# TARGET T0338 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 989 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.019 0.008 0.025 0.084 0.262 0.602 2 S 0.034 0.022 0.041 0.141 0.282 0.481 3 S 0.019 0.010 0.148 0.457 0.194 0.172 4 R 0.022 0.008 0.180 0.514 0.175 0.101 5 W 0.022 0.003 0.157 0.599 0.149 0.070 6 F 0.037 0.006 0.091 0.575 0.142 0.150 7 F 0.043 0.017 0.025 0.661 0.082 0.172 8 T 0.042 0.008 0.012 0.709 0.047 0.182 9 R 0.006 0.001 0.010 0.958 0.012 0.014 10 E 0.006 0.001 0.011 0.962 0.013 0.008 11 Q 0.003 0.001 0.013 0.961 0.014 0.008 12 L 0.003 0.001 0.019 0.940 0.026 0.011 13 E 0.003 0.002 0.014 0.895 0.046 0.040 14 N 0.004 0.005 0.013 0.578 0.111 0.289 15 T 0.004 0.010 0.008 0.046 0.293 0.639 16 P 0.004 0.009 0.062 0.040 0.378 0.506 17 S 0.010 0.013 0.127 0.029 0.576 0.245 18 R 0.010 0.007 0.305 0.053 0.493 0.131 19 R 0.018 0.011 0.178 0.084 0.464 0.244 20 C 0.036 0.015 0.123 0.108 0.470 0.248 21 G 0.045 0.016 0.044 0.072 0.365 0.457 22 V 0.074 0.042 0.023 0.075 0.239 0.548 23 E 0.089 0.033 0.032 0.079 0.312 0.456 24 A 0.063 0.012 0.053 0.169 0.371 0.332 25 D 0.045 0.012 0.076 0.251 0.324 0.292 26 K 0.065 0.024 0.051 0.374 0.227 0.260 27 E 0.049 0.012 0.018 0.385 0.122 0.415 28 L 0.010 0.002 0.016 0.868 0.038 0.066 29 S 0.010 0.003 0.013 0.902 0.028 0.043 30 C 0.006 0.001 0.010 0.945 0.014 0.023 31 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 32 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 40 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 41 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 42 G 0.001 0.001 0.008 0.967 0.012 0.011 43 Q 0.001 0.001 0.018 0.948 0.019 0.013 44 R 0.003 0.001 0.010 0.953 0.019 0.014 45 L 0.002 0.002 0.004 0.836 0.026 0.130 46 N 0.001 0.002 0.001 0.014 0.029 0.954 47 V 0.005 0.011 0.007 0.106 0.113 0.758 48 S 0.015 0.005 0.012 0.174 0.126 0.667 49 Q 0.002 0.001 0.019 0.939 0.016 0.023 50 L 0.001 0.001 0.009 0.982 0.003 0.004 51 T 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 61 R 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.004 62 F 0.002 0.001 0.007 0.956 0.010 0.024 63 Y 0.009 0.004 0.028 0.834 0.050 0.076 64 M 0.024 0.004 0.036 0.738 0.106 0.092 65 H 0.049 0.005 0.027 0.537 0.149 0.233 66 H 0.046 0.009 0.020 0.239 0.203 0.482 67 S 0.066 0.015 0.024 0.121 0.242 0.532 68 F 0.124 0.030 0.030 0.070 0.283 0.462 69 T 0.126 0.026 0.033 0.080 0.363 0.371 70 K 0.062 0.018 0.071 0.163 0.415 0.271 71 F 0.041 0.014 0.059 0.180 0.410 0.296 72 N 0.036 0.012 0.041 0.207 0.319 0.384 73 K 0.031 0.009 0.024 0.550 0.177 0.209 74 N 0.023 0.007 0.014 0.770 0.045 0.141 75 I 0.006 0.001 0.006 0.978 0.002 0.006 76 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 77 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 85 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.005 86 K 0.004 0.001 0.003 0.975 0.006 0.012 87 V 0.020 0.002 0.005 0.875 0.018 0.079 88 E 0.020 0.002 0.011 0.910 0.022 0.035 89 E 0.033 0.002 0.015 0.881 0.040 0.027 90 Q 0.038 0.003 0.017 0.788 0.085 0.070 91 A 0.028 0.003 0.030 0.625 0.149 0.165 92 R 0.036 0.015 0.028 0.603 0.141 0.178 93 K 0.066 0.015 0.021 0.427 0.116 0.355 94 L 0.015 0.002 0.020 0.853 0.030 0.080 95 E 0.008 0.001 0.008 0.954 0.011 0.018 96 H 0.008 0.001 0.005 0.975 0.007 0.005 97 V 0.014 0.001 0.002 0.975 0.004 0.004 98 I 0.016 0.001 0.002 0.974 0.004 