# TARGET T0338 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0338.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 989 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.088 0.287 0.010 0.010 0.014 0.082 0.033 0.476 2 S 0.045 0.529 0.012 0.010 0.020 0.046 0.065 0.273 3 S 0.075 0.607 0.010 0.007 0.015 0.046 0.060 0.180 4 R 0.025 0.089 0.024 0.023 0.025 0.037 0.660 0.117 5 W 0.027 0.356 0.027 0.029 0.036 0.068 0.235 0.223 6 F 0.066 0.435 0.034 0.019 0.040 0.080 0.059 0.266 7 F 0.020 0.350 0.053 0.039 0.042 0.079 0.062 0.356 8 T 0.057 0.686 0.014 0.010 0.018 0.024 0.069 0.121 9 R 0.143 0.612 0.010 0.008 0.009 0.030 0.064 0.125 10 E 0.086 0.173 0.045 0.032 0.039 0.071 0.241 0.313 11 Q 0.150 0.058 0.022 0.019 0.026 0.092 0.257 0.377 12 L 0.139 0.036 0.015 0.012 0.017 0.105 0.074 0.603 13 E 0.013 0.010 0.015 0.013 0.030 0.112 0.020 0.787 14 N 0.017 0.008 0.006 0.007 0.013 0.110 0.025 0.813 15 T 0.146 0.061 0.015 0.032 0.022 0.141 0.061 0.521 16 P 0.138 0.054 0.011 0.010 0.014 0.099 0.030 0.644 17 S 0.147 0.055 0.021 0.018 0.023 0.111 0.078 0.547 18 R 0.187 0.048 0.015 0.017 0.023 0.097 0.036 0.576 19 R 0.162 0.036 0.020 0.023 0.038 0.096 0.050 0.576 20 C 0.037 0.026 0.015 0.021 0.039 0.133 0.021 0.707 21 G 0.023 0.030 0.023 0.033 0.070 0.105 0.038 0.679 22 V 0.053 0.061 0.014 0.033 0.032 0.102 0.027 0.679 23 E 0.178 0.283 0.021 0.040 0.039 0.066 0.085 0.288 24 A 0.076 0.270 0.008 0.014 0.022 0.066 0.034 0.509 25 D 0.067 0.290 0.018 0.019 0.025 0.064 0.157 0.360 26 K 0.030 0.592 0.007 0.014 0.012 0.042 0.093 0.211 27 E 0.033 0.826 0.002 0.003 0.005 0.014 0.043 0.074 28 L 0.015 0.869 0.003 0.003 0.004 0.012 0.034 0.061 29 S 0.006 0.880 0.002 0.002 0.003 0.009 0.064 0.035 30 C 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 31 R 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 32 Q 0.002 0.739 0.001 0.001 0.001 0.002 0.245 0.008 33 Q 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 34 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 35 A 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 36 N 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 37 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 38 I 0.006 0.926 0.006 0.001 0.001 0.002 0.054 0.005 39 Q 0.013 0.796 0.010 0.002 0.001 0.008 0.140 0.029 40 E 0.024 0.807 0.018 0.002 0.002 0.010 0.076 0.061 41 M 0.119 0.629 0.025 0.005 0.006 0.027 0.084 0.105 42 G 0.134 0.105 0.042 0.014 0.013 0.060 0.279 0.353 43 Q 0.118 0.075 0.009 0.010 0.010 0.060 0.039 0.679 44 R 0.065 0.020 0.019 0.008 0.011 0.094 0.042 0.742 45 L 0.014 0.020 0.022 0.024 0.024 0.168 0.039 0.689 46 N 0.036 0.047 0.015 0.008 0.015 0.103 0.025 0.752 47 V 0.063 0.077 0.014 0.010 0.007 0.085 0.161 0.584 48 S 0.073 0.538 0.008 0.005 0.006 0.029 0.221 0.120 49 Q 0.038 0.473 0.008 0.002 0.005 0.041 0.219 0.213 50 L 0.004 0.190 0.017 0.011 0.013 0.036 