0.104 0.337 0.051 0.062 0.057 0.041 0.041 0.305 67 S 0.032 0.076 0.033 0.029 0.026 0.039 0.015 0.751 68 F 0.086 0.057 0.067 0.055 0.087 0.065 0.012 0.571 69 T 0.054 0.048 0.036 0.045 0.068 0.198 0.009 0.543 70 K 0.067 0.059 0.024 0.024 0.049 0.116 0.009 0.652 71 F 0.067 0.161 0.023 0.020 0.028 0.206 0.011 0.486 72 N 0.124 0.127 0.016 0.013 0.018 0.149 0.027 0.525 73 K 0.111 0.119 0.020 0.010 0.014 0.084 0.017 0.626 74 N 0.108 0.128 0.020 0.012 0.017 0.287 0.016 0.411 75 I 0.148 0.219 0.020 0.012 0.021 0.197 0.011 0.372 76 I 0.027 0.713 0.019 0.019 0.024 0.046 0.004 0.148 77 S 0.007 0.721 0.016 0.016 0.024 0.041 0.003 0.173 78 S 0.005 0.884 0.006 0.007 0.011 0.014 0.002 0.072 79 T 0.003 0.961 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.019 80 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 81 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 F 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 83 L 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 A 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 86 K 0.034 0.937 0.002 0.003 0.002 0.001 0.012 0.010 87 V 0.020 0.917 0.011 0.006 0.009 0.003 0.008 0.026 88 E 0.014 0.871 0.007 0.008 0.013 0.010 0.008 0.068 89 E 0.018 0.822 0.008 0.007 0.007 0.011 0.013 0.115 90 Q 0.067 0.750 0.015 0.009 0.009 0.020 0.022 0.109 91 A 0.037 0.621 0.022 0.012 0.011 0.019 0.014 0.265 92 R 0.052 0.546 0.055 0.056 0.045 0.042 0.019 0.185 93 K 0.053 0.320 0.024 0.026 0.031 0.096 0.016 0.436 94 L 0.101 0.395 0.039 0.026 0.063 0.043 0.013 0.320 95 E 0.031 0.358 0.029 0.021 0.026 0.143 0.010 0.382 96 H 0.113 0.261 0.012 0.011 0.016 0.200 0.025 0.362 97 V 0.144 0.604 0.025 0.014 0.016 0.030 0.016 0.152 98 I 0.023 0.734 0.049 0.029 0.028 0.019 0.009 0.110 99 K 0.030 0.473 0.061 0.034 0.052 0.043 0.020 0.286 100 V 0.072 0.451 0.069 0.033 0.053 0.042 0.022 0.258 101 A 0.038 0.566 0.101 0.049 0.052 0.033 0.016 0.145 102 H 0.066 0.324 0.093 0.043 0.051 0.064 0.037 0.322 103 A 0.096 0.226 0.122 0.050 0.049 0.045 0.026 0.386 104 C 0.075 0.114 0.074 0.046 0.054 0.062 0.028 0.547 105 L 0.066 0.042 0.048 0.027 0.045 0.040 0.017 0.714 106 H 0.027 0.019 0.033 0.036 0.040 0.073 0.006 0.766 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 108 L 0.089 0.019 0.026 0.022 0.070 0.094 0.009 0.669 109 E 0.093 0.025 0.022 0.018 0.022 0.127 0.008 0.684 110 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.984 111 L 0.194 0.116 0.043 0.034 0.065 0.116 0.012 0.421 112 L 0.177 0.239 0.073 0.051 0.037 0.049 0.022 0.350 113 D 0.097 0.172 0.090 0.048 0.079 0.045 0.023 0.446 114 T 0.132 0.145 0.141 0.054 0.083 0.077 0.018 0.350 115 K 0.069 0.173 0.073 0.046 0.063 0.190 0.019 0.366 116 C 0.057 0.099 0.068 0.026 0.042 0.109 0.024 0.576 117 D 0.082 0.138 0.043 0.021 0.022 0.123 0.020 0.551 118 A 0.203 0.073 0.039 0.017 0.031 0.163 0.019 0.455 119 Y 0.118 0.133 0.025 0.036 0.057 0.225 0.015 0.390 120 L 0.090 0.163 0.028 0.039 0.083 0.136 0.011 0.451 121 Q 0.056 0.276 0.015 0.038 0.054 0.096 0.008 0.457 122 Q 0.084 0.278 0.010 0.019 0.034 0.155 0.014 0.406 123 T 0.081 0.423 0.010 0.013 0.026 0.061 0.011 0.375 124 R 0.028 0.548 0.007 0.009 0.012 0.052 0.008 0.336 125 E 0.059 0.570 0.006 0.007 0.009 0.089 0.011 0.250 126 L 0.018 0.897 0.005 0.004 0.005 0.011 0.003 0.058 127 V 0.004 0.952 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.027 128 I 0.002 0.968 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.020 129 L 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 130 E 0.006 0.964 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 