0.003 99 K 0.017 0.001 0.004 0.966 0.008 0.004 100 V 0.016 0.001 0.006 0.956 0.012 0.008 101 A 0.013 0.001 0.008 0.928 0.022 0.027 102 H 0.012 0.001 0.014 0.866 0.040 0.067 103 A 0.039 0.008 0.018 0.462 0.102 0.371 104 C 0.051 0.012 0.013 0.200 0.121 0.602 105 L 0.028 0.010 0.011 0.052 0.133 0.767 106 H 0.025 0.013 0.012 0.028 0.175 0.746 107 P 0.031 0.009 0.017 0.031 0.193 0.720 108 L 0.025 0.008 0.101 0.348 0.173 0.345 109 E 0.044 0.007 0.127 0.335 0.247 0.240 110 P 0.043 0.006 0.211 0.379 0.234 0.127 111 L 0.059 0.010 0.172 0.514 0.140 0.104 112 L 0.076 0.012 0.111 0.593 0.117 0.091 113 D 0.108 0.008 0.055 0.445 0.152 0.232 114 T 0.092 0.018 0.026 0.279 0.164 0.420 115 K 0.093 0.030 0.022 0.184 0.253 0.418 116 C 0.062 0.008 0.066 0.270 0.295 0.300 117 D 0.033 0.003 0.094 0.496 0.240 0.134 118 A 0.052 0.005 0.096 0.550 0.223 0.075 119 Y 0.118 0.013 0.063 0.503 0.195 0.107 120 L 0.103 0.015 0.037 0.564 0.160 0.121 121 Q 0.054 0.010 0.019 0.568 0.138 0.212 122 Q 0.028 0.004 0.008 0.614 0.060 0.286 123 T 0.002 0.001 0.002 0.980 0.005 0.012 124 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 125 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 128 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 131 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 133 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 135 Q 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 136 T 0.001 0.001 0.006 0.979 0.006 0.008 137 L 0.005 0.002 0.007 0.831 0.021 0.134 138 G 0.011 0.001 0.003 0.025 0.043 0.917 139 F 0.123 0.003 0.005 0.005 0.075 0.789 140 E 0.694 0.006 0.004 0.004 0.043 0.250 141 I 0.794 0.010 0.005 0.003 0.034 0.153 142 T 0.644 0.013 0.004 0.003 0.082 0.254 143 I 0.513 0.008 0.004 0.002 0.123 0.351 144 E 0.286 0.021 0.005 0.004 0.172 0.511 145 H 0.084 0.025 0.005 0.006 0.262 0.618 146 P 0.030 0.014 0.020 0.035 0.307 0.594 147 H 0.017 0.009 0.075 0.221 0.278 0.400 148 T 0.009 0.005 0.060 0.647 0.173 0.105 149 D 0.002 0.001 0.034 0.906 0.033 0.023 150 V 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.004 151 V 0.003 0.001 0.007 0.974 0.010 0.004 152 K 0.006 0.001 0.008 0.966 0.012 0.007 153 C 0.006 0.001 0.007 0.969 0.010 0.007 154 T 0.004 0.001 0.010 0.963 0.012 0.010 155 Q 0.003 0.001 0.015 0.951 0.017 0.014 156 L 0.005 0.001 0.023 0.913 0.027 0.032 157 V 0.006 0.003 0.024 0.814 0.057 0.097 158 R 0.009 0.006 0.036 0.558 0.151 0.240 159 A 0.006 0.004 0.023 0.474 0.175 0.318 160 S 0.006 0.004 0.016 0.349 0.218 0.407 161 K 0.001 0.001 0.022 0.844 0.072 0.058 162 D 0.001 0.001 0.018 0.921 0.026 0.033 163 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.004 164 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 165 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 166 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 167 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 169 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 170 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 171 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 172 T 0.001 0.001 0.011 0.971 0.011 0.006 173 N 0.002 0.001 0.017 0.923 0.028 0.029 174 S 0.008 0.006 0.030 0.775 0.080 0.101 175 L 0.020 0.011 0.051 0.491 0.174 0.253 176 H 0.037 0.010 0.051 0.277 0.295 0.330 177 L 0.039 0.013 0.045 0.288 0.312 0.303 178 T 0.053 0.014 0.049 0.231 0.305 0.348 179 T 0.057 