0.643 0.085 51 T 0.005 0.876 0.004 0.003 0.005 0.008 0.077 0.021 52 I 0.005 0.956 0.002 0.002 0.003 0.004 0.013 0.016 53 N 0.004 0.851 0.008 0.008 0.016 0.007 0.083 0.022 54 T 0.004 0.872 0.007 0.005 0.009 0.006 0.086 0.011 55 A 0.003 0.928 0.008 0.003 0.005 0.004 0.041 0.008 56 I 0.005 0.876 0.027 0.014 0.011 0.004 0.052 0.011 57 V 0.008 0.884 0.021 0.008 0.013 0.009 0.038 0.019 58 Y 0.011 0.881 0.027 0.007 0.011 0.007 0.034 0.021 59 M 0.025 0.777 0.031 0.015 0.016 0.014 0.072 0.050 60 H 0.051 0.670 0.020 0.016 0.014 0.023 0.085 0.120 61 R 0.049 0.538 0.035 0.021 0.025 0.038 0.088 0.207 62 F 0.194 0.225 0.044 0.031 0.041 0.065 0.091 0.308 63 Y 0.180 0.041 0.030 0.047 0.040 0.082 0.147 0.433 64 M 0.042 0.026 0.010 0.015 0.026 0.082 0.046 0.753 65 H 0.034 0.014 0.011 0.016 0.033 0.097 0.067 0.728 66 H 0.037 0.019 0.015 0.049 0.047 0.139 0.064 0.629 67 S 0.100 0.034 0.015 0.018 0.034 0.098 0.049 0.652 68 F 0.088 0.021 0.024 0.036 0.033 0.095 0.118 0.586 69 T 0.105 0.057 0.019 0.021 0.028 0.089 0.084 0.597 70 K 0.045 0.051 0.014 0.011 0.014 0.091 0.043 0.733 71 F 0.029 0.262 0.017 0.013 0.014 0.084 0.026 0.553 72 N 0.051 0.777 0.003 0.003 0.006 0.016 0.018 0.125 73 K 0.013 0.448 0.013 0.008 0.012 0.034 0.336 0.137 74 N 0.003 0.244 0.009 0.006 0.011 0.009 0.697 0.021 75 I 0.001 0.038 0.002 0.001 0.002 0.002 0.950 0.005 76 I 0.001 0.910 0.004 0.004 0.005 0.003 0.065 0.008 77 S 0.003 0.966 0.002 0.002 0.006 0.002 0.012 0.008 78 S 0.002 0.927 0.003 0.005 0.004 0.003 0.046 0.009 79 T 0.003 0.959 0.002 0.001 0.003 0.002 0.025 0.004 80 A 0.005 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 81 L 0.009 0.906 0.017 0.004 0.005 0.006 0.043 0.010 82 F 0.015 0.850 0.031 0.005 0.007 0.009 0.056 0.028 83 L 0.021 0.862 0.024 0.005 0.006 0.010 0.031 0.041 84 A 0.033 0.707 0.058 0.012 0.013 0.021 0.057 0.099 85 A 0.048 0.555 0.029 0.021 0.019 0.040 0.056 0.231 86 K 0.070 0.412 0.041 0.026 0.029 0.053 0.090 0.279 87 V 0.156 0.351 0.025 0.017 0.019 0.055 0.082 0.295 88 E 0.095 0.190 0.019 0.033 0.034 0.066 0.092 0.470 89 E 0.040 0.056 0.012 0.010 0.011 0.066 0.035 0.770 90 Q 0.160 0.215 0.013 0.021 0.017 0.063 0.096 0.416 91 A 0.068 0.108 0.012 0.008 0.010 0.087 0.039 0.669 92 R 0.039 0.078 0.018 0.013 0.015 0.115 0.065 0.657 93 K 0.091 0.235 0.010 0.010 0.009 0.071 0.077 0.496 94 L 0.106 0.479 0.007 0.006 0.009 0.049 0.099 0.245 95 E 0.025 0.426 0.020 0.013 0.024 0.067 0.092 0.332 96 H 0.021 0.534 0.033 0.034 0.049 0.042 0.074 0.214 97 V 0.025 0.496 0.062 0.035 0.054 0.059 0.078 0.191 98 I 0.034 0.261 0.166 0.066 0.084 0.057 0.174 0.158 99 K 0.116 0.238 0.094 0.069 0.078 0.056 0.171 0.179 100 V 0.092 0.115 0.091 0.038 0.054 0.081 0.150 0.378 101 A 0.065 0.045 0.089 0.054 0.100 0.108 0.101 0.437 102 H 0.115 0.016 0.041 0.041 0.065 0.087 0.077 0.557 103 A 0.029 0.005 0.026 0.035 0.038 0.094 0.039 0.735 104 C 