131 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 132 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 135 Q 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 136 T 0.028 0.939 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 0.009 137 L 0.062 0.845 0.016 0.012 0.007 0.002 0.035 0.021 138 G 0.197 0.301 0.100 0.038 0.037 0.030 0.096 0.201 139 F 0.087 0.141 0.305 0.076 0.054 0.040 0.046 0.251 140 E 0.078 0.066 0.302 0.109 0.103 0.071 0.021 0.250 141 I 0.023 0.022 0.205 0.069 0.084 0.051 0.007 0.539 142 T 0.017 0.017 0.315 0.153 0.155 0.073 0.009 0.260 143 I 0.028 0.012 0.244 0.129 0.132 0.048 0.008 0.399 144 E 0.016 0.012 0.097 0.055 0.120 0.076 0.008 0.615 145 H 0.032 0.006 0.055 0.045 0.075 0.156 0.005 0.626 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 147 H 0.013 0.010 0.018 0.019 0.058 0.238 0.004 0.641 148 T 0.140 0.023 0.008 0.008 0.011 0.159 0.006 0.644 149 D 0.058 0.145 0.007 0.011 0.012 0.095 0.004 0.668 150 V 0.091 0.371 0.016 0.015 0.035 0.118 0.007 0.347 151 V 0.024 0.691 0.010 0.009 0.016 0.047 0.003 0.199 152 K 0.008 0.874 0.002 0.004 0.007 0.017 0.002 0.085 153 C 0.009 0.948 0.002 0.002 0.004 0.005 0.002 0.029 154 T 0.003 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 155 Q 0.004 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 156 L 0.019 0.954 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.013 157 V 0.036 0.928 0.004 0.004 0.003 0.002 0.010 0.013 158 R 0.089 0.749 0.017 0.013 0.009 0.010 0.034 0.079 159 A 0.152 0.476 0.067 0.014 0.017 0.036 0.034 0.203 160 S 0.111 0.334 0.030 0.010 0.019 0.086 0.028 0.382 161 K 0.076 0.155 0.019 0.004 0.007 0.066 0.016 0.655 162 D 0.041 0.142 0.008 0.002 0.003 0.299 0.010 0.494 163 L 0.131 0.345 0.010 0.003 0.005 0.120 0.010 0.375 164 A 0.024 0.749 0.005 0.002 0.004 0.048 0.003 0.164 165 Q 0.014 0.821 0.004 0.002 0.004 0.042 0.003 0.110 166 T 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 167 S 0.006 0.967 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 168 Y 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 169 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 170 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 171 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 172 T 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 173 N 0.067 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.022 174 S 0.150 0.746 0.018 0.004 0.004 0.004 0.038 0.036 175 L 0.053 0.691 0.040 0.017 0.018 0.021 0.025 0.134 176 H 0.076 0.432 0.055 0.029 0.031 0.060 0.035 0.281 177 L 0.089 0.436 0.112 0.034 0.038 0.071 0.023 0.196 178 T 0.043 0.460 0.079 0.047 0.044 0.055 0.018 0.255 179 T 0.034 0.192 0.080 0.041 0.051 0.062 0.020 0.520 180 F 0.110 0.201 0.066 0.065 0.087 0.162 0.022 0.286 181 C 0.147 0.180 0.055 0.070 0.089 0.125 0.022 0.312 182 L 0.125 0.257 0.087 0.143 0.140 0.057 0.020 0.171 183 Q 0.094 0.141 0.069 0.081 0.107 0.065 0.025 0.419 184 Y 0.086 0.089 0.071 0.056 0.087 0.064 0.025 0.522 185 K 0.029 0.054 0.018 0.031 0.037 0.079 0.004 0.748 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 T 0.007 0.032 0.005 0.007 0.018 0.182 0.002 0.749 188 V 0.111 0.157 0.004 0.002 0.003 0.100 0.006 0.617 189 I 0.011 0.874 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.087 190 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 191 C 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 192 V 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 193 C 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 I 