0.009 0.069 0.296 0.340 0.229 180 F 0.126 0.013 0.099 0.295 0.277 0.190 181 C 0.238 0.033 0.092 0.332 0.180 0.124 182 L 0.266 0.019 0.064 0.369 0.156 0.127 183 Q 0.134 0.014 0.036 0.278 0.224 0.314 184 Y 0.109 0.025 0.011 0.194 0.198 0.463 185 K 0.030 0.010 0.002 0.057 0.079 0.821 186 P 0.005 0.001 0.006 0.924 0.022 0.042 187 T 0.002 0.001 0.009 0.959 0.008 0.021 188 V 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 191 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 192 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 194 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 195 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 198 C 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 199 K 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 200 W 0.001 0.001 0.008 0.971 0.012 0.008 201 S 0.001 0.002 0.010 0.844 0.048 0.095 202 N 0.001 0.002 0.011 0.072 0.216 0.698 203 W 0.016 0.013 0.010 0.011 0.418 0.532 204 E 0.072 0.018 0.009 0.007 0.251 0.643 205 I 0.104 0.042 0.015 0.009 0.277 0.553 206 P 0.092 0.025 0.016 0.007 0.282 0.578 207 V 0.102 0.041 0.028 0.014 0.258 0.557 208 S 0.106 0.030 0.035 0.025 0.525 0.279 209 T 0.089 0.017 0.065 0.046 0.571 0.213 210 D 0.088 0.013 0.068 0.079 0.492 0.260 211 G 0.175 0.033 0.096 0.234 0.296 0.166 212 K 0.235 0.014 0.079 0.330 0.159 0.184 213 H 0.187 0.028 0.067 0.468 0.134 0.116 214 W 0.153 0.035 0.072 0.484 0.135 0.122 215 W 0.117 0.016 0.114 0.477 0.164 0.112 216 E 0.112 0.008 0.192 0.334 0.227 0.127 217 Y 0.121 0.031 0.127 0.266 0.293 0.163 218 V 0.072 0.072 0.029 0.171 0.378 0.279 219 D 0.008 0.006 0.004 0.006 0.958 0.019 220 P 0.001 0.001 0.028 0.012 0.948 0.011 221 T 0.001 0.001 0.041 0.012 0.930 0.014 222 V 0.016 0.085 0.012 0.013 0.820 0.055 223 T 0.015 0.032 0.002 0.036 0.050 0.864 224 L 0.001 0.001 0.032 0.958 0.005 0.003 225 E 0.001 0.001 0.050 0.942 0.005 0.002 226 L 0.002 0.001 0.035 0.956 0.004 0.002 227 L 0.003 0.001 0.005 0.980 0.004 0.008 228 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 229 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 230 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 231 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 232 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 233 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 234 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.003 235 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 236 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 237 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.005 238 L 0.001 0.001 0.007 0.968 0.011 0.012 239 E 0.001 0.001 0.006 0.927 0.029 0.036 240 K 0.001 0.002 0.007 0.589 0.114 0.287 241 T 0.001 0.001 0.004 0.030 0.282 0.682 242 P 0.001 0.001 0.132 0.096 0.473 0.297 243 N 0.002 0.003 0.216 0.223 0.437 0.119 244 R 0.004 0.003 0.200 0.490 0.249 0.054 245 L 0.011 0.004 0.055 0.736 0.096 0.098 246 K 0.027 0.004 0.035 0.815 0.053 0.065 247 K 0.044 0.004 0.021 0.824 0.043 0.064 248 I 0.049 0.004 0.012 0.859 0.022 0.053 249 R 0.043 0.002 0.012 0.890 0.019 0.034 250 N 0.038 0.002 0.019 0.869 0.033 0.039 251 W 0.030 0.003 0.018 0.887 0.028 0.033 252 R 0.025 0.003 0.023 0.881 0.033 0.035 253 A 0.016 0.003 0.036 0.826 0.054 0.064 254 N 0.007 0.002 0.034 0.769 0.059 0.129 255 Q 0.011 0.006 0.024 0.307 0.118 0.534 256 A 0.007 0.003 0.002 0.013 0.075 0.899