0.024 0.005 0.035 0.039 0.071 0.129 0.031 0.666 105 L 0.039 0.004 0.017 0.023 0.039 0.122 0.026 0.729 106 H 0.035 0.005 0.027 0.034 0.027 0.147 0.034 0.692 107 P 0.027 0.027 0.021 0.017 0.024 0.139 0.038 0.707 108 L 0.095 0.056 0.014 0.008 0.011 0.100 0.042 0.674 109 E 0.376 0.130 0.023 0.021 0.019 0.067 0.107 0.258 110 P 0.100 0.088 0.033 0.021 0.045 0.085 0.116 0.511 111 L 0.038 0.048 0.051 0.033 0.100 0.126 0.103 0.502 112 L 0.029 0.049 0.063 0.098 0.133 0.116 0.066 0.445 113 D 0.021 0.037 0.042 0.064 0.105 0.112 0.036 0.583 114 T 0.076 0.101 0.042 0.046 0.057 0.114 0.058 0.507 115 K 0.165 0.329 0.025 0.028 0.033 0.070 0.058 0.292 116 C 0.104 0.329 0.015 0.015 0.026 0.055 0.046 0.409 117 D 0.058 0.373 0.022 0.039 0.046 0.053 0.087 0.321 118 A 0.061 0.304 0.022 0.049 0.061 0.070 0.093 0.340 119 Y 0.073 0.124 0.026 0.044 0.054 0.062 0.311 0.307 120 L 0.058 0.172 0.018 0.039 0.049 0.089 0.125 0.449 121 Q 0.033 0.201 0.010 0.018 0.024 0.078 0.046 0.589 122 Q 0.028 0.714 0.003 0.007 0.009 0.023 0.024 0.192 123 T 0.018 0.888 0.001 0.002 0.003 0.010 0.033 0.045 124 R 0.002 0.944 0.001 0.002 0.002 0.005 0.022 0.022 125 E 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 126 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 127 V 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.003 128 I 0.001 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.001 129 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 130 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 131 T 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.002 132 I 0.011 0.491 0.008 0.006 0.003 0.004 0.465 0.013 133 M 0.018 0.519 0.010 0.005 0.006 0.013 0.396 0.033 134 L 0.087 0.188 0.082 0.011 0.009 0.053 0.334 0.235 135 Q 0.370 0.084 0.017 0.016 0.015 0.058 0.053 0.387 136 T 0.092 0.013 0.018 0.003 0.004 0.051 0.036 0.783 137 L 0.021 0.007 0.032 0.012 0.031 0.261 0.034 0.601 138 G 0.012 0.002 0.048 0.020 0.052 0.105 0.099 0.663 139 F 0.012 0.004 0.055 0.083 0.060 0.103 0.088 0.596 140 E 0.012 0.003 0.324 0.095 0.141 0.060 0.072 0.292 141 I 0.015 0.002 0.150 0.119 0.143 0.064 0.048 0.459 142 T 0.014 0.002 0.289 0.101 0.109 0.053 0.049 0.382 143 I 0.018 0.005 0.100 0.085 0.129 0.094 0.041 0.528 144 E 0.021 0.005 0.046 0.030 0.040 0.099 0.055 0.703 145 H 0.105 0.046 0.043 0.058 0.037 0.130 0.148 0.435 146 P 0.059 0.225 0.011 0.006 0.010 0.079 0.040 0.569 147 H 0.059 0.650 0.006 0.004 0.006 0.033 0.016 0.226 148 T 0.014 0.866 0.006 0.006 0.006 0.014 0.025 0.063 149 D 0.013 0.939 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.019 150 V 0.007 0.103 0.003 0.002 0.002 0.004 0.870 0.009 151 V 0.003 0.463 0.004 0.006 0.005 0.006 0.498 0.014 152 K 0.007 0.940 0.003 0.002 0.006 0.005 0.013 0.024 153 C 0.018 0.882 0.010 0.010 0.013 0.010 0.026 0.031 154 T 0.050 0.614 0.036 0.020 0.028 0.021 0.146 0.085 155 Q 0.113 0.533 0.012 