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 195 H 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 196 L 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 198 C 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 199 K 0.018 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 200 W 0.042 0.911 0.011 0.003 0.002 0.001 0.017 0.012 201 S 0.109 0.698 0.026 0.015 0.012 0.010 0.056 0.074 202 N 0.201 0.198 0.045 0.017 0.016 0.024 0.090 0.409 203 W 0.208 0.075 0.105 0.019 0.022 0.061 0.051 0.459 204 E 0.054 0.030 0.035 0.012 0.015 0.182 0.037 0.635 205 I 0.167 0.021 0.092 0.042 0.051 0.086 0.013 0.528 206 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 207 V 0.007 0.002 0.024 0.026 0.061 0.065 0.002 0.813 208 S 0.095 0.014 0.035 0.036 0.058 0.103 0.006 0.652 209 T 0.130 0.021 0.023 0.033 0.070 0.109 0.008 0.608 210 D 0.078 0.015 0.016 0.016 0.025 0.160 0.006 0.684 211 G 0.103 0.025 0.014 0.013 0.020 0.231 0.014 0.580 212 K 0.198 0.054 0.024 0.021 0.040 0.215 0.014 0.435 213 H 0.068 0.113 0.029 0.062 0.076 0.154 0.014 0.484 214 W 0.086 0.107 0.029 0.060 0.132 0.113 0.012 0.461 215 W 0.117 0.163 0.047 0.147 0.240 0.061 0.012 0.214 216 E 0.096 0.112 0.045 0.167 0.228 0.094 0.016 0.243 217 Y 0.081 0.094 0.056 0.163 0.218 0.038 0.014 0.335 218 V 0.075 0.085 0.067 0.086 0.190 0.082 0.019 0.397 219 D 0.047 0.083 0.049 0.109 0.156 0.067 0.010 0.480 220 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.985 221 T 0.048 0.009 0.008 0.009 0.020 0.566 0.012 0.327 222 V 0.669 0.018 0.013 0.005 0.005 0.095 0.010 0.184 223 T 0.046 0.155 0.030 0.019 0.023 0.300 0.005 0.423 224 L 0.015 0.043 0.012 0.004 0.022 0.025 0.002 0.877 225 E 0.021 0.060 0.006 0.003 0.008 0.360 0.003 0.538 226 L 0.057 0.075 0.001 0.001 0.002 0.734 0.004 0.126 227 L 0.031 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 228 D 0.003 0.904 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.080 229 E 0.018 0.848 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.117 230 L 0.040 0.904 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.045 231 T 0.009 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 232 H 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 233 E 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 234 F 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 235 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 236 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 237 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 238 L 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 239 E 0.031 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.015 240 K 0.093 0.751 0.015 0.003 0.002 0.004 0.073 0.058 241 T 0.189 0.523 0.028 0.010 0.009 0.016 0.030 0.195 242 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 243 N 0.008 0.020 0.008 0.009 0.017 0.331 0.005 0.602 244 R 0.549 0.029 0.005 0.002 0.002 0.109 0.015 0.289 245 L 0.215 0.286 0.017 0.006 0.009 0.102 0.005 0.361 246 K 0.092 0.331 0.029 0.017 0.022 0.139 0.008 0.363 247 K 0.080 0.501 0.020 0.014 0.017 0.064 0.009 0.294 248 I 0.136 0.562 0.017 0.019 0.042 0.046 0.014 0.163 249 R 0.067 0.650 0.026 0.034 0.044 0.028 0.012 0.138 250 N 0.049 0.512 0.028 0.030 0.044 0.033 0.018 0.285 251 W 0.088 0.322 0.038 0.028 0.043 0.054 0.023 0.404 252 R 0.107 0.328 0.023 0.027 0.036 0.100 0.022 0.357 253 A 0.090 0.274 0.048 0.023 0.045 0.082 0.017 0.420 254 N 0.070 0.312 0.025 0.027 0.034 0.122 0.023 0.386 255 Q 0.197 0.141 0.025 0.013 0.020 0.073 0.032 0.499 256 A 0.145 0.137 0.023 0.015 0.022 0.082 0.018 0.558