0.011 0.009 0.039 0.054 0.228 156 L 0.092 0.131 0.059 0.016 0.017 0.082 0.299 0.304 157 V 0.098 0.145 0.032 0.013 0.014 0.120 0.195 0.384 158 R 0.063 0.107 0.019 0.005 0.008 0.082 0.048 0.668 159 A 0.031 0.294 0.009 0.003 0.002 0.049 0.018 0.594 160 S 0.060 0.786 0.003 0.001 0.001 0.017 0.022 0.109 161 K 0.052 0.689 0.006 0.001 0.002 0.035 0.050 0.165 162 D 0.012 0.114 0.004 0.001 0.002 0.016 0.793 0.057 163 L 0.007 0.286 0.002 0.001 0.001 0.009 0.676 0.019 164 A 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.020 165 Q 0.002 0.956 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.022 166 T 0.003 0.964 0.002 0.001 0.002 0.003 0.019 0.007 167 S 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.005 168 Y 0.004 0.140 0.005 0.002 0.002 0.004 0.837 0.007 169 F 0.004 0.313 0.012 0.003 0.004 0.013 0.631 0.020 170 M 0.039 0.482 0.057 0.005 0.010 0.029 0.330 0.049 171 A 0.032 0.559 0.054 0.013 0.013 0.033 0.189 0.107 172 T 0.053 0.426 0.025 0.005 0.011 0.052 0.072 0.356 173 N 0.099 0.380 0.019 0.009 0.013 0.089 0.083 0.308 174 S 0.064 0.117 0.036 0.009 0.013 0.104 0.402 0.253 175 L 0.032 0.097 0.042 0.015 0.021 0.131 0.364 0.296 176 H 0.030 0.138 0.054 0.015 0.033 0.129 0.108 0.493 177 L 0.054 0.224 0.088 0.027 0.033 0.094 0.076 0.404 178 T 0.110 0.347 0.053 0.021 0.039 0.068 0.069 0.293 179 T 0.088 0.134 0.083 0.038 0.066 0.076 0.116 0.399 180 F 0.062 0.052 0.101 0.112 0.141 0.094 0.093 0.346 181 C 0.118 0.020 0.064 0.073 0.121 0.080 0.081 0.444 182 L 0.048 0.011 0.033 0.078 0.090 0.111 0.033 0.596 183 Q 0.004 0.007 0.024 0.030 0.076 0.093 0.042 0.725 184 Y 0.020 0.052 0.013 0.022 0.030 0.111 0.041 0.712 185 K 0.098 0.480 0.007 0.018 0.014 0.043 0.174 0.166 186 P 0.012 0.785 0.002 0.003 0.004 0.013 0.090 0.091 187 T 0.001 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.008 188 V 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 189 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 190 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 191 C 0.001 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 192 V 0.001 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 193 C 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 194 I 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 195 H 0.003 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 196 L 0.028 0.912 0.008 0.001 0.001 0.004 0.030 0.017 197 A 0.063 0.222 0.045 0.004 0.003 0.036 0.532 0.094 198 C 0.038 0.082 0.051 0.008 0.005 0.051 0.509 0.256 199 K 0.237 0.061 0.021 0.004 0.007 0.079 0.061 0.530 200 W 0.149 0.008 0.023 0.007 0.007 0.099 0.053 0.654 201 S 0.049 0.003 0.007 0.003 0.006 0.084 0.015 0.833 202 N 0.059 0.002 0.005 0.003 0.008 0.081 0.019 0.822 203 W 0.014 0.002 0.012 0.015 0.019 0.176 0.017 0.745 204 E 0.022 0.002 0.022 0.018 0.038 0.116 0.037 0.744 205 I 0.025 0.004 0.021 0.037 0.033 0.113 0.068 0.699 206 P 0.029 0.017 0.057 0.040 0.043 0.126 0.060 0.628 207 V 0.047 0.046 0.028 0.026 0.035 0.092 0.034 0.692 208 S 0.171 0.174 0.022 0.019 0.024 0.083 0.040 0.468 209 T 0.132 0.292 0.022 0.025 0.029 0.085 0.078 0.338 210 D 0.057 0.442 0.013 0.017 0.035 0.074 0.049 0.314 211 G 0.082 0.454 0.023 0.024 0.047 0.052 0.112 0.205 212 K 0.055 0.367 0.028 0.081 0.097 0.063 0.086 0.224 213 H 0.106 0.170 0.039 0.085 0.147 0.067 0.084 0.301 214 W 0.096 0.082 0.033 0.109 0.157 0.090 0.097 0.336 215 W 0.053 0.040 0.040 0.087 0.182 0.074 0.071 0.453 216 E 0.080 0.033 0.016 0.071 0.114 0.107 0.037 0.541 217 Y 0.011 0.008 0.027 0.064 0.090 0.123 0.075 0.602 218 V 0.075 0.016 0.015 0.029 0.043 0.119 0.044 0.659 219 D 0.321 0.028 0.011 0.020 0.022 0.063 0.203 0.333 220 P 0.030 0.070 0.012 0.010 0.017 0.113 0.041 0.706 221 T 0.020 0.104 0.014 0.009 0.024 0.114 0.019 0.696 222 V 0.019 0.156 0.023 0.028 0.015 0.096 0.047 0.617 223 T 0.034 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.019 224 L 0.037 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.017 225 E 0.004 0.932 0.005 0.003 0.002 0.006 0.015 0.033 226 L 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 227 L 0.008 0.219 0.001 0.001 0.001 0.002 0.765 0.005 228 D 0.003 0.615 0.001 0.001 0.001 0.002 0.372 0.007 229 E 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.016 230 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 231 T 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 232 H 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.012 233 E 0.003 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.007 234 F 0.013 0.946 0.006 0.001 0.001 0.003 0.024 0.007 235 L 0.031 0.823 0.039 0.002 0.001 0.009 0.061 0.034 236 Q 0.098 0.512 0.086 0.004 0.004 0.024 0.085 0.187 237 I 0.190 0.125 0.063 0.007 0.006 0.066 0.267 0.276 238 L 0.143 0.071 0.031 0.007 0.007 0.097 0.141 0.502 239 E 0.016 0.014 0.008 0.003 0.005 0.071 0.023 0.859 240 K 0.014 0.018 0.006 0.003 0.003 0.095 0.018 0.844 241 T 0.285 0.208 0.009 0.007 0.005 0.086 0.059 0.341 242 P 0.156 0.228 0.006 0.003 0.003 0.077 0.021 0.505 243 N 0.073 0.388 0.007 0.004 0.005 0.058 0.025 0.440 244 R 0.047 0.711 0.007 0.005 0.005 0.028 0.033 0.164 245 L 0.063 0.730 0.007 0.005 0.007 0.025 0.047 0.117 246 K 0.040 0.355 0.036 0.023 0.024 0.039 0.274 0.209 247 K 0.043 0.493 0.019 0.023 0.028 0.056 0.101 0.237 248 I 0.109 0.439 0.024 0.018 0.029 0.053 0.063 0.265 249 R 0.057 0.340 0.018 0.027 0.038 0.068 0.056 0.395 250 N 0.056 0.206 0.018 0.021 0.032 0.059 0.179 0.429 251 W 0.085 0.114 0.031 0.041 0.029 0.095 0.193 0.411 252 R 0.300 0.072 0.020 0.031 0.033 0.079 0.083 0.382 253 A 0.130 0.013 0.010 0.007 0.011 0.082 0.037 0.709 254 N 0.028 0.010 0.011 0.011 0.020 0.106 0.031 0.783 255 Q 0.031 0.011 0.009 0.009 0.017 0.086 0.032 0.806 256 A 0.048 0.021 0.018 0.035 0.037 0.140 0.051 0.650